NAMD
Class Index
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  A  
CudaStaticAssert   NodeProxyMgr   
CudaStaticAssert< true >   nodesort   
ABoundAngleRestraint   CudaTileListKernel   nonbonded   
ABoundDiheRestraint   
  D  
NonbondedCUDASkipMsg   
ABoundDistRestraint   NonbondedCUDASlaveMsg   
ABoundPosRestraint   ParseOptions::DataElement   NonbondedExclValue   
ADiheRestraint   DataExchanger   NonbondedMICSkipMsg   
ADistRestraint   DataMessage   NonbondedMICSlaveMsg   
AFixedAngleRestraint   datastream   NumDevicesMsg   
AFixedDiheRestraint   DataStreamMsg   
  O  
AFixedDistRestraint   DeviceBuffer   
AFixedPosRestraint   DeviceCUDA   ObjectArena   
AForcingAngleRestraint   DeviceDataMsg   ofstream_namd   
AForcingDiheRestraint   dihedral   Output   
AForcingDistRestraint   dihedral_params   OutputAtomRecord   
AForcingPosRestraint   DihedralElem   OwnerBox   
AGroup   DihedralTable   
  P  
ALambdaControl   DihedralValue   
ALambdaManager   doublecomplex   Pairlists   
Alg7   drude_constants   PairTable   
AlgNbor   dummyData   PAL   
AlgRecBisection   
  E  
ParallelIOMgr   
AlignVector   Parameters   
Ambertoppar (AmberParm7Reader)   eABF   parm   
AnAngleRestraint   eABF1D   ParseOptions   
angle   eABF2D   Patch   
angle_params   Entry   ComputeNonbondedMIC::patch_record   
AngleElem   EntryGlob   ComputeNonbondedCUDA::patch_record   
AngleTable   EwaldParticle   patch_sortop_curve_a   
AngleValue   ExchangeAtomsMsg   patch_sortop_curve_b   
aniso   ExchangeAtomsReqMsg   patch_sortop_curve_c   
AnisoElem   ExclElem   PatchData (msm)   
APosRestraint   exclmask   patchDataStrc   
ARestraint   ExclSigInfo   PatchDiagram (msm)   
ARestraintManager   Exclusion   PatchElem   
Array   ExclusionCheck   patchInfo   
Array (msm)   ExclusionSignature   PatchInfo   
assert_ProxyResultVarsizeMsg   exlist_sortop   PatchMap   
atom_constants   ExtCoordMsg   PatchMapMsg   
atom_name_info   ExtForce   PatchMgr   
AtomCoord (msm)   ExtForceMsg   PatchPairRecord   
AtomCstInfo   
  F  
PatchProxyListMsg   
atomID_less   ComputeMap::PatchRec   
AtomMap   FFTCompute   CudaComputeNonbonded::PatchRecord   
AtomMapper   FileStack   PatchSend (msm)   
AtomNameIdx   FinishWorkMsg   Rebalancer::pcpair   
AtomsCntPerPatchMsg   Flags   PDB   
AtomSigInfo   float2   PDBAtom   
AtomSignature   floatcomplex   PDBAtomRecord   
AtomTable   OutputAtomRecord::floatVals   PDBData   
AVector   FloatVector   PDBHetatm   
  B  
FmmSerialCoordMsg   PDBUnknown   
FmmSerialForceMsg   pe_sortop_bit_reversed   
BackEnd   FoldFactor (msm)   WorkDistrib::pe_sortop_compact   
BasicAtomInfo   FortranData (AmberParm7Reader)   pe_sortop_coord_x   
BlockDiagram (msm)   FortranFormatSpecifier (AmberParm7Reader)   pe_sortop_coord_y   
BlockIndex (msm)   four_body_consts   WorkDistrib::pe_sortop_diffuse   
BlockSend (msm)   FullAtom   TopoManagerWrapper::pe_sortop_topo   
BOCgroup   
  G  
pid_sortop_reverse_priority   
BOID   PluginIOMgr   
bond   gather_t   PmeAckMsg   
bond_params   GBISCoordMsg   PmeAtomFiler   
ComputeBondedCUDAKernel::BondedVirial   GBISForceMsg   PmeAtomMsg   
BondElem   GBISInput   PmeAtomPencilMsg   
BondTable   GBISInput< 1 >   PmeAtomStorage   
BondValue   GBISInput< 2 >   PmeBlockMsg   
BoundingBox   GBISInput< 3 >   PmeDoneMsg   
Box   GBISParam   PmeEvirMsg   
BroadcastClient   GBISParam< 1 >   PmeForceMsg   
BroadcastClientElem   GBISParam< 2 >   PmeForcePencilMsg   
BroadcastMgr   GBISParam< 3 >   PmeGrid   
BroadcastMsg   GBISParamStruct   PmeGridMsg   
  C  
GBISResults   PmeKSpace   
GBISResults< 1 >   PmeKSpaceCompute   
C1Matrix   GBISResults< 2 >   PmeLaunchMsg   
C1Vector   GBISResults< 3 >   PmeParticle   
Controller::checkpoint   GenericAngle   PmePencil   
HomePatch::checkpoint_t   GenericAtom   PmePencilInitMsg   
CheckpointAtomsMsg   GenericBond   PmePencilInitMsgData   
CheckpointAtomsReqMsg   GenericDihedral   PmePencilMap   
CheckpointMsg   GenericMol   PmePencilX   
CkPrintf_stringbuf   GlobalMaster   PmePencilXMap   
ClusterCoorElem   GlobalMasterEasy   PmePencilXY   
ClusterCoorMsg   GlobalMasterFreeEnergy   PmePencilXYMap   
ClusterElem   GlobalMasterIMD   PmePencilXYZ   
ClusterSizeMsg   GlobalMasterMisc   PmePencilXYZMap   
CollectionMaster   GlobalMasterServer   PmePencilY   
CollectionMgr   GlobalMasterSMD   PmePencilZ   
CollectLoadsMsg   GlobalMasterSymmetry   PmeRealSpace   
CollectProxyVectorInstance   GlobalMasterTcl   PmeRealSpaceCompute   
CollectProxyVectorSequence   GlobalMasterTest   PmeRunMsg   
CollectionMgr::CollectVectorInstance   GlobalMasterTMD   PmeSharedTransMsg   
CollectionMaster::CollectVectorInstance   go_pair   PmeSharedUntransMsg   
CollectVectorMsg   go_val   PmeStartMsg   
CollectionMaster::CollectVectorSequence   Grid (msm)   PmeTransMsg   
CollectionMgr::CollectVectorSequence   GridFixed (msm)   PmeTranspose   
CollectVectorVarMsg   GridforceFullBaseGrid   PmeUntransMsg   
colvarproxy_namd   GridforceFullMainGrid   PmeXPencil   
Communicate   GridforceFullSubGrid   PmeYPencil   
CompAtom   GridforceGrid   PmeZPencil   
CompAtomExt   GridforceLiteGrid   pntChrgDist   
Compute   GridforceFullBaseGrid::GridIndices   Pointer   
ComputeNonbondedMIC::compute_record   GridMsg   position_index   
ComputeNonbondedCUDA::compute_record   GroGaussPair   PressureProfileReduction   
ComputeAngles   GroLJPair   PriorityQueue (msm)   
ComputeAniso   gromacsPair   processorInfo   
ComputeBondedCUDAKernel   GromacsPairElem   ProxyCombinedResultMsg   
ComputeBonds   GromacsPairValue   ProxyCombinedResultRawMsg   
ComputeConsForce   GromacsTopFile   ProxyDataMsg   
ComputeConsForceMsg   GroupInitMsg   ProxyElem   
ComputeConsTorque   
  H  
ProxyGBISP1ResultMsg   
ComputeCrossterms   ProxyGBISP2DataMsg   
ComputeCUDAMgr   HashPool   ProxyGBISP2ResultMsg   
ComputeCylindricalBC   HashPoolAdaptorT   ProxyGBISP3DataMsg   
ComputeMap::ComputeData   HashReal   ProxyListInfo   
ComputeDihedrals   HashString   ProxyMgr   
ComputeDPMEDataMsg   heapIterator   ProxyNodeAwareSpanningTreeMsg   
ComputeDPMEResultsMsg   heapRecord   ProxyPatch   
ComputeEField   HomePatch   ProxyResultMsg   
ComputeEwald   HomePatchElem   ProxyResultVarsizeMsg   
ComputeEwaldMsg   HydroBasedMsg   ProxySpanningTreeMsg   
ComputeExcls   HydrogenGroupID   ProxyTree   
ComputeExt   
  I  
proxyTreeNode   
ComputeExtAtom   ProxyUsage   
ComputeExtMgr   idIndxStr   ProxyUsageKey   
ComputeFmmSerial   ijpair   
  Q  
ComputeFmmSerialAtom   ijpair_sortop_bit_reversed   
ComputeFmmSerialMgr   IMDEnergies   QMAtomData   
ComputeFullDirect   IMDheader   QMCoordMsg   
ComputeGBISAtom   IMDOutput   QMForce   
ComputeGBISser   improper   QMForceMsg   
ComputeGBISserMgr   improper_params   QMGrpCalcMsg   
ComputeGlobal   ImproperElem   QMGrpResMsg   
ComputeGlobalDataMsg   ImproperValue   QMPntChrgMsg   
ComputeGlobalResultsMsg   indexed_nbthole_pair   qmSolvData   
ComputeGridForce   indexed_table_pair   
  R  
ComputeGromacsPair   indexed_vdw_pair   
ComputeHomePatch   IndexRange (msm)   Random   
ComputeHomePatches   InfoRecord   HomePatch::RattleList   
ComputeHomeTuples   infostream   RattleParam   
ComputeImpropers   InitDeviceMsg   Rebalancer   
computeInfo   InitDeviceMsg2   RecBisection   
ComputeLCPO   InputAtom   RecipVirial_t   
ComputeMap   Int2   RecvDeviceMsg   
ComputeMapChangeMsg   Int3   ReductionMgr   
ComputeMgr   OutputAtomRecord::integerVals   ReductionRegisterMsg   
ComputeMoa   InterpParams_t   ReductionSet   
ComputeMsm   intpair   ReductionSetData   
ComputeMsmMgr   IRSet   ReductionSubmitMsg   
ComputeMsmSerial   Iterator   RefineOnly   
ComputeMsmSerialAtom   Ivec (msm)   RefineTorusLB   
ComputeMsmSerialMgr   
  L  
refSelStr   
ComputeNonbondedCUDA   RegisterPatchMsg   
ComputeNonbondedMIC   LargeIRSet   RegisterProxyMsg   
ComputeNonbondedPair   Lattice   ReplicaDcdAckMsg   
ComputeNonbondedSelf   LCPOAtom   ReplicaDcdDataMsg   
ComputeNonbondedUtil   LCPONeighborList   ReplicaDcdInitMsg   
ComputeNonbondedWorkArrays   LdbCoordinator   RequireReduction   
ComputePatch   LdbMigrateMsg   ResidueLookupElem   
ComputePatchPair   listNode   ResizeArray   
ComputePme   LJTable   ResizeArrayIter   
ComputePmeCUDA   LocalID   ResizeArrayPrimIter   
ComputePmeCUDADevice   LocalLBInfoMsg   ResizeArrayRaw   
ComputePmeCUDAMgr   LocalPmeInfo   Results   
ComputePmeMgr   LocalWorkMsg   
  S  
ComputePmeUtil   lphost   
ComputeQM   LSSDataStr   ScriptParamMsg   
ComputeQMAtom   lssDistSort   ScriptTcl   
ComputeQMMgr   LSSSubsDat   seg_resid   
ComputeQMPntChrg   
  M  
Sequencer   
CudaComputeNonbonded::ComputeRecord   SetLatticeMsg   
ComputeRestraints   main   OutputAtomRecord::shortVals   
ComputeSelfAngles   Map (msm)   SimParameters   
ComputeSelfAniso   MathArray   SimpleBroadcastObject   
ComputeSelfBonds   Matrix4   SlaveInitMsg   
ComputeSelfCrossterms   Matrix4Symmetry   SortableResizeArray   
ComputeSelfDihedrals   Matrix4TMD   SortedArray   
ComputeSelfExcls   maxHeap   sortop_base   
ComputeSelfGromacsPair   Measure   sortop_bit_reversed   
ComputeSelfImpropers   meMMQMGrp   sortop_x   
ComputeSelfThole   memusageinit   sortop_y   
ComputeSelfTuples   MGridforceParams   sortop_z   
ComputeSphericalBC   MGridforceParamsList   SplitComputesMsg   
ComputeStir   MigrateAtomsCombinedMsg   StreamMessage   
ComputeTclBC   MigrateAtomsMsg   StringList   
ComputeThole   MigrationInfo   SubmitReduction   
ConfigList   minHeap   Sync   
ConfigList::ConfigListNode   minpoint   
  T  
ConstPointer   MIStream   
Controller   MoaData   table_pair_params   
ControllerBroadcasts   Molecule   LJTable::TableEntry   
ControllerState   MolInfoMsg   TaggedMsg   
cptr_sortop_priority   MolInst   Tensor   
CpuPmeAtomStorage   MOStream   thole   
cr_sortop_distance   MoveAllByMsg   TholeElem   
cr_sortop_reverse_priority   MoveAtomMsg   TileExcl   
crossterm   MoveInputAtomsMsg   TileList   
crossterm_params   MovePatch   TileListStat   
CrosstermData   MovePatchAtomsMsg   TileListVirialEnergy   
CrosstermElem   MovePatchesMsg   TopoManagerWrapper   
CrosstermValue   MsmBlock   TorusLB   
cuda_args_t   MsmBlockKernel   Transform   
ComputePmeMgr::cuda_submit_charges_args   MsmBlockMap   TransposeBatch   
CudaAngle   MsmBlockProxyMsg   TuplePatchElem   
CudaAngleValue   MsmC1HermiteBlock   TupleSignature   
CudaAtom   MsmC1HermiteBlockProxyMsg   
  U  
CudaBond   MsmC1HermiteGridCutoff   
CudaBondValue   MsmC1HermiteGridCutoffProxyMsg   UniqueSet   
CudaComputeGBISKernel   MsmC1HermiteGridCutoffSetupMsg   UniqueSetIter   
CudaComputeNonbonded   MsmGridCutoff   UniqueSetRaw   
CudaComputeNonbondedKernel   MsmGridCutoffInitMsg   UniqueSortedArray   
CudaComputeNonbondedMsg   MsmGridCutoffKernel   UnregisterProxyMsg   
CudaComputeRecord   MsmGridCutoffMap   
  V  
CudaCrossterm   MsmGridCutoffProxyMsg   
CudaCrosstermValue   MsmGridCutoffSetupMsg   vdw_pair_params   
CudaDihedral   MsmInitMsg   vdw_params   
CudaDihedralValue   MsmProfiler   vdw_val   
CudaExclusion   MsmSerialCoordMsg   VDWTable   
CudaFFTCompute   MsmSerialForceMsg   vect   
CudaForce   MsmTimer   Vector   
CudaNonbondedTables   
  N  
VirialEnergy   
CudaPatchRecord   vmdforce   
CudaPmeAtomStorage   NamdCentLB   
  W  
CudaPmeKSpaceCompute   NamdDummyLB   
CudaPmePencilX   NamdHybridLB   wkf_timer   
CudaPmePencilXY   NamdProfileEvent   wkfmsgtimer   
CudaPmePencilXYZ   NamdState   WorkDistrib   
CudaPmePencilY   nbthole_pair_params   WorkIndex   
CudaPmePencilZ   nbthole_pair_value   
  Z  
CudaPmeRealSpaceCompute   netint   
CudaPmeTranspose   NL_Msm_t   zVector   
CudaPmeXInitMsg   Node   
  _  
CudaPmeXYInitMsg   NodePmeInfo   
CudaPmeXYZInitMsg   NodePmeMgr   __sort_entry   
A | B | C | D | E | F | G | H | I | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | Z | _