Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- _ -

• _get_keyval_scalar_proto_() : colvarparse
• _get_keyval_vector_proto_() : colvarparse
• _hasNewAtoms : Patch
• _iter : OptPmePencil< T >

- a -

• A : indexed_vdw_pair, vdw_pair_params, LJTable::TableEntry
• a() : Lattice
• A14 : indexed_vdw_pair, vdw_pair_params
• a_p() : Lattice
• a_r() : Lattice
• a_total : nodesort
• aaAngleExp : SimParameters
• acc_force() : colvar_grid_gradient
• acc_grad() : colvar_grid_gradient
• acc_value() : colvar_grid_scalar
• acceptor : colvar::h_bond
• Accumulate() : ALambdaManager, ALambdaControl
• acf : colvar
• acf_colvar_name : colvar
• acf_coor : colvar
• acf_length : colvar
• acf_nframes : colvar
• acf_normalize : colvar
• acf_notset : colvar
• acf_offset : colvar
• acf_outfile : colvar
• acf_p2coor : colvar
• acf_stride : colvar
• acf_type : colvar
• acf_type_e : colvar
• acf_v_history : colvar
• acf_v_history_p : colvar
• acf_vel : colvar
• acf_x_history : colvar
• acf_x_history_p : colvar
• activate_pencils() : OptPmeMgr, ComputePmeMgr
• activePatches : ComputeNonbondedCUDA
• actualNumAtoms : AtomStaticInfoMsg
• Add() : ARestraintManager, ALambdaManager, AGroup
• add() : UniqueSortedArray< Elem >, UniqueSetRaw< Elem >, UniqueSet< Elem >, SortedArray< Elem >, ResizeArray< Elem >, SubmitReduction, MigrateAtomsCombinedMsg, MGridforceParamsList
• add14Type() : VDWTable
• add_atom() : colvarmodule::atom_group
• add_bias_force() : colvar
• add_colvar() : colvarbias
• add_constant() : colvar_grid< T >
• add_element() : ConfigList
• add_keyword() : colvarparse
• addAngle() : GenericMol
• addAtom() : GenericMol
• addBond() : GenericMol
• addClient() : GlobalMasterServer
• addDihedral() : GenericMol
• addEnergy() : GlobalMasterEasy
• addForce() : GlobalMasterFreeEnergy, GlobalMasterEasy
• AddForces() : ARestraintManager
• addForceToMomentum() : Sequencer, HomePatch
• addGridProcRequest() : GridforceGrid
• addGridValue() : GridforceGrid
• addMovDragToPosition() : Sequencer
• address() : colvar_grid< T >
• addRotDragToPosition() : Sequencer
• addToRemoteSequenceNumber : ReductionSet
• addType() : VDWTable, DihedralTable, AngleTable, BondTable, AtomTable
• addVelocityToPosition() : Sequencer, HomePatch
• ADiheRestraint() : ADiheRestraint
• ADistRestraint() : ADistRestraint
• adjustBackgroundLoadAndComputeAverage() : Rebalancer
• AGroup() : AGroup
• aid : ComputeGlobalResultsMsg, ComputeGlobalDataMsg, ComputeGlobalConfigMsg, ComputeConsForceMsg, CollectionMgr::CollectVectorInstance, CollectVectorMsg
• ALambdaControl() : ALambdaControl
• ALambdaManager() : ALambdaManager
• alchDecouple : SimParameters, ComputeNonbondedUtil
• alchDroppedAngles : Molecule
• alchDroppedDihedrals : Molecule
• alchDroppedImpropers : Molecule
• alchElecLambdaStart : SimParameters, ComputeNonbondedUtil
• alchEquilSteps : SimParameters
• alchFepOn : SimParameters, ComputeNonbondedUtil
• alchLambda : SimParameters, ComputeNonbondedUtil
• alchLambda2 : SimParameters, ComputeNonbondedUtil
• alchMethod : SimParameters
• alchOn : SimParameters
• alchOutFile : SimParameters
• alchOutFreq : SimParameters
• alchTemp : SimParameters
• alchThermIntOn : SimParameters, ComputeNonbondedUtil
• alchVdwLambdaEnd : SimParameters, ComputeNonbondedUtil
• alchVdwShiftCoeff : SimParameters, ComputeNonbondedUtil
• Alg7() : Alg7
• AlgNbor() : AlgNbor
• algorithm() : Sequencer, Controller
• AlgRecBisection() : AlgRecBisection
• AlignVector() : AlignVector
• alloc() : ReductionSubmitMsg, colvarmodule::matrix2d< T, outer_length, inner_length >
• allocateCids() : ComputeMap
• allocateGridCache() : GridforceGrid
• allocateGridEntry() : GridforceGrid
• allocateGridRequestTables() : GridforceGrid
• allocateMap() : AtomMap
• allowed_keywords : colvarparse
• allPes : ProxyNodeAwareSpanningTreeMsg
• alpha : drude_constants
• alpha_angles() : colvar::alpha_angles
• alpha_dihedrals() : colvar::alpha_dihedrals
• alternatelocation() : PDBAtom
• amberOn : SimParameters
• analyse() : colvarmodule, colvarbias_meta, colvarbias, colvar
• AnAngleRestraint() : AnAngleRestraint
• angle : colvar::angle, lphost, angle_params
• angle_array : Parameters
• angle_type : angle
• AngleAt1 : parm
• AngleAt2 : parm
• AngleAt3 : parm
• angleCnt : AtomSignature
• AngleElem : AngleElem, Molecule
• angleEnergyIndex : AngleElem
• AngleHAt1 : parm
• AngleHAt2 : parm
• AngleHAt3 : parm
• AngleHNum : parm
• AngleNum : parm
• angleSigIndices : AtomSigInfo
• angleSigs : AtomSignature
• ANISOU : PDBData
• APosRestraint() : APosRestraint
• append() : ResidueLookupElem, CollectionMgr::CollectVectorInstance, CollectionMaster::CollectVectorInstance
• appForces : GlobalMaster
• appForcesChanged : GlobalMaster
• applied_forces : colvarproxy_namd
• appliedForces() : GlobalMaster
• apply_colvar_force() : colvarmodule::atom_group
• apply_constraints() : colvarvalue
• apply_force() : colvar::logmsd, colvar::rmsd, colvar::orientation_angle, colvar::orientation, colvar::alpha_angles, colvar::alpha_dihedrals, colvar::h_bond, colvar::coordnum, colvar::dihedral, colvar::angle, colvar::eigenvector, colvar::gyration, colvar::min_distance, colvar::distance_xy, colvar::distance_z, colvar::distance_dir, colvar::distance, colvar::cvc, colvarmodule::atom_group, colvarmodule::atom
• apply_forces() : colvarmodule::atom_group
• apply_rotation() : colvarmodule::atom_group
• apply_transform() : Lattice
• apply_translation() : colvarmodule::atom_group
• ARestraint() : ARestraint
• ARestraintManager() : ARestraintManager
• Array() : Array< Elem, Size >
• array : colvarmodule::matrix2d< T, outer_length, inner_length >, colvarmodule::vector1d< T, length >
• assign() : Rebalancer
• assign_angle_index() : Parameters
• assign_bond_index() : Parameters
• assign_crossterm_index() : Parameters
• assign_dihedral_index() : Parameters
• assign_improper_index() : Parameters
• assign_vdw_index() : Parameters
• assignBaseNode() : PatchMap
• assignNode() : PatchMap
• assignNodeToPatch() : WorkDistrib
• assignToPatch() : PatchMap
• atoBool() : MGridforceParamsList
• atom : PDB, colvarmodule::atom, MovePatchesMsg, colvarmodule
• ATOM : PDBData
• atom1 : Exclusion, aniso, lphost, crossterm, improper, dihedral, angle, bond
• atom1name : table_pair_params, vdw_pair_params, crossterm_params, improper_params, dihedral_params, angle_params, bond_params
• atom1wild : dihedral_params
• atom2 : Exclusion, aniso, lphost, crossterm, improper, dihedral, angle, bond
• atom2name : table_pair_params, vdw_pair_params, crossterm_params, improper_params, dihedral_params, angle_params, bond_params
• atom2wild : dihedral_params
• atom3 : aniso, lphost, crossterm, improper, dihedral, angle
• atom3name : crossterm_params, improper_params, dihedral_params, angle_params
• atom3wild : dihedral_params
• atom4 : aniso, lphost, crossterm, improper, dihedral
• atom4name : crossterm_params, improper_params, dihedral_params
• atom4wild : dihedral_params
• atom5 : crossterm
• atom5name : crossterm_params
• atom6 : crossterm
• atom6name : crossterm_params
• atom7 : crossterm
• atom7name : crossterm_params
• atom8 : crossterm
• atom8name : crossterm_params
• atom_const_iter : colvarmodule
• atom_group : colvarmodule::atom_group, colvarmodule
• atom_id : colvarmodule
• atom_iter : colvarmodule
• atom_pos : colvarmodule
• atom_type_name() : Parameters
• atomcharge() : Molecule
• ATOMDISNUM : AtomsDisInfo
• atomFixed : CompAtomExt
• atomID : HydrogenGroupID, ExclElem, ImproperElem, DihedralElem, CrosstermElem, BondElem, AngleElem
• atomid : MoveAtomMsg
• atomIdBegin : GlobalMaster
• atomIdEnd : GlobalMaster
• atomIDList : ProxyAtomsMsg
• atomIndex : ResidueLookupElem
• atomMap : Node, ComputeNonbondedCUDA, ComputeHomeTuples< T, S, P >
• AtomMap() : AtomMap
• atommass() : Molecule
• atomname : atom_name_info, vdw_params
• atomnameIdx : AtomNameIdx
• atomNameIdx : BasicAtomInfo
• AtomNames : parm
• atomPositionBegin : GlobalMaster
• AtomRes : parm
• atoms : PDB, BoxState, colvar::orientation, colvar::eigenvector, colvar::gyration, AtomStaticInfoMsg
• atoms_cog : colvar::orientation
• atomsCnt : AtomsDisInfo
• AtomsDisInfo() : AtomsDisInfo
• atomSigIdx : BasicAtomInfo
• AtomSigInfo() : AtomSigInfo
• AtomSignature() : AtomSignature
• atomsInGroup : HydrogenGroupID
• atomSort_0_sortValues__ : ComputeNonbondedWorkArrays
• atomSort_1_sortValues__ : ComputeNonbondedWorkArrays
• AtomSym : parm
• AtomTree : parm
• atomtype : atom_name_info
• atomtypeIdx : AtomNameIdx
• atomTypeIdx : BasicAtomInfo
• atomUpdate() : ComputePatchPair, ComputePatch, ComputeNonbondedCUDA, ComputeHomeTuples< T, S, P >, ComputeHomePatches, ComputeHomePatch, Compute
• atomvdwtype() : Molecule
• AUTHOR : PDBData
• auxFilename : SimParameters
• available : processorInfo
• AVector() : AVector
• average() : colvar_grid_gradient
• averageLoad : Rebalancer
• avg_count : Controller
• avgPlLen : ProxyDataMsg
• avgPositionBox : Patch, ComputeNonbondedSelf, ComputeNonbondedPair, TuplePatchElem, PatchElem
• avgPositionBoxClosed() : Patch
• avgPositionComputeList : Patch
• avgPositionList : ProxyDataMsg
• avgPositionPtrBegin : Patch
• avgPositionPtrEnd : Patch
• awaitBOCCheckIn() : Node
• awaken() : Sequencer, Controller, BroadcastClient, BackEnd
• awakenSequencers() : LdbCoordinator
• axis : colvar::distance_z
• axis_norm : colvar::distance_z

- b -

• b : Lattice, netint, GridforceGrid::_box
• B : indexed_vdw_pair, vdw_pair_params, LJTable::TableEntry
• B14 : indexed_vdw_pair, vdw_pair_params
• b_1site_force : colvar::dihedral, colvar::distance_z, colvar::distance
• b_analysis : colvarmodule
• b_anisotropic : colvar::coordnum
• b_center : colvarmodule::atom_group
• b_debug_gradients : colvarmodule::rotation, colvar::cvc
• b_dummy : colvarmodule::atom_group
• b_group2_center_only : colvar::coordnum
• b_hills_traj : colvarbias_meta
• b_inverse_gradients : colvar::cvc, colvar
• b_Jacobian_derivative : colvar::cvc
• b_Jacobian_force : colvar
• b_linear : colvar
• b_p() : Lattice
• b_periodic : colvar::cvc, colvar
• b_r() : Lattice
• b_rotate : colvarmodule::atom_group
• b_total : nodesort
• backgroundLoad : processorInfo
• backup_file() : colvarproxy_namd, colvarproxy
• backward_fft() : OptPmeXPencil, OptPmeYPencil, OptPmeZPencil, PmeXPencil, PmeYPencil, PmeZPencil
• backward_plan : OptPmeXPencil, PmeXPencil
• barrier() : LdbCoordinator, BackEnd
• base_init() : OptPmePencil< T >, PmePencil< T >
• basenode() : PatchMap
• basePatchIDList() : PatchMap
• basePriority : Compute
• begin() : UniqueSetIter< T >, ResizeArrayPrimIter< T >, ResizeArrayIter< T >, ResizeArray< Elem >, Array< Elem, Size >
• berendsenPressure() : Sequencer, Controller
• berendsenPressure_avg : Controller
• berendsenPressure_count : Sequencer, Controller
• berendsenPressureCompressibility : SimParameters
• berendsenPressureFreq : SimParameters
• berendsenPressureOn : SimParameters
• berendsenPressureRelaxationTime : SimParameters
• berendsenPressureTarget : SimParameters
• biases : colvarmodule
• bin_distance_from_boundaries() : colvar_grid< T >
• bin_to_value_scalar() : colvar_grid< T >, colvar
• binaryOutput : SimParameters
• binaryRefine() : RefineTorusLB
• binaryRestart : SimParameters
• block1 : PmeGrid
• block2 : PmeGrid
• block3 : PmeGrid
• BOCCheckIn() : Node
• BOID() : BOID
• boltzmann() : colvarproxy_namd, colvarproxy, colvarmodule
• boltzmann_counts : colvarbias_meta
• boltzmann_counts_file : colvarbias_meta
• boltzmann_weights : colvarbias_meta
• boltzmann_weights_file : colvarbias_meta
• boltzmann_weights_scale : colvarbias_meta
• boltzmann_weights_temp : colvarbias_meta
• bond_array : Parameters
• bond_type : bond
• BondAt1 : parm
• BondAt2 : parm
• bondCnt : AtomSignature
• BondElem : BondElem, Molecule
• bondEnergyIndex : ExclElem, BondElem
• BondHAt1 : parm
• BondHAt2 : parm
• BondHNum : parm
• BondNum : parm
• bondSigIndices : AtomSigInfo
• bondSigs : AtomSignature
• BOOL : ParseOptions::DataElement
• Boundary : parm
• Box : parm, GridforceGrid
• Box<Owner,Data> : OwnerBox< Owner, Data >
• boxClosed() : ProxyPatch, Patch, HomePatch
• boxesOpen : Patch
• brace_check() : colvarparse
• brickDim() : Rebalancer
• broadcast : Sequencer, Controller
• BroadcastClient() : BroadcastClient
• broadcastClient : BroadcastClientElem
• BroadcastClientElem() : BroadcastClientElem
• broadcastMgr : BOCgroup
• BroadcastMgr : BroadcastMgr, BroadcastMsg
• BroadcastMsg() : BroadcastMsg
• broadcastSet : BOID
• bsearch() : SortedArray< Elem >, SortableResizeArray< Elem >
• build_constant_forces() : Molecule
• build_constorque_params() : Molecule
• build_constraint_params() : Molecule
• build_exclusions() : ComputeNonbondedCUDA
• build_exPressure_atoms() : Molecule
• build_extra_bonds() : Molecule
• build_fep_flags() : Molecule
• build_fixed_atoms() : Molecule
• build_force_table() : ComputeNonbondedCUDA
• build_gridforce_params() : Molecule
• build_langevin_params() : Molecule
• build_matrix() : colvarmodule::rotation
• build_movdrag_params() : Molecule
• build_rotdrag_params() : Molecule
• build_stirred_atoms() : Molecule
• buildProxySpanningTree() : ProxyMgr
• buildProxySpanningTree2() : ProxyMgr
• buildSpanningTree() : HomePatch
• buildSpanningTree0() : ProxyMgr
• buildSpanTree() : ReductionMgr
• bytesPerAtom : Rebalancer

- c -

• c : Lattice, Rebalancer::pcpair, CrosstermValue, ComputeNonbondedCUDA::compute_record
• c0 : ComputeNonbondedUtil
• c1 : ComputeNonbondedUtil
• c3 : ComputeNonbondedUtil
• c5 : ComputeNonbondedUtil
• c6 : ComputeNonbondedUtil
• c7 : ComputeNonbondedUtil
• c8 : ComputeNonbondedUtil
• c_array() : colvarmodule::matrix2d< T, outer_length, inner_length >, colvarmodule::vector1d< T, length >
• c_p() : Lattice
• c_r() : Lattice
• c_total : nodesort
• caclNumAtomsInEachPatch() : WorkDistrib
• calc() : colvarmodule, colvar
• calc_acf() : colvar
• calc_coor_acf() : colvar
• calc_error() : ComputeNonbondedUtil
• calc_force_invgrads() : colvar::logmsd, colvar::rmsd, colvar::dihedral, colvar::eigenvector, colvar::gyration, colvar::distance_xy, colvar::distance_z, colvar::distance, colvar::cvc
• calc_gradients() : colvar::logmsd, colvar::rmsd, colvar::orientation_angle, colvar::orientation, colvar::alpha_angles, colvar::alpha_dihedrals, colvar::h_bond, colvar::coordnum, colvar::dihedral, colvar::angle, colvar::eigenvector, colvar::gyration, colvar::min_distance, colvar::distance_xy, colvar::distance_z, colvar::distance_dir, colvar::distance, colvar::cvc
• calc_hills() : colvarbias_meta
• calc_hills_force() : colvarbias_meta
• calc_Jacobian_derivative() : colvar::logmsd, colvar::rmsd, colvar::dihedral, colvar::eigenvector, colvar::gyration, colvar::distance_xy, colvar::distance_z, colvar::distance, colvar::cvc
• calc_optimal_rotation() : colvarmodule::rotation
• calc_p2coor_acf() : colvar
• calc_pair() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_fep() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_fullelect() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_fullelect_fep() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_fullelect_int() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_fullelect_les() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_fullelect_pprof() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_fullelect_tabener() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_fullelect_ti() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_int() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_les() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_merge_fullelect() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_merge_fullelect_fep() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_merge_fullelect_int() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_merge_fullelect_les() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_merge_fullelect_pprof() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_merge_fullelect_tabener() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_merge_fullelect_ti() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_pprof() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_slow_fullelect() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_slow_fullelect_fep() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_slow_fullelect_les() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_slow_fullelect_pprof() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_slow_fullelect_tabener() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_slow_fullelect_ti() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_tabener() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_ti() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_fullelect() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_fullelect_les() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_fullelect_pprof() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_fullelect_tabener() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_fullelect_ti() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_les() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_merge_fullelect() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_merge_fullelect_les() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_merge_fullelect_pprof() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_merge_fullelect_tabener() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_merge_fullelect_ti() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_pprof() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_slow_fullelect() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_slow_fullelect_les() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_slow_fullelect_pprof() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_slow_fullelect_tabener() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_slow_fullelect_ti() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_tabener() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_ti() : ComputeNonbondedUtil
• calc_runave() : colvar
• calc_self() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_fep() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_fullelect() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_fullelect_fep() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_fullelect_int() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_fullelect_les() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_fullelect_pprof() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_fullelect_tabener() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_fullelect_ti() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_int() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_les() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_merge_fullelect() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_merge_fullelect_fep() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_merge_fullelect_int() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_merge_fullelect_les() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_merge_fullelect_pprof() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_merge_fullelect_tabener() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_merge_fullelect_ti() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_pprof() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_slow_fullelect() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_slow_fullelect_fep() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_slow_fullelect_les() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_slow_fullelect_pprof() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_slow_fullelect_tabener() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_slow_fullelect_ti() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_tabener() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_ti() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_fullelect() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_fullelect_les() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_fullelect_pprof() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_fullelect_tabener() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_fullelect_ti() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_les() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_merge_fullelect() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_merge_fullelect_les() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_merge_fullelect_pprof() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_merge_fullelect_tabener() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_merge_fullelect_ti() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_pprof() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_slow_fullelect() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_slow_fullelect_les() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_slow_fullelect_pprof() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_slow_fullelect_tabener() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_slow_fullelect_ti() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_tabener() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_ti() : ComputeNonbondedUtil
• calc_value() : colvar::logmsd, colvar::rmsd, colvar::orientation_angle, colvar::orientation, colvar::alpha_angles, colvar::alpha_dihedrals, colvar::h_bond, colvar::coordnum, colvar::dihedral, colvar::angle, colvar::eigenvector, colvar::gyration, colvar::min_distance, colvar::distance_xy, colvar::distance_z, colvar::distance_dir, colvar::distance, colvar::cvc, colvar
• calc_vel_acf() : colvar
• calcFullPair : ComputeNonbondedUtil
• calcFullPairEnergy : ComputeNonbondedUtil
• calcFullSelf : ComputeNonbondedUtil
• calcFullSelfEnergy : ComputeNonbondedUtil
• calcMergePair : ComputeNonbondedUtil
• calcMergePairEnergy : ComputeNonbondedUtil
• calcMergeSelf : ComputeNonbondedUtil
• calcMergeSelfEnergy : ComputeNonbondedUtil
• calcPair : ComputeNonbondedUtil
• calcPairEnergy : ComputeNonbondedUtil
• calcSelf : ComputeNonbondedUtil
• calcSelfEnergy : ComputeNonbondedUtil
• calcSlowPair : ComputeNonbondedUtil
• calcSlowPairEnergy : ComputeNonbondedUtil
• calcSlowSelf : ComputeNonbondedUtil
• calcSlowSelfEnergy : ComputeNonbondedUtil
• calculate() : GlobalMasterTest, GlobalMasterTcl, GlobalMasterIMD, GlobalMaster, colvarproxy_namd
• cb : CkCallbackWrapper
• cb_energy : OptPmePencilInitMsgData
• cbw_recvtrans : OptPmeXPencil
• cellBasisVector1 : SimParameters
• cellBasisVector2 : SimParameters
• cellBasisVector3 : SimParameters
• cellOrigin : SimParameters
• center() : PatchMap, colvarbias_meta::hill
• center_of_geometry() : colvarmodule::atom_group
• center_of_mass() : colvarmodule::atom_group
• centers : colvarbias_meta::hill
• cg : PmeParticle, EwaldParticle
• chain() : PDBAtom
• changedAtoms() : GlobalMaster
• changedForces() : GlobalMaster
• changedGroups() : GlobalMaster
• charge : atom_constants, CompAtom, shared_atom, ComputeExtAtom
• chargeIdx : BasicAtomInfo
• Charges : parm
• check() : GlobalMaster
• check_consistancy() : ParseOptions
• check_consistency() : colvar_grid< T >
• check_keywords() : colvarparse
• check_types() : colvarvalue
• checkexcl() : Molecule
• checkIn() : PositionOwnerBox< Owner >, OwnerBox< Owner, Data >
• checkMap() : PatchMap, ComputeMap, AtomMap
• checkOut() : PositionOwnerBox< Owner >, OwnerBox< Owner, Data >
• checkpoint() : HomePatch
• checkpoint_berendsenPressure_avg : Controller
• checkpoint_berendsenPressure_count : Sequencer, Controller
• checkpoint_langevinPiston_strainRate : Controller
• checkpoint_lattice : Controller
• checkpoint_stored : Controller
• checksum : StreamMessage
• cid : PatchMap, Compute
• clear() : UniqueSetRaw< Elem >, EntryGlob< Elem >, Entry< Elem >, UniqueSet< Elem >, MGridforceParamsList, HashPool< T >
• Clear() : ALambdaManager, AGroup
• clearChain() : EntryGlob< Elem >, Entry< Elem >
• clearChanged() : GlobalMaster
• clearMap() : AtomMap
• clients : GlobalMasterIMD
• close() : PositionOwnerBox< Owner >, PositionBox< Owner >, OwnerBox< Owner, Data >, Box< Owner, Data >
• Cn1 : parm
• Cn2 : parm
• Cno : parm
• COLDOn : SimParameters
• COLDRate : SimParameters
• COLDTemp : SimParameters
• collection : Sequencer, Controller
• CollectionMaster() : CollectionMaster
• CollectionMasterHandler() : CollectionMasterHandler
• CollectionMgr() : CollectionMgr
• collectionMgr : BOCgroup
• CollectVectorInstance() : CollectionMgr::CollectVectorInstance, CollectionMaster::CollectVectorInstance
• COLUMNS : PDBData
• columnsize : Parameters, ComputeNonbondedUtil
• colvar() : colvar
• colvar_centers : colvarbias_harmonic
• colvar_energy : colvarbias
• colvar_forces : colvarbias
• colvar_grid() : colvar_grid< T >
• colvar_grid_count() : colvar_grid_count
• colvar_grid_gradient() : colvar_grid_gradient
• colvar_grid_scalar() : colvar_grid_scalar
• colvar_p() : colvarmodule
• colvar_targets : colvarbias_harmonic
• colvarbias() : colvarbias
• colvarbias_abf() : colvarbias_abf
• colvarbias_harmonic() : colvarbias_harmonic
• colvarbias_histogram() : colvarbias_histogram
• colvarbias_meta : colvarbias_meta, colvarbias_meta::hill
• colvarmodule() : colvarmodule
• colvarparse() : colvarparse
• colvarproxy : colvarmodule
• colvarproxy_namd() : colvarproxy_namd
• colvars : colvarproxy, colvarmodule, colvarbias
• colvars_atoms : colvarproxy_namd
• colvars_atoms_ncopies : colvarproxy_namd
• colvarsOn : SimParameters
• colvarvalue() : colvarvalue
• comm : colvarbias_meta
• commOnly : SimParameters, ComputeNonbondedUtil
• comMove : SimParameters
• Communicate() : Communicate
• communicate_forces() : colvarbias, colvar
• Communication : colvarbias_meta
• compare() : ProxyUsageKey, HashPoolAdaptorT< T >, colvar::logmsd, colvar::rmsd, colvar::orientation_angle, colvar::orientation, colvar::alpha_angles, colvar::alpha_dihedrals, colvar::h_bond, colvar::coordnum, colvar::dihedral, colvar::angle, colvar::eigenvector, colvar::gyration, colvar::min_distance, colvar::distance_xy, colvar::distance_z, colvar::distance, colvar::cvc, colvar
• compareChecksums() : Controller
• COMPND : PDBData
• compute : ComputeMap, LocalWorkMsg, ComputeMap::ComputeData
• Compute() : Compute
• compute_energy() : PmeKSpace
• compute_forces() : PmeRealSpace, OptPmeRealSpace
• ComputeAngles() : ComputeAngles
• computeArray : LdbCoordinator
• computeAverage() : Rebalancer
• computeBgPairHeap : Rebalancer
• computeBgSelfHeap : Rebalancer
• ComputeBonds() : ComputeBonds
• computeChecksum : Controller
• ComputeConsForce() : ComputeConsForce
• ComputeConsForceMsg() : ComputeConsForceMsg
• ComputeConsTorque() : ComputeConsTorque
• ComputeCrossterms() : ComputeCrossterms
• ComputeCylindricalBC() : ComputeCylindricalBC
• ComputeData() : ComputeMap::ComputeData
• ComputeDihedrals() : ComputeDihedrals
• ComputeDPMEDataMsg() : ComputeDPMEDataMsg
• ComputeDPMEResultsMsg() : ComputeDPMEResultsMsg
• ComputeEField() : ComputeEField
• ComputeEwald() : ComputeEwald
• ComputeExcls() : ComputeExcls
• ComputeExt() : ComputeExt
• computeExtMgr : BOCgroup
• ComputeExtMgr() : ComputeExtMgr
• computeForce() : ExclElem, ImproperElem, DihedralElem, CrosstermElem, BondElem, AngleElem
• ComputeFullDirect() : ComputeFullDirect
• ComputeGlobal : ComputeGlobal, HomePatch
• ComputeGlobalConfigMsg() : ComputeGlobalConfigMsg
• ComputeGlobalDataMsg() : ComputeGlobalDataMsg
• computeGlobalObject : ComputeMgr
• ComputeGlobalResultsMsg() : ComputeGlobalResultsMsg
• ComputeGridForce() : ComputeGridForce
• computeGridForceMgr : BOCgroup
• ComputeGridForceMgr() : ComputeGridForceMgr
• computeGridForceNodeMgr : BOCgroup
• ComputeGridForceNodeMgr() : ComputeGridForceNodeMgr
• ComputeHomePatch() : ComputeHomePatch
• ComputeHomePatches() : ComputeHomePatches
• ComputeHomeTuples() : ComputeHomeTuples< T, S, P >
• ComputeImpropers() : ComputeImpropers
• computeLoad : processorInfo
• computeMap : Node, LdbCoordinator
• ComputeMap() : ComputeMap
• computeMapData : MapDistribMsg
• computeMax() : Rebalancer
• ComputeMgr : ComputeMgr, ComputeMap
• computeMgr : Node, BOCgroup
• ComputeNonbondedCUDA() : ComputeNonbondedCUDA
• ComputeNonbondedPair() : ComputeNonbondedPair
• ComputeNonbondedSelf() : ComputeNonbondedSelf
• ComputeNonbondedUtil() : ComputeNonbondedUtil
• computePairHeap : Rebalancer
• ComputePatch() : ComputePatch
• ComputePatchPair() : ComputePatchPair
• ComputePme : ComputePme, ComputePmeMgr
• computePmeMgr : BOCgroup
• ComputePmeMgr() : ComputePmeMgr
• computeRecords : ComputeNonbondedCUDA
• ComputeRestraints() : ComputeRestraints
• computes : Rebalancer
• ComputeSelfAngles() : ComputeSelfAngles
• ComputeSelfBonds() : ComputeSelfBonds
• ComputeSelfCrossterms() : ComputeSelfCrossterms
• ComputeSelfDihedrals() : ComputeSelfDihedrals
• ComputeSelfExcls() : ComputeSelfExcls
• computeSelfHeap : Rebalancer
• ComputeSelfImpropers() : ComputeSelfImpropers
• ComputeSelfTuples() : ComputeSelfTuples< T, S, P >
• computeSet : processorInfo
• ComputeSphericalBC() : ComputeSphericalBC
• ComputeStir() : ComputeStir
• ComputeTclBC() : ComputeTclBC
• CONECT : PDBData
• config : GlobalMasterEasy
• config_s : colvarmodule
• configFileInit() : NamdState
• configList : Node
• ConfigList() : ConfigList
• configListInit() : NamdState
• ConfigListNode() : ConfigList::ConfigListNode
• conjugate() : colvarmodule::quaternion
• consForce : Molecule
• consForceFile : SimParameters
• consForceIndexes : Molecule
• consForceOn : SimParameters
• consForceScaling : SimParameters
• consolidateGridRequests() : GridforceGrid
• const_begin() : ResizeArray< Elem >, Array< Elem, Size >
• const_end() : ResizeArray< Elem >, Array< Elem, Size >
• const_iterator : ResizeArray< Elem >, Array< Elem, Size >
• constant() : Matrix4
• constant_pressure : OptPmeXPencil, OptPmePencilInitMsgData
• consTorqueAxisFile : SimParameters
• consTorqueFile : SimParameters
• consTorqueGlobVal : SimParameters
• consTorqueIndexes : Molecule
• consTorqueOn : SimParameters
• consTorqueParams : Molecule
• consTorquePivotFile : SimParameters
• consTorqueValFile : SimParameters
• constraintExp : SimParameters
• constraintScaling : SimParameters
• constraintsOn : SimParameters
• constrXOn : SimParameters
• constrYOn : SimParameters
• constrZOn : SimParameters
• Controller : Controller, ScriptTcl, NamdState
• ControllerBroadcasts() : ControllerBroadcasts
• controllerExpected : LdbCoordinator
• controllerReported : LdbCoordinator
• controllerThread : LdbCoordinator
• controlNumDegFreedom : Controller
• controlPressure : Controller
• controlPressure_nbond : Controller
• controlPressure_normal : Controller
• controlPressure_slow : Controller
• coord : MoveAtomMsg, ExtCoordMsg
• coordinate() : Output
• coordinateNeeded() : Output
• coordinates() : PDBAtom
• coordnum() : colvar::coordnum
• coords : Node
• coordtmp : GlobalMasterIMD
• coordtmpsize : GlobalMasterIMD
• copyPencils() : OptPmeCompute, ComputePme
• copyResults() : ComputePme
• corr_table : ComputeNonbondedUtil
• correctMomentum() : Sequencer, Controller
• cos2() : colvarmodule::quaternion
• cosAngles : SimParameters
• count : GridSegmentMsg
• counter : TaggedMsg
• create() : colvar_grid< T >
• create_hill() : colvarbias_meta
• createAtomLists() : WorkDistrib
• createCommands() : Measure
• createComputes() : ComputeMgr
• createHomePatch() : PatchMgr
• createHomePatches() : WorkDistrib
• createLoadBalancer() : LdbCoordinator
• createProxies() : ProxyMgr
• createProxy() : ProxyMgr
• createProxyInfo() : NodeProxyMgr
• createSpanningTree() : Rebalancer
• cross() : Vector, AVector
• crossing_threshold : colvarmodule::rotation
• crossterm_array : Parameters
• crossterm_params() : crossterm_params
• crossterm_type : crossterm
• crosstermCnt : AtomSignature
• CrosstermElem : CrosstermElem, Molecule
• crosstermEnergyIndex : CrosstermElem
• crosstermSigIndices : AtomSigInfo
• crosstermSigs : AtomSignature
• CRYST1 : PDBData
• current_bin_scalar() : colvar
• Cutcap : parm
• cutoff : SimParameters, ComputeNonbondedUtil
• cutoff2 : ComputeNonbondedUtil
• cv : colvar_grid< T >
• cv_prec : colvarmodule
• cv_traj_freq : colvarmodule
• cv_traj_os : colvarmodule
• cv_traj_read_begin : colvarmodule
• cv_traj_read_end : colvarmodule
• cv_traj_read_name : colvarmodule
• cv_width : colvarmodule
• cvc() : colvar::cvc
• cvcs : colvar
• cvm::atom : colvarproxy_namd
• cycleBarrier() : Sequencer, Controller
• cylindricalBCAxis : SimParameters
• cylindricalBCexp1 : SimParameters
• cylindricalBCexp2 : SimParameters
• cylindricalBCk1 : SimParameters
• cylindricalBCk2 : SimParameters
• cylindricalBCl1 : SimParameters
• cylindricalBCl2 : SimParameters
• cylindricalBCOn : SimParameters
• cylindricalBCr1 : SimParameters
• cylindricalBCr2 : SimParameters
• cylindricalCenter : SimParameters

- d -

• d00 : CrosstermData
• d01 : CrosstermData
• d10 : CrosstermData
• d11 : CrosstermData
• daCutoffDist : SimParameters
• daOffDist : SimParameters
• daOnDist : SimParameters
• data : ReductionSetData, ReductionSubmitMsg, PAL, PatchGridElem, PencilElement, StreamMessage, OptPmePencil< T >, OptPmePencilInitMsg, ConfigList::ConfigListNode, StringList, PmePencil< T >, PmePencilInitMsg, colvar_grid< T >, CollectionMgr::CollectVectorSequence, CollectionMgr::CollectVectorInstance, DataStreamMsg, CollectVectorMsg, CollectionMaster::CollectVectorSequence, CollectionMaster::CollectVectorInstance, Array< Elem, Size >
• data_begin_pos : colvarparse
• data_end_pos : colvarparse
• data_read : parm
• data_types : ParseOptions::DataElement
• DataElement() : ParseOptions::DataElement
• dataQueue : ReductionSet
• dataSize : ReductionSet, ReductionSubmitMsg, ReductionRegisterMsg
• datastream() : datastream
• dcdFilename : SimParameters
• dcdFrequency : SimParameters
• dcdUnitCell : SimParameters
• deAssign() : Rebalancer
• debug() : colvarmodule
• debug_gradients_step_size : colvarmodule
• decrease_depth() : colvarmodule
• decrement() : ProxyUsage
• decrSTLoad() : Rebalancer
• default_coor : PDBAtom
• default_occupancy : PDBAtom
• default_residueseq : PDBAtom
• default_serial : PDBAtom
• default_temperaturefactor : PDBAtom
• defined() : ParseOptions
• del() : UniqueSetRaw< Elem >, UniqueSet< Elem >, SortedArray< Elem >, ResizeArrayRaw< Elem >, ResizeArray< Elem >
• delete_alch_bonded() : Molecule
• delete_hill() : colvarbias_meta
• deleteCommands() : Measure
• deleted : heapRecord
• deleteMax() : maxHeap
• deleteMin() : minHeap
• delta : Lattice, four_body_consts
• delTmpPatchAtomsList() : PatchMap
• depositCombinedResultMsg() : ProxyPatch
• depositInitialGrid() : ComputeGridForceNodeMgr
• depositMigration() : HomePatch
• depth : colvarmodule
• destNodeID : MigrationInfo
• destPatchID : MigrationInfo, MigrateAtomsCombinedMsg, MigrateAtomsMsg
• determinant() : colvarmodule::rmatrix
• dG : Controller
• dhaCutoffAngle : SimParameters
• dhaOffAngle : SimParameters
• dhaOnAngle : SimParameters
• diagonal() : Tensor
• diagonalize_matrix() : colvarmodule::rotation
• dielectric : SimParameters
• dielectric_1 : ComputeNonbondedUtil
• DihAt1 : parm
• DihAt2 : parm
• DihAt3 : parm
• DihAt4 : parm
• dihedral : colvar::dihedral, lphost
• dihedral_array : Parameters
• dihedral_params() : dihedral_params
• dihedral_type : dihedral
• dihedralCnt : AtomSignature
• DihedralElem : DihedralElem, Molecule
• dihedralEnergyIndex : DihedralElem
• dihedralOn : SimParameters
• dihedralSigIndices : AtomSigInfo
• dihedralSigs : AtomSignature
• DihHAt1 : parm
• DihHAt2 : parm
• DihHAt3 : parm
• DihHAt4 : parm
• DihHNum : parm
• DihNum : parm
• dim : CrosstermValue
• dim2 : PmeGrid
• dim3 : PmeGrid
• dimension : crossterm_params
• disable() : colvar
• disAtoms : AtomsDisInfo
• disposePositions() : CollectionMaster
• disposeVelocities() : CollectionMaster
• Dist() : AVector
• dist2() : colvarvalue, colvarmodule::quaternion, colvar::logmsd, colvar::rmsd, colvar::orientation_angle, colvar::orientation, colvar::alpha_angles, colvar::alpha_dihedrals, colvar::h_bond, colvar::coordnum, colvar::dihedral, colvar::angle, colvar::eigenvector, colvar::gyration, colvar::min_distance, colvar::distance_xy, colvar::distance_z, colvar::distance, colvar::cvc, colvar
• dist2_grad() : colvarvalue, colvarmodule::quaternion
• dist2_lgrad() : colvar::logmsd, colvar::rmsd, colvar::orientation_angle, colvar::orientation, colvar::alpha_angles, colvar::alpha_dihedrals, colvar::h_bond, colvar::coordnum, colvar::dihedral, colvar::angle, colvar::eigenvector, colvar::gyration, colvar::min_distance, colvar::distance_xy, colvar::distance_z, colvar::distance, colvar::cvc, colvar
• dist2_rgrad() : colvar::logmsd, colvar::rmsd, colvar::orientation_angle, colvar::orientation, colvar::alpha_angles, colvar::alpha_dihedrals, colvar::h_bond, colvar::coordnum, colvar::dihedral, colvar::angle, colvar::eigenvector, colvar::gyration, colvar::min_distance, colvar::distance_xy, colvar::distance_z, colvar::distance, colvar::cvc, colvar
• dist_v : colvar::distance_z, colvar::distance
• dist_v_ortho : colvar::distance_xy
• distance : colvar::distance, lphost, bond_params
• distance_dir() : colvar::distance_dir
• distance_xy() : colvar::distance_xy
• distance_z() : colvar::distance_z
• distAttExp : SimParameters
• distRepExp : SimParameters
• distribute() : MigrateAtomsCombinedMsg
• DistributeForce() : ARestraint
• distributeHomePatches() : WorkDistrib
• DistSqr() : AVector
• dL0_1 : colvarmodule::rotation
• dL0_2 : colvarmodule::rotation
• dM : OptPmeRealSpace
• doAtomMigration() : HomePatch
• doEnergy : Flags
• dof_num : colvarvalue
• doForce() : ComputeStir, ComputeSphericalBC, ComputeRestraints, ComputePatchPair, ComputePatch, ComputeNonbondedSelf, ComputeNonbondedPair, ComputeHomePatch, ComputeGridForce, ComputeEField, ComputeCylindricalBC, ComputeConsTorque, ComputeConsForce
• doFullElectrostatics : Flags
• doGroupSizeCheck() : HomePatch
• doLoadTuples : ComputeHomeTuples< T, S, P >
• doMarginCheck() : HomePatch
• doMolly : Flags
• done_reading_files() : Parameters
• done_reading_structure() : Parameters
• doneDCD() : FileIOMgr, FileIO
• doneSaveComputeMap() : WorkDistrib
• doneUpdateLocalComputes() : ComputeMgr
• doNonbonded : Flags
• donor : colvar::h_bond
• doPairlistCheck() : HomePatch
• dot() : Vector, AVector
• downstream() : PatchMap
• downstream2() : PatchMap
• downstreamNeighbors() : PatchMap
• doWork() : OptPmeCompute, ComputeTclBC, ComputeSelfTuples< T, S, P >, ComputePme, ComputePatchPair, ComputePatch, ComputeNonbondedCUDA, ComputeHomeTuples< T, S, P >, ComputeHomePatch, ComputeGridForce, ComputeGlobal, ComputeFullDirect, ComputeExt, ComputeEwald, Compute
• dQ0_1 : colvarmodule::rotation
• dQ0_2 : colvarmodule::rotation
• drudeBondTemp : Controller
• drudeBondTempAvg : Controller
• drudeComTemp : Controller
• drudeComTempAvg : Controller
• drudeOn : SimParameters
• drudeTemp : SimParameters
• dS_1 : colvarmodule::rotation
• dS_2 : colvarmodule::rotation
• dt : SimParameters, colvarmodule
• dudx : minpoint
• dummy_atom_pos : colvarmodule::atom_group
• dummy_pos : colvarparse
• dummy_string : colvarparse
• dump_fes : colvarbias_meta
• dump_fes_save : colvarbias_meta
• dump_tables() : HashPool< T >

- e -

• Eangle : IMDEnergies
• EarlyExit() : ARestraint
• earlyExit() : Node
• easy_calc() : GlobalMasterMisc, GlobalMasterEasy
• easy_init() : GlobalMasterMisc, GlobalMasterEasy
• Ebond : IMDEnergies
• ed : colvar::h_bond, colvar::coordnum
• Edihe : IMDEnergies
• Eelec : IMDEnergies
• eField : SimParameters
• eFieldFreq : SimParameters
• eFieldOn : SimParameters
• eFieldPhase : SimParameters
• eigenvec : colvar::eigenvector
• eigenvec_invnorm2 : colvar::eigenvector
• eigenvector() : colvar::eigenvector
• eik : ComputeEwaldMsg
• Eimpr : IMDEnergies
• electEnergy : Controller
• electEnergy_f : Controller
• electEnergy_ti_1 : Controller
• electEnergy_ti_2 : Controller
• electEnergyIndex : ComputeNonbondedUtil
• electEnergyIndex_s : ComputeNonbondedUtil
• electEnergyIndex_ti_1 : ComputeNonbondedUtil
• electEnergyIndex_ti_2 : ComputeNonbondedUtil
• electEnergyPME_ti_1 : Controller
• electEnergyPME_ti_2 : Controller
• electEnergySlow : Controller
• electEnergySlow_f : Controller
• electEnergySlow_ti_1 : Controller
• electEnergySlow_ti_2 : Controller
• element() : PDBAtom
• en : colvar::h_bond, colvar::coordnum
• en_prec : colvarmodule
• en_width : colvarmodule
• enable() : colvar
• enableEarlyExit() : Node
• enableExitScheduler() : Node
• enableScriptBarrier() : Node
• end() : UniqueSetIter< T >, ResizeArrayPrimIter< T >, ResizeArrayIter< T >, ResizeArray< Elem >, MOStream, Array< Elem, Size >
• END : PDBData
• endd() : datastream
• endi() : infostream
• ENDMDL : PDBData
• endWork() : LdbCoordinator
• energy : Output, colvarbias_meta::hill, ExtForceMsg
• enqueue() : CollectionMaster::CollectVectorSequence
• enqueueAngles() : WorkDistrib
• enqueueBonds() : WorkDistrib
• enqueueCollections() : Controller
• enqueueCrossterms() : WorkDistrib
• enqueueCUDA() : WorkDistrib
• enqueueDihedrals() : WorkDistrib
• enqueueExcls() : WorkDistrib
• enqueueImpropers() : WorkDistrib
• enqueuePme() : WorkDistrib
• enqueuePositions() : CollectionMasterHandler, CollectionMaster
• enqueuePositionsFromHandler() : CollectionMaster
• enqueueSelfA() : WorkDistrib
• enqueueSelfB() : WorkDistrib
• enqueueVelocities() : CollectionMasterHandler, CollectionMaster
• enqueueVelocitiesFromHandler() : CollectionMaster
• enqueueWork() : WorkDistrib, Compute
• enqueueWorkA() : WorkDistrib
• enqueueWorkB() : WorkDistrib
• enqueueWorkC() : WorkDistrib
• EntryGlob<Elem> : Entry< Elem >
• Epot : IMDEnergies
• epsilon : vdw_val, vdw_params
• epsilon14 : vdw_val, vdw_params
• error_lside() : colvarvalue
• error_message : ParseOptions::DataElement
• error_rside() : colvarvalue
• Etot : IMDEnergies
• Evdw : IMDEnergies
• evir : OptPmePencil< T >, PmePencil< T >, PmeUntransMsg, PmeGridMsg
• ewaldcof : ComputeNonbondedUtil
• excl_index : shared_atom
• excl_maxdiff : shared_atom
• ExclAt : parm
• exclChecksumIndex : ComputeNonbondedUtil
• ExclElem : ExclElem, Molecule
• exclSigIdx : BasicAtomInfo
• ExclSigInfo() : ExclSigInfo
• exclude : SimParameters
• excludeFromPressure : SimParameters
• Exclusion() : Exclusion
• ExclusionCheck() : ExclusionCheck
• ExclusionSignature() : ExclusionSignature
• ExecuteMigrations() : LdbCoordinator
• exists() : ParseOptions
• exit() : colvarproxy_namd, colvarproxy, colvarmodule, BackEnd
• ExitSchedOn() : BackEnd
• exitScheduler() : Node
• exp_dE_ByRT : Controller
• expand_boundaries : colvar
• expand_grids : colvarbias_meta
• EXPDTA : PDBData
• ExpectMigrate() : LdbCoordinator
• ext_force_k : colvar
• ext_mass : colvar
• extCoordFilename : SimParameters
• ExtForce() : ExtForce
• extForceFilename : SimParameters
• extForcesCommand : SimParameters
• extForcesOn : SimParameters
• extraBondsOn : SimParameters

- f -

• f : Results, Patch, ComputeNonbondedCUDA::patch_record, TuplePatchElem, PatchElem, ComputeGlobalResultsMsg, ComputeConsForceMsg, colvar
• f_0 : ComputeNonbondedWorkArrays
• fast_table : ComputeNonbondedUtil
• fatal_error() : colvarproxy_namd, colvarproxy, colvarmodule
• fAtoms : GlobalMaster
• fb : colvar
• fdata : ParseOptions::DataElement, CollectionMgr::CollectVectorInstance, CollectVectorMsg, CollectionMaster::CollectVectorInstance
• fdef : ParseOptions::DataElement
• fdiff_change() : colvar::cvc
• fdiff_velocity() : colvar
• fepFile : Controller
• FepNo : Controller
• fepSum : Controller
• fetchGridValues() : ComputeGridForceNodeMgr
• ff : nonbonded
• fflush_count : Controller
• fft_init() : OptPmeXPencil, OptPmeYPencil, OptPmeZPencil, PmeXPencil, PmeYPencil, PmeZPencil
• fftw_plan_lock : ComputePmeMgr
• FFTWEstimate : SimParameters
• FFTWUseWisdom : SimParameters
• FFTWWisdomFile : SimParameters
• FFTWWisdomString : SimParameters
• fgrid : PmeGridMsg
• fid : ComputeGlobalDataMsg
• field() : PDBData
• FIELDS : PDBData
• file : FileStack
• FileIO() : FileIOMgr, FileIO
• filename : FileStack
• fill_charges() : PmeRealSpace, OptPmeRealSpace
• fillHomePatchAtomList() : PatchMgr
• fillOnePatchAtoms() : WorkDistrib
• finalise() : colvarmodule
• find() : UniqueSetRaw< Elem >, UniqueSet< Elem >, SortedArray< Elem >, Set, ResizeArrayRaw< Elem >, ResizeArray< Elem >, ConfigList
• find_extremes() : PDB
• find_key() : MGridforceParamsList
• findOffset() : ExclusionSignature
• finishForce() : ComputeGridForce
• finishWork() : ComputeNonbondedCUDA, ComputeGridForceMgr, ComputeGridForce
• firstAssignInRefine : Rebalancer
• firstLdbStep : SimParameters, LdbCoordinator
• firstResid : ResidueLookupElem
• firstTime : GlobalMasterMisc
• firstTimestep : SimParameters
• firstwat() : parm
• fixCellDims : SimParameters
• fixCellDimX : SimParameters
• fixCellDimY : SimParameters
• fixCellDimZ : SimParameters
• fixed_axis : colvar::distance_z
• fixedAtomsForces : SimParameters
• fixedAtomsOn : SimParameters, ComputeNonbondedUtil
• fixedPosition : FullAtom
• fixglist : ComputeNonbondedWorkArrays
• fj : colvar
• flags : ProxyDataMsg, Patch, ExclusionCheck
• flLen : ProxyResultVarsizeMsg
• FLOAT : ParseOptions::DataElement
• floatcomplex() : floatcomplex
• FloatVector() : FloatVector
• FMAFFTBlock : SimParameters
• FMAFFTOn : SimParameters
• FMALevels : SimParameters
• FMAMp : SimParameters
• FMAOn : SimParameters
• fmaTheta : SimParameters
• footnote() : PDBAtom
• force : ExtForce, vmdforce, ExtForceMsg
• force_k : colvarbias_harmonic
• force_k_target : colvarbias_harmonic
• force_k_target_nsteps : colvarbias_harmonic
• forceArr : ProxyResultVarsizeMsg
• forceBox : Patch, ProxyListElem, ComputePatchPair, ComputePatch, ComputeNonbondedCUDA::patch_record, TuplePatchElem, PatchElem, BoxState
• forceBoxClosed() : Patch
• forceComputeList : Patch
• forceconstant : angle_params, bond_params
• forcedAtoms() : GlobalMaster
• forceIdBegin : GlobalMaster
• forceIdEnd : GlobalMaster
• forceList : ProxyCombinedResultMsg, ProxyResultMsg
• forces : ComputeDPMEResultsMsg
• FORMUL : PDBData
• forward_fft() : OptPmeXPencil, OptPmeYPencil, OptPmeZPencil, PmeXPencil, PmeYPencil, PmeZPencil
• forward_plan : OptPmeXPencil, PmeXPencil
• found : SortedArray< Elem >
• fptr : ParseOptions::DataElement
• fr : colvar
• free() : CollectionMgr::CollectVectorInstance, CollectionMaster::CollectVectorInstance
• free_energy : colvarbias_meta
• free_energy_begin : colvarbias_meta
• free_energy_end : colvarbias_meta
• free_energy_file : colvarbias_meta
• free_energy_gradients : colvarbias_meta
• free_energy_gradients_file : colvarbias_meta
• free_energy_offset : colvarbias_meta
• freeBFactorData() : Molecule
• freeEnergyOn : SimParameters
• freeOccupancyData() : Molecule
• from : LdbMigrateMsg
• from_node : GridRequestMsg
• fromNodeID : MovePatchesMsg, MigrateAtomsCombinedMsg, MigrateAtomsMsg
• ft : colvar::cvc, colvar
• ft_reported : colvar
• FTNOTE : PDBData
• full_table : ComputeNonbondedUtil
• fullDirectOn : SimParameters
• fullElectEnergyIndex : ComputeNonbondedUtil
• fullElectEnergyIndex_s : ComputeNonbondedUtil
• fullElectEnergyIndex_ti_1 : ComputeNonbondedUtil
• fullElectEnergyIndex_ti_2 : ComputeNonbondedUtil
• fullElectFrequency : SimParameters
• fullElectVirialIndex : ComputeNonbondedUtil
• fullExclCnt : ExclusionSignature
• fullExclOffset : ExclSigInfo
• fullf : nonbonded
• fullf_0 : ComputeNonbondedWorkArrays
• fullOffset : ExclusionSignature
• function_type : colvar::cvc

- g -

• gather_coordinates() : IMDOutput
• gather_energies() : IMDOutput
• gaussian() : Random
• gaussian_vector() : Random
• gcom : ComputeGlobalDataMsg
• gdef : ComputeGlobalConfigMsg
• genclose() : parm
• genCompressedPsf : SimParameters
• GenericAngle() : GenericAngle
• GenericAtom() : GenericAtom
• GenericBond() : GenericBond
• GenericDihedral() : GenericDihedral
• GenericMol() : GenericMol
• genopen() : parm
• get() : ParseOptions, parm, MIStream, SimpleBroadcastObject< T >
• get_acceptor() : Molecule
• get_all_positions() : PDB
• get_angle() : Molecule
• get_angle_params() : Parameters
• get_angles_for_atom() : Molecule
• get_atom_from_index_in_residue() : Molecule
• get_atom_from_name() : Molecule
• get_atomtype() : Molecule
• get_bond() : Molecule
• get_bond_params() : Parameters
• get_bonds_for_atom() : Molecule
• get_box() : GridforceGrid
• get_center() : GridforceGrid
• get_cluster() : Molecule
• get_clusterSize() : Molecule
• get_colvars_index() : colvar_grid< T >
• get_cons_params() : Molecule
• get_constorque_params() : Molecule
• get_crossterm() : Molecule
• get_crossterms_for_atom() : Molecule
• get_dihedral() : Molecule
• get_dihedral_multiplicity() : Parameters
• get_dihedral_params() : Parameters
• get_dihedrals_for_atom() : Molecule
• get_donor() : Molecule
• Get_dU_dLambda() : AForcingDiheRestraint, AForcingAngleRestraint, AForcingDistRestraint, AForcingPosRestraint, ARestraint
• get_e() : GridforceGrid
• get_excl_check_for_atom() : Molecule
• get_exclusion() : Molecule
• get_exclusions_for_atom() : Molecule
• get_fep_type() : Molecule
• get_first() : MGridforceParamsList
• get_full_exclusions_for_atom() : Molecule
• get_grid() : GridforceGrid
• get_gridfrc_grid() : Molecule
• get_gridfrc_params() : Molecule
• get_groupSize() : Molecule
• get_improper() : Molecule
• get_improper_multiplicity() : Parameters
• get_improper_params() : Parameters
• get_impropers_for_atom() : Molecule
• get_int_table_type() : Parameters
• get_inv() : GridforceGrid
• get_k0() : GridforceGrid
• get_k1() : GridforceGrid
• get_k2() : GridforceGrid
• get_lphost() : Molecule
• get_mod_exclusions_for_atom() : Molecule
• get_mother_atom() : Molecule
• get_movdrag_params() : Molecule
• get_num_vdw_params() : Parameters
• get_origin() : GridforceGrid
• get_position_for_atom() : PDB
• get_residue_size() : Molecule
• get_rotdrag_params() : Molecule
• get_scale() : GridforceGrid
• get_stir_refPos() : Molecule
• get_stir_startTheta() : Molecule
• get_table() : LJTable
• get_table_dim() : LJTable
• get_table_pair_params() : Parameters
• get_vdw_pair_params() : Parameters
• get_vdw_params() : Parameters
• get_vector() : colvarmodule::quaternion
• get_vmd_forces() : GlobalMasterIMD
• GetAccumulation() : ALambdaManager, ALambdaControl
• getAllAcceptors() : Molecule
• getAllAngles() : Molecule
• getAllBonds() : Molecule
• getAllCrossterms() : Molecule
• getAllDihedrals() : Molecule
• getAllDonors() : Molecule
• getAllImpropers() : Molecule
• getAllLphosts() : Molecule
• getANewMsg() : ProxyNodeAwareSpanningTreeMsg, ProxyResultVarsizeMsg
• GetAngle() : ARestraint
• getAngle() : GromacsTopFile, GenericMol
• getAngleParams() : GromacsTopFile
• GetAngleTarget() : AForcingAngleRestraint, ABoundAngleRestraint, AFixedAngleRestraint, AnAngleRestraint
• getAtom() : GromacsTopFile, GenericMol
• getAtomArrayIndex() : AtomsDisInfo
• getAtomi() : GenericDihedral, GenericAngle, GenericBond
• getAtomID() : GlobalMasterFreeEnergy, GlobalMasterEasy
• getAtomIdBegin() : GlobalMaster
• getAtomIdEnd() : GlobalMaster
• getAtomj() : GenericDihedral, GenericAngle, GenericBond
• getAtomk() : GenericDihedral, GenericAngle
• getAtoml() : GenericDihedral
• getAtomList() : HomePatch
• getAtomName() : GenericAtom
• getAtomNames() : Molecule
• getAtomParams() : GromacsTopFile
• getAtomPositionBegin() : GlobalMaster
• getAtoms() : Molecule
• getAtomSegResInfo() : Molecule
• getBFactorData() : Molecule
• getBlockSize() : GridforceGrid
• getBond() : GromacsTopFile, GenericMol
• getBondParams() : GromacsTopFile
• GetBound() : ABoundAngleRestraint, ABoundDistRestraint, ABoundPosRestraint
• getbuf() : BroadcastMgr
• getCharge() : GenericAtom
• getCompAtomExtInfo() : Patch
• getData() : ReductionSet, PressureProfileReduction
• GetDihe() : ARestraint
• getDihedral() : GromacsTopFile, GenericMol
• getDihedralParams() : GromacsTopFile
• GetDiheTarget1() : AForcingDiheRestraint, ABoundDiheRestraint, AFixedDiheRestraint, ADiheRestraint
• GetDiheTarget2() : AForcingDiheRestraint, ABoundDiheRestraint, AFixedDiheRestraint, ADiheRestraint
• GetDistance() : AForcingPosRestraint, ABoundPosRestraint, AFixedPosRestraint, APosRestraint
• GetDistTarget() : AForcingDistRestraint, ABoundDistRestraint, AFixedDistRestraint, ADistRestraint
• GetE() : ADiheRestraint, AnAngleRestraint, ADistRestraint, APosRestraint
• GetEnergy() : AForcingDiheRestraint, ABoundDiheRestraint, AFixedDiheRestraint, AForcingAngleRestraint, ABoundAngleRestraint, AFixedAngleRestraint, AForcingDistRestraint, ABoundDistRestraint, AFixedDistRestraint, AForcingPosRestraint, ABoundPosRestraint, AFixedPosRestraint, ARestraint
• getFlags() : ComputeHomePatches
• getForceIdBegin() : GlobalMaster
• getForceIdEnd() : GlobalMaster
• GetGrad() : ADiheRestraint, AnAngleRestraint, ADistRestraint, APosRestraint
• GetGradient() : AForcingDiheRestraint, ABoundDiheRestraint, AFixedDiheRestraint, AForcingAngleRestraint, ABoundAngleRestraint, AFixedAngleRestraint, AForcingDistRestraint, ABoundDistRestraint, AFixedDistRestraint, AForcingPosRestraint, ABoundPosRestraint, AFixedPosRestraint, ARestraint
• getGridBlockIdx() : GridforceGrid
• getGridBlockIdxOffset() : GridforceGrid
• getGridBlockOffset() : GridforceGrid
• getGridIndices() : GridforceGrid
• getGridValHomeNode() : GridforceGrid
• getGroupMassBegin() : GlobalMaster
• getGroupMassEnd() : GlobalMaster
• getGroupPositionBegin() : GlobalMaster
• getGroupPositionEnd() : GlobalMaster
• getIndex() : DihedralTable, AngleTable, BondTable
• getIndexForBlock() : GridforceGrid
• GetIntegration() : ALambdaManager, ALambdaControl
• GetIntervalAngle() : ABoundDiheRestraint
• GetKf() : ARestraint
• GetLambdaKf() : ARestraint, ALambdaControl
• GetLambdaRef() : ARestraint, ALambdaControl
• GetLambdas() : ALambdaManager
• getLastAtomsForcedBegin() : GlobalMaster
• getLastAtomsForcedEnd() : GlobalMaster
• getLastForcesBegin() : GlobalMaster
• getline_nocomments() : colvarparse
• getLocalPatchMap() : NodeProxyMgr
• getLocalProxyMgr() : NodeProxyMgr
• GetLowerAngle() : ABoundDiheRestraint
• getMass() : GenericAtom, GlobalMasterFreeEnergy, GlobalMasterEasy
• getMasterNode() : ComputeEwald
• getMessage() : Communicate
• getMol() : MolInst
• getMoleculePointers() : ExclElem, ImproperElem, DihedralElem, CrosstermElem, BondElem, AngleElem
• getName() : GenericMol
• getNewArray() : ObjectArena< Type >
• getNum() : MolInst
• GetNum_dU_dLambda() : ALambdaManager, ALambdaControl
• GetNumAccumStepsSoFar() : ALambdaManager, ALambdaControl
• getNumAngleParams() : GromacsTopFile
• getNumAngles() : GromacsTopFile, MolInst, GenericMol
• getNumAtomParams() : GromacsTopFile
• getNumAtoms() : Patch, GromacsTopFile, MolInst, GenericMol, GlobalMasterFreeEnergy, GlobalMasterEasy
• getNumBondParams() : GromacsTopFile
• getNumBonds() : GromacsTopFile, MolInst, GenericMol
• getNumComputes() : Patch
• getNumDihedralParams() : GromacsTopFile
• getNumDihedrals() : GromacsTopFile, MolInst, GenericMol
• getNumFixedAtoms() : Patch
• getNumGridRequests() : GridforceGrid
• GetNumGroups() : ARestraint
• GetNumInGroup() : AGroup
• GetNumObjects() : ALambdaManager
• getNumPatches() : Compute
• getNumRes() : MolInst, GenericMol
• GetNumRestraints() : ARestraintManager
• GetNumSteps() : ALambdaControl
• GetNumStepsSoFar() : ALambdaManager, ALambdaControl
• getNumStepsToRun() : LdbCoordinator
• getOccupancyData() : Molecule
• getOwner() : PositionOwnerBox< Owner >, PositionBox< Owner >
• GetPaddedTaskStr() : ALambdaControl
• getParameterPointers() : ExclElem, ImproperElem, DihedralElem, CrosstermElem, BondElem, AngleElem
• getParams() : VDWTable, DihedralTable, AngleTable, BondTable, AtomTable
• getPatchID() : Patch
• getPatchProxyInfo() : NodeProxyMgr
• getPlugin() : PluginIOMgr
• getPosition() : GlobalMasterFreeEnergy, GlobalMasterEasy
• GetPosTarget() : AForcingPosRestraint, ABoundPosRestraint, AFixedPosRestraint, APosRestraint
• getPtree() : ProxyMgr
• getRecvSpanning() : ProxyMgr
• GetRefAngle() : AFixedDiheRestraint, ABoundAngleRestraint, AFixedAngleRestraint
• GetRefDist() : ABoundDistRestraint, AFixedDistRestraint, ABoundPosRestraint
• GetRefPos() : ABoundPosRestraint, AFixedPosRestraint
• getResNum() : GenericAtom
• getResType() : GenericAtom
• getScript() : Node
• getSendSpanning() : ProxyMgr
• getSpanningTreeChild() : ProxyPatch
• getSpanningTreeNChild() : ProxyPatch
• getSpanningTreeParent() : ProxyPatch
• GetStartAngle() : AForcingDiheRestraint, AForcingAngleRestraint
• GetStartDist() : AForcingDistRestraint
• GetStartPos() : AForcingPosRestraint
• GetStopAngle() : AForcingDiheRestraint, AForcingAngleRestraint
• GetStopDist() : AForcingDistRestraint
• GetStopPos() : AForcingPosRestraint
• GetStr() : AForcingDiheRestraint, ABoundDiheRestraint, AFixedDiheRestraint, AForcingAngleRestraint, ABoundAngleRestraint, AFixedAngleRestraint, AForcingDistRestraint, ABoundDistRestraint, AFixedDistRestraint, AForcingPosRestraint, ABoundPosRestraint, AFixedPosRestraint, ARestraint
• getSystemName() : GromacsTopFile
• GetTask() : ALambdaControl
• GetTaskStr() : ALambdaControl
• getTmpPatchAtomsList() : PatchMap
• getTotalForce() : GlobalMaster
• GetTotalNumSteps() : ALambdaManager
• getTupleInfo() : ExclElem, ImproperElem, DihedralElem, CrosstermElem, BondElem, AngleElem
• getType() : AtomTable, GenericAtom, GenericDihedral, GenericAngle, GenericBond
• getTypeNum() : GenericAtom
• GetUpperAngle() : ABoundDiheRestraint
• getVal() : ProxyUsage, HashPoolAdaptorT< T >
• getVDWParams() : GromacsTopFile
• gf : SubReqMsg
• gforce : ComputeGlobalResultsMsg
• globalForcesOn : SimParameters
• GlobalMaster() : GlobalMaster
• GlobalMasterEasy() : GlobalMasterEasy
• GlobalMasterFreeEnergy() : GlobalMasterFreeEnergy
• GlobalMasterIMD() : GlobalMasterIMD
• GlobalMasterMisc() : GlobalMasterMisc
• GlobalMasterServer() : GlobalMasterServer
• GlobalMasterSMD() : GlobalMasterSMD
• GlobalMasterTcl : GlobalMasterTcl, ScriptTcl
• GlobalMasterTMD() : GlobalMasterTMD
• globalOn : SimParameters
• globHead : UniqueSetRaw< Elem >
• goodglist : ComputeNonbondedWorkArrays
• gotoUsed() : UniqueSetIter< T >
• GPID : HydrogenGroupID
• grad : colvarmodule::atom
• gradient_finite_diff() : colvar_grid_scalar
• gradU() : ADiheRestraint
• grid : OptPmePencilInitMsgData, PmePencilInitMsgData, GridSegmentMsg, GridDepositMsg
• gridCalc1() : ComputePmeMgr
• gridCalc2() : ComputePmeMgr
• gridCalc3() : ComputePmeMgr
• gridforceCol : MGridforceParams
• gridforceCont : MGridforceParams
• gridforceContA1 : SimParameters
• gridforceContA2 : SimParameters
• gridforceContA3 : SimParameters
• gridforceFile : MGridforceParams
• GridforceGrid() : GridforceGrid
• gridforceKey : MGridforceParams
• gridforceOn : SimParameters
• gridforceQcol : MGridforceParams
• gridforceScale : SimParameters, MGridforceParams
• gridforceVfile : MGridforceParams
• gridforceVOffset : SimParameters, MGridforceParams
• gridforceVolts : SimParameters, MGridforceParams
• gridIndexList : GridRequestMsg
• gridnum : GridSegmentMsg, GridDepositMsg
• grids_freq : colvarbias_meta
• gridsize_a() : PatchMap
• gridsize_b() : PatchMap
• gridsize_c() : PatchMap
• gridStartIndex : GridValuesMsg, GridRequestMsg
• gridVals : GridValuesMsg
• gromacsOn : SimParameters
• GromacsTopFile() : GromacsTopFile
• group : GroupInitMsg
• group1 : colvar::dihedral, colvar::angle, colvar::distance
• group2 : colvar::dihedral, colvar::angle, colvar::distance
• group3 : colvar::dihedral, colvar::angle
• group4 : colvar::dihedral
• groupFixed : CompAtomExt
• groupForces() : GlobalMaster
• grouplist : ComputeNonbondedWorkArrays
• groupMasses : GlobalMaster
• groupplcutoff : nonbonded
• groupPositionBegin : GlobalMaster
• groupPositionEnd : GlobalMaster
• groupPressure : Controller
• groupPressure_avg : Controller
• groupPressure_nbond : Controller
• groupPressure_normal : Controller
• groupPressure_slow : Controller
• groupPressure_tavg : Controller
• grpForces : GlobalMaster
• gyration() : colvar::gyration

- h -

• h_bond() : colvar::h_bond
• haAngleExp : SimParameters
• half_sigma : shared_atom
• handle : LdbMigrateMsg, OptPmePencil< T >, computeInfo
• has_default : ParseOptions::DataElement
• has_evir : PmeUntransMsg
• has_parent_data : colvar_grid< T >
• hasData : PmePencil< T >, PmeTransMsg, PmeGridMsg
• hash() : ExclusionSignature, TupleSignature, Exclusion, ProxyUsageKey, ProxyElem, ExclElem, ImproperElem, TuplePatchElem, DihedralElem, CrosstermElem, BondElem, AngleElem, HashPoolAdaptorT< T >, HashReal, HashString, ExclSigInfo, AtomSigInfo, BOID, TaggedMsg, BroadcastClientElem
• HashPoolAdaptorT() : HashPoolAdaptorT< T >
• HashReal() : HashReal
• hasNewAtoms() : Patch
• hasPatchZero : ComputeHomePatches
• hb : colvar::alpha_angles, colvar::alpha_dihedrals
• HB12 : parm
• HB6 : parm
• hb_coeff : colvar::alpha_angles
• head() : ConfigList
• header : StreamMessage
• HEADER : PDBData
• HELIX : PDBData
• HET : PDBData
• HETATM : PDBData
• hgroupCutoff : SimParameters
• high : netint
• highest : netint
• hill() : colvarbias_meta::hill
• hill_iter : colvarbias_meta
• hill_value : colvarbias_meta::hill
• hill_weight : colvarbias_meta
• hill_width : colvarbias_meta
• hills : colvarbias_meta
• hills_energy : colvarbias_meta
• hills_energy_gradients : colvarbias_meta
• hills_off_grid : colvarbias_meta
• hills_traj_os : colvarbias_meta
• holdComputes() : Sync
• homePatch : PatchMgr, PatchMap, ComputeHomePatch, BoxState
• HomePatch : Sequencer
• HomePatchElem() : HomePatchElem
• homePatchIDList() : PatchMap
• homePatchList() : PatchMap
• htable : ProxyUsage
• HydrogenBonds : SimParameters
• hydrogenGroup : Molecule
• HydrogenGroupID() : HydrogenGroupID
• hydrogenGroupSize : CompAtom
• hydrogenList : AtomCstInfo, atom_constants

- i -

• i : doublecomplex, Transform, netint, floatcomplex
• Iac : parm
• ib : PencilElement
• Iblo : parm
• id : Iterator, CompAtomExt, ComputeExtAtom, colvarbias, colvarmodule::atom, BOID, BroadcastClient
• Id : InfoRecord
• idata : ParseOptions::DataElement
• idef : ParseOptions::DataElement
• identity() : Tensor, Matrix4, Matrix4TMD
• idleTime : processorInfo
• IfBox : parm
• IfCap : parm
• imd : Node
• IMDfreq : SimParameters
• IMDignore : SimParameters, GlobalMasterIMD
• IMDon : SimParameters
• IMDOutput() : IMDOutput
• IMDport : SimParameters
• IMDwait : SimParameters, GlobalMasterIMD
• improper_array : Parameters
• improper_type : improper
• improperCnt : AtomSignature
• ImproperElem : ImproperElem, Molecule
• improperEnergyIndex : ImproperElem
• improperSigIndices : AtomSigInfo
• improperSigs : AtomSignature
• imsg : OptPmePencil< T >, PmePencil< T >
• IncCurrStep() : ALambdaManager, ALambdaControl
• incr() : colvar_grid< T >
• incr_count() : colvar_grid_count
• increase_depth() : colvarmodule
• increment() : ProxyUsage
• incrSTLoad() : Rebalancer
• ind1 : indexed_table_pair, indexed_vdw_pair
• ind2 : indexed_table_pair, indexed_vdw_pair
• index : SortedArray< Elem >, Lattice, ParseOptions::DataElement, vdw_params, crossterm_params, improper_params, dihedral_params, angle_params, bond_params, __sort_entry, LocalID, StreamMessage, vmdforce, shared_atom, GridVal, colvarmodule::atom
• index_a() : PatchMap
• index_b() : PatchMap
• index_c() : PatchMap
• index_ok() : colvar_grid< T >
• info : listNode, heapRecord
• infostream() : infostream
• init() : SortableResizeArray< Elem >, Random, BackEnd
• Init() : ALambdaControl
• init1() : GridforceGrid
• init2() : GridforceGrid
• init3() : GridforceGrid
• init4() : GridforceGrid
• init_biases() : colvarmodule
• init_colvars() : colvarmodule
• init_namd_atom() : colvarproxy_namd
• initAndSendHomePatch() : WorkDistrib
• initdata : OptPmePencil< T >, PmePencil< T >
• initialize() : OptPmeMgr, LdbCoordinator, OptPmePencilMapZ, OptPmePencilMapY, OptPmePencilMapX, ComputeSelfTuples< T, S, P >, ComputePmeMgr, ComputePatchPair, ComputePatch, ComputeNonbondedSelf, ComputeNonbondedPair, ComputeHomeTuples< T, S, P >, ComputeHomePatches, ComputeHomePatch, Compute
• initialize_config_data() : SimParameters
• initialize_manytomany() : OptPmeXPencil
• initialize_pencils() : OptPmeMgr, ComputePmeMgr
• initialTemp : SimParameters
• InitProxyUsage() : Rebalancer
• initTmpPatchAtomsList() : PatchMap
• inMigration : HomePatch
• inner() : colvarmodule::quaternion
• inner_opt() : colvarvalue
• input_prefix : colvarproxy_namd, colvarproxy, colvarmodule
• input_prefix_str : colvarproxy_namd
• ins() : ResizeArrayRaw< Elem >
• insert() : UniqueSortedArray< Elem >, SortedArray< Elem >, Set, ResizeArray< Elem >, maxHeap, minHeap
• insertioncode() : PDBAtom
• Instance() : PatchMap, ComputeMap, AtomMap
• INT : ParseOptions::DataElement
• integer() : Random
• integrate() : Sequencer, Controller
• Integrate_MCTI() : ALambdaManager, ALambdaControl
• inverse() : Matrix4, colvarvalue, colvarmodule::rotation
• Ipatm : parm
• Ipres : parm
• iptr : ParseOptions::DataElement
• Iptres : parm
• is_atom_constorqued() : Molecule
• is_atom_constrained() : Molecule
• is_atom_exPressure() : Molecule
• is_atom_fixed() : Molecule
• is_atom_gridforced() : Molecule
• is_atom_movdragged() : Molecule
• is_atom_rotdragged() : Molecule
• is_atom_stirred() : Molecule
• is_defined : ParseOptions::DataElement
• is_drude() : Molecule
• is_drude_psf : Molecule
• is_group_fixed() : Molecule
• is_hydrogen() : Molecule
• is_hydrogenGroupParent() : Molecule
• is_lp() : Molecule
• is_optional : ParseOptions::DataElement
• is_oxygen() : Molecule
• is_scalar() : colvarvalue
• is_water() : Molecule
• isActive : PencilElement
• IsActive() : ALambdaControl
• isAtomBased() : ComputeMap
• isAvailableOn() : Rebalancer
• isBasePatch : ComputeHomeTuples< T, S, P >
• isEmpty() : TupleSignature
• IsEndOf_MCTI() : ALambdaManager, ALambdaControl
• IsEndOf_MCTI_Step() : ALambdaManager, ALambdaControl
• IsFirstStep() : ALambdaManager, ALambdaControl
• IsForcing() : AForcingDiheRestraint, AForcingAngleRestraint, AForcingDistRestraint, AForcingPosRestraint, ARestraint
• isGP : HydrogenGroupID
• isGridValAvail() : GridforceGrid
• isGridValCached() : GridforceGrid
• isLocal : ComputeNonbondedCUDA::patch_record
• isOpen() : PositionOwnerBox< Owner >, OwnerBox< Owner, Data >
• isPatchBased() : ComputeMap
• isPmeProcessor() : ComputePmeMgr
• isReal : TupleSignature
• isRecvSpanningTreeOn() : SimParameters
• isRecvSpanningTreeUnset() : SimParameters
• isSendSpanningTreeOn() : SimParameters
• isSendSpanningTreeUnset() : SimParameters
• isSorted : SortedArray< Elem >
• IsTimeToClearAccumulator() : ALambdaManager, ALambdaControl
• IsTimeToPrint() : ALambdaManager, ALambdaControl
• IsTimeToPrint_dU_dLambda() : ALambdaManager, ALambdaControl
• isUsed() : Entry< Elem >
• isZero : ProxyResultVarsizeMsg
• it : colvarmodule, colvarbias_meta::hill
• it_restart : colvarmodule
• it_width : colvarmodule
• item() : ResizeArray< Elem >, RequireReduction, SubmitReduction
• iterator : Set, maxHeap, minHeap, ResizeArray< Elem >, Array< Elem, Size >
• ititl : parm

- j -

• j : Transform
• Jacobian_derivative() : colvar::cvc
• jb : PencilElement
• jd : colvar::cvc
• JRNL : PDBData

- k -

• k : NonbondedExclValue, four_body_consts, AngleValue, BondValue, Transform
• K : indexed_table_pair, table_pair_params
• K1 : PmeGrid
• k11 : aniso
• K2 : PmeGrid
• k22 : aniso
• K3 : PmeGrid
• k33 : aniso
• k_ub : AngleValue, angle_params
• keep_hills : colvarbias_meta
• kernel : ComputeNonbondedCUDA
• key_lookup() : colvarparse
• kineticEnergy : Controller
• kineticEnergyCentered : Controller
• kineticEnergyHalfstep : Controller

- l -

• l : EnqueueDataMsg
• LALT : PDBAtom
• lambda : colvarmodule::rotation
• lambda_table : ComputeNonbondedUtil
• langevin_param() : Molecule
• langevinDamping : SimParameters
• langevinHydrogen : SimParameters
• langevinOn : SimParameters
• langevinPiston() : Sequencer
• langevinPiston1() : Controller
• langevinPiston2() : Controller
• langevinPiston_strainRate : Controller
• langevinPistonDecay : SimParameters
• langevinPistonOn : SimParameters
• langevinPistonPeriod : SimParameters
• langevinPistonTarget : SimParameters
• langevinPistonTemp : SimParameters
• langevinTemp : SimParameters
• langevinVelocities() : Sequencer
• langevinVelocitiesBBK1() : Sequencer
• langevinVelocitiesBBK2() : Sequencer
• lastAtomsForcedBegin : GlobalMaster
• lastAtomsForcedEnd : GlobalMaster
• lastForcesBegin : GlobalMaster
• lastLdbStep : SimParameters
• lastResid : ResidueLookupElem
• latqueue : CollectionMaster::CollectVectorSequence
• lattice : SimParameters, Flags, SetLatticeMsg, Patch, OptPmePencil< T >, PmePencil< T >, PmeTransMsg, PmeGridMsg, ExtCoordMsg, colvarproxy_namd, CollectionMaster::CollectVectorInstance
• Lattice() : Lattice
• LCHAIN : PDBAtom
• LCOOR : PDBAtom
• LCOORPREC : PDBAtom
• ldBarrierHandle : LdbCoordinator
• ldbBackgroundScaling : SimParameters
• ldbCoordinator : Node, BOCgroup
• LdbCoordinator() : LdbCoordinator
• ldbCycleNum : LdbCoordinator
• ldbHomeBackgroundScaling : SimParameters
• ldbPeriod : SimParameters
• ldbPMEBackgroundScaling : SimParameters
• ldbStatsFP : LdbCoordinator
• ldbSteps : Sequencer, Controller
• ldbStrategy : SimParameters
• ldbUnloadOne : SimParameters
• ldbUnloadPME : SimParameters
• ldbUnloadRank : SimParameters
• ldbUnloadRankZero : SimParameters
• ldbUnloadSMP : SimParameters
• ldbUnloadZero : SimParameters
• left : indexed_table_pair, indexed_vdw_pair, vdw_params, angle_params, bond_params
• LELEMENT : PDBAtom
• len : StreamMessage, PmeGridMsg
• Length : PDBAtom
• length : Vector, IMDheader
• length2() : Vector
• lesFactor : SimParameters, ComputeNonbondedUtil
• lesOn : SimParameters, ComputeNonbondedUtil
• lesReduceMass : SimParameters
• lesReduceTemp : SimParameters
• lesScaling : ComputeNonbondedUtil
• LFOOT : PDBAtom
• limitDist : SimParameters
• line_marker : colvarmodule
• linenumber : FileStack
• LINSERT : PDBAtom
• List() : AGroup
• listNode() : listNode
• LJcorrection : SimParameters
• ljEnergy : Controller
• ljEnergy_f : Controller
• ljEnergy_ti_1 : Controller
• ljEnergy_ti_2 : Controller
• ljTable : ComputeNonbondedUtil
• LJTable() : LJTable
• LNAME : PDBAtom
• load : UniqueSetRaw< Elem >, UniqueSet< Elem >, SortedArray< Elem >, ScriptTcl, InfoRecord
• load_atoms() : colvarproxy_namd, colvarproxy, colvarmodule
• load_coords() : colvarproxy_namd, colvarproxy, colvarmodule
• loadmatrix() : Matrix4
• loadTuples() : ComputeHomeTuples< T, S, P >
• loadTuplesForAtom() : ExclElem, ImproperElem, DihedralElem, CrosstermElem, BondElem, AngleElem
• loc : GridforceGrid::_box
• localActivePatches : ComputeNonbondedCUDA
• localComputeRecords : ComputeNonbondedCUDA
• localID() : AtomMap
• localIndex : ExclElem, ComputeNonbondedCUDA::patch_record, ImproperElem, DihedralElem, CrosstermElem, BondElem, AngleElem
• LOCALMOD() : infostream, datastream
• localStart : ComputeNonbondedCUDA::patch_record
• localWorkMsg : Compute
• LOCC : PDBAtom
• LOCCPREC : PDBAtom
• log() : colvarproxy_namd, colvarproxy, colvarmodule
• logmsd() : colvar::logmsd
• longSplitting : SimParameters
• lookat() : Matrix4
• lookup() : ResidueLookupElem
• lookupCstPool() : HashPool< T >
• low : netint
• lower_boundaries : colvar_grid< T >
• lower_boundary : colvar
• lower_wall : colvar
• lower_wall_k : colvar
• lowest : netint
• LRESNAME : PDBAtom
• LRESSEQ : PDBAtom
• LSEGNAME : PDBAtom
• LSERIAL : PDBAtom
• LTEMPF : PDBAtom
• LTEMPFPREC : PDBAtom
• LTYPE : PDBAtom

- m -

• M : OptPmeRealSpace
• m_Kf : ARestraint
• m_LambdaKf : ARestraint
• m_LambdaRef : ARestraint
• m_NumGroups : ARestraint
• m_pCOMs : ARestraint
• m_pGroups : ARestraint
• m_x : AVector
• m_y : AVector
• m_z : AVector
• main : main, colvar::distance_z
• makeHeaps() : Rebalancer
• makePatches() : PatchMap
• makeTwoHeaps() : Rebalancer
• many_allowed : ParseOptions::DataElement
• many_to_many_data : OptPmePencil< T >
• many_to_many_nb : OptPmePencil< T >
• many_to_many_recv_grid() : OptPmeZPencil
• many_to_many_recv_trans() : OptPmeXPencil, OptPmeYPencil
• many_to_many_recv_untrans() : OptPmeYPencil, OptPmeZPencil
• many_to_many_send() : OptPmeYPencil
• many_to_many_send_trans() : OptPmeZPencil
• many_to_many_send_ungrid() : OptPmeZPencil
• many_to_many_send_untrans() : OptPmeXPencil
• map_grid() : colvar_grid< T >
• mapComputes() : WorkDistrib
• margin : SimParameters
• marginViolations : HomePatch, Controller
• mass : atom_constants, FullAtom, colvarmodule::atom
• Masses : parm
• massIdx : BasicAtomInfo
• MASTER : PDBData
• master : SlaveInitMsg, MasterHandlerInitMsg
• mat : Matrix4
• match() : colvarmodule::quaternion
• MathArray() : MathArray< Elem, Size >
• matrix() : colvarmodule::rotation
• matrix2d() : colvarmodule::matrix2d< T, outer_length, inner_length >
• Matrix4() : Matrix4
• Matrix4TMD() : Matrix4TMD
• max : ExclusionCheck
• max_a() : PatchMap
• max_b() : PatchMap
• max_c() : PatchMap
• maxAtomMovement : Flags
• maxExclusionFlags : SimParameters
• maxForceMerged : Flags
• maxForceUsed : Flags
• maxGroupRadius : Flags
• maxHeap() : maxHeap
• maximum_value() : colvar_grid_scalar
• maximumMove : Sequencer, SimParameters
• maxNumForces : Results
• MaxOneAway : PatchMap
• MaxOneOrTwoAway : PatchMap
• maxPairPart : SimParameters
• maxPart : nonbonded, ComputeNonbondedSelf, ComputeNonbondedPair
• maxSelfPart : SimParameters
• maxTime : computeInfo
• MaxTwoAway : PatchMap
• Mbona : parm
• measure() : ScriptTcl
• memusage : memusageinit
• memusageinit() : memusageinit
• mergeCrossterms : SimParameters
• messageBOCCheckIn() : Node
• messageEnqueueWork() : WorkDistrib
• messageRun() : Node
• messageStartUp() : Node
• mgridforcelist : SimParameters
• mgridforceOn : SimParameters
• MGridforceParams() : MGridforceParams
• MGridforceParamsList() : MGridforceParamsList
• Migrate() : LdbCoordinator
• MigrateAtomsCombinedMsg() : MigrateAtomsCombinedMsg
• MigrateAtomsMsg() : MigrateAtomsMsg
• migrationList : MigrateAtomsCombinedMsg, MigrateAtomsMsg
• min : ExclusionCheck
• min_a() : PatchMap
• min_b() : PatchMap
• min_c() : PatchMap
• min_distance() : colvar::min_distance
• min_energy : Controller
• min_f_dot_f : Controller
• min_f_dot_v : Controller
• min_huge_count : Controller
• min_v_dot_v : Controller
• minAtomsPerPatch : SimParameters
• minBabyStep : SimParameters
• minHeap() : minHeap
• minimizationQuenchVelocity() : Sequencer
• minimize() : Sequencer, Controller
• minimizeCGOn : SimParameters
• minimizeCoefficient : ControllerBroadcasts
• minimizeMoveDownhill() : Sequencer
• minimizeOn : SimParameters
• minimum_value() : colvar_grid_scalar
• minLineGoal : SimParameters
• minPart : nonbonded, ComputeNonbondedSelf, ComputeNonbondedPair
• minpoint() : minpoint
• minTime : computeInfo
• minTinyStep : SimParameters
• minVerbose : SimParameters
• miscForcesOn : SimParameters
• MIStream() : MIStream
• mList : MigrationInfo
• mod2() : floatcomplex
• MODEL : PDBData
• modExclCnt : ExclusionSignature
• modExclOffset : ExclSigInfo
• modified : Exclusion, ExclElem
• modifyAppliedForces() : GlobalMaster
• modifyForcedAtoms() : GlobalMaster
• modifyGroupForces() : GlobalMaster
• modifyRequestedAtoms() : GlobalMaster
• modifyRequestedGroups() : GlobalMaster
• modOffset : ExclusionSignature
• mol : ComputeNonbondedUtil
• molecule : Node
• Molecule() : Molecule
• MolInst() : MolInst
• mollyAverage() : HomePatch
• mollyIter : SimParameters
• mollyMollify() : HomePatch
• mollyOn : SimParameters
• mollyTol : SimParameters
• momentumCorrection : ControllerBroadcasts
• MOStream() : MOStream
• movDragFile : SimParameters
• movDragGlobVel : SimParameters
• movDragOn : SimParameters
• movDragVelFile : SimParameters
• moveAllBy() : PatchMgr
• moveAtom() : PatchMgr
• movePatch() : PatchMgr
• MovePatch() : MovePatch
• MovePatchesMsg() : MovePatchesMsg
• moveto : parm, MoveAtomMsg
• moveToNode : ComputeMap::ComputeData
• movingConstraintsOn : SimParameters
• movingConsVel : SimParameters
• Mphia : parm
• MSD : colvar::logmsd
• msg : CkCallbackWrapper, TaggedMsg
• msgbuf : HomePatch
• msgSize : TaggedMsg
• Mtheta : parm
• MTRIX : PDBData
• MTSAlgorithm : SimParameters
• mult : colvar_grid< T >
• multiple_replicas : colvarbias_meta
• multiplicity : colvar_grid< T >, ImproperValue, DihedralValue, improper_params, dihedral_params
• multiply_constant() : colvar_grid< T >
• multirefine() : Rebalancer
• multmatrix() : Matrix4, Matrix4TMD
• multnorm3d() : Matrix4
• multpoint() : Matrix4TMD
• multpoint3d() : Matrix4
• multpoint4d() : Matrix4
• myGrid : OptPmeRealSpace
• myHandle : LdbCoordinator
• myid() : Node
• myKSpace : OptPmeXPencil, PmeXPencil
• myOMid : LdbCoordinator
• myRemove() : Set
• mySegid : ResidueLookupElem

- n -

• N : SimParameters, OptPmeRealSpace
• n : four_body_consts
• n_abf_biases : colvarmodule
• n_components() : colvar
• n_harm_biases : colvarmodule
• n_histo_biases : colvarmodule
• n_meta_biases : colvarmodule
• Namd : NamdState
• NamdCentLB() : NamdCentLB
• NamdNborLB() : NamdNborLB
• NamdState() : NamdState
• name : PDBAtom, ParseOptions::DataElement, ConfigList::ConfigListNode, colvar::cvc, colvarbias, colvar
• Nat3 : parm
• Natcap : parm
• Natom : parm
• Natyp : parm
• Nbona : parm
• nbond : Results
• nbondFreq : Controller
• Nbonh : parm
• nComputesExpected : LdbCoordinator
• nComputesReported : LdbCoordinator
• nd : colvar_grid< T >
• nearest() : Lattice
• needs_reply : PmePencil< T >
• net_dE : Controller
• net_dEdl_elec_1 : Controller
• net_dEdl_elec_2 : Controller
• net_dEdl_lj_1 : Controller
• net_dEdl_lj_2 : Controller
• new_count() : colvar_grid_count
• new_data : colvar_grid< T >
• new_hill_freq : colvarbias_meta
• new_hills_begin : colvarbias_meta
• new_hills_off_grid_begin : colvarbias_meta
• new_index() : colvar_grid< T >
• newaid : ComputeGlobalResultsMsg
• newCid() : PatchMap
• newgdef : ComputeGlobalResultsMsg
• newInputStream() : Communicate
• newlist() : Pairlists
• newMinimizeDirection() : Sequencer
• newMinimizePosition() : Sequencer
• newNode() : ComputeMap
• newNodes : ComputeMapChangeMsg
• newOutputStream() : Communicate
• newPid() : ComputeMap
• newRefine() : RefineTorusLB
• newsize() : Pairlists
• next : EntryGlob< Elem >, Entry< Elem >, Set, maxHeap, minHeap, Iterator, listNode, ReductionSetData, PAL, table_pair_params, vdw_pair_params, crossterm_params, improper_params, dihedral_params, StreamMessage, ResidueLookupElem, MGridforceParams, heapIterator, ConfigList::ConfigListNode, StringList, FileStack
• nextlist() : Pairlists
• nextSequenceNumber : ReductionSet
• Nhparm : parm
• nLocalComputes : LdbCoordinator
• nLocalPatches : LdbCoordinator
• Nmxrs : parm
• Nnb : parm
• no_footnote : PDBAtom
• node : PatchMap, ComputeMap, nodesort, ProxySpanningTreeMsg, ProxyResultVarsizeMsg, ProxyResultMsg, UnregisterProxyMsg, RegisterProxyMsg, ProxyListElem, ComputeMap::ComputeData, ComputeDPMEResultsMsg, ComputeDPMEDataMsg, BOCgroup
• Node : Node, NamdState
• nodecount : ProxyMgr
• nodeDone() : LdbCoordinator
• nodeID : MovePatch, proxyTreeNode
• NodeProxyMgr() : NodeProxyMgr
• nodes : ProxyCombinedResultMsg
• nodesDone : LdbCoordinator
• nodesort() : nodesort
• noforce : colvarmodule::atom_group
• noGradient : minpoint
• nonbondedFrequency : SimParameters
• nonbondedGroupSize : CompAtom
• nonbondedScaling : SimParameters
• noPatchesOnOne : SimParameters
• noPatchesOnZero : SimParameters
• norm() : colvarvalue, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::rvector
• norm2() : colvarvalue, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::rvector
• normal : Results, AngleValue, angle_params
• notfree() : CollectionMgr::CollectVectorInstance, CollectionMaster::CollectVectorInstance
• noWork() : ComputeNonbondedPair, Compute
• Nparm : parm
• npatches : nodesort
• nPatches : LdbCoordinator
• nPatchesExpected : LdbCoordinator
• nPatchesReported : LdbCoordinator
• Nphb : parm
• Nphia : parm
• Nphih : parm
• Nptra : parm
• nRegisteredObjs : LdbCoordinator
• Nres : parm
• Nspm : parm
• Nspsol : parm
• nStatsMessagesExpected : LdbCoordinator
• nStatsMessagesReceived : LdbCoordinator
• nt : colvar_grid< T >
• Ntheta : parm
• Ntheth : parm
• Nttyp : parm
• Ntype2d : parm
• Ntypes : parm
• num() : ParseOptions
• num_atom_records : ComputeNonbondedCUDA
• num_atoms() : PDB
• num_deg_freedom() : Molecule
• num_fixed_atoms() : Molecule
• num_fixed_groups() : Molecule
• num_force_records : ComputeNonbondedCUDA
• num_grid_indices : GridValuesMsg, GridRequestMsg
• num_grids : GridDepositMsg
• num_group_deg_freedom() : Molecule
• num_local_atom_records : ComputeNonbondedCUDA
• num_remote_atom_records : ComputeNonbondedCUDA
• numAcceptors : Molecule
• Numang : parm
• NumAngleParams : Parameters
• numAngles : Molecule
• numAnisos : Molecule
• numAtomBased() : ComputeMap
• numAtoms : Patch, Molecule, MigrateAtomsCombinedMsg, patchInfo, ComputePatchPair, ComputePatch, nonbonded, ComputeNonbondedCUDA::patch_record, ComputeHomePatch, ExtCoordMsg
• numAtomsPair : SimParameters
• numAtomsPair2 : SimParameters
• numAtomsSelf : SimParameters
• numAtomsSelf2 : SimParameters
• numAvailable() : Rebalancer
• numaway_a() : PatchMap
• numaway_b() : PatchMap
• numaway_c() : PatchMap
• number_of_colvars() : colvar_grid< T >
• number_of_points() : colvar_grid< T >
• Numbnd : parm
• NumBondParams : Parameters
• numBonds : Molecule
• numCalcAngles : Molecule
• numCalcBonds : Molecule
• numCalcCrossterms : Molecule
• numCalcDihedrals : Molecule
• numCalcExclusions : Molecule
• numCalcImpropers : Molecule
• numCids() : PatchMap
• numComputes : ComputeMap, Rebalancer, LdbCoordinator
• numConsForce : Molecule
• numConsTorque : Molecule
• numConstraints : Molecule
• NumCosAngles : Parameters
• NumCrosstermParams : Parameters
• numCrossterms : Molecule
• numDegFreedom : Controller
• NumDihedralParams : Parameters
• numDihedrals : Molecule
• numDonors : Molecule
• numDrudeAtoms : Molecule
• numElements() : Set, maxHeap, minHeap
• numenerentries : Parameters
• numExclusions : Molecule
• numExPressureAtoms : Molecule
• numFepFinal : Molecule
• numFepInitial : Molecule
• numFixedAtoms : Patch, Molecule
• numFixedGroups : Molecule
• numFixedRigidBonds : Molecule
• numFreeAtoms : ComputeNonbondedCUDA::patch_record
• numGridforceGrids : Molecule
• numGridforces : Molecule
• numHomePatches() : PatchMap
• numHydrogenGroups : Molecule
• NumImproperParams : Parameters
• numImpropers : Molecule
• numLonepairs : Molecule
• numLphosts : Molecule
• numMlBuf : HomePatch
• numMovDrag : Molecule
• numMultipleDihedrals : Molecule
• numMultipleImpropers : Molecule
• numNewNodes : ComputeMapChangeMsg
• numNodes() : Node
• numNodesWithPatches() : PatchMap
• numNodesWithProxies : ProxyNodeAwareSpanningTreeMsg
• numOffset : TupleSignature
• numParticles : ComputeDPMEResultsMsg, ComputeDPMEDataMsg
• numPartitions : ComputeMap, ComputeMap::ComputeData
• numParts : nonbonded, ComputeNonbondedSelf, ComputeNonbondedPair
• numPatchBased() : ComputeMap
• numPatches : PatchMap, Rebalancer
• numPatchesOnNode() : PatchMap
• numPes : proxyTreeNode
• numPesAvailable : Rebalancer
• numPesOfNode : ProxyNodeAwareSpanningTreeMsg
• numPids : ComputeMap, ComputeMap::ComputeData
• numPidsAllocated : ComputeMap::ComputeData
• numProxies : ProxyMgr, Rebalancer
• numRealBonds : Molecule
• numRigidBonds : Molecule
• numRotDrag : Molecule
• numStepsToRun : LdbCoordinator
• numStirredAtoms : Molecule
• NumTablePairParams : Parameters
• NumTableParams : Parameters
• numTotalExclusions : Molecule
• NumVdwPairParams : Parameters
• NumVdwParams : Parameters
• NumVdwParamsAssigned : Parameters
• nx : OptPmeFFTMsg, LocalPmeInfo, PmeTransMsg, colvar_grid< T >
• nxc : colvar_grid< T >
• ny : OptPmeXPencil, PmeXPencil, PmeUntransMsg
• ny_after_transpose : LocalPmeInfo
• nz : OptPmeXPencil, PmeXPencil

- o -

• obj : Entry< Elem >
• Object() : Sync, ReductionMgr, ProxyMgr, PatchMgr, PatchMap, Node, LdbCoordinator, ComputeMap, CollectionMgr, CollectionMasterHandler, CollectionMaster, BroadcastMgr, AtomMap
• ObjectArena() : ObjectArena< Type >
• objHandles : LdbCoordinator
• OBSLTE : PDBData
• occupancy() : PDBAtom
• off_diagonal : Tensor
• offset : Lattice, TupleSignature, MoveAllByMsg, nonbonded, ComputeNonbondedCUDA::compute_record
• okay() : ConfigList
• old_pos : colvarmodule::atom_group
• oldProcessor : computeInfo
• oneAwayNeighbors() : PatchMap
• oneOrTwoAwayNeighbors() : PatchMap
• open() : PositionOwnerBox< Owner >, PositionBox< Owner >, OwnerBox< Owner, Data >, Box< Owner, Data >
• openSync() : Sync
• operator * : Vector, UniqueSetIter< T >, Tensor, ResizeArrayPrimIter< T >, ResizeArrayIter< T >, MathArray< Elem, Size >, AVector, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::rmatrix, colvarmodule::vector1d< T, length >, colvarmodule::rvector
• operator *=() : Vector, Tensor, MathArray< Elem, Size >, AVector, floatcomplex, colvarvalue, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::rvector
• operator const Real &() : HashReal
• operator const T &() : HashPoolAdaptorT< T >
• operator cvm::quaternion() : colvarvalue
• operator cvm::real() : colvarvalue
• operator cvm::rvector() : colvarvalue
• operator Real &() : HashReal
• operator T &() : HashPoolAdaptorT< T >
• operator T *() : colvarmodule::vector1d< T, length >
• operator T **() : colvarmodule::matrix2d< T, outer_length, inner_length >
• operator!= : Vector, UniqueSetIter< T >, Tensor, ResizeArrayPrimIter< T >, ResizeArrayIter< T >, colvarmodule::rvector
• operator+ : Vector, Tensor, MathArray< Elem, Size >, AVector, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::rvector
• operator++() : UniqueSetIter< T >, ResizeArrayPrimIter< T >, ResizeArrayIter< T >
• operator+=() : Vector, Tensor, MathArray< Elem, Size >, AVector, floatcomplex, colvarvalue, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::rvector
• operator- : Vector, Tensor, MathArray< Elem, Size >, AVector, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::rvector
• operator-=() : Vector, Tensor, MathArray< Elem, Size >, colvarvalue, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::rvector
• operator->() : UniqueSetIter< T >, ResizeArrayIter< T >
• operator/ : Vector, Tensor, MathArray< Elem, Size >, AVector, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::rvector
• operator/=() : Vector, Tensor, MathArray< Elem, Size >, AVector, colvarvalue, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::rvector
• operator< : nodesort, Exclusion, MovePatch, HydrogenGroupID, HomePatchElem, vmdforce, ExclElem, ImproperElem, TuplePatchElem, PatchElem, DihedralElem, CrosstermElem, BondElem, AngleElem, colvarbias_meta::hill
• operator<< : infostream, datastream, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::matrix2d< T, outer_length, inner_length >, colvarmodule::vector1d< T, length >, colvarbias_meta::hill
• operator<= : colvarbias_meta::hill
• operator=() : Vector, UniqueSortedArray< Elem >, UniqueSetRaw< Elem >, Entry< Elem >, UniqueSetIter< T >, UniqueSet< Elem >, Tensor, ExclusionSignature, AtomSignature, TupleSignature, SortedArray< Elem >, SortableResizeArray< Elem >, ResizeArrayRaw< Elem >, ResizeArrayPrimIter< T >, ResizeArrayIter< T >, ResizeArray< Elem >, Flags, proxyTreeNode, ExclusionCheck, Matrix4, MathArray< Elem, Size >, HomePatchElem, vmdforce, AVector, ALambdaControl, AGroup, floatcomplex, colvarvalue, colvarmodule::matrix2d< T, outer_length, inner_length >, colvarmodule::vector1d< T, length >, colvarmodule::rvector, Array< Elem, Size >
• operator==() : nodesort, Vector, UniqueSetIter< T >, Tensor, ExclusionSignature, AtomSignature, TupleSignature, Exclusion, ResizeArrayPrimIter< T >, ResizeArrayIter< T >, ProxyElem, MovePatch, HydrogenGroupID, HomePatchElem, vmdforce, ExclElem, ImproperElem, TuplePatchElem, PatchElem, DihedralElem, CrosstermElem, BondElem, AngleElem, colvarmodule::rvector, colvarbias_meta::hill, BOID, TaggedMsg, BroadcastClientElem
• operator> : colvarbias_meta::hill
• operator>= : colvarbias_meta::hill
• operator>> : colvarmodule::quaternion, colvarparse::read_block
• operator[]() : Vector, ResizeArrayRaw< Elem >, ResizeArray< Elem >, AVector, ARestraintManager, ALambdaManager, AGroup, HashPool< T >, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::rvector, Array< Elem, Size >
• optional() : ParseOptions
• optionalB() : ParseOptions
• OptPmeCompute : OptPmeCompute, OptPmeMgr
• OptPmeMgr() : OptPmeMgr
• OptPmePencil() : OptPmePencil< T >
• OptPmePencilInitMsg() : OptPmePencilInitMsg
• OptPmePencilMapX() : OptPmePencilMapX
• OptPmePencilMapY() : OptPmePencilMapY
• OptPmePencilMapZ() : OptPmePencilMapZ
• OptPmeRealSpace() : OptPmeRealSpace
• OptPmeXPencil() : OptPmeXPencil
• OptPmeYPencil() : OptPmeYPencil
• OptPmeZPencil() : OptPmeZPencil
• order : PmeGrid
• order_init() : OptPmePencil< T >, PmePencil< T >
• orientation() : colvar::orientation
• orientation_angle() : colvar::orientation_angle
• origin() : PatchMap, Lattice
• originalPosition : GlobalMasterMisc
• ORIGX : PDBData
• ortho() : Matrix4
• ortho2() : Matrix4
• orthogonal() : Lattice
• Out() : AVector
• outer() : Tensor, colvarmodule::rvector
• outerAdd() : Tensor
• output : TupleSignature, Node
• Output() : Output, AVector
• output_prefix : colvarproxy_namd, colvarproxy, colvarmodule
• output_prefix_str : colvarproxy_namd
• output_traj() : colvarbias_meta::hill
• output_width() : colvarvalue, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::rvector
• outputEnergies : SimParameters
• outputExtendedSystem() : Controller
• outputFepEnergy() : Controller
• outputFilename : SimParameters
• outputMomenta : SimParameters
• outputPairlists : SimParameters
• outputPatchDetails : SimParameters
• outputPressure : SimParameters
• outputTiEnergy() : Controller
• outputTiming : SimParameters
• overLoad : Rebalancer
• OwnerBox() : OwnerBox< Owner, Data >
• OwnerBox<Owner,Data> : Box< Owner, Data >

- p -

• p : Rebalancer::pcpair, Patch, nonbonded, ExclElem, ComputeNonbondedCUDA::patch_record, ImproperElem, TuplePatchElem, PatchElem, ComputeGlobalDataMsg, DihedralElem, CrosstermElem, BondElem, AngleElem
• P : Rebalancer
• p2leg_opt() : colvarvalue
• p_0_sortValues : ComputeNonbondedWorkArrays
• p_avg : Patch
• pack() : ExclusionSignature, AtomSignature, TupleSignature, ReductionSubmitMsg, ProxySpanningTreeMsg, ProxyCombinedResultMsg, ProxyResultMsg, ProxyAtomsMsg, MovePatchesMsg, PatchMap, MigrateAtomsCombinedMsg, MigrateAtomsMsg, GridforceGrid, ComputeMap, ComputeGlobalResultsMsg, ComputeGlobalDataMsg, ComputeGlobalConfigMsg, ComputeDPMEResultsMsg, ComputeDPMEDataMsg, ComputeConsForceMsg, EnqueueDataMsg, DataStreamMsg, CollectVectorMsg
• pack_data() : MGridforceParamsList
• packSize() : PatchMap, ComputeMap
• pad : AlignVector
• padding : ProxyResultVarsizeMsg
• pairElectForceIndex : ComputeNonbondedUtil
• pairInteractionGroup1 : SimParameters
• pairInteractionGroup2 : SimParameters
• pairInteractionOn : SimParameters, ComputeNonbondedUtil
• pairInteractionSelf : SimParameters, ComputeNonbondedUtil
• pairlist : ComputeNonbondedWorkArrays
• pairlist2 : ComputeNonbondedWorkArrays
• pairlistDist : SimParameters
• pairlistGrow : SimParameters
• pairlisti : ComputeNonbondedWorkArrays
• pairlistm : ComputeNonbondedWorkArrays
• pairlistmA1 : ComputeNonbondedWorkArrays
• pairlistmA2 : ComputeNonbondedWorkArrays
• pairlistMinProcs : SimParameters
• pairlistnA0 : ComputeNonbondedWorkArrays
• pairlistnA1 : ComputeNonbondedWorkArrays
• pairlistnA2 : ComputeNonbondedWorkArrays
• pairlistnAlch : ComputeNonbondedWorkArrays
• pairlists : nonbonded, ComputeNonbondedSelf, ComputeNonbondedPair
• Pairlists() : Pairlists
• pairlistsAge : Sequencer
• pairlistsAreValid : Sequencer
• pairlistShrink : SimParameters
• pairlistsPerCycle : SimParameters
• pairlistsValid : ComputeNonbondedSelf, ComputeNonbondedPair
• pairlistTolerance : Flags, ComputeNonbondedSelf, ComputeNonbondedPair
• pairlistTrigger : SimParameters
• pairlistWarningIndex : ComputeNonbondedUtil
• pairlistWarnings : Controller
• pairlistx : ComputeNonbondedWorkArrays
• pairlistxA1 : ComputeNonbondedWorkArrays
• pairlistxA2 : ComputeNonbondedWorkArrays
• pairVDWForceIndex : ComputeNonbondedUtil
• param : ScriptParamMsg
• parameters : Node
• Parameters() : Parameters
• paraTypeCharmmOn : SimParameters
• paraTypeXplorOn : SimParameters
• parent : ParseOptions::DataElement
• parent_ptr : ParseOptions::DataElement
• parm() : parm
• parse : PDBAtom, colvarmodule::atom_group, colvarmodule
• parse_analysis() : colvar
• parse_group() : colvar::cvc
• Parse_Mode : colvarparse
• parse_normal : colvarparse
• parse_params() : colvar_grid< T >
• parse_silent : colvarparse
• ParseOptions() : ParseOptions
• particles : ComputeDPMEDataMsg
• partition : RecBisection, ComputeMap, CompAtom, ComputeMap::ComputeData
• partner : AtomCstInfo, atom_constants
• Patch() : Patch
• patch : PatchMap, Sequencer, ProxyUsageKey, ProxySpanningTreeMsg, ProxyCombinedResultMsg, ProxyNodeAwareSpanningTreeMsg, ProxyResultVarsizeMsg, ProxyResultMsg, ProxyDataMsg, ProxyAtomsMsg, UnregisterProxyMsg, RegisterProxyMsg, HomePatchElem, ComputePatchPair, ComputePatch, ComputeHomePatch
• patch1 : computeInfo
• patch2 : computeInfo
• patch_record() : ComputeNonbondedCUDA::patch_record
• patchArray : LdbCoordinator
• patchBased : ComputeMap::ComputeData
• patchDimension : SimParameters
• PatchElem() : PatchElem
• patches : Rebalancer
• patchHandles : LdbCoordinator
• patchID : ProxyElem, Patch, PatchGridElem, OptPmeGridMsg, ComputePatchPair, ComputePatch, ComputeNonbondedCUDA::patch_record, TuplePatchElem, PatchElem
• patchList : ComputeHomePatches
• patchLoad() : LdbCoordinator
• PatchMap : PatchMap, PatchMgr
• patchMap : Node, LdbCoordinator, ComputeNonbondedCUDA, ComputeHomeTuples< T, S, P >, ComputeHomePatches
• patchMapData : MapDistribMsg
• patchMapInit() : WorkDistrib
• PatchMgr : PatchMgr, HomePatch
• patchMgr : BOCgroup
• patchNAtoms : LdbCoordinator
• PatchReady() : Sync
• patchReady() : Compute
• PatchRec() : ComputeMap::PatchRec
• patchRecords : ComputeNonbondedCUDA
• patchSet : processorInfo
• pcgrid : Rebalancer
• pcpair() : Rebalancer::pcpair
• PDB() : PDB
• pdb : Node
• PDBAtom() : PDBAtom
• PDBAtomRecord() : PDBAtomRecord
• PDBData() : PDBData
• PDBFormatStyle : PDBData
• PDBHetatm() : PDBHetatm
• PDBNames : PDBData
• PDBPossibleAtoms : PDBAtom
• PDBType : PDBData
• PDBUnknown() : PDBUnknown
• PE : StreamMessage
• peIDs : proxyTreeNode
• period : colvar::cvc, colvar
• periodic : colvar_grid< T >
• periodic_a() : PatchMap
• periodic_b() : PatchMap
• periodic_boundaries() : colvar
• periodic_c() : PatchMap
• pes : Rebalancer
• pExt : Patch, nonbonded
• Phase : parm
• phi : colvar::alpha_dihedrals
• phi_ref : colvar::alpha_dihedrals
• pi_ewaldcof : ComputeNonbondedUtil
• pid : PatchMap, ComputeMap, MovePatch, MovePatchesMsg, LocalID, HomePatchElem, ComputeNonbondedCUDA::compute_record, ComputeMap::PatchRec
• pids : ComputeMap::ComputeData
• Pk : parm
• plcutoff : nonbonded
• plExtLen : ProxyDataMsg
• plLen : ProxyDataMsg
• PluginIOMgr() : PluginIOMgr
• pme_kspace() : OptPmeXPencil, PmeXPencil
• PMEBarrier : SimParameters
• PMEEwaldCoefficient : SimParameters
• PMEGridSizeX : SimParameters
• PMEGridSizeY : SimParameters
• PMEGridSizeZ : SimParameters
• PMEGridSpacing : SimParameters
• PMEInterpOrder : SimParameters
• PmeKSpace() : PmeKSpace
• PMEMinPoints : SimParameters
• PMEMinSlices : SimParameters
• PMEOn : SimParameters
• PmePencil() : PmePencil< T >
• PmePencilInitMsg() : PmePencilInitMsg
• PMEPencils : SimParameters
• PMEProcessors : SimParameters
• pmeProxy : OptPmePencilInitMsgData, PmePencilInitMsgData
• PmeRealSpace() : PmeRealSpace
• PMETolerance : SimParameters
• PmeXPencil() : PmeXPencil
• PmeYPencil() : PmeYPencil
• PmeZPencil() : PmeZPencil
• Pn : parm
• popn : parm
• pos : colvarmodule::atom
• pos1 : colvarmodule::rotation
• pos2 : colvarmodule::rotation
• posBox : BoxState
• position : CompAtom, shared_atom, ComputeExtAtom
• position_dist2() : colvarproxy_namd, colvarproxy, colvarmodule
• position_distance() : colvarproxy_namd, colvarproxy, colvarmodule
• positionBox : Patch, ComputePatchPair, ComputePatch, ComputeNonbondedCUDA::patch_record, TuplePatchElem, PatchElem
• PositionBox<Owner> : PositionOwnerBox< Owner >
• positionBoxClosed() : Patch
• positionComputeList : Patch
• positionExtList : ProxyDataMsg
• positionList : ProxyDataMsg
• PositionOwnerBox() : PositionOwnerBox< Owner >
• PositionOwnerBox<Owner> : PositionBox< Owner >
• positionRescaleFactor : ControllerBroadcasts
• positions : colvarmodule::atom_group, colvarproxy_namd
• positions_shifted() : colvarmodule::atom_group
• positionsReady() : Patch, HomePatch
• ppbonded : Controller
• ppint : Controller
• ppnonbonded : Controller
• preadln() : parm
• precisions : CollectionMgr::CollectVectorInstance
• preCreateHomePatch() : PatchMgr
• preCreateHomePatches() : WorkDistrib
• pressure : Controller
• pressure_avg : Controller
• pressure_nbond : Controller
• pressure_normal : Controller
• pressure_slow : Controller
• pressure_tavg : Controller
• pressureProfileAtomTypes : SimParameters, ComputeNonbondedUtil, ExclElem, ImproperElem, DihedralElem, CrosstermElem, BondElem, AngleElem
• pressureProfileAverage : Controller
• pressureProfileCount : Controller
• pressureProfileData : ComputeNonbondedSelf, ComputeNonbondedPair, ComputeHomeTuples< T, S, P >
• pressureProfileEwaldOn : SimParameters
• pressureProfileEwaldX : SimParameters
• pressureProfileEwaldY : SimParameters
• pressureProfileEwaldZ : SimParameters
• pressureProfileFreq : SimParameters
• pressureProfileMin : ComputeNonbondedUtil, ExclElem, ImproperElem, DihedralElem, CrosstermElem, BondElem, AngleElem
• pressureProfileOn : SimParameters, ComputeNonbondedUtil
• PressureProfileReduction() : PressureProfileReduction
• pressureProfileReduction : Sequencer, nonbonded, ComputeNonbondedSelf, ComputeNonbondedPair, ComputeHomeTuples< T, S, P >
• pressureProfileSlabs : SimParameters, Controller, ComputeNonbondedUtil, ExclElem, ImproperElem, ComputeHomeTuples< T, S, P >, DihedralElem, CrosstermElem, BondElem, AngleElem
• pressureProfileThickness : ComputeNonbondedUtil, ExclElem, ImproperElem, DihedralElem, CrosstermElem, BondElem, AngleElem
• print() : Set, AtomMap
• print_angle_params() : Parameters
• print_atoms() : Molecule
• print_bond_params() : Parameters
• print_bonds() : Molecule
• print_crossterm_params() : Parameters
• print_dihedral_params() : Parameters
• Print_dU_dLambda_Info() : ARestraintManager
• Print_dU_dLambda_Summary() : ALambdaManager
• print_exclusions() : Molecule
• print_improper_params() : Parameters
• Print_MCTI_Integration() : ALambdaManager
• print_param_summary() : Parameters
• print_vdw_pair_params() : Parameters
• print_vdw_params() : Parameters
• printComputeMap() : ComputeMap
• printDynamicsEnergies() : Controller
• printEnergies() : Controller
• PrintEnergyInfo() : ARestraintManager
• printFepMessage() : Controller
• PrintHeader() : ALambdaManager, ALambdaControl
• PrintInfo() : ADiheRestraint, AnAngleRestraint, ADistRestraint, APosRestraint, ARestraint
• PrintLambdaHeader() : ALambdaManager, ALambdaControl
• printLoads() : Rebalancer
• printLocalLdbReport() : LdbCoordinator
• printMinimizeEnergies() : Controller
• printOut() : ProxyNodeAwareSpanningTreeMsg
• printPatchMap() : PatchMap
• PrintPreInfo() : ARestraintManager
• printRequiredProxies() : LdbCoordinator
• PrintRestraintInfo() : ARestraintManager
• printResults() : Rebalancer
• PrintSomeSpaces() : ALambdaManager
• printSummary() : Rebalancer
• printTiMessage() : Controller
• printTiming() : Controller
• priority() : Compute
• processData() : GlobalMaster
• ProcessMigrate() : LdbCoordinator
• processor : ProxyUsageKey, patchInfo, computeInfo
• processorArray : LdbCoordinator
• processorInfo() : processorInfo
• processors : Rebalancer
• procID : ProxyNodeAwareSpanningTreeMsg
• procNum() : OptPmePencilMapZ, OptPmePencilMapY, OptPmePencilMapX
• procsPerNode : SimParameters
• project_hills() : colvarbias_meta
• projLineVec : nonbonded
• promote() : colvarmodule::quaternion
• proxies : processorInfo
• proxiesOn : patchInfo
• proxy : colvarmodule
• ProxyElem() : ProxyElem
• proxylist : ProxyTree
• ProxyListElem() : ProxyListElem
• ProxyMgr() : ProxyMgr
• proxyMgr : BOCgroup
• proxyMsgCount : ProxyTree
• ProxyPatch() : ProxyPatch
• proxyPatch : ProxyElem
• proxyRecvSpanningTree : SimParameters
• proxySendSpanningTree : SimParameters
• ProxyTree() : ProxyTree
• proxyTreeNode() : proxyTreeNode
• ProxyUsage() : ProxyUsage
• proxyUsage : Rebalancer
• ProxyUsageKey() : ProxyUsageKey
• psi : colvar::alpha_dihedrals
• psi_ref : colvar::alpha_dihedrals
• publish() : SimpleBroadcastObject< T >
• pup() : HashPoolAdaptorT< T >
• push_back() : HashPool< T >
• put() : MOStream
• put_stir_startTheta() : Molecule

- q -

• q : colvarmodule::rotation
• q0 : colvarmodule::quaternion
• q1 : colvarmodule::quaternion
• q2 : colvarmodule::quaternion
• q3 : colvarmodule::quaternion
• q_old : colvarmodule::rotation
• qgrid : OptPmeFFTMsg, OptPmeGridMsg, PmeUntransMsg, PmeTransMsg, PmeGridMsg
• quaternion() : colvarmodule::quaternion
• quaternion_value : colvarvalue
• quenchVelocities() : Sequencer
• queue : CollectionMaster::CollectVectorSequence

- r -

• r : doublecomplex, ComputeNonbondedCUDA::patch_record, TuplePatchElem, PatchElem, floatcomplex
• r0 : colvar::h_bond, colvar::coordnum
• r0_vec : colvar::coordnum
• r12 : colvar::dihedral
• r21 : colvar::angle
• r21l : colvar::angle
• r23 : colvar::dihedral, colvar::angle
• r23l : colvar::angle
• r2_delta : ComputeNonbondedUtil
• r2_delta_1 : ComputeNonbondedUtil
• r2_delta_exp : ComputeNonbondedUtil
• r2_table : ComputeNonbondedUtil
• r2list : ComputeNonbondedWorkArrays
• r34 : colvar::dihedral
• r_ohc : Molecule
• r_om : Molecule
• r_ub : AngleValue, angle_params
• Random() : Random, AVector
• random : Sequencer, Controller
• randomSeed : SimParameters
• range : ParseOptions, ParseOptions::DataElement
• rank : SubReqMsg
• rattle1() : Sequencer, HomePatch
• rattle2() : Sequencer, HomePatch
• read_block() : colvarparse::read_block
• read_charmm_parameter_file() : Parameters
• read_ener_table() : Parameters
• read_energy_type() : Parameters
• read_energy_type_bothcubspline() : Parameters
• read_energy_type_cubspline() : Parameters
• read_fortran_12I6() : parm
• read_hill() : colvarbias_meta
• read_multicol() : colvar_grid< T >
• read_parameter_file() : Parameters
• read_parm() : Parameters, Molecule
• read_position() : colvarmodule::atom
• read_positions() : colvarmodule::atom_group
• read_psf_file() : Molecule
• read_raw() : colvar_grid< T >
• read_replica_files() : colvarbias_meta
• read_restart() : colvarmodule, colvar_grid_gradient, colvar_grid_scalar, colvar_grid_count, colvarbias_meta, colvarbias_harmonic, colvarbias, colvar
• read_system_force() : colvarmodule::atom
• read_system_forces() : colvarmodule::atom_group
• read_traj() : colvarmodule, colvar
• read_velocities() : colvarmodule::atom_group
• read_velocity() : colvarmodule::atom
• readExclusions : SimParameters
• readparm() : parm
• ready() : CollectionMaster::CollectVectorInstance
• real : colvarmodule
• real_value : colvarvalue
• reassignFreq : SimParameters
• reassignHold : SimParameters
• reassignIncr : SimParameters
• reassignTemp : SimParameters
• reassignVelocities() : Sequencer, Controller
• rebalance() : LdbCoordinator
• rebalanceLoad() : Sequencer, Controller
• Rebalancer() : Rebalancer
• rebin_grids : colvarbias_meta
• RecBisection() : RecBisection
• receive_Molecule() : Molecule
• receive_Parameters() : Parameters
• receive_SimParameters() : SimParameters
• receiveAll() : ProxyPatch
• receiveAtoms() : ProxyPatch
• ReceiveAtSync() : LdbCoordinator
• receiveData() : ProxyPatch
• receiveDataStream() : CollectionMaster
• receiveInitialGridData() : ComputeGridForceNodeMgr
• receivePositions() : CollectionMaster
• receivePressure() : Controller
• receiveResults() : HomePatch
• receiveVelocities() : CollectionMaster
• recent_dEdl_elec_1 : Controller
• recent_dEdl_elec_2 : Controller
• recent_dEdl_lj_1 : Controller
• recent_dEdl_lj_2 : Controller
• recent_TiNo : Controller
• reconfig : ComputeGlobalResultsMsg
• recount_hills_off_grid() : colvarbias_meta
• recv_grid() : OptPmeZPencil, PmeZPencil
• recv_trans() : OptPmeXPencil, OptPmeYPencil, PmeXPencil, PmeYPencil
• recv_untrans() : OptPmeYPencil, OptPmeZPencil, PmeYPencil, PmeZPencil
• recvArrays() : OptPmeMgr, ComputePmeMgr
• recvAtoms() : PatchMgr
• recvAtomsCoor() : AtomsDisInfo
• recvAtomsForces() : AtomsDisInfo
• recvBroadcast() : BroadcastMgr
• recvComputeConsForceMsg() : ComputeMgr
• recvComputeDPMEData() : ComputeMgr
• recvComputeDPMEResults() : ComputeMgr
• recvComputeEwaldData() : ComputeMgr
• recvComputeEwaldResults() : ComputeMgr
• recvComputeGlobalConfig() : ComputeMgr
• recvComputeGlobalData() : ComputeMgr
• recvComputeGlobalResults() : ComputeMgr
• recvComputeMapChanges() : WorkDistrib
• recvConfig() : ComputeGlobal
• recvCoord() : ComputeExtMgr
• recvCoordinates() : FileIOMgr, FileIO
• recvData() : GlobalMasterServer, ComputeEwald
• recvEnableEarlyExit() : Node
• recvEnableExitScheduler() : Node
• recvEvir() : OptPmeMgr
• recvForce() : ComputeExtMgr
• recvGrid() : ComputePmeMgr
• recvGridValues() : ComputeGridForceNodeMgr
• recvImmediateProxyAll() : NodeProxyMgr, ProxyMgr
• recvImmediateProxyData() : NodeProxyMgr, ProxyMgr
• recvImmediateResults() : NodeProxyMgr, ProxyMgr
• RecvMigrate() : LdbCoordinator
• recvMigrateAtoms() : PatchMgr
• recvMigrateAtomsCombined() : PatchMgr
• recvMovePatches() : PatchMgr
• recvNodeAwareSpanningTree() : ProxyMgr, HomePatch
• recvNodeAwareSpanningTreeOnHomePatch() : ProxyMgr
• recvNodeAwareSTParent() : ProxyMgr
• recvProxies() : ProxyMgr
• recvProxyAll() : ProxyMgr
• recvProxyData() : ProxyMgr
• recvRegisterProxy() : ProxyMgr
• recvResults() : ProxyMgr, ComputeGlobal, ComputeEwald
• recvSpanningTree() : ProxyMgr, HomePatch
• recvSpanningTreeOnHomePatch() : ProxyMgr
• recvStaticInfo() : AtomsDisInfo
• recvTrans() : ComputePmeMgr
• recvUngrid() : OptPmeMgr, ComputePmeMgr
• recvUnregisterProxy() : ProxyMgr
• recvUntrans() : ComputePmeMgr
• recvYieldDevice() : ComputeNonbondedCUDA, ComputeMgr
• redistrib_swm4_forces() : Sequencer
• redistrib_tip4p_forces() : Sequencer
• reduce() : ResizeArray< Elem >
• reduction : Sequencer, Controller, ComputeStir, ComputeSphericalBC, ComputeRestraints, nonbonded, ComputeNonbondedSelf, ComputeNonbondedPair, ComputeNonbondedCUDA, ComputeHomeTuples< T, S, P >, ComputeGridForce, ComputeEField, ComputeCylindricalBC
• reductionChecksumLabel : ExclElem, ImproperElem, DihedralElem, CrosstermElem, BondElem, AngleElem
• reductionDataSize : ComputeNonbondedUtil, ExclElem, ImproperElem, DihedralElem, CrosstermElem, BondElem, AngleElem
• ReductionMgr : ReductionMgr, RequireReduction, SubmitReduction
• reductionMgr : BOCgroup
• ReductionSet() : ReductionSet
• ReductionSetData() : ReductionSetData
• reductionSetID : ReductionSet, ReductionSubmitMsg, ReductionRegisterMsg
• ref1 : colvar::distance_z
• ref2 : colvar::distance_z
• ref_pos : colvar::orientation, colvar::eigenvector, colvarmodule::atom_group
• ref_pos_com : colvarmodule::atom_group
• ref_pos_group : colvarmodule::atom_group
• ref_pos_sum2 : colvar::logmsd, colvar::rmsd
• ref_quat : colvar::orientation
• refCount : UniqueSetRaw< Elem >, ComputeNonbondedCUDA::patch_record
• refine() : Rebalancer
• refine_togrid() : Rebalancer
• RefineOnly() : RefineOnly
• RefineTorusLB() : RefineTorusLB
• reg_all_objs : LdbCoordinator
• register_replica_file() : colvarbias_meta
• registerAvgPositionPickup() : Patch
• registerCompute() : ComputeMap
• registerForceDeposit() : Patch
• registerIDs() : AtomMap
• registerLocalPatchMap() : NodeProxyMgr
• registerLocalProxyMgr() : NodeProxyMgr
• registerPatch() : NodeProxyMgr, PatchMap
• registerPatchMgr() : PatchMap
• registerPositionPickup() : Patch
• registerProxy() : ProxyMgr, HomePatch
• rehash() : UniqueSetRaw< Elem >, UniqueSet< Elem >
• reinitAtoms() : WorkDistrib
• reinitVelocities() : Sequencer
• reloadCharges() : Sequencer, Node, Molecule
• REMARK : PDBData
• remoteActivePatches : ComputeNonbondedCUDA
• remoteComputeRecords : ComputeNonbondedCUDA
• remoteRegister() : ReductionMgr
• remoteSubmit() : ReductionMgr
• remoteUnregister() : ReductionMgr
• remove() : Set
• removeData() : ReductionSet
• removeEmptyOffset() : ExclusionSignature
• removeEmptyTupleSigs() : AtomSignature
• removeProxies() : ProxyMgr
• removeProxy() : ProxyMgr
• removeReady() : CollectionMaster::CollectVectorSequence
• removeSelf() : Entry< Elem >
• removeUnusedProxies() : ProxyMgr
• reorder() : Random
• rep : ResizeArray< Elem >
• replace : ExtForce
• replaceForces() : HomePatch
• replica : colvarbias_meta::hill, colvarbias_meta
• replica_files : colvarbias_meta
• replica_files_pos : colvarbias_meta
• replica_files_registry : colvarbias_meta
• replica_out_file : colvarbias_meta
• replica_out_file_name : colvarbias_meta
• replica_update_freq : colvarbias_meta
• Req : parm
• req_grid() : GridforceGrid
• reqAtoms : GlobalMaster
• reqAtomsChanged : GlobalMaster
• reqGroups : GlobalMaster
• reqGroupsChanged : GlobalMaster
• request() : ComputeGridForceMgr
• request_box() : GridforceGrid
• request_group1_gradients() : colvarmodule::rotation
• request_group2_gradients() : colvarmodule::rotation
• requestAtom() : GlobalMasterFreeEnergy, GlobalMasterEasy
• requestedAtoms() : GlobalMaster
• requestedGroups() : GlobalMaster
• requestInitialGridData() : ComputeGridForceNodeMgr
• require() : RequireReduction, ParseOptions
• requireB() : ParseOptions
• requiredProxies() : LdbCoordinator
• requirePatch() : ComputeNonbondedCUDA
• RequireReduction : ReductionMgr
• requireRegistered : ReductionSet
• rescale() : Lattice
• rescaleFreq : SimParameters
• rescaleTemp : SimParameters
• rescaleVelocities() : Sequencer, Controller
• rescaleVelocities_numTemps : Sequencer, Controller
• rescaleVelocities_sumTemps : Controller
• rescaleVelocitiesByFactor() : Sequencer
• resendCoordinates : ComputeGlobalResultsMsg
• reset() : Rebalancer::pcpair, Pairlists, colvarvalue, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::matrix2d< T, outer_length, inner_length >, colvarmodule::vector1d< T, length >, colvarmodule::rvector, CollectionMgr::CollectVectorInstance, CollectionMaster::CollectVectorInstance
• reset_atoms_data() : colvarmodule::atom_group
• reset_bias_force() : colvar
• reset_data() : colvarmodule::atom
• reset_rotation() : colvarmodule::quaternion
• resid : seg_resid
• resID : BasicAtomInfo
• residue_id : colvarmodule
• ResidueLookupElem() : ResidueLookupElem
• residuename() : PDBAtom
• residueseq() : PDBAtom
• resize() : ResizeArrayRaw< Elem >, ResizeArray< Elem >
• ResizeArray() : ResizeArray< Elem >
• ResizeArray<Elem> : ResizeArrayRaw< Elem >
• ResizeArrayIter() : ResizeArrayIter< T >
• ResizeArrayIter<Elem> : ResizeArrayRaw< Elem >, ResizeArray< Elem >
• ResizeArrayPrimIter() : ResizeArrayPrimIter< T >
• ResizeArrayRaw() : ResizeArrayRaw< Elem >
• resname : atom_name_info
• resNameIdx : BasicAtomInfo
• resnameIdx : AtomNameIdx
• ResNames : parm
• restart_frequency() : colvarproxy_namd, colvarproxy
• restart_frequency_s : colvarproxy_namd
• restart_in_name : colvarmodule
• restart_out_freq : colvarmodule
• restart_out_name : colvarmodule
• restart_out_os : colvarmodule
• restart_output_prefix() : colvarproxy_namd, colvarproxy
• restart_output_prefix_str : colvarproxy_namd
• restartFilename : SimParameters
• restartFrequency : SimParameters
• restartSave : SimParameters
• results : Patch, BoxState
• resume() : LdbCoordinator, ComputeGridForceNodeMgr
• resume2() : LdbCoordinator
• ResumeFromSync() : LdbCoordinator
• resumeReady() : LdbCoordinator
• REVDAT : PDBData
• reverse_transform() : Lattice
• revert() : HomePatch
• right : indexed_table_pair, indexed_vdw_pair, vdw_params, angle_params, bond_params
• rigid_bond_length() : Molecule
• rigidBonds : SimParameters
• rigidDie : SimParameters
• rigidIter : SimParameters
• rigidTol : SimParameters
• Rk : parm
• rlength() : Vector
• rmatrix() : colvarmodule::rmatrix
• rmsd() : colvar::rmsd
• rot : Matrix4, colvar::orientation, colvarmodule::atom_group
• rotate() : colvarmodule::rotation, colvarmodule::quaternion
• rotate_axis() : Matrix4
• rotation() : colvarmodule::rotation
• rotation_matrix() : colvarmodule::quaternion
• rotConsAxis : SimParameters
• rotConsPivot : SimParameters
• rotConstraintsOn : SimParameters
• rotConsVel : SimParameters
• rotDragAxisFile : SimParameters
• rotDragFile : SimParameters
• rotDragGlobVel : SimParameters
• rotDragOn : SimParameters
• rotDragPivotFile : SimParameters
• rotDragVelFile : SimParameters
• rowsize : Parameters, ComputeNonbondedUtil
• run() : Sequencer, ScriptTcl, Node, Controller
• runave : colvar
• runave_length : colvar
• runave_os : colvar
• runave_stride : colvar
• runave_variance : colvar
• runComputeObjects() : Sequencer
• runController() : NamdState
• runSequencer() : HomePatch
• rvector() : colvarmodule::rvector
• rvector_value : colvarvalue

- s -

• SALT : PDBAtom
• samples : colvar_grid_gradient, colvar_grid_scalar
• save_delimiters : colvarparse
• saveComputeMapChanges() : WorkDistrib
• saveForce() : Sequencer, HomePatch
• saveMaps() : WorkDistrib
• saveMolDataPointers() : Node
• savePairlists : Flags, nonbonded
• saveResults() : ComputeExt
• saveTotalForces() : ComputeGlobal
• Scale() : AVector
• scale : Matrix4, Lattice, colvarbias_meta::hill, GridforceGrid::_box, ExclElem, ImproperElem, DihedralElem, CrosstermElem, BondElem, AngleElem
• SCALE : PDBData
• scale14 : SimParameters, ComputeNonbondedUtil
• scaling : ComputeNonbondedUtil
• scan() : PDBData
• SCHAIN : PDBAtom
• scor_table : ComputeNonbondedUtil
• scriptArg1 : SimParameters
• scriptArg2 : SimParameters
• scriptArg3 : SimParameters
• scriptArg4 : SimParameters
• scriptArg5 : SimParameters
• scriptBarrier : Node, ControllerBroadcasts
• scriptParam() : Node
• scriptSet() : SimParameters
• ScriptTcl : ScriptTcl, NamdState, Controller
• segmentname() : PDBAtom
• segname : seg_resid
• segNameIdx : BasicAtomInfo
• select() : ComputeNonbondedUtil
• select_closest_image() : colvarproxy_namd, colvarproxy, colvarmodule
• select_closest_images() : colvarproxy, colvarmodule
• selectConstraintsOn : SimParameters
• SELEMENT : PDBAtom
• send() : BroadcastMgr
• send_energies() : GlobalMasterIMD
• send_fcoords() : GlobalMasterIMD
• send_Molecule() : Molecule
• send_order : OptPmePencil< T >, PmePencil< T >
• send_Parameters() : Parameters
• send_SimParameters() : SimParameters
• send_trans() : OptPmeYPencil, OptPmeZPencil, PmeYPencil, PmeZPencil
• send_ungrid() : OptPmeZPencil, PmeZPencil
• send_untrans() : OptPmeXPencil, OptPmeYPencil, PmeXPencil, PmeYPencil
• sendAtoms() : PatchMgr
• sendCharmArrProxies() : Node
• sendComputeDPMEData() : ComputeMgr
• sendComputeDPMEResults() : ComputeMgr
• sendComputeEwaldData() : ComputeMgr
• sendComputeEwaldResults() : ComputeMgr
• sendComputeGlobalConfig() : ComputeMgr
• sendComputeGlobalData() : ComputeMgr
• sendComputeGlobalResults() : ComputeMgr
• sendData() : ComputePme
• sendDataStream() : CollectionMgr
• sendEnableEarlyExit() : Node
• sendEnableExitScheduler() : Node
• sendGrid() : ComputePmeMgr
• sendMaps() : WorkDistrib
• sendMessage() : Communicate
• sendMigrationMsg() : PatchMgr
• sendMigrationMsgs() : PatchMgr
• sendMovePatches() : PatchMgr
• sendNodeAwareSpanningTree() : ProxyMgr, HomePatch
• sendNodeAwareSpanningTreeToHomePatch() : ProxyMgr
• sendOneHomePatch() : PatchMgr
• sendPencils() : OptPmeCompute, ComputePme
• sendProxies() : ProxyMgr, HomePatch
• sendProxyAll() : ProxyMgr
• sendProxyData() : ProxyMgr
• sendResults() : ProxyMgr
• sendSpanningTree() : ProxyMgr, HomePatch
• sendSpanningTrees() : ProxyMgr
• sendSpanningTreeToHomePatch() : ProxyMgr
• sendTrans() : ComputePmeMgr
• sendTransBarrier() : ComputePmeMgr
• sendUngrid() : ComputePmeMgr
• sendUntrans() : ComputePmeMgr
• sendYieldDevice() : ComputeMgr
• seq : CollectionMgr::CollectVectorInstance, CollectVectorMsg, CollectionMaster::CollectVectorInstance
• SEQRES : PDBData
• sequence : Compute, Flags, PmePencil< T >, PmeTransMsg, PmeGridMsg
• sequenceNumber : ReductionSetData, ReductionSubmitMsg
• Sequencer : Sequencer, HomePatch
• sequencerThreads : LdbCoordinator
• serialnumber() : PDBAtom
• set() : Vector, ParseOptions, Lattice, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::rvector
• Set() : Set, AVector
• set_all_positions() : PDB
• set_from_euler_angles() : colvarmodule::quaternion
• set_positive() : colvarmodule::quaternion
• set_sizes() : colvar_grid< T >
• set_transrate() : IMDOutput
• set_value() : colvar_grid< T >
• set_weighted_gradient() : colvarmodule::atom_group
• setall() : ResizeArray< Elem >
• setAtomList() : HomePatch
• setBFactorData() : Molecule
• setBlockSize() : ObjectArena< Type >
• SetBound() : ABoundAngleRestraint, ABoundDistRestraint, ABoundPosRestraint, ARestraint
• setCollectionMaster() : CollectionMgr
• setCompute() : OptPmeMgr, ComputePmeMgr, ComputeExtMgr
• setEmpty() : TupleSignature
• SetEqual : AVector
• SetGroup() : ARestraint
• SetGroups() : ARestraint
• setHomePatchFixedAtomNum() : PatchMgr
• SetIntervalAngle() : ABoundDiheRestraint, ARestraint
• SetKf() : ARestraint
• SetLambdaKf() : ARestraintManager, ARestraint, ALambdaControl
• SetLambdaRef() : ARestraintManager, ARestraint, ALambdaControl
• SetLambdas() : ARestraintManager
• setLattice() : PatchMgr
• SetLowerAngle() : ABoundDiheRestraint, ARestraint
• setMgr() : OptPmeCompute, ComputePme
• setNewNode() : ComputeMap
• setNext() : EntryGlob< Elem >, Entry< Elem >
• setNode() : ComputeMap
• SetNumAccumSteps() : ALambdaControl
• SetNumEquilSteps() : ALambdaControl
• setNumFixedAtoms() : Patch
• setNumPatches() : Compute
• SetNumPrintSteps() : ALambdaControl
• SetNumRepeats() : ALambdaControl
• SetNumSteps() : ALambdaControl
• setOccupancyData() : Molecule
• setOffsets() : ExclusionSignature, TupleSignature
• setPlugin() : PluginIOMgr
• setRealMaster() : CollectionMasterHandler
• setRecvSpanning() : ProxyMgr
• SetRefAngle() : AFixedDiheRestraint, ABoundAngleRestraint, AFixedAngleRestraint, ARestraint
• SetRefDist() : ABoundDistRestraint, AFixedDistRestraint, ABoundPosRestraint, ARestraint
• SetRefPos() : ABoundPosRestraint, AFixedPosRestraint, ARestraint
• setResizeParams() : ResizeArrayRaw< Elem >
• setSafeNoDestruction() : UniqueSetRaw< Elem >
• setScript() : Node
• setSendSpanning() : ProxyMgr
• setSpanningTree() : ProxyPatch
• SetStartAngle() : AForcingDiheRestraint, AForcingAngleRestraint, ARestraint
• SetStartDist() : AForcingDistRestraint, ARestraint
• SetStartPos() : AForcingPosRestraint, ARestraint
• SetStartStep() : ALambdaControl
• SetStopAngle() : AForcingDiheRestraint, AForcingAngleRestraint, ARestraint
• SetStopDist() : AForcingDistRestraint, ARestraint
• SetStopPos() : AForcingPosRestraint, ARestraint
• SetStopStep() : ALambdaControl
• SetTask() : ALambdaControl
• SetUpperAngle() : ABoundDiheRestraint, ARestraint
• SFOOT : PDBAtom
• SHEET : PDBData
• shift_fes : colvarbias_meta
• shiftIOToOne : SimParameters
• SIGATM : PDBData
• sigma : vdw_val, vdw_params
• sigma14 : vdw_val, vdw_params
• SIGUIJ : PDBData
• SimParameters() : SimParameters
• simParameters : Node
• simparams : colvarproxy_namd
• simParams : Sequencer, Controller
• SimpleBroadcastObject() : SimpleBroadcastObject< T >
• single_replica : colvarbias_meta
• SINSERT : PDBAtom
• SITE : PDBData
• size : UniqueSetRaw< Elem >, UniqueSet< Elem >, ResizeArrayRaw< Elem >, ResizeArray< Elem >, DihedralTable, AngleTable, BondTable, AtomTable, HashPool< T >, colvarmodule::vector1d< T, length >, ExclElem, ImproperElem, DihedralElem, CrosstermElem, BondElem, AngleElem
• sizeGrid() : PatchMap
• sizes : colvar_grid< T >, ProxyTree
• skip() : Random
• sldata : ParseOptions::DataElement
• slow : Results
• slow_table : ComputeNonbondedUtil
• slowFreq : Sequencer, Controller
• slowVirialIndex : ExclElem
• slptr : ParseOptions::DataElement
• SMDDir : SimParameters
• SMDFile : SimParameters
• SMDk : SimParameters
• SMDk2 : SimParameters
• SMDOn : SimParameters
• SMDOutputFreq : SimParameters
• SMDVel : SimParameters
• smooth2_avg : Controller
• smooth2_avg2 : Controller
• smoothing : colvar::min_distance
• SNAME : PDBAtom
• SOCC : PDBAtom
• sock : GlobalMasterIMD
• Solty : parm
• sort() : SortedArray< Elem >, SortableResizeArray< Elem >
• SortableResizeArray() : SortableResizeArray< Elem >
• SortableResizeArray<Elem> : ResizeArrayRaw< Elem >
• SortedArray() : SortedArray< Elem >
• sortExclOffset() : ExclSigInfo
• sortTupleSigIndices() : AtomSigInfo
• sortVal : HydrogenGroupID
• sortValue : __sort_entry
• SOURCE : PDBData
• sourceNode : ReductionSubmitMsg, ReductionRegisterMsg, OptPmeFFTMsg, OptPmeGridMsg, PmeUntransMsg, PmeTransMsg, PmeGridMsg, ExtCoordMsg
• sp_zstorage : OptPmeCompute
• sphericalBCexp1 : SimParameters
• sphericalBCexp2 : SimParameters
• sphericalBCk1 : SimParameters
• sphericalBCk2 : SimParameters
• sphericalBCOn : SimParameters
• sphericalBCr1 : SimParameters
• sphericalBCr2 : SimParameters
• sphericalCenter : SimParameters
• split() : Random
• splitPatch : SimParameters
• sprint() : PDBAtom, PDBUnknown, PDBData
• sprintcol() : PDBData
• SPRSDE : PDBData
• sptr : ParseOptions::DataElement
• sqrt_epsilon : shared_atom
• square() : ComputeNonbondedUtil
• srcPatchID : MigrateAtomsCombinedMsg, MigrateAtomsMsg
• SRESNAME : PDBAtom
• SRESSEQ : PDBAtom
• SSBOND : PDBData
• SSEGNAME : PDBAtom
• SSERIAL : PDBAtom
• star() : floatcomplex
• Start : PDBAtom
• start : PmeGridMsg
• start_index : GridSegmentMsg
• startHPM() : Node
• startUp() : Node
• startup() : Node
• startWork() : LdbCoordinator
• state : Node, Controller
• staticCompare() : ProxyUsageKey, HashPoolAdaptorT< T >
• staticHash() : ProxyUsageKey, HashPoolAdaptorT< T >
• staticMigrateFn() : LdbCoordinator
• staticQueryEstLoadFn() : LdbCoordinator
• staticReceiveAtSync() : LdbCoordinator
• staticResumeFromSync() : LdbCoordinator
• staticStatsFn() : LdbCoordinator
• status : UniqueSetIter< T >, NamdState, AtomCstInfo, atom_constants
• STEMPF : PDBAtom
• step : Flags, GlobalMaster, ComputeGlobalDataMsg
• step_absolute() : colvarmodule
• step_relative() : colvarmodule
• stepsPerCycle : SimParameters
• stepsPerLdbCycle : LdbCoordinator
• stirAxis : SimParameters
• stirFilename : SimParameters
• stirK : SimParameters
• stirOn : SimParameters
• stirPivot : SimParameters
• stirStartingTheta : SimParameters
• stirVel : SimParameters
• stopHPM() : Node
• storeCompute() : ComputeMap
• strainRate : SimParameters
• strainRate2 : SimParameters
• strategy() : Rebalancer
• strategyName : Rebalancer
• STRING : ParseOptions::DataElement
• STRINGLIST : ParseOptions::DataElement
• StringList() : StringList
• strip_values() : colvarparse
• STYPE : PDBAtom
• submit() : SubmitReduction
• submitCollections() : Sequencer
• submitData() : CollectionMgr::CollectVectorSequence, CollectionMaster::CollectVectorSequence
• submitHalfstep() : Sequencer
• submitLoadStats : HomePatch, Flags
• submitMinimizeReductions() : Sequencer
• submitMomentum() : Sequencer
• submitPositions() : CollectionMgr
• submitPressureProfileData() : ComputeNonbondedUtil
• SubmitReduction : ReductionMgr
• submitReductionData() : ComputeNonbondedUtil, ExclElem, ImproperElem, DihedralElem, CrosstermElem, BondElem, AngleElem
• submitReductions() : Sequencer
• submitRequest() : ComputeGridForceNodeMgr
• submitsRecorded : ReductionSetData
• submitsRegistered : ReductionSet
• submitVelocities() : CollectionMgr
• subscribe() : BroadcastMgr
• Sum_dU_dLambdas() : ARestraintManager
• sup_coeff : colvar::cvc
• sup_np : colvar::cvc
• surfaceTensionTarget : SimParameters
• suspend() : Sequencer, BackEnd
• suspended : BroadcastClient
• suspendFor() : BroadcastClient
• suspiciousAlchBonds : Molecule
• sW : colvarbias_meta::hill
• switching_function() : colvar::coordnum
• switchingActive : SimParameters
• switchingDist : SimParameters
• switchOn : ComputeNonbondedUtil
• switchOn2 : ComputeNonbondedUtil
• switchOn_1 : ComputeNonbondedUtil
• SX : PDBAtom
• SY : PDBAtom
• symmetric() : Tensor
• Sync() : Sync
• sync : BOCgroup
• system_force : colvar::cvc, colvarmodule::atom_group, colvar, colvarmodule::atom
• system_forces() : colvarmodule::atom_group
• SZ : PDBAtom

- t -

• T : IMDEnergies
• tab_pair_tree : Parameters
• table_alloc : ComputeNonbondedUtil
• table_ener : Parameters, ComputeNonbondedUtil
• table_noshort : ComputeNonbondedUtil
• table_row() : LJTable
• table_short : ComputeNonbondedUtil
• table_val() : LJTable
• table_val_scale14() : LJTable
• tableInterpType : SimParameters
• tableMaxDist : SimParameters
• tablenumtypes : Parameters
• tableNumTypes : SimParameters
• tableSpacing : SimParameters
• tabletype : LJTable::TableEntry
• tabulatedEnergies : SimParameters
• tabulatedEnergiesFile : SimParameters
• tag : StreamMessage, TaggedMsg
• TaggedMsg() : TaggedMsg
• taggedMsg : BOID
• tail_corr_ener : Molecule
• tail_corr_virial : Molecule
• takingLdbData : LdbCoordinator
• target_steps : colvarbias_harmonic
• targets_nsteps : colvarbias_harmonic
• task : colvar
• task_corrfunc : colvar
• task_extended_lagrangian : colvar
• task_fdiff_velocity : colvar
• task_gradients : colvar
• task_grid : colvar
• task_Jacobian_force : colvar
• task_lower_boundary : colvar
• task_lower_wall : colvar
• task_ntot : colvar
• task_output_applied_force : colvar
• task_output_system_force : colvar
• task_output_value : colvar
• task_output_velocity : colvar
• task_report_Jacobian_force : colvar
• task_runave : colvar
• task_system_force : colvar
• task_upper_boundary : colvar
• task_upper_wall : colvar
• tasks : colvar
• tavg_count : Controller
• tclBCArgs : SimParameters
• tclBCOn : SimParameters
• tclBCScript : SimParameters
• tclForcesOn : SimParameters
• tcoupleCoefficient : ControllerBroadcasts
• tCoupleOn : SimParameters
• tCoupleTemp : SimParameters
• tcoupleVelocities() : Sequencer, Controller
• temp_avg : Controller
• temperature : colvarproxy_namd, colvarproxy, colvarmodule, Controller
• temperaturefactor() : PDBAtom
• Tensor() : Tensor
• Teq : parm
• TER : PDBData
• terminate() : Sequencer, Controller
• testOn : SimParameters
• tf : ComputeGlobalDataMsg
• theLbdb : LdbCoordinator
• ThereIsAForcingRestraint() : ARestraintManager
• thermostat_temperature : colvarproxy_namd
• theta : colvar::alpha_angles
• theta0 : AngleValue
• theta_ref : colvar::alpha_angles
• theta_tol : colvar::alpha_angles
• thole : drude_constants
• thread : BroadcastClient
• threadIsWaiting : ReductionSet
• tiFile : Controller
• timestep : EnqueueDataMsg
• TiNo : Controller
• Tk : parm
• TMDFile : SimParameters
• TMDFinalRMSD : SimParameters
• TMDFirstStep : SimParameters
• TMDInitialRMSD : SimParameters
• TMDk : SimParameters
• TMDLastStep : SimParameters
• TMDOn : SimParameters
• TMDOutputFreq : SimParameters
• to : LdbMigrateMsg
• to_lower_cppstr() : colvarparse
• to_str() : colvarmodule
• TorusLB() : TorusLB
• total_forces : colvarproxy_namd
• total_mass : colvarmodule::atom_group
• totalAtoms : SimParameters, MigrateAtomsCombinedMsg
• totalEnergy : Controller
• totalForceBegin : GlobalMaster
• totalStepsDone : LdbCoordinator
• trace : Tensor
• trans : ComputeMap, ComputePatchPair, ComputeMap::PatchRec
• Transform() : Transform
• transform : FullAtom
• translate() : Matrix4, Matrix4TMD
• transpose() : Tensor, Matrix4, Matrix4TMD, colvarmodule::rmatrix
• transvec() : Matrix4
• transvecinv() : Matrix4
• tree : ProxySpanningTreeMsg
• TreeJoin : parm
• trees : ProxyTree
• triangular() : Tensor
• tstep : IMDEnergies
• tupleList : ComputeHomeTuples< T, S, P >
• tupleParamType : TupleSignature
• TuplePatchElem() : TuplePatchElem
• tuplePatchList : ComputeHomeTuples< T, S, P >
• TupleSignature() : TupleSignature
• tupleType : TupleSignature
• TURN : PDBData
• TVECT : PDBData
• twoAwayX : SimParameters
• twoAwayY : SimParameters
• twoAwayZ : SimParameters
• TwoTargets() : AForcingDiheRestraint, ABoundDiheRestraint, AFixedDiheRestraint, ADiheRestraint
• Type : colvarvalue
• type : PDBData, ComputeMap, Compute, colvarvalue, colvar::cvc, colvar, ParseOptions::DataElement, IMDheader, ComputeMap::ComputeData
• type_checking() : colvarvalue
• type_desc : colvarvalue
• type_notset : colvarvalue
• type_quaternion : colvarvalue
• type_scalar : colvarvalue
• type_unitvector : colvarvalue
• type_vector : colvarvalue

- u -

• u : minpoint
• uidata : ParseOptions::DataElement
• uidef : ParseOptions::DataElement
• UINT : ParseOptions::DataElement
• uiptr : ParseOptions::DataElement
• UNDEF : ParseOptions::DataElement
• undef_op() : colvarvalue
• ungridCalc() : OptPmeMgr, ComputePmeMgr
• ungridForces() : OptPmeCompute, ComputePme
• uniform() : Random
• uniq() : SortableResizeArray< Elem >
• UniqueSet() : UniqueSet< Elem >
• UniqueSet<Elem> : UniqueSetRaw< Elem >
• UniqueSetIter() : UniqueSetIter< T >
• UniqueSetIter<Elem> : UniqueSetRaw< Elem >, EntryGlob< Elem >, UniqueSet< Elem >
• UniqueSetRaw() : UniqueSetRaw< Elem >
• UniqueSetRaw<Elem> : EntryGlob< Elem >, Entry< Elem >
• UniqueSortedArray() : UniqueSortedArray< Elem >
• unit() : Vector, colvarmodule::rvector
• unit_angstrom() : colvarproxy_namd, colvarproxy, colvarmodule
• units : ParseOptions, ParseOptions::DataElement
• UNKNOWN : PDBData
• unpack() : ExclusionSignature, AtomSignature, TupleSignature, ReductionSubmitMsg, ProxySpanningTreeMsg, ProxyCombinedResultMsg, ProxyResultMsg, ProxyAtomsMsg, MovePatchesMsg, PatchMap, MigrateAtomsCombinedMsg, MigrateAtomsMsg, GridforceGrid, ComputeMap, ComputeGlobalResultsMsg, ComputeGlobalDataMsg, ComputeGlobalConfigMsg, ComputeDPMEResultsMsg, ComputeDPMEDataMsg, ComputeConsForceMsg, EnqueueDataMsg, DataStreamMsg, CollectVectorMsg
• unpack_data() : MGridforceParamsList
• unregisterAvgPositionPickup() : Patch
• unregisterForceDeposit() : Patch
• unregisterIDs() : AtomMap
• unregisterPatch() : PatchMap
• unregisterPositionPickup() : Patch
• unregisterProxy() : ProxyMgr, HomePatch
• unscale() : Lattice
• unsubscribe() : BroadcastMgr
• update() : colvarbias_meta, colvarbias_histogram, colvarbias_abf, colvarbias_harmonic, colvarbias, colvar
• update_replica_files_registry() : colvarbias_meta
• updateComputes() : ComputeMgr
• updateComputes2() : ComputeMgr
• updateComputes3() : ComputeMgr
• updateComputesReady() : LdbCoordinator
• UpdateCOMs() : ARestraintManager, ARestraint
• updateLocalComputes() : ComputeMgr
• updateLocalComputes2() : ComputeMgr
• updateLocalComputes3() : ComputeMgr
• updateLocalComputes4() : ComputeMgr
• updateLocalComputes5() : ComputeMgr
• upper_boundaries : colvar_grid< T >
• upper_boundary : colvar
• upper_wall : colvar
• upper_wall_k : colvar
• upstreamNeighbors() : PatchMap
• USE_ATOM : PDBAtom
• use_grids : colvarbias_meta
• USE_HETATM : PDBAtom
• use_imd() : IMDOutput
• useAntecedent : SimParameters
• useAvgPositions : ComputeHomePatches
• useCompressedPsf : SimParameters
• useConstantArea : SimParameters
• useConstantRatio : SimParameters
• useController() : NamdState
• useDPME : SimParameters
• useFlexibleCell : SimParameters
• useGroupPressure : SimParameters
• useManyToMany : SimParameters
• useOptPME : SimParameters
• usePairlists : SimParameters, Flags, nonbonded
• usePluginIO : SimParameters
• useSequencer() : HomePatch
• useSettle : SimParameters

- v -

• v12 : colvar::distance_xy
• v13 : colvar::distance_xy
• v_fdiff : colvar
• v_reported : colvar
• val : GridVal
• value : colvar_grid< T >, colvar::cvc, colvarbias_meta::hill, colvar, ScriptParamMsg, ImproperElem, DihedralElem, CrosstermElem, BondElem, AngleElem
• value_input() : colvar_grid_gradient, colvar_grid_scalar, colvar_grid_count, colvar_grid< T >
• value_output() : colvar_grid_gradient, colvar_grid_scalar, colvar_grid< T >
• value_to_bin_scalar() : colvar_grid< T >, colvar
• value_type : colvarvalue
• values : ImproperValue, DihedralValue, crossterm_params, improper_params, dihedral_params
• vdata : ParseOptions::DataElement
• vdef : ParseOptions::DataElement
• vdw_array : Parameters
• vdw_pair_tree : Parameters
• vdw_type : AtomCstInfo, atom_constants
• vdwa_table : ComputeNonbondedUtil
• vdwb_table : ComputeNonbondedUtil
• vdwEnergyIndex : ComputeNonbondedUtil
• vdwEnergyIndex_s : ComputeNonbondedUtil
• vdwEnergyIndex_ti_1 : ComputeNonbondedUtil
• vdwEnergyIndex_ti_2 : ComputeNonbondedUtil
• vdwGeometricSigma : SimParameters
• vdwscale14 : SimParameters
• vdwType : CompAtom
• vdwtype_array : ComputeNonbondedWorkArrays
• Vector() : Vector
• VECTOR : ParseOptions::DataElement
• vector1d() : colvarmodule::vector1d< T, length >
• vel : colvarmodule::atom
• velDcdFilename : SimParameters
• velDcdFrequency : SimParameters
• velocities() : colvarmodule::atom_group
• velocity : Output, colvar, FullAtom
• velocityNeeded() : Output
• velocityRescaleFactor : ControllerBroadcasts
• virial : ExtForceMsg
• virialIndex : ComputeNonbondedUtil, ExclElem, ImproperElem, DihedralElem, CrosstermElem, BondElem, AngleElem
• volume() : Lattice
• vptr : ParseOptions::DataElement
• vr : colvar

- w -

• W : colvarbias_meta::hill
• waitForTag : BroadcastClient
• waitingForSequenceNumber : ReductionSet
• waitingThread : ReductionSet
• waterIndex : Molecule
• watmodel : SimParameters
• weight() : colvarbias_meta::hill
• white_space : colvarparse
• width : colvar
• widths : colvar_grid< T >, colvarbias_meta::hill
• willRequire() : ReductionMgr
• willSubmit() : ReductionMgr
• window() : Matrix4
• withinBrick() : Rebalancer
• work : OptPmePencil< T >, PmePencil< T >
• workArrays : nonbonded, ComputeNonbondedSelf, ComputeNonbondedPair
• workDistrib : Node, BOCgroup
• WorkDistrib : WorkDistrib, PatchMap, ComputeMap
• workStarted : ComputeNonbondedCUDA
• wrap() : colvar_grid< T >
• wrap_delta() : Lattice
• wrap_nearest_delta() : Lattice
• wrap_string() : colvarmodule
• wrapAll : SimParameters
• wrapNearest : SimParameters
• wrapWater : SimParameters
• write() : PDB
• write_1D_integral() : colvar_grid_gradient
• write_acf() : colvar
• write_multicol() : colvar_grid< T >
• write_params() : colvar_grid< T >
• write_raw() : colvar_grid< T >
• write_restart() : colvarmodule, colvar_grid_gradient, colvar_grid_scalar, colvar_grid_count, colvarbias_meta, colvarbias_harmonic, colvarbias, colvar
• write_traj() : colvar
• write_traj_label() : colvar
• writeDCD() : FileIOMgr, FileIO
• writeExtendedSystemData() : Controller
• writeExtendedSystemLabels() : Controller
• writeFepEnergyData() : Controller
• writeTiEnergyData() : Controller

- x -

• x : Vector, FloatVector, PmeParticle, minpoint, ComputeNonbondedCUDA::patch_record, TuplePatchElem, PatchElem, EwaldParticle, colvarmodule::rvector, colvar::cvc, colvar, AtomsForcesMsg, AtomsCoorMsg
• x0 : NonbondedExclValue, BondValue
• x_avg : TuplePatchElem
• x_history : colvar
• x_history_p : colvar
• x_old : colvar::cvc, colvar
• x_reported : colvar
• x_start : LocalPmeInfo, PmeTransMsg
• xBlocks : PmeGrid, PmeFFTInfo, OptPmePencilInitMsgData, PmePencilInitMsgData
• Xcap : parm
• xcoor() : PDBAtom
• xExt : ComputeNonbondedCUDA::patch_record, TuplePatchElem
• xlen : PatchGridElem, OptPmeGridMsg
• xmax : PencilElement
• xmin : PencilElement
• xPencil : OptPmePencilInitMsgData, PmePencilInitMsgData
• xr : colvar
• xstart : PatchGridElem, OptPmeGridMsg
• xstFile : Controller
• xstFilename : SimParameters
• xstFrequency : SimParameters
• xx : colvarmodule::rmatrix, Tensor
• xy : colvarmodule::rmatrix, Tensor
• xz : colvarmodule::rmatrix, Tensor

- y -

• y : Vector, FloatVector, PmeParticle, EwaldParticle, colvarmodule::rvector
• y_start : PmeUntransMsg
• y_start_after_transpose : LocalPmeInfo
• yBlocks : PmeGrid, PmeFFTInfo, OptPmePencilInitMsgData, PmePencilInitMsgData
• Ycap : parm
• ycoor() : PDBAtom
• ylen : PatchGridElem, OptPmeGridMsg
• ymax : PencilElement
• ymin : PencilElement
• yPencil : OptPmePencilInitMsgData, PmePencilInitMsgData
• ystart : PatchGridElem, OptPmeGridMsg
• yx : colvarmodule::rmatrix, Tensor
• yy : colvarmodule::rmatrix, Tensor
• yz : colvarmodule::rmatrix, Tensor

- z -

• z : Vector, FloatVector, PmeParticle, EwaldParticle, colvarmodule::rvector
• zBlocks : PmeGrid, PmeFFTInfo, OptPmePencilInitMsgData, PmePencilInitMsgData
• Zcap : parm
• zcoor() : PDBAtom
• ZeroAccumulator() : ALambdaManager, ALambdaControl
• zeroMomentum : SimParameters
• zeroMomentumAlt : SimParameters
• zlen : PatchGridElem, OptPmeGridMsg
• zline_storage : OptPmeCompute
• zlist : PmeGridMsg
• zlistlen : PmeGridMsg
• zmax : PencilElement
• zmin : PencilElement
• zPencil : OptPmePencilInitMsgData, PmePencilInitMsgData
• zstart : PatchGridElem, OptPmeGridMsg
• zVector() : zVector
• zx : colvarmodule::rmatrix, Tensor
• zy : colvarmodule::rmatrix, Tensor
• zz : colvarmodule::rmatrix, Tensor

- ~ -

• ~AGroup() : AGroup
• ~ALambdaManager() : ALambdaManager
• ~alpha_angles() : colvar::alpha_angles
• ~alpha_dihedrals() : colvar::alpha_dihedrals
• ~angle() : colvar::angle
• ~AngleElem() : AngleElem
• ~ARestraint() : ARestraint
• ~ARestraintManager() : ARestraintManager
• ~Array() : Array< Elem, Size >
• ~atom() : colvarmodule::atom
• ~atom_group() : colvarmodule::atom_group
• ~AtomMap() : AtomMap
• ~AtomsDisInfo() : AtomsDisInfo
• ~AtomSigInfo() : AtomSigInfo
• ~AtomSignature() : AtomSignature
• ~BOID() : BOID
• ~BondElem() : BondElem
• ~BroadcastClient() : BroadcastClient
• ~BroadcastClientElem() : BroadcastClientElem
• ~BroadcastMgr() : BroadcastMgr
• ~BroadcastMsg() : BroadcastMsg
• ~CollectionMaster() : CollectionMaster
• ~CollectionMasterHandler() : CollectionMasterHandler
• ~CollectionMgr() : CollectionMgr
• ~colvar() : colvar
• ~colvar_grid() : colvar_grid< T >
• ~colvar_grid_count() : colvar_grid_count
• ~colvar_grid_gradient() : colvar_grid_gradient
• ~colvar_grid_scalar() : colvar_grid_scalar
• ~colvarbias() : colvarbias
• ~colvarbias_abf() : colvarbias_abf
• ~colvarbias_harmonic() : colvarbias_harmonic
• ~colvarbias_histogram() : colvarbias_histogram
• ~colvarbias_meta() : colvarbias_meta
• ~colvarmodule() : colvarmodule
• ~colvarproxy() : colvarproxy
• ~colvarproxy_namd() : colvarproxy_namd
• ~Communicate() : Communicate
• ~Compute() : Compute
• ~ComputeConsForce() : ComputeConsForce
• ~ComputeConsForceMsg() : ComputeConsForceMsg
• ~ComputeConsTorque() : ComputeConsTorque
• ~ComputeCylindricalBC() : ComputeCylindricalBC
• ~ComputeDPMEDataMsg() : ComputeDPMEDataMsg
• ~ComputeDPMEResultsMsg() : ComputeDPMEResultsMsg
• ~ComputeEField() : ComputeEField
• ~ComputeEwald() : ComputeEwald
• ~ComputeExt() : ComputeExt
• ~ComputeExtMgr() : ComputeExtMgr
• ~ComputeFullDirect() : ComputeFullDirect
• ~ComputeGlobal() : ComputeGlobal
• ~ComputeGlobalConfigMsg() : ComputeGlobalConfigMsg
• ~ComputeGlobalDataMsg() : ComputeGlobalDataMsg
• ~ComputeGlobalResultsMsg() : ComputeGlobalResultsMsg
• ~ComputeGridForce() : ComputeGridForce
• ~ComputeHomePatch() : ComputeHomePatch
• ~ComputeHomePatches() : ComputeHomePatches
• ~ComputeHomeTuples() : ComputeHomeTuples< T, S, P >
• ~ComputeMap() : ComputeMap
• ~ComputeMgr() : ComputeMgr
• ~ComputeNonbondedCUDA() : ComputeNonbondedCUDA
• ~ComputeNonbondedPair() : ComputeNonbondedPair
• ~ComputeNonbondedSelf() : ComputeNonbondedSelf
• ~ComputeNonbondedUtil() : ComputeNonbondedUtil
• ~ComputePatch() : ComputePatch
• ~ComputePatchPair() : ComputePatchPair
• ~ComputePme() : ComputePme
• ~ComputePmeMgr() : ComputePmeMgr
• ~ComputeRestraints() : ComputeRestraints
• ~ComputeSelfTuples() : ComputeSelfTuples< T, S, P >
• ~ComputeSphericalBC() : ComputeSphericalBC
• ~ComputeStir() : ComputeStir
• ~ComputeTclBC() : ComputeTclBC
• ~ConfigList() : ConfigList
• ~ConfigListNode() : ConfigList::ConfigListNode
• ~Controller() : Controller
• ~coordnum() : colvar::coordnum
• ~crossterm_params() : crossterm_params
• ~CrosstermElem() : CrosstermElem
• ~cvc() : colvar::cvc
• ~DataElement() : ParseOptions::DataElement
• ~datastream() : datastream
• ~dihedral() : colvar::dihedral
• ~DihedralElem() : DihedralElem
• ~distance() : colvar::distance
• ~distance_dir() : colvar::distance_dir
• ~distance_xy() : colvar::distance_xy
• ~distance_z() : colvar::distance_z
• ~eigenvector() : colvar::eigenvector
• ~Entry() : Entry< Elem >
• ~EntryGlob() : EntryGlob< Elem >
• ~ExclElem() : ExclElem
• ~ExclSigInfo() : ExclSigInfo
• ~ExclusionCheck() : ExclusionCheck
• ~ExclusionSignature() : ExclusionSignature
• ~floatcomplex() : floatcomplex
• ~GlobalMaster() : GlobalMaster
• ~GlobalMasterEasy() : GlobalMasterEasy
• ~GlobalMasterFreeEnergy() : GlobalMasterFreeEnergy
• ~GlobalMasterIMD() : GlobalMasterIMD
• ~GlobalMasterMisc() : GlobalMasterMisc
• ~GlobalMasterServer() : GlobalMasterServer
• ~GlobalMasterSMD() : GlobalMasterSMD
• ~GlobalMasterTcl() : GlobalMasterTcl
• ~GlobalMasterTMD() : GlobalMasterTMD
• ~GridforceGrid() : GridforceGrid
• ~gyration() : colvar::gyration
• ~h_bond() : colvar::h_bond
• ~HashPool() : HashPool< T >
• ~hill() : colvarbias_meta::hill
• ~HomePatch() : HomePatch
• ~HomePatchElem() : HomePatchElem
• ~HydrogenGroupID() : HydrogenGroupID
• ~IMDOutput() : IMDOutput
• ~ImproperElem() : ImproperElem
• ~infostream() : infostream
• ~LdbCoordinator() : LdbCoordinator
• ~LJTable() : LJTable
• ~logmsd() : colvar::logmsd
• ~MathArray() : MathArray< Elem, Size >
• ~matrix2d() : colvarmodule::matrix2d< T, outer_length, inner_length >
• ~Matrix4() : Matrix4
• ~maxHeap() : maxHeap
• ~MGridforceParamsList() : MGridforceParamsList
• ~MigrateAtomsCombinedMsg() : MigrateAtomsCombinedMsg
• ~min_distance() : colvar::min_distance
• ~minHeap() : minHeap
• ~MIStream() : MIStream
• ~Molecule() : Molecule
• ~MOStream() : MOStream
• ~MovePatch() : MovePatch
• ~NamdState() : NamdState
• ~Node() : Node
• ~NodeProxyMgr() : NodeProxyMgr
• ~ObjectArena() : ObjectArena< Type >
• ~OptPmeCompute() : OptPmeCompute
• ~OptPmeMgr() : OptPmeMgr
• ~OptPmePencil() : OptPmePencil< T >
• ~OptPmeRealSpace() : OptPmeRealSpace
• ~orientation() : colvar::orientation
• ~orientation_angle() : colvar::orientation_angle
• ~Output() : Output
• ~OwnerBox() : OwnerBox< Owner, Data >
• ~Pairlists() : Pairlists
• ~Parameters() : Parameters
• ~parm() : parm
• ~ParseOptions() : ParseOptions
• ~Patch() : Patch
• ~PatchElem() : PatchElem
• ~PatchMap() : PatchMap
• ~PatchMgr() : PatchMgr
• ~PDB() : PDB
• ~PDBAtom() : PDBAtom
• ~PDBAtomRecord() : PDBAtomRecord
• ~PDBData() : PDBData
• ~PDBHetatm() : PDBHetatm
• ~PDBUnknown() : PDBUnknown
• ~PluginIOMgr() : PluginIOMgr
• ~PmeKSpace() : PmeKSpace
• ~PmePencil() : PmePencil< T >
• ~PmeRealSpace() : PmeRealSpace
• ~PositionOwnerBox() : PositionOwnerBox< Owner >
• ~PressureProfileReduction() : PressureProfileReduction
• ~ProxyListElem() : ProxyListElem
• ~ProxyMgr() : ProxyMgr
• ~ProxyPatch() : ProxyPatch
• ~ProxyTree() : ProxyTree
• ~proxyTreeNode() : proxyTreeNode
• ~read_block() : colvarparse::read_block
• ~Rebalancer() : Rebalancer
• ~RecBisection() : RecBisection
• ~ReductionMgr() : ReductionMgr
• ~ReductionSet() : ReductionSet
• ~ReductionSetData() : ReductionSetData
• ~RefineTorusLB() : RefineTorusLB
• ~RequireReduction() : RequireReduction
• ~ResidueLookupElem() : ResidueLookupElem
• ~ResizeArray() : ResizeArray< Elem >
• ~ResizeArrayIter() : ResizeArrayIter< T >
• ~ResizeArrayPrimIter() : ResizeArrayPrimIter< T >
• ~ResizeArrayRaw() : ResizeArrayRaw< Elem >
• ~rmatrix() : colvarmodule::rmatrix
• ~rmsd() : colvar::rmsd
• ~rotation() : colvarmodule::rotation
• ~ScriptTcl() : ScriptTcl
• ~Sequencer() : Sequencer
• ~Set() : Set
• ~SimParameters() : SimParameters
• ~SimpleBroadcastObject() : SimpleBroadcastObject< T >
• ~SortableResizeArray() : SortableResizeArray< Elem >
• ~StringList() : StringList
• ~SubmitReduction() : SubmitReduction
• ~Sync() : Sync
• ~TaggedMsg() : TaggedMsg
• ~Tensor() : Tensor
• ~TorusLB() : TorusLB
• ~TuplePatchElem() : TuplePatchElem
• ~TupleSignature() : TupleSignature
• ~UniqueSet() : UniqueSet< Elem >
• ~UniqueSetIter() : UniqueSetIter< T >
• ~UniqueSetRaw() : UniqueSetRaw< Elem >
• ~vector1d() : colvarmodule::vector1d< T, length >
• ~WorkDistrib() : WorkDistrib

---