NAMD
Class Index
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  _  
CudaPmePencilZ   NodePmeMgr   
CudaPmeRealSpaceCompute   NodeProxyMgr   
__sort_entry   CudaPmeTranspose   NodeReduction   
  a  
CudaPmeXInitMsg   nodesort   
CudaPmeXYInitMsg   nonbonded   
ABoundAngleRestraint   CudaPmeXYZInitMsg   NonbondedExclValue   
ABoundDiheRestraint   CudaRattleElem   notZero   
ABoundDistRestraint   CudaRattleParam   NumDevicesMsg   
ABoundPosRestraint   CudaStaticAssert   
  o  
ADiheRestraint   CudaStaticAssert< true >   
ADistRestraint   cudaTensor   ObjectArena   
AFixedAngleRestraint   CudaTileListKernel   ofstream_namd   
AFixedDiheRestraint   cudaVector   Output   
AFixedDistRestraint   
  d  
OutputAtomRecord   
AFixedPosRestraint   OwnerBox   
AForcingAngleRestraint   ParseOptions::DataElement   
  p  
AForcingDiheRestraint   DataExchanger   
AForcingDistRestraint   DataMessage   Pairlists   
AForcingPosRestraint   datastream   PairTable   
AGroup   DataStreamMsg   PAL   
ALambdaControl   dcd_params   ParallelIOMgr   
ALambdaManager   DeviceBuffer   Parameters   
AlchData   DeviceCUDA   ParseOptions   
Alg7   DeviceDataMsg   Patch   
AlgNbor   dihedral   patch_sortop_curve_a   
AlgRecBisection   dihedral_params   patch_sortop_curve_b   
AlignVector   DihedralElem   patch_sortop_curve_c   
Ambertoppar   DihedralTable   PatchData (msm)   
Ambertoppar (AmberParm7Reader)   DihedralValue   PatchData   
AnAngleRestraint   DLLoader (dlloader)   PatchDataSOA   
angle   DLLoaderInterface (dlloader)   patchDataStrc   
angle_params   doublecomplex   PatchDiagram (msm)   
AngleElem   drude_constants   PatchElem   
AngleTable   dummyData   patchInfo   
AngleValue   
  e  
PatchInfo   
aniso   PatchLevelPmeData   
AnisoElem   eABF   PatchMap   
APosRestraint   eABF1D   PatchMapMsg   
ARestraint   eABF2D   PatchMgr   
ARestraintManager   CudaPmeOneDevice::EnergyVirial   PatchPairRecord   
Array (msm)   Entry   PatchProxyListMsg   
Array   EntryGlob   ComputeMap::PatchRec   
assert_ProxyResultVarsizeMsg   EwaldParticle   CudaComputeNonbonded::PatchRecord   
atom_constants   ExchangeAtomsMsg   PatchRecord   
atom_name_info   ExchangeAtomsReqMsg   PatchSend (msm)   
AtomCoord (msm)   ExclElem   Rebalancer::pcpair   
AtomCstInfo   ExclSigInfo   PDB   
atomData   Exclusion   PDBAtom   
atomID_less   ExclusionCheck   PDBAtomRecord   
AtomMap   ExclusionSignature   PDBData   
AtomMapper   exlist_sortop   PDBHetatm   
AtomNameIdx   ExtCoordMsg   PDBUnknown   
AtomsCntPerPatchMsg   ExtForce   pe_sortop_bit_reversed   
AtomSigInfo   ExtForceMsg   WorkDistrib::pe_sortop_compact   
AtomSignature   
  f  
pe_sortop_coord_x   
AtomTable   pe_sortop_coord_y   
AVector   FFTCompute   WorkDistrib::pe_sortop_diffuse   
  b  
FileStack   TopoManagerWrapper::pe_sortop_topo   
FinishWorkMsg   per_atom_flags   
BackEnd   Flags   pid_sortop_reverse_priority   
BasicAtomInfo   floatcomplex   PluginIOMgr   
BlockDiagram (msm)   OutputAtomRecord::floatVals   PmeAckMsg   
BlockIndex (msm)   FloatVector   PmeAtomFiler   
BlockSend (msm)   FmmSerialCoordMsg   PmeAtomMsg   
BOCgroup   FmmSerialForceMsg   PmeAtomPencilMsg   
BOID   FoldFactor (msm)   PmeAtomStorage   
bond   FortranData (AmberParm7Reader)   PmeBlockMsg   
bond_params   FortranFormatSpecifier (AmberParm7Reader)   PmeDoneMsg   
ComputeBondedCUDAKernel::BondedVirial   four_body_consts   PmeEvirMsg   
BondElem   FullAtom   PmeForceMsg   
BondTable   
  g  
PmeForcePencilMsg   
BondValue   PmeGrid   
BoundingBox   GBISCoordMsg   PmeGridMsg   
Box   GBISForceMsg   PmeKSpace   
BroadcastClient   GBISParamStruct   PmeKSpaceCompute   
BroadcastClientElem   GenericAngle   PmeLaunchMsg   
BroadcastMgr   GenericAtom   PmeParticle   
BroadcastMsg   GenericBond   PmePencil   
  c  
GenericDihedral   PmePencilInitMsg   
GenericMol   PmePencilInitMsgData   
C1Matrix   GlobalMaster   PmePencilMap   
C1Vector   GlobalMasterEasy   PmePencilX   
Controller::checkpoint   GlobalMasterFreeEnergy   PmePencilXMap   
HomePatch::checkpoint_t   GlobalMasterIMD   PmePencilXY   
CheckpointAtomsMsg   GlobalMasterMisc   PmePencilXYMap   
CheckpointAtomsReqMsg   GlobalMasterServer   PmePencilXYZ   
CheckpointMsg   GlobalMasterSMD   PmePencilXYZMap   
CheckStep   GlobalMasterSymmetry   PmePencilY   
CkPrintf_stringbuf   GlobalMasterTcl   PmePencilZ   
ClusterCoorElem   GlobalMasterTest   PmeRealSpace   
ClusterCoorMsg   GlobalMasterTMD   PmeRealSpaceCompute   
ClusterElem   GMWakeMsg   PmeRunMsg   
ClusterSizeMsg   go_pair   PmeSharedTransMsg   
CollectionMaster   go_val   PmeSharedUntransMsg   
CollectionMgr   Grid (msm)   PmeStartMsg   
CollectLoadsMsg   GridFixed (msm)   PmeTransMsg   
CollectProxyVectorInstance   GridforceFullBaseGrid   PmeTranspose   
CollectProxyVectorSequence   GridforceFullMainGrid   PmeUntransMsg   
CollectionMaster::CollectVectorInstance   GridforceFullSubGrid   PmeXPencil   
CollectionMgr::CollectVectorInstance   GridforceGrid   PmeYPencil   
CollectionMaster::CollectVectorInstanceDcdSelection   GridforceLiteGrid   PmeZPencil   
CollectVectorMsg   GridforceFullBaseGrid::GridIndices   pntChrgDist   
CollectionMgr::CollectVectorSequence   GridMsg   Pointer   
CollectionMaster::CollectVectorSequence   GroGaussPair   position_index   
CollectionMaster::CollectVectorSequenceDcdSelection   GroLJPair   PressureProfileReduction   
CollectVectorVarMsg   gromacsPair   PriorityQueue (msm)   
colvarproxy_namd   GromacsPairElem   processorInfo   
Communicate   GromacsPairValue   ProxyCombinedResultMsg   
CompAtom   GromacsTopFile   ProxyCombinedResultRawMsg   
CompAtomExt   GroupInitMsg   ProxyDataMsg   
CompAtomExtCopy   GroupRestraintList   ProxyElem   
Compute   GroupRestraintParam   ProxyGBISP1ResultMsg   
ComputeAngles   
  h  
ProxyGBISP2DataMsg   
ComputeAniso   ProxyGBISP2ResultMsg   
ComputeBondedCUDAKernel   HashPool   ProxyGBISP3DataMsg   
ComputeBonds   HashPoolAdaptorT   ProxyListInfo   
ComputeConsForce   HashReal   ProxyMgr   
ComputeConsForceMsg   HashString   ProxyNodeAwareSpanningTreeMsg   
ComputeConsTorque   heapIterator   ProxyPatch   
ComputeCrossterms   heapRecord   ProxyResultMsg   
ComputeCUDAMgr   HomePatch   ProxyResultVarsizeMsg   
ComputeCylindricalBC   HomePatchElem   ProxySpanningTreeMsg   
ComputeMap::ComputeData   HydroBasedMsg   ProxyTree   
ComputeDihedrals   HydrogenGroupID   proxyTreeNode   
ComputeDPMEDataMsg   
  i  
ProxyUsage   
ComputeDPMEResultsMsg   ProxyUsageKey   
ComputeEField   idIndxStr   
  q  
ComputeEwald   ijpair   
ComputeEwaldMsg   ijpair_sortop_bit_reversed   QMAtomData   
ComputeExcls   IMDEnergies   QMCoordMsg   
ComputeExt   IMDheader   QMForce   
ComputeExtAtom   IMDOutput   QMForceMsg   
ComputeExtMgr   improper   QMGrpCalcMsg   
ComputeFmmSerial   improper_params   QMGrpResMsg   
ComputeFmmSerialAtom   ImproperElem   QMPntChrgMsg   
ComputeFmmSerialMgr   ImproperValue   qmSolvData   
ComputeFullDirect   indexed_nbthole_pair   
  r  
ComputeGBISAtom   indexed_table_pair   
ComputeGBISser   indexed_vdw_pair   Random   
ComputeGBISserMgr   indexed_vdw_pair_accel   HomePatch::RattleList   
ComputeGlobal   IndexRange (msm)   RattleParam   
ComputeGlobalDataMsg   InfoRecord   Rebalancer   
ComputeGlobalResultsMsg   infostream   RecBisection   
ComputeGridForce   InitDeviceMsg   RecvDeviceMsg   
ComputeGromacsPair   InitDeviceMsg2   ReductionMgr   
ComputeHomePatch   InputAtom   ReductionRegisterMsg   
ComputeHomePatches   Int2   ReductionSet   
ComputeHomeTuples   Int3   ReductionSetData   
ComputeImpropers   OutputAtomRecord::integerVals   ReductionSubmitMsg   
computeInfo   InterpParams_t   ReductionValue   
ComputeLCPO   intpair   RefineOnly   
ComputeLjPmeSerial   IRSet   RefineTorusLB   
ComputeLjPmeSerialMgr   isEmpty   refSelStr   
ComputeLonepairsCUDA   isWater   RegisterPatchMsg   
ComputeMap   Iterator   RegisterProxyMsg   
ComputeMapChangeMsg   Ivec (msm)   ReplicaDcdAckMsg   
ComputeMgr   
  l  
ReplicaDcdDataMsg   
ComputeMoa   ReplicaDcdInitMsg   
ComputeMsm   LargeIRSet   RequireReduction   
ComputeMsmMgr   Lattice   ResidueLookupElem   
ComputeMsmSerial   LCPOAtom   ResizeArray   
ComputeMsmSerialAtom   LCPONeighborList   ResizeArrayIter   
ComputeMsmSerialMgr   LdbCoordinator   ResizeArrayPrimIter   
ComputeNonbondedPair   LdbMigrateMsg   ResizeArrayRaw   
ComputeNonbondedSelf   LincsSolver   Results   
ComputeNonbondedUtil   listNode   RunningAverage   
ComputeNonbondedWorkArrays   LjPmeCompute   
  s  
ComputePatch   LjPmeGrid   
ComputePatchPair   LjPmeKSpace   ScriptParamMsg   
ComputePme   LjPmeMgr   ScriptTcl   
ComputePmeCUDA   LjPmeRealSpace   seg_resid   
ComputePmeCUDADevice   LjPmeSerialAtom   Sequencer   
ComputePmeCUDAMgr   LjPmeSerialCoordMsg   SetLatticeMsg   
ComputePmeMgr   LjPmeSerialForceMsg   SettleParameters   
ComputePmeUtil   LJTable   OutputAtomRecord::shortVals   
ComputeQM   LocalID   SimParameters   
ComputeQMAtom   localIDResult   SimpleBroadcastObject   
ComputeQMMgr   LocalLBInfoMsg   ScriptTcl::SimpleBroadcastObjectWrapper   
ComputeQMPntChrg   LocalPmeInfo   SlaveInitMsg   
CudaComputeNonbonded::ComputeRecord   LocalWorkMsg   SortableResizeArray   
ComputeRestraints   ComputeLonepairsCUDA::LonepairBisector   SortedArray   
ComputeSelfAngles   ComputeLonepairsCUDA::LonepairColinear   sortop_base   
ComputeSelfAniso   ComputeLonepairsCUDA::LonepairRelative   sortop_bit_reversed   
ComputeSelfBonds   lphost   sortop_SOA   
ComputeSelfCrossterms   LSSDataStr   sortop_x   
ComputeSelfDihedrals   lssDistSort   sortop_y   
ComputeSelfExcls   LSSSubsDat   sortop_z   
ComputeSelfGromacsPair   
  m  
sparseMatrix   
ComputeSelfImpropers   SplitComputesMsg   
ComputeSelfThole   main   StreamMessage   
ComputeSelfTuples   Map (msm)   StringList   
ComputeSphericalBC   MathArray   SubmitReduction   
ComputeStir   Matrix4   Sync   
ComputeTclBC   Matrix4Symmetry   
  t  
ComputeThole   Matrix4TMD   
ConfigList   maxHeap   table_pair_params   
ConfigList::ConfigListNode   Measure   LJTable::TableEntry   
ConstPointer   meMMQMGrp   TaggedMsg   
constraintTuple   memusageinit   Tensor   
Controller   MGridforceParams   thole   
ControllerBroadcasts   MGridforceParamsList   TholeElem   
ControllerState   MigrateAtomsCombinedMsg   TileExcl   
cptr_sortop_priority   MigrateAtomsMsg   TileList   
CpuPmeAtomStorage   MigrationInfo   TileListStat   
cr_sortop_distance   minHeap   TileListVirialEnergy   
cr_sortop_reverse_priority   minpoint   TopoManagerWrapper   
crossterm   MIStream   TorusLB   
crossterm_params   MoaData   Transform   
CrosstermData   Molecule   TransposeBatch   
CrosstermElem   MolInfoMsg   TupleCounts   
CrosstermValue   MolInst   TupleData   
Controller::CthThreadWrapper   MOStream   TupleDataStage   
cuda_args_t   MoveAllByMsg   TupleDataStagePeer   
ComputePmeMgr::cuda_submit_charges_args   MoveAtomMsg   TupleIntArrays   
CudaAlchFlags   MoveInputAtomsMsg   TupleIntArraysContiguous   
CudaAlchLambdas   MovePatch   TupleIntArraysPeer   
CudaAlchParameters   MovePatchAtomsMsg   TuplePatchElem   
CudaAngle   MovePatchesMsg   TupleSignature   
CudaAngleStage   MovingAverage   TupleSizes   
CudaAngleValue   MsmBlock   TupleStrider   
CudaAtom   MsmBlockKernel   TupleString   
CudaBond   MsmBlockMap   TupleStringHash   
CudaBondStage   MsmBlockProxyMsg   TwoLevelParam   
CudaBondValue   MsmC1HermiteBlock   
  u  
CudaComputeGBISKernel   MsmC1HermiteBlockProxyMsg   
CudaComputeNonbonded   MsmC1HermiteGridCutoff   UniqueSet   
CudaComputeNonbondedKernel   MsmC1HermiteGridCutoffProxyMsg   UniqueSetIter   
CudaComputeNonbondedMsg   MsmC1HermiteGridCutoffSetupMsg   UniqueSetRaw   
CudaComputeRecord   MsmGridCutoff   UniqueSortedArray   
CudaCrossterm   MsmGridCutoffInitMsg   UnregisterProxyMsg   
CudaCrosstermStage   MsmGridCutoffKernel   
  v  
CudaCrosstermValue   MsmGridCutoffMap   
CudaDihedral   MsmGridCutoffProxyMsg   validRattle   
CudaDihedralStage   MsmGridCutoffSetupMsg   vdw_pair_params   
CudaDihedralValue   MsmInitMsg   vdw_params   
CudaExclusion   MsmProfiler   vdw_val   
CudaExclusionStage   MsmSerialCoordMsg   VDWTable   
CudaFFTCompute   MsmSerialForceMsg   vect   
CudaForce   MsmTimer   Vector   
CudaGlobalMasterClient   MStringStrider   VirialEnergy   
CudaGlobalMasterServer   MultiString   vmdforce   
CudaLocalRecord   
  n  
  w  
CudaMInfo   
CudaNBConstants   NamdCentLB   wkf_timer   
CudaNonbondedTables   NamdDummyLB   wkfmsgtimer   
CudaPatchRecord   NamdHybridLB   WorkDistrib   
CudaPeerRecord   NamdProfileEvent   WorkIndex   
CudaPmeAtomStorage   NamdState   
  x  
CudaPmeKSpaceCompute   nbthole_pair_params   
CudaPmeOneDevice   nbthole_pair_value   XXH32_canonical_t   
CudaPmePencilX   netint   XXH64_canonical_t   
CudaPmePencilXY   NL_Msm_t   
  z  
CudaPmePencilXYZ   Node   
CudaPmePencilY   NodePmeInfo   zVector   
_ | a | b | c | d | e | f | g | h | i | l | m | n | o | p | q | r | s | t | u | v | w | x | z