NAMD Class Index

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  A  
CudaPmeXInitMsg   NumDevicesMsg   
ABoundAngleRestraint   CudaPmeXYInitMsg   
  O  
ABoundDiheRestraint   CudaPmeXYZInitMsg   ObjectArena   
ABoundDistRestraint   CudaStaticAssert< true >   ofstream_namd   
ABoundPosRestraint   CudaTileListKernel   OptPmeCompute   
ADiheRestraint   
  D  
OptPmeDummyMsg   
ADistRestraint   DataExchanger   OptPmeFFTMsg   
AFixedAngleRestraint   DataMessage   OptPmeGridMsg   
AFixedDiheRestraint   datastream   OptPmeMgr   
AFixedDistRestraint   DataStreamMsg   OptPmePencil   
AFixedPosRestraint   DeviceBuffer   OptPmePencilInitMsg   
AForcingAngleRestraint   DeviceCUDA   OptPmePencilInitMsgData   
AForcingDiheRestraint   DeviceDataMsg   OptPmePencilMapX   
AForcingDistRestraint   dihedral   OptPmePencilMapY   
AForcingPosRestraint   dihedral_params   OptPmePencilMapZ   
AGroup   DihedralElem   OptPmeRealSpace   
ALambdaControl   DihedralTable   OptPmeSubComputeMsg   
ALambdaManager   DihedralValue   OptPmeXPencil   
Alg7   doublecomplex   OptPmeYPencil   
AlgNbor   drude_constants   OptPmeZPencil   
AlgRecBisection   dummyData   Output   
AlignVector   
  E  
OutputAtomRecord   
AnAngleRestraint   eABF   OutputAtomRecord::floatVals   
angle   eABF1D   OutputAtomRecord::integerVals   
angle_params   eABF2D   OutputAtomRecord::shortVals   
AngleElem   Entry   OwnerBox   
AngleTable   EntryGlob   
  P  
AngleValue   EwaldParticle   Pairlists   
aniso   ExchangeAtomsMsg   PairTable   
AnisoElem   ExchangeAtomsReqMsg   PAL   
APosRestraint   ExclElem   ParallelIOMgr   
ARestraint   exclmask   Parameters   
ARestraintManager   ExclSigInfo   parm   
Array   Exclusion   ParseOptions   
Array (msm)   ExclusionCheck   ParseOptions::DataElement   
assert_ProxyResultVarsizeMsg   ExclusionSignature   Patch   
atom_constants   exlist_sortop   patch_sortop_curve_a   
atom_name_info   ExtCoordMsg   patch_sortop_curve_b   
AtomCoord (msm)   ExtForce   patch_sortop_curve_c   
AtomCstInfo   ExtForceMsg   PatchData (msm)   
atomID_less   
  F  
patchDataStrc   
AtomMap   FFTCompute   PatchDiagram (msm)   
AtomMapper   FileStack   PatchElem   
AtomNameIdx   FinishWorkMsg   PatchGridElem   
AtomsCntPerPatchMsg   Flags   patchInfo   
AtomSigInfo   float2   PatchInfo   
AtomSignature   floatcomplex   PatchMap   
AtomTable   FloatVector   PatchMapMsg   
AVector   FmmSerialCoordMsg   PatchMgr   
  B  
FmmSerialForceMsg   PatchPairRecord   
BackEnd   FoldFactor (msm)   PatchProxyListMsg   
BasicAtomInfo   four_body_consts   PatchSend (msm)   
BlockDiagram (msm)   FullAtom   PDB   
BlockIndex (msm)   
  G  
PDBAtom   
BlockSend (msm)   gather_t   PDBAtomRecord   
BOCgroup   GBISCoordMsg   PDBData   
BOID   GBISForceMsg   PDBHetatm   
bond   GBISInput   PDBUnknown   
bond_params   GBISInput< 1 >   pe_sortop_bit_reversed   
BondElem   GBISInput< 2 >   pe_sortop_coord_x   
BondTable   GBISInput< 3 >   pe_sortop_coord_y   
BondValue   GBISParam   PencilElement   
BoundingBox   GBISParam< 1 >   pid_sortop_reverse_priority   
Box   GBISParam< 2 >   PluginIOMgr   
BroadcastClient   GBISParam< 3 >   PmeAckMsg   
BroadcastClientElem   GBISParamStruct   PmeAtomFiler   
BroadcastMgr   GBISResults   PmeAtomMsg   
BroadcastMsg   GBISResults< 1 >   PmeAtomPencilMsg   
  C  
GBISResults< 2 >   PmeAtomStorage   
C1Matrix   GBISResults< 3 >   PmeBlockMsg   
C1Vector   GenericAngle   PmeDoneMsg   
CBase_OptPmeXPencil   GenericAtom   PmeEvirMsg   
CBase_OptPmeYPencil   GenericBond   PmeFFTInfo   
CBase_OptPmeZPencil   GenericDihedral   PmeForceMsg   
CBase_PmeXPencil   GenericMol   PmeForcePencilMsg   
CBase_PmeYPencil   GlobalMaster   PmeGrid   
CBase_PmeZPencil   GlobalMasterEasy   PmeGridMsg   
CheckpointAtomsMsg   GlobalMasterFreeEnergy   PmeKSpace   
CheckpointAtomsReqMsg   GlobalMasterIMD   PmeKSpaceCompute   
CheckpointMsg   GlobalMasterMisc   PmeLaunchMsg   
CkCallbackWrapper   GlobalMasterServer   PmeParticle   
ClusterCoorElem   GlobalMasterSMD   PmePencil   
ClusterCoorMsg   GlobalMasterSymmetry   PmePencilInitMsg   
ClusterElem   GlobalMasterTcl   PmePencilInitMsgData   
ClusterSizeMsg   GlobalMasterTest   PmePencilMap   
CollectionMaster   GlobalMasterTMD   PmePencilX   
CollectionMaster::CollectVectorInstance   go_pair   PmePencilXMap   
CollectionMaster::CollectVectorSequence   go_val   PmePencilXY   
CollectionMgr   Grid (msm)   PmePencilXYMap   
CollectionMgr::CollectVectorInstance   GridFixed (msm)   PmePencilXYZ   
CollectionMgr::CollectVectorSequence   GridforceFullBaseGrid   PmePencilXYZMap   
CollectLoadsMsg   GridforceFullBaseGrid::GridIndices   PmePencilY   
CollectVectorMsg   GridforceFullMainGrid   PmePencilZ   
CollectVectorVarMsg   GridforceFullSubGrid   PmeRealSpace   
colvarproxy_namd   GridforceGrid   PmeRealSpaceCompute   
Communicate   GridforceLiteGrid   PmeRunMsg   
CompAtom   GridMsg   PmeSelfEnergyMsg   
CompAtomExt   GroGaussPair   PmeSharedTransMsg   
Compute   GroLJPair   PmeSharedUntransMsg   
ComputeAngles   gromacsPair   PmeStartMsg   
ComputeAniso   GromacsPairElem   PmeTransMsg   
ComputeBondedCUDAKernel   GromacsPairValue   PmeTranspose   
ComputeBondedCUDAKernel::BondedVirial   GromacsTopFile   PmeUntransMsg   
ComputeBonds   GroupInitMsg   PmeXPencil   
ComputeConsForce   
  H  
PmeYPencil   
ComputeConsForceMsg   HashPool   PmeZPencil   
ComputeConsTorque   HashPoolAdaptorT   pntChrgDist   
ComputeCrossterms   HashReal   Pointer   
ComputeCUDAMgr   HashString   position_index   
ComputeCylindricalBC   heapIterator   PressureProfileReduction   
ComputeDihedrals   heapRecord   PriorityQueue (msm)   
ComputeDPMEDataMsg   HomePatch   processorInfo   
ComputeDPMEResultsMsg   HomePatch::checkpoint_t   ProxyCombinedResultMsg   
ComputeEField   HomePatch::RattleList   ProxyCombinedResultRawMsg   
ComputeEwald   HomePatchElem   ProxyDataMsg   
ComputeEwaldMsg   HydroBasedMsg   ProxyElem   
ComputeExcls   HydrogenGroupID   ProxyGBISP1ResultMsg   
ComputeExt   
  I  
ProxyGBISP2DataMsg   
ComputeExtAtom   idIndxStr   ProxyGBISP2ResultMsg   
ComputeExtMgr   ijpair   ProxyGBISP3DataMsg   
ComputeFmmSerial   ijpair_sortop_bit_reversed   ProxyListInfo   
ComputeFmmSerialAtom   IMDEnergies   ProxyMgr   
ComputeFmmSerialMgr   IMDheader   ProxyNodeAwareSpanningTreeMsg   
ComputeFullDirect   IMDOutput   ProxyPatch   
ComputeGBISAtom   improper   ProxyResultMsg   
ComputeGBISser   improper_params   ProxyResultVarsizeMsg   
ComputeGBISserMgr   ImproperElem   ProxySpanningTreeMsg   
ComputeGlobal   ImproperValue   ProxyTree   
ComputeGlobalDataMsg   indexed_nbthole_pair   proxyTreeNode   
ComputeGlobalResultsMsg   indexed_table_pair   ProxyUsage   
ComputeGridForce   indexed_vdw_pair   ProxyUsageKey   
ComputeGromacsPair   IndexRange (msm)   
  Q  
ComputeHomePatch   InfoRecord   QMAtomData   
ComputeHomePatches   infostream   QMCoordMsg   
ComputeHomeTuples   InitDeviceMsg   QMForce   
ComputeImpropers   InitDeviceMsg2   QMForceMsg   
computeInfo   InputAtom   QMGrpCalcMsg   
ComputeLCPO   Int2   QMGrpResMsg   
ComputeMap   Int3   QMPntChrgMsg   
ComputeMap::ComputeData   InterpParams_t   qmSolvData   
ComputeMap::PatchRec   intpair   
  R  
ComputeMapChangeMsg   IRSet   Random   
ComputeMapMsg   Iterator   RattleParam   
ComputeMgr   Ivec (msm)   Rebalancer   
ComputeMoa   
  L  
Rebalancer::pcpair   
ComputeMsm   LargeIRSet   RecBisection   
ComputeMsmMgr   Lattice   RecipVirial_t   
ComputeMsmSerial   LCPOAtom   RecvDeviceMsg   
ComputeMsmSerialAtom   LCPONeighborList   ReductionMgr   
ComputeMsmSerialMgr   LdbCoordinator   ReductionRegisterMsg   
ComputeNonbondedCUDA   LdbMigrateMsg   ReductionSet   
ComputeNonbondedCUDA::compute_record   listNode   ReductionSetData   
ComputeNonbondedCUDA::patch_record   LJTable   ReductionSubmitMsg   
ComputeNonbondedMIC   LJTable::TableEntry   RefineOnly   
ComputeNonbondedMIC::compute_record   LocalID   RefineTorusLB   
ComputeNonbondedMIC::patch_record   LocalLBInfoMsg   refSelStr   
ComputeNonbondedPair   LocalPmeInfo   RegisterPatchMsg   
ComputeNonbondedSelf   LocalWorkMsg   RegisterProxyMsg   
ComputeNonbondedUtil   lphost   ReplicaDcdAckMsg   
ComputeNonbondedWorkArrays   LSSDataStr   ReplicaDcdDataMsg   
ComputePatch   lssDistSort   ReplicaDcdInitMsg   
ComputePatchPair   LSSSubsDat   RequireReduction   
ComputePme   
  M  
ResidueLookupElem   
ComputePmeCUDA   main   ResizeArray   
ComputePmeCUDADevice   Map (msm)   ResizeArrayIter   
ComputePmeCUDAMgr   MathArray   ResizeArrayPrimIter   
ComputePmeMgr   Matrix4   ResizeArrayRaw   
ComputePmeMgr::cuda_submit_charges_args   Matrix4Symmetry   Results   
ComputeQM   Matrix4TMD   
  S  
ComputeQMAtom   maxHeap   ScriptParamMsg   
ComputeQMMgr   Measure   ScriptTcl   
ComputeQMPntChrg   meMMQMGrp   seg_resid   
ComputeRestraints   memusageinit   Sequencer   
ComputeSelfAngles   MGridforceParams   SetLatticeMsg   
ComputeSelfAniso   MGridforceParamsList   SimParameters   
ComputeSelfBonds   MigrateAtomsCombinedMsg   SimpleBroadcastObject   
ComputeSelfCrossterms   MigrateAtomsMsg   SlaveInitMsg   
ComputeSelfDihedrals   MigrationInfo   SortableResizeArray   
ComputeSelfExcls   minHeap   SortedArray   
ComputeSelfGromacsPair   minpoint   sortop_base   
ComputeSelfImpropers   MIStream   sortop_bit_reversed   
ComputeSelfThole   MoaData   sortop_x   
ComputeSelfTuples   Molecule   sortop_y   
ComputeSphericalBC   MolInfoMsg   sortop_z   
ComputeStir   MolInst   SplitComputesMsg   
ComputeTclBC   MOStream   StreamMessage   
ComputeThole   MoveAllByMsg   StringList   
ConfigList   MoveAtomMsg   SubmitReduction   
ConfigList::ConfigListNode   MoveInputAtomsMsg   Sync   
Controller   MovePatch   
  T  
Controller::checkpoint   MovePatchAtomsMsg   table_pair_params   
ControllerBroadcasts   MovePatchesMsg   TaggedMsg   
ControllerState   MsmBlock   Tensor   
cptr_sortop_priority   MsmBlockKernel   thole   
CpuPmeAtomStorage   MsmBlockMap   TholeElem   
cr_sortop_distance   MsmBlockProxyMsg   TileExcl   
cr_sortop_reverse_priority   MsmC1HermiteBlock   TileList   
crossterm   MsmC1HermiteBlockProxyMsg   TileListStat   
crossterm_params   MsmC1HermiteGridCutoff   TileListVirialEnergy   
CrosstermData   MsmC1HermiteGridCutoffProxyMsg   TopoManagerWrapper   
CrosstermElem   MsmC1HermiteGridCutoffSetupMsg   TopoManagerWrapper::pe_sortop_topo   
CrosstermValue   MsmGridCutoff   TorusLB   
cuda_args_t   MsmGridCutoffInitMsg   Transform   
CudaAngle   MsmGridCutoffKernel   TransposeBatch   
CudaAngleValue   MsmGridCutoffMap   TuplePatchElem   
CudaAtom   MsmGridCutoffProxyMsg   TupleSignature   
CudaBond   MsmGridCutoffSetupMsg   
  U  
CudaBondValue   MsmInitMsg   UniqueSet   
CudaComputeGBISKernel   MsmProfiler   UniqueSetIter   
CudaComputeNonbonded   MsmSerialCoordMsg   UniqueSetRaw   
CudaComputeNonbonded::ComputeRecord   MsmSerialForceMsg   UniqueSortedArray   
CudaComputeNonbonded::PatchRecord   MsmTimer   UnregisterProxyMsg   
CudaComputeNonbondedKernel   
  N  
  V  
CudaComputeNonbondedMsg   NamdCentLB   vdw_pair_params   
CudaComputeRecord   NamdDummyLB   vdw_params   
CudaCrossterm   NamdHybridLB   vdw_val   
CudaCrosstermValue   NamdNborLB   VDWTable   
CudaDihedral   NamdState   vect   
CudaDihedralValue   nbthole_pair_params   Vector   
CudaExclusion   nbthole_pair_value   VirialEnergy   
CudaFFTCompute   netint   vmdforce   
CudaForce   NL_Msm_t   
  W  
CudaNonbondedTables   Node   wkf_timer   
CudaPatchRecord   NodePmeInfo   wkfmsgtimer   
CudaPmeAtomStorage   NodePmeMgr   WorkDistrib   
CudaPmeKSpaceCompute   NodeProxyMgr   WorkDistrib::pe_sortop_compact   
CudaPmePencilX   nodesort   WorkDistrib::pe_sortop_diffuse   
CudaPmePencilXY   nonbonded   WorkIndex   
CudaPmePencilXYZ   NonbondedCUDASkipMsg   
  Z  
CudaPmePencilY   NonbondedCUDASlaveMsg   zVector   
CudaPmePencilZ   NonbondedExclValue   
  _  
CudaPmeRealSpaceCompute   NonbondedMICSkipMsg   __sort_entry   
CudaPmeTranspose   NonbondedMICSlaveMsg   

A | B | C | D | E | F | G | H | I | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | Z | _


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