VMD-L Mailing List

From: David Alejandro Rincón Daza (darincond_at_unal.edu.co)
Date: Thu Jan 21 2021 - 20:22:56 CST

Thank you to all !!!
Best regards!

El jue, 21 ene 2021 a las 17:36, Axel Kohlmeyer (<akohlmey_at_gmail.com>)
escribió:

> Whoever implemented this thought it would be useful this way. There are
> lots of these arbitrary choices that need to be made when writing software
> like VMD.
>
>
> Axel
>
> --
> Dr. Axel Kohlmeyer akohlmey_at_gmail.com https://urldefense.com/v3/__http://goo.gl/1wk0__;!!DZ3fjg!qQZdbPRalXkgxz8OXD5CAzarjIyTyYDif4sbmpDac9NYG6H7BrCg1vr7E3aLsUC1ww$
> College of Science & Technology, Temple University, Philadelphia PA, USA
> International Centre for Theoretical Physics, Trieste, Italy
>
> On Thu, Jan 21, 2021, 17:15 David Alejandro Rincón Daza <
> darincond_at_unal.edu.co> wrote:
>
>> Thank you to both.
>> But, is there an argument or paper to vmd have chosen that format?
>> Molecule:Atom
>>
>>
>>
>> El mié, 20 ene 2021 a las 10:22, Pawel Kedzierski (<
>> pawel.kedzierski_at_pwr.edu.pl>) escribió:
>>
>>> Dear David,
>>>
>>> I guess what you refer to is just the default atom label, which is
>>> completely arbitral; you can label atoms with any text, either via GUI
>>> (Graphics->Labels..., Properties tab) or using Tcl commands
>>> <http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/ug/node133.html> (e.g. "label
>>> textformat Atoms 0 { MY OWN ATOM LABEL }". The default format is "
>>> %R%d:%a" which is substituted with residue name, residue id, colon and
>>> atom name.
>>> However, the residue and atom names are taken from the molecule input
>>> file and they follow the source format specification.
>>> <https://urldefense.com/v3/__http://www.wwpdb.org/documentation/file-format.php__;!!DZ3fjg!uKWiixlPzN0Ob7jdx3TOBz8fsTRUMO-tdQaQ8QRtFak6R90whu3STlqvs5y8ftwB0Q$>
>>>
>>> Greetings,
>>> Pawel
>>>
>>> Good day colleagues,
>>> I have an academical curiosity:
>>>
>>> What was the reason behind the semantic structure of naming atoms in VMD?
>>>
>>> i.e. THR40:HN
>>>
>>> Thank you in advance,
>>> David
>>>
>>>
>>>
>> *Aviso legal:* El contenido de este mensaje y los archivos adjuntos son
>> confidenciales y de uso exclusivo de la Universidad Nacional de Colombia.
>> Se encuentran dirigidos sólo para el uso del destinatario al cual van
>> enviados. La reproducción, lectura y/o copia se encuentran prohibidas a
>> cualquier persona diferente a este y puede ser ilegal. Si usted lo ha
>> recibido por error, infórmenos y elimínelo de su correo. Los Datos
>> Personales serán tratados conforme a la Ley 1581 de 2012 y a nuestra
>> Política de Datos Personales que podrá consultar en la página web
>> https://urldefense.com/v3/__http://www.unal.edu.co__;!!DZ3fjg!qQZdbPRalXkgxz8OXD5CAzarjIyTyYDif4sbmpDac9NYG6H7BrCg1vr7E3aGPN8jhw$
>> <https://urldefense.com/v3/__http://www.unal.edu.co/__;!!DZ3fjg!pbrYIholGMoVJhp4GTVz5J_ouLiXbhv1BqOmDg87C2DQB7dTa-Wa9numhNrM0lR67w$>
>> . Las opiniones, informaciones, conclusiones y cualquier otro tipo de
>> dato contenido en este correo electrónico, no relacionados con la actividad
>> de la Universidad Nacional de Colombia, se entenderá como personales y de
>> ninguna manera son avaladas por la Universidad.
>>
> 

-- 
*Aviso legal:* El contenido de este mensaje y los archivos adjuntos son 
confidenciales y de uso exclusivo de la Universidad Nacional de Colombia. 
Se encuentran dirigidos sólo para el uso del destinatario al cual van 
enviados. La reproducción, lectura y/o copia se encuentran prohibidas a 
cualquier persona diferente a este y puede ser ilegal. Si usted lo ha 
recibido por error, infórmenos y elimínelo de su correo. Los Datos 
Personales serán tratados conforme a la Ley 1581 de 2012 y a nuestra 
Política de Datos Personales que podrá consultar en la página web 
https://urldefense.com/v3/__http://www.unal.edu.co__;!!DZ3fjg!qQZdbPRalXkgxz8OXD5CAzarjIyTyYDif4sbmpDac9NYG6H7BrCg1vr7E3aGPN8jhw$  <https://urldefense.com/v3/__http://www.unal.edu.co/__;!!DZ3fjg!qQZdbPRalXkgxz8OXD5CAzarjIyTyYDif4sbmpDac9NYG6H7BrCg1vr7E3bw_ioHiQ$ >.* *Las opiniones, informaciones, 
conclusiones y cualquier otro tipo de dato contenido en este correo 
electrónico, no relacionados con la actividad de la Universidad Nacional de 
Colombia, se entenderá como personales y de ninguna manera son avaladas por 
la Universidad.