VMD-L Mailing List

From: Daniel Fellner (dfel694_at_aucklanduni.ac.nz)
Date: Tue Jan 19 2021 - 19:47:08 CST

If I want to generate a list of Calpha atoms only, it's an easy task: Just
look for the string ":CA".

Similarly, if I want to define some atoms to look at chi2 for a side chain,
I just look for CA, CB, CG, CD.

*Daniel Fellner BSc(Hons)*
PhD Candidate
School of Chemical Sciences
University of Auckland
Ph +64211605326

On Wed, Jan 20, 2021 at 11:29 AM David Alejandro Rincón Daza <
darincond_at_unal.edu.co> wrote:

> Good day colleagues,
> I have an academical curiosity:
>
> What was the reason behind the semantic structure of naming atoms in VMD?
>
> i.e. THR40:HN
>
> Thank you in advance,
> David
>
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> <https://urldefense.com/v3/__http://www.unal.edu.co/__;!!DZ3fjg!pgnMxrQ8V4pZ2khBUvamD0cKGzsegNSV4cTfBq-g-H0-xR9Rds7LRmKHVQM1SbXtUA$>
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