NAMD Class Index

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  A  
CudaPmeTranspose   NonbondedMICSlaveMsg   
ABoundAngleRestraint   CudaPmeXInitMsg   NumDevicesMsg   
ABoundDiheRestraint   CudaPmeXYInitMsg   
  O  
ABoundDistRestraint   CudaPmeXYZInitMsg   ObjectArena   
ABoundPosRestraint   CudaStaticAssert< true >   ofstream_namd   
ADiheRestraint   CudaTileListKernel   OptPmeCompute   
ADistRestraint   
  D  
OptPmeDummyMsg   
AFixedAngleRestraint   DataExchanger   OptPmeFFTMsg   
AFixedDiheRestraint   DataMessage   OptPmeGridMsg   
AFixedDistRestraint   datastream   OptPmeMgr   
AFixedPosRestraint   DataStreamMsg   OptPmePencil   
AForcingAngleRestraint   DeviceBuffer   OptPmePencilInitMsg   
AForcingDiheRestraint   DeviceCUDA   OptPmePencilInitMsgData   
AForcingDistRestraint   DeviceDataMsg   OptPmePencilMapX   
AForcingPosRestraint   dihedral   OptPmePencilMapY   
AGroup   dihedral_params   OptPmePencilMapZ   
ALambdaControl   DihedralElem   OptPmeRealSpace   
ALambdaManager   DihedralTable   OptPmeSubComputeMsg   
Alg7   DihedralValue   OptPmeXPencil   
AlgNbor   doublecomplex   OptPmeYPencil   
AlgRecBisection   drude_constants   OptPmeZPencil   
AlignVector   dummyData   Output   
AnAngleRestraint   
  E  
OutputAtomRecord   
angle   eABF   OutputAtomRecord::floatVals   
angle_params   eABF1D   OutputAtomRecord::integerVals   
AngleElem   eABF2D   OutputAtomRecord::shortVals   
AngleTable   Entry   OwnerBox   
AngleValue   EntryGlob   
  P  
aniso   EwaldParticle   Pairlists   
AnisoElem   ExchangeAtomsMsg   PairTable   
APosRestraint   ExchangeAtomsReqMsg   PAL   
ARestraint   ExclElem   ParallelIOMgr   
ARestraintManager   exclmask   Parameters   
Array   ExclSigInfo   parm   
Array (msm)   Exclusion   ParseOptions   
assert_ProxyResultVarsizeMsg   ExclusionCheck   ParseOptions::DataElement   
atom_constants   ExclusionSignature   Patch   
atom_name_info   exlist_sortop   patch_sortop_curve_a   
AtomCoord (msm)   ExtCoordMsg   patch_sortop_curve_b   
AtomCstInfo   ExtForce   patch_sortop_curve_c   
atomID_less   ExtForceMsg   PatchData (msm)   
AtomMap   
  F  
patchDataStrc   
AtomMapper   FFTCompute   PatchDiagram (msm)   
AtomNameIdx   FileStack   PatchElem   
AtomsCntPerPatchMsg   FinishWorkMsg   PatchGridElem   
AtomSigInfo   Flags   patchInfo   
AtomSignature   float2   PatchInfo   
AtomTable   floatcomplex   PatchMap   
AVector   FloatVector   PatchMapMsg   
  B  
FmmSerialCoordMsg   PatchMgr   
BackEnd   FmmSerialForceMsg   PatchPairRecord   
BasicAtomInfo   FoldFactor (msm)   PatchProxyListMsg   
BlockDiagram (msm)   four_body_consts   PatchSend (msm)   
BlockIndex (msm)   FullAtom   PDB   
BlockSend (msm)   
  G  
PDBAtom   
BOCgroup   gather_t   PDBAtomRecord   
BOID   GBISCoordMsg   PDBData   
bond   GBISForceMsg   PDBHetatm   
bond_params   GBISInput   PDBUnknown   
BondElem   GBISInput< 1 >   pe_sortop_bit_reversed   
BondTable   GBISInput< 2 >   pe_sortop_coord_x   
BondValue   GBISInput< 3 >   pe_sortop_coord_y   
BoundingBox   GBISParam   PencilElement   
Box   GBISParam< 1 >   pid_sortop_reverse_priority   
BroadcastClient   GBISParam< 2 >   PluginIOMgr   
BroadcastClientElem   GBISParam< 3 >   PmeAckMsg   
BroadcastMgr   GBISParamStruct   PmeAtomFiler   
BroadcastMsg   GBISResults   PmeAtomMsg   
  C  
GBISResults< 1 >   PmeAtomPencilMsg   
C1Matrix   GBISResults< 2 >   PmeAtomStorage   
C1Vector   GBISResults< 3 >   PmeBlockMsg   
CBase_OptPmeXPencil   GenericAngle   PmeDoneMsg   
CBase_OptPmeYPencil   GenericAtom   PmeEvirMsg   
CBase_OptPmeZPencil   GenericBond   PmeFFTInfo   
CBase_PmeXPencil   GenericDihedral   PmeForceMsg   
CBase_PmeYPencil   GenericMol   PmeForcePencilMsg   
CBase_PmeZPencil   GlobalMaster   PmeGrid   
CheckpointAtomsMsg   GlobalMasterEasy   PmeGridMsg   
CheckpointAtomsReqMsg   GlobalMasterFreeEnergy   PmeKSpace   
CheckpointMsg   GlobalMasterIMD   PmeKSpaceCompute   
CkCallbackWrapper   GlobalMasterMisc   PmeLaunchMsg   
ClusterCoorElem   GlobalMasterServer   PmeParticle   
ClusterCoorMsg   GlobalMasterSMD   PmePencil   
ClusterElem   GlobalMasterSymmetry   PmePencilInitMsg   
ClusterSizeMsg   GlobalMasterTcl   PmePencilInitMsgData   
CollectionMaster   GlobalMasterTest   PmePencilMap   
CollectionMaster::CollectVectorInstance   GlobalMasterTMD   PmePencilX   
CollectionMaster::CollectVectorSequence   go_pair   PmePencilXMap   
CollectionMgr   go_val   PmePencilXY   
CollectionMgr::CollectVectorInstance   Grid (msm)   PmePencilXYMap   
CollectionMgr::CollectVectorSequence   GridFixed (msm)   PmePencilXYZ   
CollectLoadsMsg   GridforceFullBaseGrid   PmePencilXYZMap   
CollectVectorMsg   GridforceFullBaseGrid::GridIndices   PmePencilY   
CollectVectorVarMsg   GridforceFullMainGrid   PmePencilZ   
colvarproxy_namd   GridforceFullSubGrid   PmeRealSpace   
Communicate   GridforceGrid   PmeRealSpaceCompute   
CompAtom   GridforceLiteGrid   PmeRunMsg   
CompAtomExt   GridMsg   PmeSharedTransMsg   
Compute   GroGaussPair   PmeSharedUntransMsg   
ComputeAngles   GroLJPair   PmeStartMsg   
ComputeAniso   gromacsPair   PmeTransMsg   
ComputeBondedCUDAKernel   GromacsPairElem   PmeTranspose   
ComputeBondedCUDAKernel::BondedVirial   GromacsPairValue   PmeUntransMsg   
ComputeBonds   GromacsTopFile   PmeXPencil   
ComputeConsForce   GroupInitMsg   PmeYPencil   
ComputeConsForceMsg   
  H  
PmeZPencil   
ComputeConsTorque   HashPool   pntChrgDist   
ComputeCrossterms   HashPoolAdaptorT   Pointer   
ComputeCUDAMgr   HashReal   position_index   
ComputeCylindricalBC   HashString   PressureProfileReduction   
ComputeDihedrals   heapIterator   PriorityQueue (msm)   
ComputeDPMEDataMsg   heapRecord   processorInfo   
ComputeDPMEResultsMsg   HomePatch   ProxyCombinedResultMsg   
ComputeEField   HomePatch::checkpoint_t   ProxyCombinedResultRawMsg   
ComputeEwald   HomePatch::RattleList   ProxyDataMsg   
ComputeEwaldMsg   HomePatchElem   ProxyElem   
ComputeExcls   HydroBasedMsg   ProxyGBISP1ResultMsg   
ComputeExt   HydrogenGroupID   ProxyGBISP2DataMsg   
ComputeExtAtom   
  I  
ProxyGBISP2ResultMsg   
ComputeExtMgr   idIndxStr   ProxyGBISP3DataMsg   
ComputeFmmSerial   ijpair   ProxyListInfo   
ComputeFmmSerialAtom   ijpair_sortop_bit_reversed   ProxyMgr   
ComputeFmmSerialMgr   IMDEnergies   ProxyNodeAwareSpanningTreeMsg   
ComputeFullDirect   IMDheader   ProxyPatch   
ComputeGBISAtom   IMDOutput   ProxyResultMsg   
ComputeGBISser   improper   ProxyResultVarsizeMsg   
ComputeGBISserMgr   improper_params   ProxySpanningTreeMsg   
ComputeGlobal   ImproperElem   ProxyTree   
ComputeGlobalDataMsg   ImproperValue   proxyTreeNode   
ComputeGlobalResultsMsg   indexed_nbthole_pair   ProxyUsage   
ComputeGridForce   indexed_table_pair   ProxyUsageKey   
ComputeGromacsPair   indexed_vdw_pair   
  Q  
ComputeHomePatch   IndexRange (msm)   QMAtomData   
ComputeHomePatches   InfoRecord   QMCoordMsg   
ComputeHomeTuples   infostream   QMForce   
ComputeImpropers   InitDeviceMsg   QMForceMsg   
computeInfo   InitDeviceMsg2   QMGrpCalcMsg   
ComputeLCPO   InputAtom   QMGrpResMsg   
ComputeMap   Int2   QMPntChrgMsg   
ComputeMap::ComputeData   Int3   qmSolvData   
ComputeMap::PatchRec   InterpParams_t   
  R  
ComputeMapChangeMsg   intpair   Random   
ComputeMgr   IRSet   RattleParam   
ComputeMoa   Iterator   Rebalancer   
ComputeMsm   Ivec (msm)   Rebalancer::pcpair   
ComputeMsmMgr   
  L  
RecBisection   
ComputeMsmSerial   LargeIRSet   RecipVirial_t   
ComputeMsmSerialAtom   Lattice   RecvDeviceMsg   
ComputeMsmSerialMgr   LCPOAtom   ReductionMgr   
ComputeNonbondedCUDA   LCPONeighborList   ReductionRegisterMsg   
ComputeNonbondedCUDA::compute_record   LdbCoordinator   ReductionSet   
ComputeNonbondedCUDA::patch_record   LdbMigrateMsg   ReductionSetData   
ComputeNonbondedMIC   listNode   ReductionSubmitMsg   
ComputeNonbondedMIC::compute_record   LJTable   RefineOnly   
ComputeNonbondedMIC::patch_record   LJTable::TableEntry   RefineTorusLB   
ComputeNonbondedPair   LocalID   refSelStr   
ComputeNonbondedSelf   LocalLBInfoMsg   RegisterPatchMsg   
ComputeNonbondedUtil   LocalPmeInfo   RegisterProxyMsg   
ComputeNonbondedWorkArrays   LocalWorkMsg   ReplicaDcdAckMsg   
ComputePatch   lphost   ReplicaDcdDataMsg   
ComputePatchPair   LSSDataStr   ReplicaDcdInitMsg   
ComputePme   lssDistSort   RequireReduction   
ComputePmeCUDA   LSSSubsDat   ResidueLookupElem   
ComputePmeCUDADevice   
  M  
ResizeArray   
ComputePmeCUDAMgr   main   ResizeArrayIter   
ComputePmeMgr   Map (msm)   ResizeArrayPrimIter   
ComputePmeMgr::cuda_submit_charges_args   MathArray   ResizeArrayRaw   
ComputePmeUtil   Matrix4   Results   
ComputeQM   Matrix4Symmetry   
  S  
ComputeQMAtom   Matrix4TMD   ScriptParamMsg   
ComputeQMMgr   maxHeap   ScriptTcl   
ComputeQMPntChrg   Measure   seg_resid   
ComputeRestraints   meMMQMGrp   Sequencer   
ComputeSelfAngles   memusageinit   SetLatticeMsg   
ComputeSelfAniso   MGridforceParams   SimParameters   
ComputeSelfBonds   MGridforceParamsList   SimpleBroadcastObject   
ComputeSelfCrossterms   MigrateAtomsCombinedMsg   SlaveInitMsg   
ComputeSelfDihedrals   MigrateAtomsMsg   SortableResizeArray   
ComputeSelfExcls   MigrationInfo   SortedArray   
ComputeSelfGromacsPair   minHeap   sortop_base   
ComputeSelfImpropers   minpoint   sortop_bit_reversed   
ComputeSelfThole   MIStream   sortop_x   
ComputeSelfTuples   MoaData   sortop_y   
ComputeSphericalBC   Molecule   sortop_z   
ComputeStir   MolInfoMsg   SplitComputesMsg   
ComputeTclBC   MolInst   StreamMessage   
ComputeThole   MOStream   StringList   
ConfigList   MoveAllByMsg   SubmitReduction   
ConfigList::ConfigListNode   MoveAtomMsg   Sync   
ConstPointer   MoveInputAtomsMsg   
  T  
Controller   MovePatch   table_pair_params   
Controller::checkpoint   MovePatchAtomsMsg   TaggedMsg   
ControllerBroadcasts   MovePatchesMsg   Tensor   
ControllerState   MsmBlock   thole   
cptr_sortop_priority   MsmBlockKernel   TholeElem   
CpuPmeAtomStorage   MsmBlockMap   TileExcl   
cr_sortop_distance   MsmBlockProxyMsg   TileList   
cr_sortop_reverse_priority   MsmC1HermiteBlock   TileListStat   
crossterm   MsmC1HermiteBlockProxyMsg   TileListVirialEnergy   
crossterm_params   MsmC1HermiteGridCutoff   TopoManagerWrapper   
CrosstermData   MsmC1HermiteGridCutoffProxyMsg   TopoManagerWrapper::pe_sortop_topo   
CrosstermElem   MsmC1HermiteGridCutoffSetupMsg   TorusLB   
CrosstermValue   MsmGridCutoff   Transform   
cuda_args_t   MsmGridCutoffInitMsg   TransposeBatch   
CudaAngle   MsmGridCutoffKernel   TuplePatchElem   
CudaAngleValue   MsmGridCutoffMap   TupleSignature   
CudaAtom   MsmGridCutoffProxyMsg   
  U  
CudaBond   MsmGridCutoffSetupMsg   UniqueSet   
CudaBondValue   MsmInitMsg   UniqueSetIter   
CudaComputeGBISKernel   MsmProfiler   UniqueSetRaw   
CudaComputeNonbonded   MsmSerialCoordMsg   UniqueSortedArray   
CudaComputeNonbonded::ComputeRecord   MsmSerialForceMsg   UnregisterProxyMsg   
CudaComputeNonbonded::PatchRecord   MsmTimer   
  V  
CudaComputeNonbondedKernel   
  N  
vdw_pair_params   
CudaComputeNonbondedMsg   NamdCentLB   vdw_params   
CudaComputeRecord   NamdDummyLB   vdw_val   
CudaCrossterm   NamdHybridLB   VDWTable   
CudaCrosstermValue   NamdNborLB   vect   
CudaDihedral   NamdState   Vector   
CudaDihedralValue   nbthole_pair_params   VirialEnergy   
CudaExclusion   nbthole_pair_value   vmdforce   
CudaFFTCompute   netint   
  W  
CudaForce   NL_Msm_t   wkf_timer   
CudaNonbondedTables   Node   wkfmsgtimer   
CudaPatchRecord   NodePmeInfo   WorkDistrib   
CudaPmeAtomStorage   NodePmeMgr   WorkDistrib::pe_sortop_compact   
CudaPmeKSpaceCompute   NodeProxyMgr   WorkDistrib::pe_sortop_diffuse   
CudaPmePencilX   nodesort   WorkIndex   
CudaPmePencilXY   nonbonded   
  Z  
CudaPmePencilXYZ   NonbondedCUDASkipMsg   zVector   
CudaPmePencilY   NonbondedCUDASlaveMsg   
  _  
CudaPmePencilZ   NonbondedExclValue   __sort_entry   
CudaPmeRealSpaceCompute   NonbondedMICSkipMsg   

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