From: Research Jubilant (research.jubilant_at_gmail.com)
Date: Wed Apr 17 2013 - 12:51:08 CDT

Hello All,

I have the following error during my NAMD run. Can anyone help me solve
this?

------------- Processor 0 Exiting: Called CmiAbort ------------
Reason: FATAL ERROR: UNKNOWN PARAMETER IN CHARMM PARAMETER FILE
/home/sundar/NAMD_conf_FF_TCL/FF/toppar/toppar_water_ions.str
LINE=*set nat ?NATC*

Charm++ fatal error:
FATAL ERROR: UNKNOWN PARAMETER IN CHARMM PARAMETER FILE
/home/sundar/NAMD_conf_FF_TCL/FF/toppar/toppar_water_ions.str
LINE=*set nat ?NATC*

Abort

The following is my conf file.

#Set file names:
set name prot_popcwi
set parfile1 /toppar/par_all36_prot.prm ;# CHARMM 36 parameterfile
for protein
set parfile2 /toppar/par_all36_lipid.prm ;# CHARMM 36 parameterfile
for lipids
set parfile3 /toppar/toppar_water_ions.str ;# CHARMM 36
parameterfile for water and ions

set output prot_minieqtail

set const notail.cnst #only lipid tails are
free

###############################################################################

# Read in system:
structure ${name}.psf
coordinates ${name}.pdb
outputname $output

# Set system size and origin for PBC:
set cbv1 124 ;# Box size in X dimension
set cbv2 124 ;# Box size in Y dimension
set cbv3 160 ;# Box size in Z dimension
set cox 0.046737585216760635 ;# X coordinate for cell origin
set coy 0.42250680923461914 ;# Y coordinate for cell origin
set coz -21.4572811126709 ;# Z coordinate for cell origin

# Set grid size for pmE:
set PMEGS 1.0 ;# The grid spacing must be at
least PMEGridSpacing

#Set variables for simulation
set T 310.
set sdist 10. ;# Distance for switching function
set cdist 12. ;# Distance for nonbond cutoff (sdist + 2)
set pdist 13.5 ;# PairListDist, atom move <2A pr. cycle
set sprc 10 ;# How often is the Pairlist redone??? use 10 for
2fs timestep
set timing 50 ;# How often to write timing information
set minstep 20000 ;# Number of steps for minimizations

firsttimestep 0

set eqstep 250000

set tstep 2.0 ;# Run simulation with 1 fs timestep
set nbf 1 ;# How often to calculate nonbonded???
set fef 2 ;# How often to do full electrostatics???

set outputfreq 500 ;# How often is output written to log file?
set dcdfreq 500 ;# How often is snapshot written to dcd
file?
set restfreq 500 ;# How often are the restart files written?

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# Force field parameters #
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#Specify force field
paraTypeCharmm on
parameters $parfile1
parameters $parfile2
parameters $parfile3

exclude scaled1-4
1-4scaling 1.0
switching on
cutoff $cdist
switchdist $sdist
pairlistdist $pdist

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# Temperature #
###########################################################################

#Minimization so temperature is set to 0 K
temperature $T

###############################################################################

# Periodic Boundary System
###############################################################################

# Only to be given in first step of simulation

cellBasisVector1 $cbv1 0. 0.
cellBasisVector2 0. $cbv2 0.
cellBasisVector3 0. 0. $cbv3
cellOrigin $cox $coy $coz

#Wrap periodic cells
wrapWater on
wrapAll on

###############################################################################

# # Integrator Parameters
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timestep 2.0 ;# 2fs/step
rigidBonds all ;# needed for 2fs steps
nonbondedFreq $nbf
fullElectFrequency $fef
stepspercycle $sprc

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# Electrostatics
###############################################################################

# Use Particle Mesh Ewald:
PME yes
PMEGridSpacing $PMEGS

###############################################################################

# Constant Temperature Control
###############################################################################

# Constant Temperature Control
langevin on ;# do langevin dynamics
langevinDamping 1 ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps
langevinTemp $T

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# Constraint parameters #
###########################################################################

# Fixed Atoms Constraint (set PDB beta-column to 1)
fixedAtoms on
fixedAtomsFile $const
fixedAtomsCol B
fixedAtomsForces on

###########################################################################
# Energies & Miscellaneous #
###########################################################################

# Write energies to log-file:
outputEnergies $outputfreq
outputPressure $outputfreq

outputTiming $dcdfreq

binaryoutput no

DCDfile $output.dcd
DCDfreq $dcdfreq
DCDUnitCell yes

binaryrestart yes
restartname $output.restart
restartfreq $restfreq

XSTfile $output.xst
XSTfreq $dcdfreq

###########################################################################
# Minimization and Equilibration #
###########################################################################
if {1} {
minimize $minstep ;# Minimize system with 'numsteps' steps.
reinitvels $T ;# reinitiate velocities to the desired
temperature
}

run $eqstep ;# 0.5 ns equilibrations

-Thanks

J