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VMD (current) File Members

_ | a | b | c | d | e | f | g | h | i | j | k | l | m | n | o | p | q | r | s | t | u | v | w | y | z

Here is a list of all file members with links to the files they belong to:

- _ -

• _WIN32_WINNT : Win32OpenGLDisplayDevice.C

- a -

• aa_cb() : MainFltkMenu.C
• ABS : utilities.h
• access_tcl_atomsel() : TclCommands.C
• access_tcl_atomsel_obj() : TclCommands.C
• accessions_doc : py_molecule.C
• activate() : py_animate.C
• activate_doc : py_animate.C
• add() : py_material.C
• ADD : y.tab.h, AtomParser.C
• add_callback() : PythonTextInterp.C
• add_link() : SpatialSearch.C
• add_rep_to_browser() : GraphicsFltkMenu.C
• add_volumetric_doc : py_molecule.C
• addmenu() : py_menu.C
• addrep() : py_molrep.C
• align_plane_with_axis() : MeasureSymmetry.C
• ALLOC_ALIGNMASK : VMDDisplayList.C
• ALLOC_ALIGNMENT : VMDDisplayList.C
• alos() : inthash.c, hash.c
• AND : y.tab.h, AtomParser.C
• angle() : utilities.h, utilities.C
• ANGLEGEOMCOL : GeometryList.C
• anim_goto() : py_animate.C
• animationDirName : Animation.h, Animation.C
• animationStyleName : Animation.h, Animation.C
• AS : y.tab.h, AtomParser.C
• AT_LEAST : TclGraphics.C
• atom_displ_from_mean_plane() : DrawRingsUtils.C
• AtomColorMenuName : AtomColor.h, AtomColor.C
• AtomColorName : AtomColor.h, AtomColor.C
• ATOMGEOMCOL : GeometryList.C
• ATOMHYDROGEN : Atom.h
• atominfo : CUDAVolCPotential.cu
• atomlist : SpatialSearch.C
• ATOMNORMAL : Atom.h
• ATOMNUCLEICBACK : Atom.h
• atomparser_node : AtomParser.h
• atomparser_result : AtomParser.h, AtomParser.C
• atomparser_string : AtomParser.h
• atomparser_stringtype : AtomParser.h
• atomparser_symbols : AtomParser.h, AtomLexer.C
• atomparser_yylookup() : AtomParser.h
• atomparser_yystring : AtomParser.h
• ATOMPROTEINBACK : Atom.h
• AtomRepInfo : AtomRep.h, AtomRep.C
• atomsel_all() : AtomSel.C
• atomsel_altloc() : AtomSel.C
• atomsel_AsAtomSel() : py_commands.h, py_atomsel.C
• atomsel_backbonetype() : AtomSel.C
• atomsel_Check() : py_atomsel.C
• atomsel_custom_singleword() : AtomSel.h
• atomsel_dealloc() : py_atomsel.C
• Atomsel_Delete() : TclCommands.C
• atomsel_doc : py_atomsel.C
• atomsel_element() : AtomSel.C
• atomsel_fragment() : AtomSel.C
• atomsel_get() : py_atomsel.C
• atomsel_get_vel : AtomSel.C
• atomsel_getset : py_atomsel.C
• atomsel_gridindex0() : AtomSel.C
• atomsel_gridindex1() : AtomSel.C
• atomsel_gridindex2() : AtomSel.C
• atomsel_gridindex3() : AtomSel.C
• atomsel_gridindex4() : AtomSel.C
• atomsel_gridindex5() : AtomSel.C
• atomsel_gridindex6() : AtomSel.C
• atomsel_gridindex7() : AtomSel.C
• atomsel_gridindex_array() : AtomSel.C
• atomsel_index() : AtomSel.C
• Atomsel_Init() : TclCommands.h, TclCommands.C
• atomsel_interp_volume0() : AtomSel.C
• atomsel_interp_volume1() : AtomSel.C
• atomsel_interp_volume2() : AtomSel.C
• atomsel_interp_volume3() : AtomSel.C
• atomsel_interp_volume4() : AtomSel.C
• atomsel_interp_volume5() : AtomSel.C
• atomsel_interp_volume6() : AtomSel.C
• atomsel_interp_volume7() : AtomSel.C
• atomsel_interp_volume_array() : AtomSel.C
• atomsel_iter() : py_atomsel.C
• atomsel_mapping : py_atomsel.C
• atomsel_methods : py_atomsel.C
• atomsel_name() : AtomSel.C
• atomsel_new() : py_atomsel.C
• atomsel_none() : AtomSel.C
• atomsel_repr() : py_atomsel.C
• atomsel_residuetype() : AtomSel.C
• atomsel_resname() : AtomSel.C
• atomsel_serial() : AtomSel.C
• atomsel_set() : TclCommands.C, py_atomsel.C
• atomsel_set_altloc() : AtomSel.C
• ATOMSEL_SET_BAD_DATA : TclCommands.C
• ATOMSEL_SET_BADDATA2 : TclCommands.C
• atomsel_set_element() : AtomSel.C
• atomsel_str() : py_atomsel.C
• atomsel_type : AtomSel.C, py_atomsel.C
• atomsel_volume0() : AtomSel.C
• atomsel_volume1() : AtomSel.C
• atomsel_volume2() : AtomSel.C
• atomsel_volume3() : AtomSel.C
• atomsel_volume4() : AtomSel.C
• atomsel_volume5() : AtomSel.C
• atomsel_volume6() : AtomSel.C
• atomsel_volume7() : AtomSel.C
• atomsel_volume_array() : AtomSel.C
• atomselect() : py_numeric.C
• atomselect_move() : TclCommands.C
• atomselect_moveby() : TclCommands.C
• atomselection_length() : py_atomsel.C
• atomselection_methods : py_atomsel.C
• atomselection_subscript() : py_atomsel.C
• AtomselectionMethods : py_atomselection.C
• atomSelParser_init() : AtomSel.h, AtomSel.C
• autoupdate_cb() : GraphicsFltkMenu.C
• axes_cb() : MainFltkMenu.C
• AXESCAPRAD : Axes.C
• axesloc : Axes.C
• AXESOCOL : Axes.C
• AXESRAD : Axes.C
• AXESRES : Axes.C
• AXESRODLEN : Axes.C
• AXESSPHRES : Axes.C
• AXESTCOL : Axes.C
• AXESTXTLEN : Axes.C
• AXESXCOL : Axes.C
• AXESYCOL : Axes.C
• AXESZCOL : Axes.C
• Axis : MeasureSymmetry.h

- b -

• backgroundmode_cb() : MainFltkMenu.C
• BASE_DISPLAYLIST_SIZE : VMDDisplayList.C
• basis_change() : MeasurePBC.C
• BEGIN : AtomLexer.C
• beginCmdFile : vmd.C
• BEGMAP : Scene.h
• BEGREGCLRS : Scene.h
• BETASCALE : DrawMolItem.C
• BLOCKSIZE : CUDAVolCPotential.cu
• BLOCKSIZEX : CUDAVolCPotential.cu, CUDABench.cu
• BLOCKSIZEY : CUDAVolCPotential.cu
• BONDGEOMCOL : GeometryList.C
• bonds_doc : py_atomsel.C
• bondsearchthread() : BondSearch.C
• BOOL : pcreinternal.h
• BRASTACK_SIZE : pcre.c
• breakup_filename() : utilities.h, utilities.C
• browserpopup_menu_behavior : MainFltkMenu.C
• BUF_LEN : Stride.C
• button_cb() : ToolFltkMenu.C
• BWITER : CUDABench.cu

- c -

• c_ddfunc : SymbolTable.h
• cachemode_cb() : MainFltkMenu.C
• cacheNameStr : DisplayDevice.C
• calculate_angle() : Measure.h, Measure.C
• calculate_bond() : Measure.h, Measure.C
• calculate_dihed() : Measure.h, Measure.C
• call_callbacks() : PythonTextInterp.C
• CallbackMethods : PythonTextInterp.C
• case_compare_numeric_macro : ParseTree.C
• case_compare_string_macro : ParseTree.C
• CAST_HACK : py_vmd.C
• categories() : py_color.C
• categories_doc : py_color.C
• cave_gl_init_fn() : CaveRoutines.h, CaveRoutines.C
• cave_renderer() : CaveRoutines.h, CaveRoutines.C
• cavedisplay : CaveRoutines.C
• CAVEMAGICINIT : CaveRoutines.C
• cavescene : CaveRoutines.C
• caveStereoNameStr : CaveDisplayDevice.C
• CAVEUSERWLOCK : CaveScene.C
• cb_cb() : MainFltkMenu.C
• cbdata : MainFltkMenu.C
• cbdict : PythonTextInterp.C
• cbit_digit : pcreinternal.h
• cbit_length : pcreinternal.h
• cbit_space : pcreinternal.h
• cbit_word : pcreinternal.h
• cbits_offset : pcreinternal.h
• cenergy() : CUDAVolCPotential.cu
• center() : py_atomselection.C, py_atomsel.C
• center_doc : py_atomselection.C, py_atomsel.C
• center_of_mass() : Measure.C
• change() : py_material.C
• check_canonical_form() : cmd_user.C
• check_escape() : pcre.c
• CHECK_MATCH : TclCommands.C
• check_mol() : Measure.h, Measure.C
• CHECK_RANGE : MoleculeGraphics.C
• CHECK_RENDER : cmd_render.C
• checkfileextension() : SnapshotDisplayDevice.C, LibTachyonDisplayDevice.C
• clamp_color() : utilities.h
• clamp_int() : utilities.h
• cmd_animate_usage() : cmd_animate.C
• cmd_gettimestep() : tcl_commands.h, cmd_animate.C
• cmd_mol_list() : cmd_mol.C
• cmd_mol_usage() : cmd_mol.C
• cmd_rawtimestep() : tcl_commands.h, cmd_animate.C
• cmd_vmdbench_usage() : cmd_vmdbench.C
• cmdFileUsesPython : vmd.C
• cmdList : ToolFltkMenu.C
• collinear() : MeasureSymmetry.C
• ColorMethods : py_color.C
• colorscale_auto_cb() : GraphicsFltkMenu.C
• colorscale_minmax_cb() : GraphicsFltkMenu.C
• colorupdate_cb() : GraphicsFltkMenu.C
• columns : GeometryFltkMenu.C
• combine_arguments() : utilities.h, utilities.C
• COMPARE : y.tab.h, AtomParser.C
• compare_plugin_name() : FileChooserFltkMenu.C
• compile_branch() : pcre.c
• compile_data : pcreinternal.h
• compile_regex() : pcre.c
• compute_angle_energy() : Measure.h, Measure.C
• compute_bond_energy() : Measure.h, Measure.C
• compute_dihed_energy() : Measure.h, Measure.C
• compute_elect_energy() : Measure.h, Measure.C
• compute_imprp_energy() : Measure.h, Measure.C
• compute_pbcminmax() : MeasurePBC.C, Measure.h
• compute_vdw_energy() : Measure.h, Measure.C
• contacts() : py_atomselection.C, py_atomsel.C
• contacts_doc : py_atomselection.C, py_atomsel.C
• convert_endpoints_to_matrix() : VrmlDisplayDevice.C
• coplanar() : MeasureSymmetry.C
• copyatomstoconstbuf() : CUDAVolCPotential.cu
• create() : py_atomselection.C
• create_Bspline_basis() : utilities.h
• create_doc : py_atomselection.C
• create_modified_CR_spline_basis() : utilities.h
• createtool_cb() : ToolFltkMenu.C
• cremer_pople_params() : DrawRingsUtils.C
• cremer_pople_ring_color() : DrawRingsUtils.h, DrawRingsUtils.C
• cross_prod() : utilities.h, utilities.C
• CROSS_SCALE_FACTOR : DrawMolItem2.C
• CTRHEIGHT : GraphicsFltkReps.h
• CTRWIDTH : GraphicsFltkReps.h
• ctype_digit : pcreinternal.h
• ctype_letter : pcreinternal.h
• ctype_meta : pcreinternal.h
• ctype_space : pcreinternal.h
• ctype_word : pcreinternal.h
• ctype_xdigit : pcreinternal.h
• ctypes_offset : pcreinternal.h
• cudabusbw() : CUDABench.cu
• cudabusbwthread() : CUDABench.cu
• cudaenergythread() : CUDAVolCPotential.cu
• cudamaddgflops() : CUDABench.cu
• cudamaddthread() : CUDABench.cu
• cuedensity_cb() : DisplayFltkMenu.C
• cueend_cb() : DisplayFltkMenu.C
• cuemode_cb() : DisplayFltkMenu.C
• CUERR : CUDAVolCPotential.cu, CUDABench.cu, CUDAAccel.C
• cuestart_cb() : DisplayFltkMenu.C
• culling_cb() : MainFltkMenu.C
• curframe_cb() : MainFltkMenu.C
• currentColor : R3dDisplayDevice.C
• cursorBG : OpenGLDisplayDevice.C
• cursorFG : OpenGLDisplayDevice.C
• customArgv : vmd.C
• cylinder_full() : OpenGLRenderer.C
• CYLINDER_LEADINGCAP : DispCmds.h
• CYLINDER_TRAILINGCAP : DispCmds.h

- d -

• DASH_LENGTH : WavefrontDisplayDevice.C, VrmlDisplayDevice.C, Vrml2DisplayDevice.C, TachyonDisplayDevice.C, RayShadeDisplayDevice.C, RadianceDisplayDevice.C, R3dDisplayDevice.C, POV3DisplayDevice.C, LibTachyonDisplayDevice.C, ArtDisplayDevice.C
• DASHEDLINE : DispCmds.h
• data : AtomSel.C
• databases_doc : py_molecule.C
• DCLIPPLANE : DispCmds.h
• DCOLORINDEX : DispCmds.h
• DCOMMENT : DispCmds.h
• DCONE : DispCmds.h
• DCYLINDER : DispCmds.h
• DDATABLOCK : DispCmds.h
• DEF_BOND_RES : AtomRep.C
• DEF_CART_RES : AtomRep.C
• DEF_LIC_RES : AtomRep.C
• def_light_color : Scene.C
• def_light_on : Scene.C
• def_light_pos : Scene.C
• DEF_LINE_RES : AtomRep.C
• DEF_POINT_SIZE : AtomRep.C
• DEF_SNAPSHOT_FILENAME : SnapshotDisplayDevice.C
• DEF_SPH_RES : AtomRep.C
• DEFAULT_ATOMCOLOR : AtomColor.h
• DEFAULT_ATOMREP : AtomRep.h
• DEFAULT_ATOMSEL : VMDApp.C, MoleculeList.C
• DEFAULT_RADIUS : VrmlDisplayDevice.C, Vrml2DisplayDevice.C, TachyonDisplayDevice.C, RenderManDisplayDevice.C, RayShadeDisplayDevice.C, RadianceDisplayDevice.C, R3dDisplayDevice.C, POV3DisplayDevice.C, LibTachyonDisplayDevice.C, LibGelatoDisplayDevice.C, GelatoDisplayDevice.C, ArtDisplayDevice.C
• defColorNames : Scene.C
• defOpaque : MaterialList.C
• defScales : Scene.C
• defTransp : MaterialList.C
• DEGTORAD : utilities.h
• del_callback() : PythonTextInterp.C
• deletetool_cb() : ToolFltkMenu.C
• delframe() : py_molecule.C
• delframe_doc : py_molecule.C
• delmacro() : py_atomselection.C, py_atomsel.C
• delmacro_doc : py_atomselection.C
• delrep() : py_molrep.C
• depthcue_cb() : MainFltkMenu.C
• detach() : py_imd.C
• dict2geom() : py_label.C
• dihedral() : utilities.h, utilities.C
• DIHEGEOMCOL : GeometryList.C
• DISP_LIGHTS : Scene.h
• DISPLAY_CAVE : vmd.C
• DISPLAY_CAVEFORMS : vmd.C
• DISPLAY_FREEVR : vmd.C
• DISPLAY_FREEVRFORMS : vmd.C
• DISPLAY_TEXT : vmd.C
• DISPLAY_USES_CAVE : vmd.C
• DISPLAY_USES_FREEVR : vmd.C
• DISPLAY_USES_GUI : vmd.C
• DISPLAY_USES_WINDOW : vmd.C
• DISPLAY_WIN : vmd.C
• DISPLAY_WINOGL : vmd.C
• displayDist : vmd.C
• displayHeight : vmd.C
• displayLoc : vmd.C
• DisplayMethods : py_display.C
• displaySize : vmd.C
• displayTypeNames : vmd.C
• DisplayTypes : vmd.C
• distance() : utilities.h, utilities.C
• distance2() : utilities.h
• DIV : y.tab.h, AtomParser.C
• DLASTCOMMAND : DispCmds.h
• DLINE : DispCmds.h
• DLINEARRAY : DispCmds.h
• DLINESTYLE : DispCmds.h
• DLINEWIDTH : DispCmds.h
• DLITPOINTARRAY : DispCmds.h
• DMABUFPADSIZE : CUDAVolCPotential.cu
• DMATERIALOFF : DispCmds.h
• DMATERIALON : DispCmds.h
• dnorm() : DrawMolecule.C
• dot_prod() : utilities.h
• dotp() : DrawRingsUtils.C
• DPICKPOINT : DispCmds.h
• DPICKPOINT_I : DispCmds.h
• DPICKPOINT_IARRAY : DispCmds.h
• DPOINT : DispCmds.h
• DPOINTARRAY : DispCmds.h
• DPOLYLINEARRAY : DispCmds.h
• DPRINTF : pcre.c
• DQ_STRING : AtomParser.h
• DRAW_FORCE_SCALE : DrawForce.C
• draw_letter_D() : VMDTitle.C
• draw_letter_M() : VMDTitle.C
• draw_letter_V() : VMDTitle.C
• draw_outsides() : VMDTitle.C
• draw_stroke() : VMDTitle.C
• DSPHERE : DispCmds.h
• DSPHERE_I : DispCmds.h
• DSPHEREARRAY : DispCmds.h
• DSPHERERES : DispCmds.h
• DSPHERETYPE : DispCmds.h
• DSQUARE : DispCmds.h
• dstream_add() : Benchmark.C
• dstream_copy() : Benchmark.C
• dstream_init() : Benchmark.C
• dstream_scale() : Benchmark.C
• dstream_triad() : Benchmark.C
• DTEXT : DispCmds.h
• DTEXTOFFSET : DispCmds.h
• DTEXTSIZE : DispCmds.h
• DTOEYE : DisplayDevice.C
• DTOPOINT : DisplayDevice.C
• DTRIANGLE : DispCmds.h
• DTRIMESH : DispCmds.h
• DTRISTRIP : DispCmds.h
• dupframe() : py_molecule.C
• dupframe_doc : py_molecule.C
• DVOLSLICE : DispCmds.h
• DVOLTEXOFF : DispCmds.h
• DVOLTEXON : DispCmds.h
• DVOLUMETEXTURE : DispCmds.h
• DWIREMESH : DispCmds.h

- e -

• ECHO : AtomLexer.C
• eighthtone : OpenGLStipples.h
• EMPTY_QUEUE : DrawMolItem2.C
• ends() : Inform.h, Inform.C
• energythread() : VolCPotential.C
• EOB_ACT_CONTINUE_SCAN : AtomLexer.C
• EOB_ACT_END_OF_FILE : AtomLexer.C
• EOB_ACT_LAST_MATCH : AtomLexer.C
• eofexit : vmd.C
• EQ : y.tab.h, AtomParser.C
• ERR1 : pcreinternal.h
• ERR10 : pcreinternal.h
• ERR11 : pcreinternal.h
• ERR12 : pcreinternal.h
• ERR13 : pcreinternal.h
• ERR14 : pcreinternal.h
• ERR15 : pcreinternal.h
• ERR16 : pcreinternal.h
• ERR17 : pcreinternal.h
• ERR18 : pcreinternal.h
• ERR19 : pcreinternal.h
• ERR2 : pcreinternal.h
• ERR20 : pcreinternal.h
• ERR21 : pcreinternal.h
• ERR22 : pcreinternal.h
• ERR23 : pcreinternal.h
• ERR24 : pcreinternal.h
• ERR25 : pcreinternal.h
• ERR26 : pcreinternal.h
• ERR27 : pcreinternal.h
• ERR28 : pcreinternal.h
• ERR3 : pcreinternal.h
• ERR4 : pcreinternal.h
• ERR5 : pcreinternal.h
• ERR6 : pcreinternal.h
• ERR7 : pcreinternal.h
• ERR8 : pcreinternal.h
• ERR9 : pcreinternal.h
• ERROR : y.tab.h, AtomParser.C
• ESC_A : pcreinternal.h
• ESC_b : pcreinternal.h
• ESC_B : pcreinternal.h
• ESC_D : pcreinternal.h
• ESC_d : pcreinternal.h
• ESC_REF : pcreinternal.h
• ESC_S : pcreinternal.h
• ESC_s : pcreinternal.h
• ESC_W : pcreinternal.h
• ESC_w : pcreinternal.h
• ESC_z : pcreinternal.h
• ESC_Z : pcreinternal.h
• escape_fltk_menustring() : VMDFltkMenu.h, VMDFltkMenu.C
• escapes : pcre.c
• EXP : y.tab.h, AtomParser.C
• EXT_MENU_NAME : MainFltkMenu.C
• EXTRACLRS : Scene.h
• EXTRACT_MAX : pcreinternal.h
• EXWITHIN : y.tab.h, AtomParser.C
• eyesep_cb() : DisplayFltkMenu.C

- f -

• FALSE : utilities.h, pcreinternal.h
• farclip_cb() : DisplayFltkMenu.C
• FASTONESIDEDSPHERES : vmdsphere.frag
• fcc_offset : pcreinternal.h
• file_menu_behavior : MainFltkMenu.C
• filenames_doc : py_molecule.C
• FILERENDERER_NOCLIP : FileRenderer.h
• FILERENDERER_NOCUEING : FileRenderer.h
• FILERENDERER_NOGEOM : FileRenderer.h
• FILERENDERER_NOMISCFEATURE : FileRenderer.h
• FILERENDERER_NOTEXT : FileRenderer.h
• FILERENDERER_NOTEXTURE : FileRenderer.h
• FILERENDERER_NOWARNINGS : FileRenderer.h
• filetypes_doc : py_molecule.C
• fill_fltk_molchooser() : VMDFltkMenu.h, VMDFltkMenu.C
• fill_header() : imd.C
• find_atom_from_name() : cmd_label.C
• find_ellipse_coords() : VMDTitle.C
• find_firstchar() : pcre.c
• find_fixedlength() : pcre.c
• find_menu_from_string() : GraphicsFltkMenu.C
• find_minmax() : SpatialSearch.h, SpatialSearch.C
• find_minmax_all() : SpatialSearch.h, SpatialSearch.C
• find_minmax_selected() : SpatialSearch.h, SpatialSearch.C
• find_molecule() : TclCommands.C
• find_name_string_from_menuname() : GraphicsFltkMenu.C
• find_within() : SpatialSearch.h, SpatialSearch.C
• find_within_routine() : SpatialSearch.C
• finifunc : PluginMgr.C
• first_significant_code() : pcre.c
• fit_doc : py_atomsel.C
• fix() : py_trans.C
• fix_pbc_n_sqr() : Measure.C
• FLEX_SCANNER : AtomLexer.C
• FLOAT : y.tab.h, AtomParser.C
• FLOPSPERATOMEVAL : VolCPotential.C, CUDAVolCPotential.cu
• FLOPSPERLOOP : CUDABench.cu
• fltk_rint() : GeometryFltkMenu.C
• FMADD16 : CUDABench.cu
• focal_cb() : DisplayFltkMenu.C
• force_cb() : ToolFltkMenu.C
• FORCE_SCALE : PickModeForce.C
• forceconstant_cb() : ToolFltkMenu.C
• forcescale_cb() : ToolFltkMenu.C
• forward() : py_animate.C
• forward_cb() : MainFltkMenu.C
• forward_doc : py_animate.C
• fps_cb() : MainFltkMenu.C
• fragment_data : AtomSel.C
• frame_delete_selector() : frame_selector.h, frame_selector.C
• frame_doc : py_atomsel.C
• frame_selector() : frame_selector.h, frame_selector.C
• free_to_CAVE_memory() : CaveRoutines.h, CaveRoutines.C
• free_to_FreeVR_memory() : FreeVRRoutines.h, FreeVRRoutines.C
• freevr_gl_init_fn() : FreeVRRoutines.h, FreeVRRoutines.C
• freevr_renderer() : FreeVRRoutines.h, FreeVRRoutines.C
• freevrdisplay : FreeVRRoutines.C
• freevrscene : FreeVRRoutines.C
• freevrStereoNameStr : FreeVRDisplayDevice.C
• FREEVRUSERWLOCK : FreeVRScene.C
• fstream_add() : Benchmark.C
• fstream_copy() : Benchmark.C
• fstream_init() : Benchmark.C
• fstream_scale() : Benchmark.C
• fstream_triad() : Benchmark.C
• FTP_FAILURE : Win32ftp.h
• FTP_SUCCESS : Win32ftp.h
• fullcirclearc() : GelatoDisplayDevice.C
• FUNC : y.tab.h, AtomParser.C

- g -

• GE : y.tab.h, AtomParser.C
• generic_atom_boolean : AtomSel.C
• generic_atom_data : AtomSel.C
• generic_get_names() : P_UIVR.C
• generic_molinfo_data : TclMolInfo.C
• generic_molinfo_pbc : TclMolInfo.C
• generic_molinfo_pbc_set : TclMolInfo.C
• generic_molinfo_set_data : TclMolInfo.C
• generic_molinfo_simulation : TclMolInfo.C
• generic_molinfo_simulation_set : TclMolInfo.C
• generic_set_atom_data : AtomSel.C
• generic_set_sstruct_boolean : AtomSel.C
• generic_sstruct_boolean : AtomSel.C
• geom2dict() : py_label.C
• GeomListPtr : GeometryList.h
• get() : py_display.C, py_atomselection.C
• get_accessions() : py_molecule.C
• get_autoupdate() : py_molrep.C
• get_center() : py_trans.C
• get_color() : py_molrep.C
• get_colormap() : py_color.C
• get_colormap_doc : py_color.C
• get_colors() : py_color.C
• get_colors_doc : py_color.C
• get_colorupdate() : py_molrep.C
• get_databases() : py_molecule.C
• get_doc : py_atomselection.C, py_atomsel.C
• get_filenames() : py_molecule.C
• get_filetypes() : py_molecule.C
• get_frame() : py_molecule.C
• get_frame_doc : py_molecule.C
• get_kwlist : py_display.C
• get_location() : py_axes.C
• get_material() : py_molrep.C
• get_molecule() : py_atomsel.C
• get_nearby_atom() : SpringTool.C
• get_periodic() : py_molecule.C
• get_periodic_doc : py_molecule.C
• get_physical_time() : py_molecule.C
• get_pte_idx() : PeriodicTable.C
• get_pte_idx_from_string() : PeriodicTable.h, PeriodicTable.C
• get_pte_label() : PeriodicTable.h, PeriodicTable.C
• get_pte_mass() : PeriodicTable.h, PeriodicTable.C
• get_pte_vdw_radius() : PeriodicTable.h, PeriodicTable.C
• get_remarks() : py_molecule.C
• get_repname() : py_molrep.C
• get_rotation() : py_trans.C
• get_scale() : py_trans.C
• get_scaleminmax() : py_molrep.C
• get_selection() : py_molrep.C
• get_smoothing() : py_molrep.C
• get_style() : py_molrep.C
• get_tachyon_run_string() : TachyonDisplayDevice.C
• get_top() : py_molecule.C
• get_top_doc : py_molecule.C
• get_trans() : py_trans.C
• get_transform_to_orthonormal_cell() : MeasurePBC.C, Measure.h
• get_visible() : py_molrep.C, py_molecule.C
• get_visible_doc : py_molecule.C
• get_vmdapp() : py_commands.h, py_commands.C
• getbonds() : py_atomselection.C, py_atomsel.C
• getbonds_doc : py_atomselection.C
• getframe() : py_atomsel.C
• getmolid() : py_atomsel.C
• getvalues() : py_label.C
• GL_GLEXT_PROTOTYPES : OpenGLRenderer.h, OpenGLExtensions.h
• GLAPI : OpenGLExtensions.h
• GLATTACHOBJECTARB : OpenGLExtensions.h
• GLCACHE_FAIL : OpenGLCache.h
• glCacheNameStr : Win32OpenGLDisplayDevice.C, OpenGLDisplayDevice.C, FltkOpenGLDisplayDevice.C
• GLCOMPILESHADERARB : OpenGLExtensions.h
• GLCREATEPROGRAMOBJECTARB : OpenGLExtensions.h
• GLCREATESHADEROBJECTARB : OpenGLExtensions.h
• GLDELETEOBJECTARB : OpenGLExtensions.h
• GLDETACHOBJECTARB : OpenGLExtensions.h
• GLGETINFOLOGARB : OpenGLExtensions.h
• GLGETOBJECTPARAMETERIVARB : OpenGLExtensions.h
• GLGETUNIFORMLOCATIONARB : OpenGLExtensions.h
• GLGLOBALALPHAFACTORFSUN : OpenGLExtensions.h
• GLLINKPROGRAMARB : OpenGLExtensions.h
• GLLOCKARRAYSEXT : OpenGLExtensions.h
• GLMULTIDRAWELEMENTSEXT : OpenGLExtensions.h
• GLOOPS : CUDABench.cu
• GLPOINTPARAMETERFARB : OpenGLExtensions.h
• GLPOINTPARAMETERFVARB : OpenGLExtensions.h
• glPopMatrix() : OpenGLRenderer.C
• glRenderNameStr : Win32OpenGLDisplayDevice.C, OpenGLDisplayDevice.C, FltkOpenGLDisplayDevice.C
• GLSHADERSOURCEARB : OpenGLExtensions.h
• glStereoNameStr : Win32OpenGLDisplayDevice.C, SDLOpenGLDisplayDevice.C, OpenGLDisplayDevice.C, FltkOpenGLDisplayDevice.C
• GLTEXIMAGE3D : OpenGLExtensions.h
• GLUNIFORM1FVARB : OpenGLExtensions.h
• GLUNIFORM1IARB : OpenGLExtensions.h
• GLUNIFORM2FVARB : OpenGLExtensions.h
• GLUNIFORM3FVARB : OpenGLExtensions.h
• GLUNIFORM4FVARB : OpenGLExtensions.h
• GLUNLOCKARRAYSEXT : OpenGLExtensions.h
• GLUSEPROGRAMOBJECTARB : OpenGLExtensions.h
• GLX_GLXEXT_PROTOTYPES : OpenGLExtensions.h
• goto_doc : py_animate.C
• GPU_X_ALIGNMASK : CUDAVolCPotential.cu
• GPU_Y_ALIGNMASK : CUDAVolCPotential.cu
• grab_CAVE_memory() : CaveRoutines.h, CaveRoutines.C
• grab_FreeVR_memory() : FreeVRRoutines.h, FreeVRRoutines.C
• graphics_color() : py_graphics.C
• graphics_cone() : py_graphics.C
• graphics_cylinder() : py_graphics.C
• graphics_delete() : py_graphics.C
• graphics_info() : py_graphics.C
• graphics_line() : py_graphics.C
• graphics_listall() : py_graphics.C
• graphics_material() : py_graphics.C
• graphics_materials() : py_graphics.C
• graphics_menuitems : MainFltkMenu.C
• graphics_point() : py_graphics.C
• graphics_replace() : py_graphics.C
• graphics_sphere() : py_graphics.C
• graphics_tcl() : TclGraphics.C, TclCommands.h
• graphics_text() : py_graphics.C
• graphics_triangle() : py_graphics.C
• graphics_trinorm() : py_graphics.C
• GraphicsMethods : py_graphics.C
• GRIDSEARCH_DOUBLE_COUNT : MeasureSymmetry.C
• GRIDSIZEX : CUDABench.cu
• GROWN_DISPLAYLIST_SIZE : VMDDisplayList.C
• GT : y.tab.h, AtomParser.C

- h -

• h2float() : Hershey.C
• halftone : OpenGLStipples.h
• handle_vrpn_button() : P_VRPNButtons.C
• handle_vrpn_tracker() : P_VRPNTracker.C
• hash() : hash.c
• hash_delete() : hash.h, hash.c
• hash_destroy() : hash.h, hash.c
• HASH_FAIL : inthash.h, hash.h
• hash_init() : hash.h, hash.c
• hash_insert() : hash.h, hash.c
• HASH_LIMIT : inthash.c, hash.c
• hash_lookup() : hash.h, hash.c
• hash_node_t : hash.c
• hash_stats() : hash.h, hash.c
• hash_t : hash.h
• HEADERSIZE : imd.C
• help_cb() : MainFltkMenu.C
• hersheyDrawInitLetter() : Hershey.h, Hershey.C
• hersheyDrawLetter() : Hershey.h, Hershey.C
• hersheyDrawNextLine() : Hershey.h, Hershey.C
• hersheyFontData : Hershey.h, Hershey.C
• hill_reilly_ring_color() : DrawRingsUtils.h, DrawRingsUtils.C
• HSItoRGB() : VolumeTexture.C

- i -

• imd_disconnect() : imd.h, imd.C
• IMD_DISCONNECT : imd.h
• IMD_ENERGIES : imd.h
• IMD_FCOORDS : imd.h
• imd_go() : imd.C
• IMD_GO : imd.h
• imd_handshake() : imd.h, imd.C
• IMD_HANDSHAKE : imd.h
• imd_htonl() : imd.C
• IMD_IOERROR : imd.h
• imd_kill() : imd.h, imd.C
• IMD_KILL : imd.h
• IMD_MDCOMM : imd.h
• imd_ntohl() : imd.C
• imd_pause() : imd.h, imd.C
• IMD_PAUSE : imd.h
• imd_readn() : VMDCollab.C, imd.C
• imd_recv_energies() : imd.h, imd.C
• imd_recv_fcoords() : imd.h, imd.C
• imd_recv_handshake() : imd.h, imd.C
• imd_recv_header() : imd.h, imd.C
• imd_recv_header_nolengthswap() : imd.C
• imd_recv_mdcomm() : imd.h, imd.C
• imd_send_energies() : imd.h, imd.C
• imd_send_fcoords() : imd.h, imd.C
• imd_send_mdcomm() : imd.h, imd.C
• imd_trate() : imd.h, imd.C
• IMD_TRATE : imd.h
• imd_writen() : VMDCollab.C, imd.C
• imdconnect() : py_imd.C
• IMDType : imd.h
• IMDType_t : imd.h
• IMDVERSION : imd.C
• init_browserpopup_menuitems : MainFltkMenu.C
• init_display_menuitems : MainFltkMenu.C
• init_file_menuitems : MainFltkMenu.C
• init_help_menuitems : MainFltkMenu.C
• init_molecule_menuitems : MainFltkMenu.C
• init_mouse_menuitems : MainFltkMenu.C
• initanimate() : py_commands.h, py_animate.C
• initatomsel() : py_commands.h, py_atomsel.C
• initatomselection() : py_commands.h, py_atomselection.C
• initaxes() : py_commands.h, py_axes.C
• initcolor() : py_commands.h, py_color.C
• initdisplay() : py_display.C, py_commands.h
• initFilenames : vmd.C
• initFiletypes : vmd.C
• initfunc : PluginMgr.C
• initgraphics() : py_graphics.C, py_commands.h
• INITIAL : AtomLexer.C
• initimd() : py_imd.C, py_commands.h
• initlabel() : py_label.C, py_commands.h
• initmaterial() : py_material.C, py_commands.h
• initmolecule() : py_molecule.C, py_commands.h
• initmolrep() : py_molrep.C, py_commands.h
• initmouse() : py_mouse.C, py_commands.h
• initrender() : py_render.C, py_commands.h
• inittrans() : py_trans.C, py_commands.h
• initvmd() : py_vmd.C
• initvmdcallbacks() : PythonTextInterp.C
• initvmdmenu() : py_menu.C, py_commands.h
• initvmdnumpy() : py_numeric.C, py_commands.h
• int : AtomSel.C
• INT : y.tab.h, AtomParser.C
• int32 : VMDCollab.C, imd.h
• intersectlines2D() : GelatoDisplayDevice.C
• inthash() : inthash.c
• inthash_delete() : inthash.h, inthash.c
• inthash_destroy() : inthash.h, inthash.c
• inthash_init() : inthash.h, inthash.c
• inthash_insert() : inthash.h, inthash.c
• inthash_lookup() : inthash.h, inthash.c
• inthash_node_t : inthash.c
• inthash_stats() : inthash.h, inthash.c
• inthash_t : inthash.h
• intstack_compact() : intstack.h, intstack.c
• intstack_create() : intstack.h, intstack.c
• intstack_destroy() : intstack.h, intstack.c
• intstack_empty() : intstack.h, intstack.c
• intstack_pop() : intstack.h, intstack.c
• intstack_popall() : intstack.h, intstack.c
• intstack_push() : intstack.h, intstack.c
• IntStackHandle : intstack.h
• inverse() : py_atomsel.C
• is_active() : py_animate.C
• is_active_doc : py_animate.C
• is_anchored() : pcre.c
• is_counted_repeat() : pcre.c
• is_fixed() : py_trans.C
• IS_HYDROGEN : BaseMolecule.h
• is_shown() : py_trans.C
• is_startline() : pcre.c
• ISOCONTOUR_INTERNAL : Isocontour.C
• ISOSURFACE_INTERNAL : Isosurface.C
• iter_dealloc() : py_atomsel.C
• iter_len() : py_atomsel.C
• iter_methods : py_atomsel.C
• iter_next() : py_atomsel.C
• itertype : py_atomsel.C

- j -

• jacobi() : Measure.C
• just_print_help : vmd.C

- k -

• keep() : py_imd.C
• KEY : y.tab.h, AtomParser.C
• kill() : py_imd.C
• kwlist : py_display.C

- l -

• label_add() : py_label.C
• label_delete() : py_label.C
• label_getvalues() : py_label.C
• label_hide() : py_label.C
• label_show() : py_label.C
• label_textsize() : py_label.C
• LabelMethods : py_label.C
• lcc_offset : pcreinternal.h
• LE : y.tab.h, AtomParser.C
• least_squares() : DrawMolItem.C
• letter_M_width() : VMDTitle.C
• letter_V_width() : VMDTitle.C
• light_cb() : MainFltkMenu.C
• listall() : py_render.C, py_material.C, py_label.C
• loadAsMolecules : vmd.C
• loadnew_cb() : MainFltkMenu.C
• loadstate_cb() : MainFltkMenu.C
• location() : py_menu.C
• loop() : py_animate.C
• loop_doc : py_animate.C
• LT : y.tab.h, AtomParser.C

- m -

• macosxvmdstart() : macosxvmdstart.h
• macro() : py_atomselection.C, py_atomsel.C
• macro_doc : py_atomselection.C
• madd_kernel() : CUDABench.cu
• MADDCOUNT : CUDABench.cu
• MAGIC_NUMBER : pcreinternal.h
• main() : vmdsphere.vert, vmdsphere.frag, vmd.vert, vmd.frag, vmdmain.C
• MAINFLTKMENUHEIGHT : MainFltkMenu.C
• make_neighborlist() : SpatialSearch.h, SpatialSearch.C
• make_neighborlist_sym() : SpatialSearch.C
• make_spline_interpolation() : utilities.h
• make_spline_Q_matrix() : utilities.h
• make_spline_Q_matrix_noncontig() : utilities.h
• make_tcl_atomsel() : TclCommands.C
• malloc_from_CAVE_memory() : CaveRoutines.h, CaveRoutines.C
• malloc_from_FreeVR_memory() : FreeVRRoutines.h, FreeVRRoutines.C
• MAPCLRS : Scene.h
• MAPCOLOR : Scene.h
• mat : VMDQuat.C
• MAT_AMBIENT : MaterialList.h
• MAT_DIFFUSE : MaterialList.h
• MAT_OPACITY : MaterialList.h
• MAT_SHININESS : MaterialList.h
• MAT_SPECULAR : MaterialList.h
• match() : pcre.c
• MATCH : y.tab.h, AtomParser.C
• match_data : pcreinternal.h
• match_ref() : pcre.c
• matdelete() : py_material.C
• MaterialProperty : MaterialList.h
• MatrixFitRMS() : fitrms.h, fitrms.c
• MATSWAP : Matrix4.C
• MAX : VolMapCreate.C, VolMap.C
• MAX_ATOMCOLOR_CMD : AtomColor.h
• MAX_ATOMREP_CMD : AtomRep.h
• MAX_ATOMREP_DATA : AtomRep.h
• MAX_BUTTONS : P_Buttons.h
• MAX_ENERGY : VolMapCreate.C
• MAX_MSG_SIZE : Inform.h
• MAX_PORT : MSMSInterface.C
• MAX_SPHERE_RES : OpenGLRenderer.C
• MAXATOMBONDS : Atom.h
• MAXATOMS : CUDAVolCPotential.cu
• MAXBONDERRORS : BaseMolecule.C
• MAXCOLORS : Scene.h
• MAXGRIDDIM : SpatialSearch.C
• MAXORDERCN : MeasureSymmetry.C
• MEASURE_ANGLE : Measure.h
• measure_avpos() : Measure.h, Measure.C
• MEASURE_BOND : Measure.h
• measure_center() : Measure.h, Measure.C
• MEASURE_DIHED : Measure.h
• measure_dipole() : Measure.h, Measure.C
• MEASURE_ELECT : Measure.h
• measure_energy() : Measure.h, Measure.C
• MEASURE_ERR_BADATOMID : Measure.h
• MEASURE_ERR_BADCUTOFF : Measure.h
• MEASURE_ERR_BADFRAMERANGE : Measure.h
• MEASURE_ERR_BADORDERINDEX : Measure.h
• MEASURE_ERR_BADWEIGHTNUM : Measure.h
• MEASURE_ERR_BADWEIGHTPARM : Measure.h
• MEASURE_ERR_BADWEIGHTSUM : Measure.h
• MEASURE_ERR_GENERAL : Measure.h
• MEASURE_ERR_MISMATCHEDCNT : Measure.h
• MEASURE_ERR_MISMATCHEDMOLS : Measure.h
• MEASURE_ERR_NOATOMS : Measure.h
• MEASURE_ERR_NOCOM : Measure.h
• MEASURE_ERR_NOFRAMEPOS : Measure.h
• MEASURE_ERR_NOFRAMES : Measure.h
• MEASURE_ERR_NOMINMAXCOORDS : Measure.h
• MEASURE_ERR_NOMOLECULE : Measure.h
• MEASURE_ERR_NONNUMBERPARM : Measure.h
• MEASURE_ERR_NONZEROJACOBI : Measure.h
• MEASURE_ERR_NORADII : Measure.h
• MEASURE_ERR_NORGYR : Measure.h
• MEASURE_ERR_NOSEL : Measure.h
• MEASURE_ERR_NOTSUP : Measure.h
• MEASURE_ERR_NOWEIGHT : Measure.h
• MEASURE_ERR_REPEATEDATOM : Measure.h
• MEASURE_ERR_RGYRMISMATCH : Measure.h
• MEASURE_ERR_ZEROGRIDSIZE : Measure.h
• measure_error() : Measure.h, Measure.C
• measure_error_messages : Measure.C
• measure_fit() : Measure.h, Measure.C
• measure_geom() : Measure.h, Measure.C
• measure_gofr() : Measure.h, Measure.C
• measure_gofr_orth() : Measure.C
• MEASURE_IMPRP : Measure.h
• measure_inertia() : Measure.h, Measure.C
• measure_minmax() : Measure.h, Measure.C
• measure_move() : Measure.h, Measure.C
• MEASURE_NOERR : Measure.h
• measure_pbc2onc() : MeasurePBC.C, Measure.h
• measure_pbc_neighbors() : MeasurePBC.C, Measure.h
• measure_pointset_overlap() : MeasureSymmetry.h, MeasureSymmetry.C
• measure_rgyr() : Measure.h, Measure.C
• measure_rmsd() : Measure.h, Measure.C
• measure_rmsf() : Measure.h, Measure.C
• measure_sasa() : Measure.h, Measure.C
• measure_sumweights() : Measure.h, Measure.C
• measure_surface() : MeasureSurface.C, Measure.h
• measure_surface_int() : MeasureSurface.C
• measure_trans_overlap() : MeasureSymmetry.h, MeasureSymmetry.C
• MEASURE_VDW : Measure.h
• MENU_ALWAYS_ON : MainFltkMenu.h
• menu_cb() : MainFltkMenu.C
• MENU_NEED_SEL : MainFltkMenu.h
• MENU_NEED_UNIQUE_SEL : MainFltkMenu.h
• MenuBehavior : MainFltkMenu.h
• methods : py_render.C, py_mouse.C, py_molrep.C, py_menu.C, py_material.C, py_imd.C, py_axes.C, py_animate.C
• Methods : py_numeric.C
• MGMAXDATASIZE : MoleculeGraphics.h
• midpoint() : utilities.h
• MIN : VolMapCreate.C, VolMap.C
• min_dist_with_pbc() : Measure.C
• MIN_PORT : MSMSInterface.C
• MIN_SPHERE_RES : OpenGLRenderer.C
• minmax() : py_atomselection.C, py_atomsel.C
• minmax_doc : py_atomselection.C, py_atomsel.C
• MLCAT_CHAINS : MoleculeList.h
• MLCAT_CONFORMATIONS : MoleculeList.h
• MLCAT_ELEMENTS : MoleculeList.h
• MLCAT_MOLECULES : MoleculeList.h
• MLCAT_NAMES : MoleculeList.h
• MLCAT_RESNAMES : MoleculeList.h
• MLCAT_RESTYPES : MoleculeList.h
• MLCAT_SEGNAMES : MoleculeList.h
• MLCAT_SPECIAL : MoleculeList.h
• MLCAT_SSTRUCT : MoleculeList.h
• MLCAT_SURFACES : MoleculeList.h
• MLCAT_TYPES : MoleculeList.h
• MLIST_USE_HASH : MoleculeList.h
• MOD : y.tab.h, AtomParser.C
• modrep() : py_molrep.C
• module_doc : py_atomsel.C
• mol_active_cb() : MainFltkMenu.C
• mol_add_volumetric() : py_molecule.C
• mol_cancel() : py_molecule.C
• mol_cancel_cb() : MainFltkMenu.C
• mol_cancel_doc : py_molecule.C
• mol_delete() : py_molecule.C
• mol_delete_cb() : MainFltkMenu.C
• mol_delete_doc : py_molecule.C
• mol_delete_ts_cb() : MainFltkMenu.C
• mol_displayed_cb() : MainFltkMenu.C
• mol_exists() : py_molecule.C
• mol_exists_doc : py_molecule.C
• mol_fixed_cb() : MainFltkMenu.C
• mol_from_id() : py_graphics.C
• mol_listall() : py_molecule.C
• mol_listall_doc : py_molecule.C
• mol_load() : py_molecule.C
• mol_load_doc : py_molecule.C
• mol_name() : py_molecule.C
• mol_name_doc : py_molecule.C
• mol_new() : py_molecule.C
• mol_new_doc : py_molecule.C
• mol_num() : py_molecule.C
• mol_num_doc : py_molecule.C
• mol_numatoms() : py_molecule.C
• mol_numatoms_doc : py_molecule.C
• mol_read() : py_molecule.C
• mol_read_doc : py_molecule.C
• mol_rename() : py_molecule.C
• mol_rename_cb() : MainFltkMenu.C
• mol_rename_doc : py_molecule.C
• mol_ssrecalc() : py_molecule.C
• mol_ssrecalc_doc : py_molecule.C
• mol_top_cb() : MainFltkMenu.C
• mol_write() : py_molecule.C
• mol_write_doc : py_molecule.C
• molchooser_cb() : SaveTrajectoryFltkMenu.C
• molecule_menu_behavior : MainFltkMenu.C
• molecule_tcl() : TclMolInfo.C, TclCommands.h
• moleculerep_cb() : ToolFltkMenu.C
• molid_doc : py_atomsel.C
• molinfo_get() : TclMolInfo.C
• molinfo_set() : TclMolInfo.C
• MolMethods : py_molecule.C
• molrep_num() : py_molrep.C
• mouse_cb() : MainFltkMenu.C
• mouse_usage() : cmd_mouse.C
• mousemode() : py_mouse.C
• move_doc : py_atomsel.C
• move_light_cb() : MainFltkMenu.C
• moveby_doc : py_atomsel.C
• msg_timer_create() : utilities.h, utilities.C
• msg_timer_destroy() : utilities.h, utilities.C
• msg_timer_timeout() : utilities.h, utilities.C
• msgErr : Inform.C, Inform.h
• msgInfo : Inform.C, Inform.h
• msgWarn : Inform.C, Inform.h
• msmain() : MeasureSurface.C
• MULT : y.tab.h, AtomParser.C
• MUST_HAVE : TclGraphics.C
• myAsyncProc() : vmd.C
• myCreateWindow() : Win32OpenGLDisplayDevice.C
• myfit2() : Measure.C
• myfit3() : Measure.C
• MYSGN : DrawMolItemVolume.C

- n -

• NameListCharPtr : NameList.h
• NameListFloatPtr : NameList.h
• NameListIntPtr : NameList.h
• NameListStringPtr : NameList.h
• NAN : VolumetricData.C
• NE : y.tab.h, AtomParser.C
• nearclip_cb() : DisplayFltkMenu.C
• need_args() : P_SensorConfig.C
• NEQ : y.tab.h, AtomParser.C
• next() : py_animate.C
• next_cb() : MainFltkMenu.C
• next_doc : py_animate.C
• nextpower2() : VolumeTexture.C
• NGE : y.tab.h, AtomParser.C
• NGT : y.tab.h, AtomParser.C
• ninesixteentone : OpenGLStipples.h
• NLE : y.tab.h, AtomParser.C
• NLISTSIZE : NameList.h
• NLT : y.tab.h, AtomParser.C
• NNE : y.tab.h, AtomParser.C
• nonassoc : y.tab.h, AtomParser.C
• norm() : utilities.h, utilities.C
• normal_atom_coord() : Measure.h, Measure.C
• normalize3d() : fitrms.c
• NOSKIP_IDENTICAL : MeasureSymmetry.h
• NOT : y.tab.h, AtomParser.C
• NPTS : Measure.C
• nr_pte_entries : PeriodicTable.C
• NULL : utilities.h
• nullregion() : Win32Joystick.C
• num : AtomSel.C
• NUM_DISPLAY_TYPES : vmd.C
• num_get_keys : py_display.C
• num_keys : py_display.C
• NUM_MLCAT : MoleculeList.h
• num_scalemethods : Scene.C
• NUM_TITLE_TYPES : vmd.C
• numframes() : py_molecule.C
• numframes_doc : py_molecule.C

- o -

• obj_getdoublearray() : TclVec.C
• obj_measure() : TclMeasure.C, TclCommands.h
• obj_transabout() : TclVec.C
• obj_transmult() : TclVec.C
• obj_transvec() : TclVec.C
• obj_transvecinv() : TclVec.C
• obj_vecadd() : TclVec.C
• obj_veclength() : TclVec.C
• obj_vecmean() : TclVec.C
• obj_vecscale() : TclVec.C
• obj_vecstddev() : TclVec.C
• obj_vecsub() : TclVec.C
• obj_vecsum() : TclVec.C
• obj_vectrans() : TclVec.C
• obj_volmap() : TclVolMap.C, TclCommands.h
• OF : y.tab.h, AtomParser.C
• offset_cb() : ToolFltkMenu.C
• offsetof : pcreinternal.h
• offsetreset_cb() : GeometryFltkMenu.C
• oglcolor : vmdsphere.vert, vmdsphere.frag, vmd.vert, vmd.frag
• ogldispdev : Win32OpenGLDisplayDevice.C
• OGLERR : OpenGLRenderer.C
• oglnormal : vmd.vert, vmd.frag
• once() : py_animate.C
• once_doc : py_animate.C
• OP_ALT : pcreinternal.h
• OP_ANY : pcreinternal.h
• OP_ASSERT : pcreinternal.h
• OP_ASSERT_NOT : pcreinternal.h
• OP_ASSERTBACK : pcreinternal.h
• OP_ASSERTBACK_NOT : pcreinternal.h
• OP_BRA : pcreinternal.h
• OP_BRAMINZERO : pcreinternal.h
• OP_BRAZERO : pcreinternal.h
• OP_CHARS : pcreinternal.h
• OP_CIRC : pcreinternal.h
• OP_CLASS : pcreinternal.h
• OP_COND : pcreinternal.h
• OP_CREF : pcreinternal.h
• OP_CRMINPLUS : pcreinternal.h
• OP_CRMINQUERY : pcreinternal.h
• OP_CRMINRANGE : pcreinternal.h
• OP_CRMINSTAR : pcreinternal.h
• OP_CRPLUS : pcreinternal.h
• OP_CRQUERY : pcreinternal.h
• OP_CRRANGE : pcreinternal.h
• OP_CRSTAR : pcreinternal.h
• OP_DIGIT : pcreinternal.h
• OP_DOLL : pcreinternal.h
• OP_END : pcreinternal.h
• OP_EOD : pcreinternal.h
• OP_EODN : pcreinternal.h
• OP_EXACT : pcreinternal.h
• OP_KET : pcreinternal.h
• OP_KETRMAX : pcreinternal.h
• OP_KETRMIN : pcreinternal.h
• OP_MINPLUS : pcreinternal.h
• OP_MINQUERY : pcreinternal.h
• OP_MINSTAR : pcreinternal.h
• OP_MINUPTO : pcreinternal.h
• OP_NOT : pcreinternal.h
• OP_NOT_DIGIT : pcreinternal.h
• OP_NOT_WHITESPACE : pcreinternal.h
• OP_NOT_WORD_BOUNDARY : pcreinternal.h
• OP_NOT_WORDCHAR : pcreinternal.h
• OP_NOTEXACT : pcreinternal.h
• OP_NOTMINPLUS : pcreinternal.h
• OP_NOTMINQUERY : pcreinternal.h
• OP_NOTMINSTAR : pcreinternal.h
• OP_NOTMINUPTO : pcreinternal.h
• OP_NOTPLUS : pcreinternal.h
• OP_NOTQUERY : pcreinternal.h
• OP_NOTSTAR : pcreinternal.h
• OP_NOTUPTO : pcreinternal.h
• OP_ONCE : pcreinternal.h
• OP_OPT : pcreinternal.h
• OP_PLUS : pcreinternal.h
• OP_QUERY : pcreinternal.h
• OP_REF : pcreinternal.h
• OP_REVERSE : pcreinternal.h
• OP_SOD : pcreinternal.h
• OP_STAR : pcreinternal.h
• OP_TYPEEXACT : pcreinternal.h
• OP_TYPEMINPLUS : pcreinternal.h
• OP_TYPEMINQUERY : pcreinternal.h
• OP_TYPEMINSTAR : pcreinternal.h
• OP_TYPEMINUPTO : pcreinternal.h
• OP_TYPEPLUS : pcreinternal.h
• OP_TYPEQUERY : pcreinternal.h
• OP_TYPESTAR : pcreinternal.h
• OP_TYPEUPTO : pcreinternal.h
• OP_UPTO : pcreinternal.h
• OP_WHITESPACE : pcreinternal.h
• OP_WORD_BOUNDARY : pcreinternal.h
• OP_WORDCHAR : pcreinternal.h
• OPENGL_CACHE_MODES : OpenGLRenderer.h
• OPENGL_CACHE_OFF : OpenGLRenderer.h
• OPENGL_CACHE_ON : OpenGLRenderer.h
• OPENGL_RENDER_ACROBAT3D : OpenGLRenderer.h
• OPENGL_RENDER_GALPHA : OpenGLRenderer.h
• OPENGL_RENDER_GLSL : OpenGLRenderer.h
• OPENGL_RENDER_MODES : OpenGLRenderer.h
• OPENGL_RENDER_NORMAL : OpenGLRenderer.h
• OPENGL_STEREO_ABOVEBELOW : OpenGLRenderer.h
• OPENGL_STEREO_ANAGLYPH : OpenGLRenderer.h
• OPENGL_STEREO_CROSSED : OpenGLRenderer.h
• OPENGL_STEREO_CRYSTAL : OpenGLRenderer.h
• OPENGL_STEREO_CRYSTAL_REVERSE : OpenGLRenderer.h
• OPENGL_STEREO_DTISIDE : OpenGLRenderer.h
• OPENGL_STEREO_LEFT : OpenGLRenderer.h
• OPENGL_STEREO_MODES : OpenGLRenderer.h
• OPENGL_STEREO_OFF : OpenGLRenderer.h
• OPENGL_STEREO_RIGHT : OpenGLRenderer.h
• OPENGL_STEREO_SIDE : OpenGLRenderer.h
• OPENGL_STEREO_STENCIL : OpenGLRenderer.h
• OpenWin32Connection() : Win32OpenGLDisplayDevice.C
• operator *() : MeasureSurface.C
• operator+() : JString.C
• operator/() : MeasureSurface.C
• OR : y.tab.h, AtomParser.C
• ORDER : RadianceDisplayDevice.C, ArtDisplayDevice.C
• orthogonal() : MeasureSymmetry.C
• orthonormal_basis() : MeasurePBC.C

- p -

• PARSE_FOR_DEVICE : P_SensorConfig.C
• PARSE_FOR_NAMES : P_SensorConfig.C
• parse_frames() : DrawMolItem.C
• parse_timestep() : py_commands.h, py_commands.C
• parse_two_selections_return_weight() : py_atomsel.C
• parse_weight() : py_atomselection.C, py_atomsel.C
• parseAtomselMacros() : vmd.C
• parseColorDefs() : vmd.C
• parseMaterialDefs() : vmd.C
• parseRestypes() : vmd.C
• pause() : py_imd.C, py_animate.C
• pause_doc : py_animate.C
• PBC_NONE : VMDDisplayList.h
• PBC_NOSELF : VMDDisplayList.h
• PBC_OPX : VMDDisplayList.h
• PBC_OPY : VMDDisplayList.h
• PBC_OPZ : VMDDisplayList.h
• PBC_X : VMDDisplayList.h
• PBC_Y : VMDDisplayList.h
• PBC_Z : VMDDisplayList.h
• PBWITHIN : y.tab.h, AtomParser.C
• pcre : pcre.h
• PCRE_ANCHORED : pcre.h
• PCRE_CASELESS : pcre.h
• pcre_default_tables : pcretables.h
• PCRE_DOLLAR_ENDONLY : pcre.h
• PCRE_DOTALL : pcre.h
• PCRE_ERROR_BADMAGIC : pcre.h
• PCRE_ERROR_BADOPTION : pcre.h
• PCRE_ERROR_NOMATCH : pcre.h
• PCRE_ERROR_NOMEMORY : pcre.h
• PCRE_ERROR_NOSUBSTRING : pcre.h
• PCRE_ERROR_NULL : pcre.h
• PCRE_ERROR_UNKNOWN_NODE : pcre.h
• PCRE_EXTENDED : pcre.h
• pcre_extra : pcre.h
• PCRE_EXTRA : pcre.h
• PCRE_FIRSTSET : pcreinternal.h
• PCRE_IMS : pcreinternal.h
• PCRE_INGROUP : pcreinternal.h
• PCRE_MULTILINE : pcre.h
• PCRE_NOTBOL : pcre.h
• PCRE_NOTEOL : pcre.h
• PCRE_STARTLINE : pcreinternal.h
• PCRE_STUDY_MAPPED : pcreinternal.h
• PCRE_UNGREEDY : pcre.h
• PCRE_VERSION : pcreinternal.h
• perm : VMDQuat.C
• PFDHasStereo() : Win32OpenGLDisplayDevice.C
• PHONG_DIVISOR : POV3DisplayDevice.C
• plugincmp() : PluginMgr.C
• PluginList : PluginMgr.h
• POINTGROUP_C1 : MeasureSymmetry.C
• POINTGROUP_CI : MeasureSymmetry.C
• POINTGROUP_CINFV : MeasureSymmetry.C
• POINTGROUP_CN : MeasureSymmetry.C
• POINTGROUP_CNH : MeasureSymmetry.C
• POINTGROUP_CNV : MeasureSymmetry.C
• POINTGROUP_CS : MeasureSymmetry.C
• POINTGROUP_DINFH : MeasureSymmetry.C
• POINTGROUP_DN : MeasureSymmetry.C
• POINTGROUP_DND : MeasureSymmetry.C
• POINTGROUP_DNH : MeasureSymmetry.C
• POINTGROUP_I : MeasureSymmetry.C
• POINTGROUP_IH : MeasureSymmetry.C
• POINTGROUP_O : MeasureSymmetry.C
• POINTGROUP_OH : MeasureSymmetry.C
• POINTGROUP_S2N : MeasureSymmetry.C
• POINTGROUP_T : MeasureSymmetry.C
• POINTGROUP_TD : MeasureSymmetry.C
• POINTGROUP_TH : MeasureSymmetry.C
• POINTGROUP_UNKNOWN : MeasureSymmetry.C
• POINTSPHERE : DispCmds.h
• position_cb() : ToolFltkMenu.C
• positionscale_cb() : ToolFltkMenu.C
• POT_CONV : VolMapCreate.C
• POV_3_5 : POV3DisplayDevice.C
• POVRAY_BRAIN_DAMAGE_WORKAROUND : POV3DisplayDevice.C
• POVRAY_SCALEHACK : POV3DisplayDevice.C
• prepare_texture_coordinates() : DrawMolItemVolume.C
• preserve_window() : VMDTkinterMenu.C
• prev() : py_animate.C
• prev_cb() : MainFltkMenu.C
• prev_doc : py_animate.C
• print_arep_summary() : cmd_mol.C
• print_atom_info() : PickList.C
• print_Matrix4() : Matrix4.h, Matrix4.C
• print_mol_summary() : cmd_mol.C
• proj_cb() : MainFltkMenu.C
• PSDISPLAYDEVICE_h : PSDisplayDevice.h
• pte_label : PeriodicTable.C
• pte_mass : PeriodicTable.C
• pte_vdw_radius : PeriodicTable.C
• PUBLIC_EXEC_OPTIONS : pcreinternal.h
• PUBLIC_OPTIONS : pcreinternal.h
• PUBLIC_STUDY_OPTIONS : pcreinternal.h
• PUSH_QUEUE : DrawMolItem2.C
• putbyte() : ImageIO.C
• putint() : ImageIO.C
• putshort() : ImageIO.C
• py_align() : py_atomselection.C
• py_array_from_obj() : py_commands.h, py_commands.C
• py_fit() : py_atomsel.C
• py_get_vector() : py_atomsel.C
• py_move() : py_atomsel.C
• py_moveby() : py_atomsel.C
• py_rmsd() : py_atomselection.C, py_atomsel.C
• Py_ssize_t : py_atomsel.C
• py_update() : py_atomsel.C
• py_vmdexit() : py_vmd.C
• py_vmdupdate() : py_vmd.C
• py_write() : py_atomsel.C

- q -

• quartertone : OpenGLStipples.h
• quit_cb() : MainFltkMenu.C

- r -

• R_SMALL : fitrms.c
• RADTODEG : utilities.h
• RANGE : y.tab.h, AtomParser.C
• raster3d_filename : R3dDisplayDevice.C
• RAW_STRING : AtomParser.h
• rayorigin : vmdsphere.vert, vmdsphere.frag
• read_matrix() : TclMolInfo.C
• read_repeat_counts() : pcre.c
• read_stride_record() : Stride.C
• readorwrite() : py_molecule.C
• real_pcre : pcreinternal.h
• real_pcre_extra : pcreinternal.h
• rebuild_table() : inthash.c, hash.c
• REGBLACK : Scene.h
• REGBLUE : Scene.h
• REGBLUE2 : Scene.h
• REGCLRS : Scene.h
• REGCYAN : Scene.h
• regfunc : PluginMgr.C
• REGGREEN : Scene.h
• REGGREY : Scene.h
• REGICEBLUE : Scene.h
• registermenu() : py_menu.C
• REGLIME : Scene.h
• REGMAUVRE : Scene.h
• REGOCHRE : Scene.h
• REGORANGE : Scene.h
• REGPINK : Scene.h
• REGPURPLE : Scene.h
• REGRED : Scene.h
• REGSILVER : Scene.h
• REGTAN : Scene.h
• REGWHITE : Scene.h
• REGYELLOW : Scene.h
• REJECT : AtomLexer.C
• remarks_doc : py_molecule.C
• remove_tcl_atomsel() : TclCommands.C
• rename() : py_material.C
• render() : py_render.C
• render_cb() : MainFltkMenu.C
• rendermode_cb() : MainFltkMenu.C
• renderNameStr : DisplayDevice.C
• rep_max : pcre.c
• rep_min : pcre.c
• repchooser_cb() : SaveTrajectoryFltkMenu.C
• repindex() : py_molrep.C
• repserialnum : VMDApp.C
• reset_scaleminmax() : py_molrep.C
• resetview() : py_trans.C
• resetview_cb() : MainFltkMenu.C
• RESNOTHING : Atom.h
• RESNUCLEIC : Atom.h
• RESPROTEIN : Atom.h
• RESTRICT : Benchmark.C
• RESWATERS : Atom.h
• reverse() : py_animate.C
• reverse_cb() : MainFltkMenu.C
• reverse_doc : py_animate.C
• RIBBON_ERR_BADNUCLEIC : DrawMolItemRibbons.C
• RIBBON_ERR_BADPURINE : DrawMolItemRibbons.C
• RIBBON_ERR_BADPYRIMIDINE : DrawMolItemRibbons.C
• RIBBON_ERR_MISSING_O1P_O2P : DrawMolItemRibbons.C
• RIBBON_ERR_MISSING_PHOSPHATE : DrawMolItemRibbons.C
• RIBBON_ERR_NOTENOUGH : DrawMolItemRibbons.C
• RIBBON_ERR_PROTEIN_MESS : DrawMolItemRibbons.C
• ribbon_spline() : DrawRingsUtils.h, DrawRingsUtils.C
• ring_axes() : DrawRingsUtils.C
• rmsd_doc : py_atomselection.C, py_atomsel.C
• rock() : py_animate.C
• rock_doc : py_animate.C
• ROTATE : Measure.C
• rotate() : py_trans.C

- s -

• SAME : y.tab.h, AtomParser.C
• same_double() : ParseTree.C
• same_int() : ParseTree.C
• same_string() : ParseTree.C
• sasa() : py_atomselection.C, py_atomsel.C
• sasa_doc : py_atomselection.C, py_atomsel.C
• save_cb() : SaveTrajectoryFltkMenu.C
• savestate_cb() : MainFltkMenu.C
• scale() : py_trans.C
• scale_color() : Scene.C
• SCALE_FACTOR : RayShadeDisplayDevice.C
• scale_max() : py_color.C
• scale_max_doc : py_color.C
• scale_method() : py_color.C
• scale_method_doc : py_color.C
• scale_methods() : py_color.C
• scale_methods_doc : py_color.C
• scale_midpoint() : py_color.C
• scale_midpoint_doc : py_color.C
• scale_min() : py_color.C
• scale_min_doc : py_color.C
• SCALEADD : DrawMolItem.C
• SCALESUM : DrawMolItem.C
• Scanning_Behaviors : P_SensorConfig.C
• screend_cb() : DisplayFltkMenu.C
• screenh_cb() : DisplayFltkMenu.C
• sel_from_py() : py_atomselection.C
• select_tool_cb() : ToolFltkMenu.C
• select_tool_type_cb() : ToolFltkMenu.C
• selframe() : ParseTree.C
• sendmsg() : Inform.h, Inform.C
• SEQ : y.tab.h, AtomParser.C
• set() : py_display.C, py_atomselection.C
• set_autoupdate() : py_molrep.C
• set_cave_pointers() : CaveRoutines.h, CaveRoutines.C
• set_center() : py_trans.C
• set_chooser_from_string() : GraphicsFltkMenu.C
• set_colormap() : py_color.C
• set_colormap_doc : py_color.C
• set_colors() : py_color.C
• set_colors_doc : py_color.C
• set_colorupdate() : py_molrep.C
• set_default() : py_material.C
• set_doc : py_atomselection.C, py_atomsel.C
• set_force_data : AtomSel.C
• set_frame() : py_molecule.C
• set_frame_doc : py_molecule.C
• set_freevr_pointers() : FreeVRRoutines.h, FreeVRRoutines.C
• set_location() : py_axes.C
• set_periodic() : py_molecule.C
• set_periodic_doc : py_molecule.C
• set_physical_time() : py_molecule.C
• set_position_data : AtomSel.C
• set_rotation() : py_trans.C
• set_scale() :