- a -
- A
: LJTable::TableEntry
, go_pair
, indexed_vdw_pair
- a
: ComputeMsmMgr
- A
: vdw_pair_params
- a
: NL_Msm_t
, sortop_base
- A12_f
: ComputeNonbondedUtil
- A14
: vdw_pair_params
, indexed_vdw_pair
- A6_f
: ComputeNonbondedUtil
- a_cut
: GBISParamStruct
, GBISParam< 1 >
, GBISParam< 3 >
- a_data_dev
: ComputePmeMgr
- a_data_host
: ComputePmeMgr
- a_dim
: TopoManagerWrapper
- a_f
: NL_Msm_t
- a_mod
: TopoManagerWrapper
- a_rot
: TopoManagerWrapper
- a_total
: nodesort
- aa
: thole
- aaAngleExp
: SimParameters
- abuffer
: msm::Array< T >
- accelMDalpha
: SimParameters
- accelMDDebugOn
: SimParameters
- accelMDdihe
: SimParameters
- accelMDdoDihe
: ComputeHomeTuples< T, S, P >
- accelMDdual
: SimParameters
- accelMDdV
: Controller
- accelMDdVAverage
: Controller
- accelMDE
: SimParameters
- accelMDFirstStep
: SimParameters
- accelMDG
: SimParameters
- accelMDGcMDPrepSteps
: SimParameters
- accelMDGcMDSteps
: SimParameters
- accelMDGEquiPrepSteps
: SimParameters
- accelMDGEquiSteps
: SimParameters
- accelMDGiE
: SimParameters
- accelMDGresetVaftercmd
: SimParameters
- accelMDGRestart
: SimParameters
- accelMDGRestartFile
: SimParameters
- accelMDGSigma0D
: SimParameters
- accelMDGSigma0P
: SimParameters
- accelMDGStatWindow
: SimParameters
- accelMDLastStep
: SimParameters
- accelMDOn
: ComputeNonbondedUtil
, SimParameters
- accelMDOutFreq
: SimParameters
- accelMDRescaleFactor
: ControllerBroadcasts
- accelMDTalpha
: SimParameters
- accelMDTE
: SimParameters
- active
: msm::FoldFactor
- activePatches
: ComputeNonbondedCUDA
, ComputeNonbondedMIC
- adaptTempAutoDt
: Controller
, SimParameters
- adaptTempBetaMax
: Controller
- adaptTempBetaMin
: Controller
- adaptTempBetaN
: Controller
- adaptTempBin
: Controller
- adaptTempBins
: Controller
, SimParameters
- adaptTempCg
: Controller
- adaptTempCgamma
: SimParameters
- adaptTempDBeta
: Controller
- adaptTempDebug
: SimParameters
- adaptTempDt
: Controller
, SimParameters
- adaptTempDTave
: Controller
- adaptTempDTavenum
: Controller
- adaptTempDtMax
: Controller
- adaptTempDtMin
: Controller
- adaptTemperature
: ControllerBroadcasts
- adaptTempFirstStep
: SimParameters
- adaptTempFreq
: SimParameters
- adaptTempInFile
: SimParameters
- adaptTempLangevin
: SimParameters
- adaptTempLastStep
: SimParameters
- adaptTempOn
: SimParameters
- adaptTempOutFreq
: SimParameters
- adaptTempPotEnergyAve
: Controller
- adaptTempPotEnergyAveDen
: Controller
- adaptTempPotEnergyAveNum
: Controller
- adaptTempPotEnergySamples
: Controller
- adaptTempPotEnergyVar
: Controller
- adaptTempPotEnergyVarNum
: Controller
- adaptTempRandom
: SimParameters
- adaptTempRescale
: SimParameters
- adaptTempRestartFile
: Controller
, SimParameters
- adaptTempRestartFreq
: SimParameters
- adaptTempT
: Controller
, Sequencer
- adaptTempTmax
: SimParameters
- adaptTempTmin
: SimParameters
- addToRemoteSequenceNumber
: ReductionSet
- af
: TuplePatchElem
- aid
: CollectVectorMsg
, CollectVectorVarMsg
, CollectionMgr::CollectVectorInstance
, ComputeConsForceMsg
, ComputeGlobalDataMsg
, ComputeGlobalResultsMsg
, CollectProxyVectorInstance
- aid_size
: CollectVectorMsg
- alch_unpert_angles
: Molecule
- alch_unpert_bonds
: Molecule
- alch_unpert_dihedrals
: Molecule
- alchBondDecouple
: SimParameters
- alchBondLambdaEnd
: SimParameters
- alchDecouple
: ComputeNonbondedUtil
, ComputePmeUtil
, SimParameters
- alchDroppedAngles
: Molecule
- alchDroppedDihedrals
: Molecule
- alchDroppedImpropers
: Molecule
- alchElecLambdaStart
: ComputePmeUtil
, SimParameters
- alchEnsembleAvg
: SimParameters
- alchEquilSteps
: SimParameters
- alchFepOn
: ComputeNonbondedUtil
, ComputePmeUtil
, SimParameters
- alchFepOnAtStartup
: SimParameters
- alchIDWSFreq
: SimParameters
- alchLambda
: SimParameters
- alchLambda2
: SimParameters
- alchLambdaFreq
: SimParameters
- alchLambdaIDWS
: SimParameters
- alchMethod
: SimParameters
- alchOn
: ComputePmeUtil
, SimParameters
- alchOnAtStartup
: SimParameters
- alchOutFile
: SimParameters
- alchOutFreq
: SimParameters
- alchRepLambdaEnd
: SimParameters
- alchTemp
: SimParameters
- alchThermIntOn
: ComputeNonbondedUtil
, ComputePmeUtil
, SimParameters
- alchThermIntOnAtStartup
: SimParameters
- alchVdwLambdaEnd
: SimParameters
- alchVdwShiftCoeff
: ComputeNonbondedUtil
, SimParameters
- alchWCAOn
: ComputeNonbondedUtil
, SimParameters
- alchWork
: Controller
- alen
: msm::Array< T >
- allAtoms
: MovePatchAtomsMsg
- allExclCnt
: ExclusionSignature
- allPes
: ProxyNodeAwareSpanningTreeMsg
- allTuples
: ExclusionSignature
- alpha
: drude_constants
- alpha_cutoff
: SimParameters
- alpha_max
: GBISParamStruct
, SimParameters
- alphai
: nbthole_pair_params
, indexed_nbthole_pair
, nbthole_pair_value
- alphaj
: nbthole_pair_params
, indexed_nbthole_pair
, nbthole_pair_value
- amax
: msm::Array< T >
- amberOn
: SimParameters
- amd_reduction
: Controller
- angle
: angle_params
, lphost
- angle_array
: Parameters
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: angle
- AngleAt1
: parm
, AmberParm7Reader::Ambertoppar
- AngleAt2
: parm
, AmberParm7Reader::Ambertoppar
- AngleAt3
: parm
, AmberParm7Reader::Ambertoppar
- angleCnt
: AtomSignature
- AngleHAt1
: parm
, AmberParm7Reader::Ambertoppar
- AngleHAt2
: parm
, AmberParm7Reader::Ambertoppar
- AngleHAt3
: AmberParm7Reader::Ambertoppar
, parm
- AngleHNum
: parm
, AmberParm7Reader::Ambertoppar
- AngleNum
: AmberParm7Reader::Ambertoppar
, parm
- angleSigIndices
: AtomSigInfo
- angleSigs
: AtomSignature
- appForces
: GlobalMaster
- appForcesChanged
: GlobalMaster
- approx
: ComputeMsmMgr
, NL_Msm_t
- atmIDs
: qmSolvData
- atom
: PmeAtomStorage
, NL_Msm_t
, MovePatchesMsg
- atom1
: gromacsPair
, Exclusion
, angle
, bond
, dihedral
, improper
, crossterm
, lphost
, aniso
, thole
- atom1name
: nbthole_pair_params
, bond_params
, angle_params
, dihedral_params
, improper_params
, crossterm_params
, vdw_pair_params
, table_pair_params
- atom1wild
: dihedral_params
- atom2
: dihedral
, lphost
, bond
, angle
, improper
, crossterm
, gromacsPair
, aniso
, thole
, Exclusion
- atom2name
: bond_params
, angle_params
, dihedral_params
, improper_params
, vdw_pair_params
, table_pair_params
, nbthole_pair_params
, crossterm_params
- atom2wild
: dihedral_params
- atom3
: crossterm
, thole
, angle
, dihedral
, lphost
, aniso
, improper
- atom3name
: improper_params
, crossterm_params
, angle_params
, dihedral_params
- atom3wild
: dihedral_params
- atom4
: improper
, thole
, lphost
, dihedral
, crossterm
, aniso
- atom4name
: crossterm_params
, dihedral_params
, improper_params
- atom4wild
: dihedral_params
- atom5
: crossterm
- atom5name
: crossterm_params
- atom6
: crossterm
- atom6name
: crossterm_params
- atom7
: crossterm
- atom7name
: crossterm_params
- atom8
: crossterm
- atom8name
: crossterm_params
- atom_f
: NL_Msm_t
- atomChainTypes
: Molecule
- atomFixed
: CompAtomExt
- atomID
: BondElem
, CrosstermElem
, ImproperElem
, HydrogenGroupID
, position_index
, GromacsPairElem
, TholeElem
, ExclElem
, AnisoElem
, AngleElem
- atomid
: MoveAtomMsg
- atomID
: DihedralElem
- atomIdBegin
: GlobalMaster
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: GlobalMaster
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: ResidueLookupElem
, PmeAtomStorage
- atomList
: MoveInputAtomsMsg
- atomMap
: ComputeNonbondedMIC
, ComputeHomeTuples< T, S, P >
, ComputeNonbondedCUDA
, Node
- atomMapper
: Patch
- atomname
: vdw_params
, atom_name_info
- atomnameIdx
: AtomNameIdx
- atomNameIdx
: BasicAtomInfo
, OutputAtomRecord::shortVals
- AtomNames
: parm
, AmberParm7Reader::Ambertoppar
- AtomNumbers
: AmberParm7Reader::Ambertoppar
- atomPositionBegin
: GlobalMaster
- AtomRes
: parm
, AmberParm7Reader::Ambertoppar
- atoms
: PmeAtomPencilMsg
, PmeAtomMsg
, ExchangeAtomsMsg
, CheckpointAtomsMsg
, HomePatch::checkpoint_t
, ComputeNonbondedCUDA
- atoms_map
: colvarproxy_namd
- atoms_size
: ComputeNonbondedCUDA
- atomsChanged
: ComputeNonbondedCUDA
, ComputeNonbondedMIC
- atomsCnt
: ClusterSizeMsg
, ClusterElem
- atomsCntList
: AtomsCntPerPatchMsg
- atomSigIdx
: BasicAtomInfo
, OutputAtomRecord::integerVals
- atomsInGroup
: HydrogenGroupID
, OutputAtomRecord::integerVals
- atomsInMigrationGroup
: HydrogenGroupID
, OutputAtomRecord::integerVals
- atomSort_0_sortValues__
: ComputeNonbondedWorkArrays
- atomSort_1_sortValues__
: ComputeNonbondedWorkArrays
- AtomsPerMolecule
: AmberParm7Reader::Ambertoppar
- atomStart
: CudaComputeNonbonded::PatchRecord
, CudaPatchRecord
- AtomSym
: AmberParm7Reader::Ambertoppar
, parm
- AtomTree
: AmberParm7Reader::Ambertoppar
, parm
- atomtype
: atom_name_info
- atomtypeIdx
: AtomNameIdx
- atomTypeIdx
: BasicAtomInfo
, OutputAtomRecord::shortVals
- auxFilename
: SimParameters
- available
: processorInfo
- averageLoad
: SplitComputesMsg
, Rebalancer
- avg_count
: Controller
- avgCompute
: SplitComputesMsg
- avgPlLen
: ProxyDataMsg
- avgPositionBox
: ComputeNonbondedSelf
, TuplePatchElem
, ComputeNonbondedPair
, Patch
, PatchElem
- avgPositionComputeList
: Patch
- avgPositionList
: ProxyDataMsg
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: Patch
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: Patch