Class Index

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  A  
CudaPmeTranspose   NodePmeMgr   
ABoundAngleRestraint   CudaPmeXInitMsg   NodeProxyMgr   
ABoundDiheRestraint   CudaPmeXYInitMsg   nodesort   
ABoundDistRestraint   CudaPmeXYZInitMsg   nonbonded   
ABoundPosRestraint   CudaStaticAssert< true >   NonbondedCUDASkipMsg   
ADiheRestraint   CudaTileListKernel   NonbondedCUDASlaveMsg   
ADistRestraint   
  D  
NonbondedExclValue   
AFixedAngleRestraint   ParseOptions::DataElement   NonbondedMICSkipMsg   
AFixedDiheRestraint   DataExchanger   NonbondedMICSlaveMsg   
AFixedDistRestraint   DataMessage   NumDevicesMsg   
AFixedPosRestraint   datastream   
  O  
AForcingAngleRestraint   DataStreamMsg   ObjectArena   
AForcingDiheRestraint   DeviceBuffer   ofstream_namd   
AForcingDistRestraint   DeviceCUDA   Output   
AForcingPosRestraint   DeviceDataMsg   OutputAtomRecord   
AGroup   dihedral   OwnerBox   
ALambdaControl   dihedral_params   
  P  
ALambdaManager   DihedralElem   Pairlists   
Alg7   DihedralTable   PairTable   
AlgNbor   DihedralValue   PAL   
AlgRecBisection   doublecomplex   ParallelIOMgr   
AlignVector   drude_constants   Parameters   
AnAngleRestraint   dummyData   parm   
angle   
  E  
ParseOptions   
angle_params   eABF   Patch   
AngleElem   eABF1D   ComputeNonbondedMIC::patch_record   
AngleTable   eABF2D   ComputeNonbondedCUDA::patch_record   
AngleValue   Entry   patch_sortop_curve_a   
aniso   EntryGlob   patch_sortop_curve_b   
AnisoElem   EwaldParticle   patch_sortop_curve_c   
APosRestraint   ExchangeAtomsMsg   PatchData (msm)   
ARestraint   ExchangeAtomsReqMsg   patchDataStrc   
ARestraintManager   ExclElem   PatchDiagram (msm)   
Array   exclmask   PatchElem   
Array (msm)   ExclSigInfo   patchInfo   
assert_ProxyResultVarsizeMsg   Exclusion   PatchInfo   
atom_constants   ExclusionCheck   PatchMap   
atom_name_info   ExclusionSignature   PatchMapMsg   
AtomCoord (msm)   exlist_sortop   PatchMgr   
AtomCstInfo   ExtCoordMsg   PatchPairRecord   
atomID_less   ExtForce   PatchProxyListMsg   
AtomMap   ExtForceMsg   ComputeMap::PatchRec   
AtomMapper   
  F  
CudaComputeNonbonded::PatchRecord   
AtomNameIdx   FFTCompute   PatchSend (msm)   
AtomsCntPerPatchMsg   FileStack   Rebalancer::pcpair   
AtomSigInfo   FinishWorkMsg   PDB   
AtomSignature   Flags   PDBAtom   
AtomTable   float2   PDBAtomRecord   
AVector   floatcomplex   PDBData   
  B  
OutputAtomRecord::floatVals   PDBHetatm   
BackEnd   FloatVector   PDBUnknown   
BasicAtomInfo   FmmSerialCoordMsg   pe_sortop_bit_reversed   
BlockDiagram (msm)   FmmSerialForceMsg   WorkDistrib::pe_sortop_compact   
BlockIndex (msm)   FoldFactor (msm)   pe_sortop_coord_x   
BlockSend (msm)   four_body_consts   pe_sortop_coord_y   
BOCgroup   FullAtom   WorkDistrib::pe_sortop_diffuse   
BOID   
  G  
TopoManagerWrapper::pe_sortop_topo   
bond   gather_t   pid_sortop_reverse_priority   
bond_params   GBISCoordMsg   PluginIOMgr   
ComputeBondedCUDAKernel::BondedVirial   GBISForceMsg   PmeAckMsg   
BondElem   GBISInput   PmeAtomFiler   
BondTable   GBISInput< 1 >   PmeAtomMsg   
BondValue   GBISInput< 2 >   PmeAtomPencilMsg   
BoundingBox   GBISInput< 3 >   PmeAtomStorage   
Box   GBISParam   PmeBlockMsg   
BroadcastClient   GBISParam< 1 >   PmeDoneMsg   
BroadcastClientElem   GBISParam< 2 >   PmeEvirMsg   
BroadcastMgr   GBISParam< 3 >   PmeForceMsg   
BroadcastMsg   GBISParamStruct   PmeForcePencilMsg   
  C  
GBISResults   PmeGrid   
C1Matrix   GBISResults< 1 >   PmeGridMsg   
C1Vector   GBISResults< 2 >   PmeKSpace   
CBase_PmeXPencil   GBISResults< 3 >   PmeKSpaceCompute   
CBase_PmeYPencil   GenericAngle   PmeLaunchMsg   
CBase_PmeZPencil   GenericAtom   PmeParticle   
Controller::checkpoint   GenericBond   PmePencil   
HomePatch::checkpoint_t   GenericDihedral   PmePencilInitMsg   
CheckpointAtomsMsg   GenericMol   PmePencilInitMsgData   
CheckpointAtomsReqMsg   GlobalMaster   PmePencilMap   
CheckpointMsg   GlobalMasterEasy   PmePencilX   
ClusterCoorElem   GlobalMasterFreeEnergy   PmePencilXMap   
ClusterCoorMsg   GlobalMasterIMD   PmePencilXY   
ClusterElem   GlobalMasterMisc   PmePencilXYMap   
ClusterSizeMsg   GlobalMasterServer   PmePencilXYZ   
CollectionMaster   GlobalMasterSMD   PmePencilXYZMap   
CollectionMgr   GlobalMasterSymmetry   PmePencilY   
CollectLoadsMsg   GlobalMasterTcl   PmePencilZ   
CollectionMgr::CollectVectorInstance   GlobalMasterTest   PmeRealSpace   
CollectionMaster::CollectVectorInstance   GlobalMasterTMD   PmeRealSpaceCompute   
CollectVectorMsg   go_pair   PmeRunMsg   
CollectionMgr::CollectVectorSequence   go_val   PmeSharedTransMsg   
CollectionMaster::CollectVectorSequence   Grid (msm)   PmeSharedUntransMsg   
CollectVectorVarMsg   GridFixed (msm)   PmeStartMsg   
colvarproxy_namd   GridforceFullBaseGrid   PmeTransMsg   
Communicate   GridforceFullMainGrid   PmeTranspose   
CompAtom   GridforceFullSubGrid   PmeUntransMsg   
CompAtomExt   GridforceGrid   PmeXPencil   
Compute   GridforceLiteGrid   PmeYPencil   
ComputeNonbondedMIC::compute_record   GridforceFullBaseGrid::GridIndices   PmeZPencil   
ComputeNonbondedCUDA::compute_record   GridMsg   pntChrgDist   
ComputeAngles   GroGaussPair   Pointer   
ComputeAniso   GroLJPair   position_index   
ComputeBondedCUDAKernel   gromacsPair   PressureProfileReduction   
ComputeBonds   GromacsPairElem   PriorityQueue (msm)   
ComputeConsForce   GromacsPairValue   processorInfo   
ComputeConsForceMsg   GromacsTopFile   ProxyCombinedResultMsg   
ComputeConsTorque   GroupInitMsg   ProxyCombinedResultRawMsg   
ComputeCrossterms   
  H  
ProxyDataMsg   
ComputeCUDAMgr   HashPool   ProxyElem   
ComputeCylindricalBC   HashPoolAdaptorT   ProxyGBISP1ResultMsg   
ComputeMap::ComputeData   HashReal   ProxyGBISP2DataMsg   
ComputeDihedrals   HashString   ProxyGBISP2ResultMsg   
ComputeDPMEDataMsg   heapIterator   ProxyGBISP3DataMsg   
ComputeDPMEResultsMsg   heapRecord   ProxyListInfo   
ComputeEField   HomePatch   ProxyMgr   
ComputeEwald   HomePatchElem   ProxyNodeAwareSpanningTreeMsg   
ComputeEwaldMsg   HydroBasedMsg   ProxyPatch   
ComputeExcls   HydrogenGroupID   ProxyResultMsg   
ComputeExt   
  I  
ProxyResultVarsizeMsg   
ComputeExtAtom   idIndxStr   ProxySpanningTreeMsg   
ComputeExtMgr   ijpair   ProxyTree   
ComputeFmmSerial   ijpair_sortop_bit_reversed   proxyTreeNode   
ComputeFmmSerialAtom   IMDEnergies   ProxyUsage   
ComputeFmmSerialMgr   IMDheader   ProxyUsageKey   
ComputeFullDirect   IMDOutput   
  Q  
ComputeGBISAtom   improper   QMAtomData   
ComputeGBISser   improper_params   QMCoordMsg   
ComputeGBISserMgr   ImproperElem   QMForce   
ComputeGlobal   ImproperValue   QMForceMsg   
ComputeGlobalDataMsg   indexed_nbthole_pair   QMGrpCalcMsg   
ComputeGlobalResultsMsg   indexed_table_pair   QMGrpResMsg   
ComputeGridForce   indexed_vdw_pair   QMPntChrgMsg   
ComputeGromacsPair   IndexRange (msm)   qmSolvData   
ComputeHomePatch   InfoRecord   
  R  
ComputeHomePatches   infostream   Random   
ComputeHomeTuples   InitDeviceMsg   HomePatch::RattleList   
ComputeImpropers   InitDeviceMsg2   RattleParam   
computeInfo   InputAtom   Rebalancer   
ComputeLCPO   Int2   RecBisection   
ComputeMap   Int3   RecipVirial_t   
ComputeMapChangeMsg   OutputAtomRecord::integerVals   RecvDeviceMsg   
ComputeMgr   InterpParams_t   ReductionMgr   
ComputeMoa   intpair   ReductionRegisterMsg   
ComputeMsm   IRSet   ReductionSet   
ComputeMsmMgr   Iterator   ReductionSetData   
ComputeMsmSerial   Ivec (msm)   ReductionSubmitMsg   
ComputeMsmSerialAtom   
  L  
RefineOnly   
ComputeMsmSerialMgr   LargeIRSet   RefineTorusLB   
ComputeNonbondedCUDA   Lattice   refSelStr   
ComputeNonbondedMIC   LCPOAtom   RegisterPatchMsg   
ComputeNonbondedPair   LCPONeighborList   RegisterProxyMsg   
ComputeNonbondedSelf   LdbCoordinator   ReplicaDcdAckMsg   
ComputeNonbondedUtil   LdbMigrateMsg   ReplicaDcdDataMsg   
ComputeNonbondedWorkArrays   listNode   ReplicaDcdInitMsg   
ComputePatch   LJTable   RequireReduction   
ComputePatchPair   LocalID   ResidueLookupElem   
ComputePme   LocalLBInfoMsg   ResizeArray   
ComputePmeCUDA   LocalPmeInfo   ResizeArrayIter   
ComputePmeCUDADevice   LocalWorkMsg   ResizeArrayPrimIter   
ComputePmeCUDAMgr   lphost   ResizeArrayRaw   
ComputePmeMgr   LSSDataStr   Results   
ComputePmeUtil   lssDistSort   
  S  
ComputeQM   LSSSubsDat   ScriptParamMsg   
ComputeQMAtom   
  M  
ScriptTcl   
ComputeQMMgr   main   seg_resid   
ComputeQMPntChrg   Map (msm)   Sequencer   
CudaComputeNonbonded::ComputeRecord   MathArray   SetLatticeMsg   
ComputeRestraints   Matrix4   OutputAtomRecord::shortVals   
ComputeSelfAngles   Matrix4Symmetry   SimParameters   
ComputeSelfAniso   Matrix4TMD   SimpleBroadcastObject   
ComputeSelfBonds   maxHeap   SlaveInitMsg   
ComputeSelfCrossterms   Measure   SortableResizeArray   
ComputeSelfDihedrals   meMMQMGrp   SortedArray   
ComputeSelfExcls   memusageinit   sortop_base   
ComputeSelfGromacsPair   MGridforceParams   sortop_bit_reversed   
ComputeSelfImpropers   MGridforceParamsList   sortop_x   
ComputeSelfThole   MigrateAtomsCombinedMsg   sortop_y   
ComputeSelfTuples   MigrateAtomsMsg   sortop_z   
ComputeSphericalBC   MigrationInfo   SplitComputesMsg   
ComputeStir   minHeap   StreamMessage   
ComputeTclBC   minpoint   StringList   
ComputeThole   MIStream   SubmitReduction   
ConfigList   MoaData   Sync   
ConfigList::ConfigListNode   Molecule   
  T  
ConstPointer   MolInfoMsg   table_pair_params   
Controller   MolInst   LJTable::TableEntry   
ControllerBroadcasts   MOStream   TaggedMsg   
ControllerState   MoveAllByMsg   Tensor   
cptr_sortop_priority   MoveAtomMsg   thole   
CpuPmeAtomStorage   MoveInputAtomsMsg   TholeElem   
cr_sortop_distance   MovePatch   TileExcl   
cr_sortop_reverse_priority   MovePatchAtomsMsg   TileList   
crossterm   MovePatchesMsg   TileListStat   
crossterm_params   MsmBlock   TileListVirialEnergy   
CrosstermData   MsmBlockKernel   TopoManagerWrapper   
CrosstermElem   MsmBlockMap   TorusLB   
CrosstermValue   MsmBlockProxyMsg   Transform   
cuda_args_t   MsmC1HermiteBlock   TransposeBatch   
ComputePmeMgr::cuda_submit_charges_args   MsmC1HermiteBlockProxyMsg   TuplePatchElem   
CudaAngle   MsmC1HermiteGridCutoff   TupleSignature   
CudaAngleValue   MsmC1HermiteGridCutoffProxyMsg   
  U  
CudaAtom   MsmC1HermiteGridCutoffSetupMsg   UniqueSet   
CudaBond   MsmGridCutoff   UniqueSetIter   
CudaBondValue   MsmGridCutoffInitMsg   UniqueSetRaw   
CudaComputeGBISKernel   MsmGridCutoffKernel   UniqueSortedArray   
CudaComputeNonbonded   MsmGridCutoffMap   UnregisterProxyMsg   
CudaComputeNonbondedKernel   MsmGridCutoffProxyMsg   
  V  
CudaComputeNonbondedMsg   MsmGridCutoffSetupMsg   vdw_pair_params   
CudaComputeRecord   MsmInitMsg   vdw_params   
CudaCrossterm   MsmProfiler   vdw_val   
CudaCrosstermValue   MsmSerialCoordMsg   VDWTable   
CudaDihedral   MsmSerialForceMsg   vect   
CudaDihedralValue   MsmTimer   Vector   
CudaExclusion   
  N  
VirialEnergy   
CudaFFTCompute   NamdCentLB   vmdforce   
CudaForce   NamdDummyLB   vmdsocket   
CudaNonbondedTables   NamdHybridLB   
  W  
CudaPatchRecord   NamdNborLB   wkf_timer   
CudaPmeAtomStorage   NamdState   wkfmsgtimer   
CudaPmeKSpaceCompute   nbthole_pair_params   WorkDistrib   
CudaPmePencilX   nbthole_pair_value   WorkIndex   
CudaPmePencilXY   netint   
  Z  
CudaPmePencilXYZ   NL_Msm_t   zVector   
CudaPmePencilY   Node   
  _  
CudaPmePencilZ   NodePmeInfo   __sort_entry   
CudaPmeRealSpaceCompute   
A | B | C | D | E | F | G | H | I | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | Z | _

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