NAMD Class Index

A | B | C | D | E | F | G | H | I | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | Z | _

  A  
CudaPmeTranspose   NonbondedMICSlaveMsg   
ABoundAngleRestraint   CudaPmeXInitMsg   NumDevicesMsg   
ABoundDiheRestraint   CudaPmeXYInitMsg   
  O  
ABoundDistRestraint   CudaPmeXYZInitMsg   ObjectArena   
ABoundPosRestraint   CudaStaticAssert< true >   ofstream_namd   
ADiheRestraint   CudaTileListKernel   OptPmeCompute   
ADistRestraint   
  D  
OptPmeDummyMsg   
AFixedAngleRestraint   DataExchanger   OptPmeFFTMsg   
AFixedDiheRestraint   DataMessage   OptPmeGridMsg   
AFixedDistRestraint   datastream   OptPmeMgr   
AFixedPosRestraint   DataStreamMsg   OptPmePencil   
AForcingAngleRestraint   DeviceBuffer   OptPmePencilInitMsg   
AForcingDiheRestraint   DeviceCUDA   OptPmePencilInitMsgData   
AForcingDistRestraint   DeviceDataMsg   OptPmePencilMapX   
AForcingPosRestraint   dihedral   OptPmePencilMapY   
AGroup   dihedral_params   OptPmePencilMapZ   
ALambdaControl   DihedralElem   OptPmeRealSpace   
ALambdaManager   DihedralTable   OptPmeSubComputeMsg   
Alg7   DihedralValue   OptPmeXPencil   
AlgNbor   doublecomplex   OptPmeYPencil   
AlgRecBisection   drude_constants   OptPmeZPencil   
AlignVector   dummyData   Output   
AnAngleRestraint   
  E  
OutputAtomRecord   
angle   eABF   OutputAtomRecord::floatVals   
angle_params   eABF1D   OutputAtomRecord::integerVals   
AngleElem   eABF2D   OutputAtomRecord::shortVals   
AngleTable   Entry   OwnerBox   
AngleValue   EntryGlob   
  P  
aniso   EwaldParticle   Pairlists   
AnisoElem   ExchangeAtomsMsg   PairTable   
APosRestraint   ExchangeAtomsReqMsg   PAL   
ARestraint   ExclElem   ParallelIOMgr   
ARestraintManager   exclmask   Parameters   
Array   ExclSigInfo   parm   
Array (msm)   Exclusion   ParseOptions   
assert_ProxyResultVarsizeMsg   ExclusionCheck   ParseOptions::DataElement   
atom_constants   ExclusionSignature   Patch   
atom_name_info   exlist_sortop   patch_sortop_curve_a   
AtomCoord (msm)   ExtCoordMsg   patch_sortop_curve_b   
AtomCstInfo   ExtForce   patch_sortop_curve_c   
atomID_less   ExtForceMsg   PatchData (msm)   
AtomMap   
  F  
patchDataStrc   
AtomMapper   FFTCompute   PatchDiagram (msm)   
AtomNameIdx   FileStack   PatchElem   
AtomsCntPerPatchMsg   FinishWorkMsg   PatchGridElem   
AtomSigInfo   Flags   patchInfo   
AtomSignature   float2   PatchInfo   
AtomTable   floatcomplex   PatchMap   
AVector   FloatVector   PatchMapMsg   
  B  
FmmSerialCoordMsg   PatchMgr   
BackEnd   FmmSerialForceMsg   PatchPairRecord   
BasicAtomInfo   FoldFactor (msm)   PatchProxyListMsg   
BlockDiagram (msm)   four_body_consts   PatchSend (msm)   
BlockIndex (msm)   FullAtom   PDB   
BlockSend (msm)   
  G  
PDBAtom   
BOCgroup   gather_t   PDBAtomRecord   
BOID   GBISCoordMsg   PDBData   
bond   GBISForceMsg   PDBHetatm   
bond_params   GBISInput   PDBUnknown   
BondElem   GBISInput< 1 >   pe_sortop_bit_reversed   
BondTable   GBISInput< 2 >   pe_sortop_coord_x   
BondValue   GBISInput< 3 >   pe_sortop_coord_y   
BoundingBox   GBISParam   PencilElement   
Box   GBISParam< 1 >   pid_sortop_reverse_priority   
BroadcastClient   GBISParam< 2 >   PluginIOMgr   
BroadcastClientElem   GBISParam< 3 >   PmeAckMsg   
BroadcastMgr   GBISParamStruct   PmeAtomFiler   
BroadcastMsg   GBISResults   PmeAtomMsg   
  C  
GBISResults< 1 >   PmeAtomPencilMsg   
C1Matrix   GBISResults< 2 >   PmeAtomStorage   
C1Vector   GBISResults< 3 >   PmeBlockMsg   
CBase_OptPmeXPencil   GenericAngle   PmeDoneMsg   
CBase_OptPmeYPencil   GenericAtom   PmeEvirMsg   
CBase_OptPmeZPencil   GenericBond   PmeFFTInfo   
CBase_PmeXPencil   GenericDihedral   PmeForceMsg   
CBase_PmeYPencil   GenericMol   PmeForcePencilMsg   
CBase_PmeZPencil   GlobalMaster   PmeGrid   
CheckpointAtomsMsg   GlobalMasterEasy   PmeGridMsg   
CheckpointAtomsReqMsg   GlobalMasterFreeEnergy   PmeKSpace   
CheckpointMsg   GlobalMasterIMD   PmeKSpaceCompute   
CkCallbackWrapper   GlobalMasterMisc   PmeLaunchMsg   
ClusterCoorElem   GlobalMasterServer   PmeParticle   
ClusterCoorMsg   GlobalMasterSMD   PmePencil   
ClusterElem   GlobalMasterSymmetry   PmePencilInitMsg   
ClusterSizeMsg   GlobalMasterTcl   PmePencilInitMsgData   
CollectionMaster   GlobalMasterTest   PmePencilMap   
CollectionMaster::CollectVectorInstance   GlobalMasterTMD   PmePencilX   
CollectionMaster::CollectVectorSequence   go_pair   PmePencilXMap   
CollectionMgr   go_val   PmePencilXY   
CollectionMgr::CollectVectorInstance   Grid (msm)   PmePencilXYMap   
CollectionMgr::CollectVectorSequence   GridFixed (msm)   PmePencilXYZ   
CollectLoadsMsg   GridforceFullBaseGrid   PmePencilXYZMap   
CollectVectorMsg   GridforceFullBaseGrid::GridIndices   PmePencilY   
CollectVectorVarMsg   GridforceFullMainGrid   PmePencilZ   
colvarproxy_namd   GridforceFullSubGrid   PmeRealSpace   
Communicate   GridforceGrid   PmeRealSpaceCompute   
CompAtom   GridforceLiteGrid   PmeRunMsg   
CompAtomExt   GridMsg   PmeSelfEnergyMsg   
Compute   GroGaussPair   PmeSharedTransMsg   
ComputeAngles   GroLJPair   PmeSharedUntransMsg   
ComputeAniso   gromacsPair   PmeStartMsg   
ComputeBondedCUDAKernel   GromacsPairElem   PmeTransMsg   
ComputeBondedCUDAKernel::BondedVirial   GromacsPairValue   PmeTranspose   
ComputeBonds   GromacsTopFile   PmeUntransMsg   
ComputeConsForce   GroupInitMsg   PmeXPencil   
ComputeConsForceMsg   
  H  
PmeYPencil   
ComputeConsTorque   HashPool   PmeZPencil   
ComputeCrossterms   HashPoolAdaptorT   pntChrgDist   
ComputeCUDAMgr   HashReal   Pointer   
ComputeCylindricalBC   HashString   position_index   
ComputeDihedrals   heapIterator   PressureProfileReduction   
ComputeDPMEDataMsg   heapRecord   PriorityQueue (msm)   
ComputeDPMEResultsMsg   HomePatch   processorInfo   
ComputeEField   HomePatch::checkpoint_t   ProxyCombinedResultMsg   
ComputeEwald   HomePatch::RattleList   ProxyCombinedResultRawMsg   
ComputeEwaldMsg   HomePatchElem   ProxyDataMsg   
ComputeExcls   HydroBasedMsg   ProxyElem   
ComputeExt   HydrogenGroupID   ProxyGBISP1ResultMsg   
ComputeExtAtom   
  I  
ProxyGBISP2DataMsg   
ComputeExtMgr   idIndxStr   ProxyGBISP2ResultMsg   
ComputeFmmSerial   ijpair   ProxyGBISP3DataMsg   
ComputeFmmSerialAtom   ijpair_sortop_bit_reversed   ProxyListInfo   
ComputeFmmSerialMgr   IMDEnergies   ProxyMgr   
ComputeFullDirect   IMDheader   ProxyNodeAwareSpanningTreeMsg   
ComputeGBISAtom   IMDOutput   ProxyPatch   
ComputeGBISser   improper   ProxyResultMsg   
ComputeGBISserMgr   improper_params   ProxyResultVarsizeMsg   
ComputeGlobal   ImproperElem   ProxySpanningTreeMsg   
ComputeGlobalDataMsg   ImproperValue   ProxyTree   
ComputeGlobalResultsMsg   indexed_nbthole_pair   proxyTreeNode   
ComputeGridForce   indexed_table_pair   ProxyUsage   
ComputeGromacsPair   indexed_vdw_pair   ProxyUsageKey   
ComputeHomePatch   IndexRange (msm)   
  Q  
ComputeHomePatches   InfoRecord   QMAtomData   
ComputeHomeTuples   infostream   QMCoordMsg   
ComputeImpropers   InitDeviceMsg   QMForce   
computeInfo   InitDeviceMsg2   QMForceMsg   
ComputeLCPO   InputAtom   QMGrpCalcMsg   
ComputeMap   Int2   QMGrpResMsg   
ComputeMap::ComputeData   Int3   QMPntChrgMsg   
ComputeMap::PatchRec   InterpParams_t   qmSolvData   
ComputeMapChangeMsg   intpair   
  R  
ComputeMgr   IRSet   Random   
ComputeMoa   Iterator   RattleParam   
ComputeMsm   Ivec (msm)   Rebalancer   
ComputeMsmMgr   
  L  
Rebalancer::pcpair   
ComputeMsmSerial   LargeIRSet   RecBisection   
ComputeMsmSerialAtom   Lattice   RecipVirial_t   
ComputeMsmSerialMgr   LCPOAtom   RecvDeviceMsg   
ComputeNonbondedCUDA   LCPONeighborList   ReductionMgr   
ComputeNonbondedCUDA::compute_record   LdbCoordinator   ReductionRegisterMsg   
ComputeNonbondedCUDA::patch_record   LdbMigrateMsg   ReductionSet   
ComputeNonbondedMIC   listNode   ReductionSetData   
ComputeNonbondedMIC::compute_record   LJTable   ReductionSubmitMsg   
ComputeNonbondedMIC::patch_record   LJTable::TableEntry   RefineOnly   
ComputeNonbondedPair   LocalID   RefineTorusLB   
ComputeNonbondedSelf   LocalLBInfoMsg   refSelStr   
ComputeNonbondedUtil   LocalPmeInfo   RegisterPatchMsg   
ComputeNonbondedWorkArrays   LocalWorkMsg   RegisterProxyMsg   
ComputePatch   lphost   ReplicaDcdAckMsg   
ComputePatchPair   LSSDataStr   ReplicaDcdDataMsg   
ComputePme   lssDistSort   ReplicaDcdInitMsg   
ComputePmeCUDA   LSSSubsDat   RequireReduction   
ComputePmeCUDADevice   
  M  
ResidueLookupElem   
ComputePmeCUDAMgr   main   ResizeArray   
ComputePmeMgr   Map (msm)   ResizeArrayIter   
ComputePmeMgr::cuda_submit_charges_args   MathArray   ResizeArrayPrimIter   
ComputePmeUtil   Matrix4   ResizeArrayRaw   
ComputeQM   Matrix4Symmetry   Results   
ComputeQMAtom   Matrix4TMD   
  S  
ComputeQMMgr   maxHeap   ScriptParamMsg   
ComputeQMPntChrg   Measure   ScriptTcl   
ComputeRestraints   meMMQMGrp   seg_resid   
ComputeSelfAngles   memusageinit   Sequencer   
ComputeSelfAniso   MGridforceParams   SetLatticeMsg   
ComputeSelfBonds   MGridforceParamsList   SimParameters   
ComputeSelfCrossterms   MigrateAtomsCombinedMsg   SimpleBroadcastObject   
ComputeSelfDihedrals   MigrateAtomsMsg   SlaveInitMsg   
ComputeSelfExcls   MigrationInfo   SortableResizeArray   
ComputeSelfGromacsPair   minHeap   SortedArray   
ComputeSelfImpropers   minpoint   sortop_base   
ComputeSelfThole   MIStream   sortop_bit_reversed   
ComputeSelfTuples   MoaData   sortop_x   
ComputeSphericalBC   Molecule   sortop_y   
ComputeStir   MolInfoMsg   sortop_z   
ComputeTclBC   MolInst   SplitComputesMsg   
ComputeThole   MOStream   StreamMessage   
ConfigList   MoveAllByMsg   StringList   
ConfigList::ConfigListNode   MoveAtomMsg   SubmitReduction   
ConstPointer   MoveInputAtomsMsg   Sync   
Controller   MovePatch   
  T  
Controller::checkpoint   MovePatchAtomsMsg   table_pair_params   
ControllerBroadcasts   MovePatchesMsg   TaggedMsg   
ControllerState   MsmBlock   Tensor   
cptr_sortop_priority   MsmBlockKernel   thole   
CpuPmeAtomStorage   MsmBlockMap   TholeElem   
cr_sortop_distance   MsmBlockProxyMsg   TileExcl   
cr_sortop_reverse_priority   MsmC1HermiteBlock   TileList   
crossterm   MsmC1HermiteBlockProxyMsg   TileListStat   
crossterm_params   MsmC1HermiteGridCutoff   TileListVirialEnergy   
CrosstermData   MsmC1HermiteGridCutoffProxyMsg   TopoManagerWrapper   
CrosstermElem   MsmC1HermiteGridCutoffSetupMsg   TopoManagerWrapper::pe_sortop_topo   
CrosstermValue   MsmGridCutoff   TorusLB   
cuda_args_t   MsmGridCutoffInitMsg   Transform   
CudaAngle   MsmGridCutoffKernel   TransposeBatch   
CudaAngleValue   MsmGridCutoffMap   TuplePatchElem   
CudaAtom   MsmGridCutoffProxyMsg   TupleSignature   
CudaBond   MsmGridCutoffSetupMsg   
  U  
CudaBondValue   MsmInitMsg   UniqueSet   
CudaComputeGBISKernel   MsmProfiler   UniqueSetIter   
CudaComputeNonbonded   MsmSerialCoordMsg   UniqueSetRaw   
CudaComputeNonbonded::ComputeRecord   MsmSerialForceMsg   UniqueSortedArray   
CudaComputeNonbonded::PatchRecord   MsmTimer   UnregisterProxyMsg   
CudaComputeNonbondedKernel   
  N  
  V  
CudaComputeNonbondedMsg   NamdCentLB   vdw_pair_params   
CudaComputeRecord   NamdDummyLB   vdw_params   
CudaCrossterm   NamdHybridLB   vdw_val   
CudaCrosstermValue   NamdNborLB   VDWTable   
CudaDihedral   NamdState   vect   
CudaDihedralValue   nbthole_pair_params   Vector   
CudaExclusion   nbthole_pair_value   VirialEnergy   
CudaFFTCompute   netint   vmdforce   
CudaForce   NL_Msm_t   
  W  
CudaNonbondedTables   Node   wkf_timer   
CudaPatchRecord   NodePmeInfo   wkfmsgtimer   
CudaPmeAtomStorage   NodePmeMgr   WorkDistrib   
CudaPmeKSpaceCompute   NodeProxyMgr   WorkDistrib::pe_sortop_compact   
CudaPmePencilX   nodesort   WorkDistrib::pe_sortop_diffuse   
CudaPmePencilXY   nonbonded   WorkIndex   
CudaPmePencilXYZ   NonbondedCUDASkipMsg   
  Z  
CudaPmePencilY   NonbondedCUDASlaveMsg   zVector   
CudaPmePencilZ   NonbondedExclValue   
  _  
CudaPmeRealSpaceCompute   NonbondedMICSkipMsg   __sort_entry   

A | B | C | D | E | F | G | H | I | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | Z | _


Generated on Sun Aug 19 01:17:18 2018 for NAMD by  doxygen 1.4.7