- m -
- m_Kf
: ARestraint
- m_LambdaKf
: ARestraint
- m_LambdaRef
: ARestraint
- m_NumGroups
: ARestraint
- m_pCOMs
: ARestraint
- m_pGroups
: ARestraint
- m_x
: AVector
- m_y
: AVector
- m_z
: AVector
- maingrid
: GridforceFullSubGrid
- mallocTest
: SimParameters
- mallocTest_size
: Node
- many_allowed
: ParseOptions::DataElement
- map
: MsmGridCutoffKernel< Vtype, Mtype >
, MsmBlockKernel< Vtype, Mtype >
, ComputeMsmMgr
, msm::PatchData
- margin
: SimParameters
- marginViolations
: Controller
, HomePatch
- martiniDielAllow
: SimParameters
- martiniSwitching
: SimParameters
- mass
: ComputeGBISAtom
, ComputeQMPntChrg
, LSSDataStr
, FullAtom
, atom_constants
- Masses
: parm
, AmberParm7Reader::Ambertoppar
- massIdx
: BasicAtomInfo
, OutputAtomRecord::shortVals
- master
: SlaveInitMsg
, NonbondedCUDASlaveMsg
, NonbondedMICSlaveMsg
, ComputeNonbondedCUDA
, ComputeNonbondedMIC
- master_pe
: ComputePmeMgr
- masterPe
: ComputeNonbondedCUDA
, ComputeNonbondedMIC
- mat
: Matrix4
, Matrix4Symmetry
- max
: eABF
, ExclusionCheck
- max_lyzd
: NL_Msm_t
- max_lzd
: NL_Msm_t
- maxAtomMovement
: Flags
- maxatoms
: NL_Msm_t
- maxbins
: NL_Msm_t
- maxCompute
: SplitComputesMsg
- maxComputeId
: SplitComputesMsg
- maxExclusionFlags
: SimParameters
- maxForceMerged
: Flags
- maxForceUsed
: Flags
- maxGroupRadius
: GBISParamStruct
, Flags
- maxHydrogenGroupSize
: Molecule
- maximumMove
: SimParameters
- maxlevels
: NL_Msm_t
- maxMigrationGroupSize
: Molecule
- maxPairPart
: SimParameters
- maxPart
: nonbonded
, ComputeLCPO
, ComputeNonbondedPair
, ComputeNonbondedSelf
- maxPatches
: SimParameters
- maxSelfPart
: SimParameters
- maxUnsplit
: SplitComputesMsg
- Mbona
: parm
, AmberParm7Reader::Ambertoppar
- Mbper
: AmberParm7Reader::Ambertoppar
- Mdper
: AmberParm7Reader::Ambertoppar
- melem
: C1Matrix
- mergeCrossterms
: SimParameters
- mergegrids
: cuda_args_t
- Mgper
: AmberParm7Reader::Ambertoppar
- mgr
: msm::PatchData
, ComputePmeMgr::cuda_submit_charges_args
- mgridforcelist
: SimParameters
- mgridforceOn
: SimParameters
- mgrLocal
: MsmGridCutoffKernel< Vtype, Mtype >
, MsmBlockKernel< Vtype, Mtype >
- mgrProxy
: MsmBlockKernel< Vtype, Mtype >
, InitDeviceMsg2
- mic_deviceThreshold
: SimParameters
- mic_hostSplit
: SimParameters
- mic_numParts_pair_p1
: SimParameters
- mic_numParts_pair_p2
: SimParameters
- mic_numParts_self_p1
: SimParameters
- mic_singleKernel
: SimParameters
- mic_unloadMICPEs
: SimParameters
- migrateMsgs
: LdbCoordinator
- migrationGroupSize
: FullAtom
- migrationList
: MigrateAtomsMsg
, MigrateAtomsCombinedMsg
- min
: eABF
, ExclusionCheck
- min_energy
: Controller
- min_f_dot_f
: Controller
- min_f_dot_v
: Controller
- min_huge_count
: Controller
- min_reduction
: Controller
, Sequencer
- min_v_dot_v
: Controller
- minAtomsPerPatch
: SimParameters
- minBabyStep
: SimParameters
- minimizeCGOn
: SimParameters
- minimizeCoefficient
: ControllerBroadcasts
- minimizeOn
: SimParameters
- minLineGoal
: SimParameters
- minPart
: ComputeLCPO
, ComputeNonbondedPair
, ComputeNonbondedSelf
, nonbonded
- minTinyStep
: SimParameters
- minVerbose
: SimParameters
- miscForcesOn
: SimParameters
- mList
: MigrationInfo
- mmIndx
: meMMQMGrp
- modExclCnt
: ExclusionSignature
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: ExclSigInfo
- modified
: ExclElem
, Exclusion
- modOffset
: ExclusionSignature
- mol
: ComputeNonbondedUtil
- molecule
: Node
- mollyIter
: SimParameters
- mollyOn
: SimParameters
- mollyTol
: SimParameters
- momentumCorrection
: ControllerBroadcasts
- momentumSqrSum
: Controller
- movDragFile
: SimParameters
- movDragGlobVel
: SimParameters
- movDragOn
: SimParameters
- movDragVelFile
: SimParameters
- moves
: LocalLBInfoMsg
- moveto
: MoveAtomMsg
- moveToNode
: ComputeMap::ComputeData
- movingConstraintsOn
: SimParameters
- movingConsVel
: SimParameters
- Mphia
: parm
, AmberParm7Reader::Ambertoppar
- MPID
: OutputAtomRecord::integerVals
, InputAtom
, HydrogenGroupID
- msg
: TaggedMsg
, ComputeNonbondedCUDA::patch_record
, PmeSharedTransMsg
, PmeSharedUntransMsg
- msgbuf
: HomePatch
- msgSize
: TaggedMsg
- MSMApprox
: SimParameters
- msmBlock
: ComputeMsmMgr
- msmBlockElementProxy
: MsmC1HermiteGridCutoff
, MsmGridCutoff
- msmBlockElementProxyData
: MsmC1HermiteGridCutoffSetupMsg
, MsmGridCutoffSetupMsg
- msmBlockProxyData
: MsmBlockProxyMsg
, MsmC1HermiteBlockProxyMsg
- MSMBlockSizeX
: SimParameters
- MSMBlockSizeY
: SimParameters
- MSMBlockSizeZ
: SimParameters
- msmC1HermiteBlock
: ComputeMsmMgr
- msmC1HermiteGridCutoff
: ComputeMsmMgr
- msmCompute
: ComputeMsmMgr
- msmflags
: NL_Msm_t
- msmGridCutoff
: ComputeMsmMgr
- msmGridCutoffBroadcast
: MsmC1HermiteBlock
, MsmBlock
- msmGridCutoffProxyData
: MsmC1HermiteGridCutoffProxyMsg
, MsmGridCutoffProxyMsg
- msmGridCutoffReduction
: MsmBlock
, MsmC1HermiteBlock
- MSMGridSpacing
: SimParameters
- MSMLevels
: SimParameters
- MSMOn
: SimParameters
- MSMPadding
: SimParameters
- msmProxy
: ComputeMsmMgr
- MSMQuality
: SimParameters
- MsmSerialOn
: SimParameters
- MSMSplit
: SimParameters
- MSMxmax
: SimParameters
- MSMxmin
: SimParameters
- MSMymax
: SimParameters
- MSMymin
: SimParameters
- MSMzmax
: SimParameters
- MSMzmin
: SimParameters
- Mtheta
: parm
, AmberParm7Reader::Ambertoppar
- MTSAlgorithm
: SimParameters
- multicastMgr
: BOCgroup
- multigratorNoseHooverChainLength
: SimParameters
- multigratorNu
: Controller
- multigratorNuT
: Controller
- multigratorOmega
: Controller
- multigratorOn
: SimParameters
- multigratorPressureFreq
: SimParameters
- multigratorPressureRelaxationTime
: SimParameters
- multigratorPressureTarget
: SimParameters
- multigratorReduction
: Controller
, Sequencer
- multigratorTemperatureFreq
: SimParameters
- multigratorTemperatureRelaxationTime
: SimParameters
- multigratorTemperatureTarget
: SimParameters
- multigratorXi
: Controller
- multigratorXiT
: Controller
- multigratorZeta
: Controller
- multiplicity
: QMGrpCalcMsg
, improper_params
, dihedral_params
, DihedralValue
, ImproperValue
- mygridnum
: GridforceGrid
- myHandle
: LdbCoordinator
- myKSpace
: PmeXPencil
- myOMid
: LdbCoordinator
- mySegid
: ResidueLookupElem