From: sunyeping (sunyeping_at_aliyun.com)
Date: Tue Sep 29 2015 - 09:40:21 CDT

Hey,
Thank you for the reply.
I just reboot the system and then the abnormality disappeared.
Best Regards.
Yeping Sun
Institute of Microbiology, Chinese Academy of Sciences
------------------------------------------------------------------From:John Stone <johns_at_ks.uiuc.edu>Send Time:2015年9月28日(星期一) 22:14To:孙业平 <sunyeping_at_aliyun.com>Cc:vmd-l <vmd-l_at_ks.uiuc.edu>Subject:Re: vmd-l: Re: vmd-l: Why can VMD not be opened?
Hi,
  What happens if you run VMD like this:
vmd -dispdev text

Do you still get a crash?  If so, then we'll have to dig deeper.
If the crash goes away when you run VMD in text mode, that may indicate
that there is something wrong with your graphics driver installation.

Cheers,
  John Stone
  vmd_at_ks.uiuc.edu 

On Mon, Sep 28, 2015 at 02:03:32AM +0800, sunyeping wrote:
>    I whould suppliment something about this problem:
>    This Segmentation fault (core dumped) occurred after I installed pymol
>    using "yum install pymol". Before that VMD can be openen normally.
>    And I have tried to run gdb to investigate this Segmentation fault, and
>    the output is:
>    GNU gdb (GDB) Red Hat Enterprise Linux (7.2-83.el6)
>    Copyright (C) 2010 Free Software Foundation, Inc.
>    License GPLv3+: GNU GPL version 3 or later
>    <http://gnu.org/licenses/gpl.html>
>    This is free software: you are free to change and redistribute it.
>    There is NO WARRANTY, to the extent permitted by law.  Type "show copying"
>    and "show warranty" for details.
>    This GDB was configured as "x86_64-redhat-linux-gnu".
>    For bug reporting instructions, please see:
>    <http://www.gnu.org/software/gdb/bugs/>...
>    "/app/build/vmd-1.9.2/bin/vmd": not in executable format: File format not
>    recognized
>    [New Thread 13122]
>    [New Thread 13126]
>    [New Thread 13123]
>    [New Thread 13125]
>    [New Thread 13124]
>    Core was generated by `/app/build/vmd-1.9.2/vmd_LINUXAMD64'.
>    Program terminated with signal 11, Segmentation fault.
>    #0  0x00000033aa650346 in ?? ()
>    (gdb) where
>    #0  0x00000033aa650346 in ?? ()
>    #1  0x0000000001e510b0 in ?? ()
>    #2  0x0000000000000000 in ?? ()
>    Thank you a lot!

>    Yeping Sun

>    Institute of Microbiology, Chinese Academy of Sciences

>      ------------------------------------------------------------------
>      From:aa*ae,*aa^1^3 <sunyeping_at_aliyun.com>
>      Send Time:2015aa^1'9ae**28ae*YEN(ae**ae**ae,*) 01:18
>      To:vmd-l <vmd-l_at_ks.uiuc.edu>
>      Subject:vmd-l: Why can VMD not be opened?
>      Dear VMD users,
>      I just installed VMD-1.9.2 on the CentOS system. But when I input the
>      command "vmd" in the terminal,  a normal VMD viewer window and a grep
>      MVD main window (without any work or graph) appear, and only a few
>      seconds later, both of these windows disapper. The last few lines in the
>      termial are:
>      Info) Multithreading available, 6 CPUs detected.
>      Info) Free system memory: 22935MB (95%)
>      Info) Creating CUDA device pool and initializing hardware..
>      Info) Detected 2 available CUDA accelerators:
>      Info) [0] Tesla C2050        14 SM_2.0 @ 1.15 GHz, 2.6GB RAM, KTO, AE2,
>      ZCP
>      Info) [1] Tesla C2050        14 SM_2.0 @ 1.15 GHz, 2.6GB RAM, AE2, ZCP
>      Info) Detected 2 available TachyonL/OptiX ray tracing accelerators
>      Warning) Detected X11 'Composite' extension: if incorrect display occurs
>      Warning) try disabling this X server option.  Most OpenGL drivers
>      Warning) disable stereoscopic display when 'Composite' is enabled.
>      Info) OpenGL renderer: Tesla C2050/PCIe/SSE2
>      Info)   Features: STENCIL MSAA(4) MDE CVA MTX NPOT PP PS GLSL(OVFGS)
>      Info)   Full GLSL rendering mode is available.
>      Info)   Textures: 2-D (16384x16384), 3-D (2048x2048x2048), Multitexture
>      (4)
>      Info) Dynamically loaded 2 plugins in directory:
>      Info) /app/build/vmd-1.9.2/lib/vmd/plugins/LINUXAMD64/molfile
>      Segmentation fault (core dumped)

>       Could anyone help me with this?
>      Best regards.

>      Yeping Sun

>      Institute of Microbiology, Chinese Academy of Sciences

-- 
NIH Center for Macromolecular Modeling and Bioinformatics
Beckman Institute for Advanced Science and Technology
University of Illinois, 405 N. Mathews Ave, Urbana, IL 61801
http://www.ks.uiuc.edu/~johns/           Phone: 217-244-3349
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/