NAMD Class Index

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  A  
ConfigList   MsmSerialForceMsg   
ABoundAngleRestraint   ConfigList::ConfigListNode   MsmTimer   
ABoundDiheRestraint   Controller   
  N  
ABoundDistRestraint   Controller::checkpoint   NamdCentLB   
ABoundPosRestraint   ControllerBroadcasts   NamdDummyLB   
ADiheRestraint   ControllerState   NamdHybridLB   
ADistRestraint   cptr_sortop_priority   NamdNborLB   
AFixedAngleRestraint   CpuPmeAtomStorage   NamdState   
AFixedDiheRestraint   cr_sortop_distance   nbthole_pair_params   
AFixedDistRestraint   cr_sortop_reverse_priority   nbthole_pair_value   
AFixedPosRestraint   crossterm   netint   
AForcingAngleRestraint   crossterm_params   NL_Msm_t   
AForcingDiheRestraint   CrosstermData   Node   
AForcingDistRestraint   CrosstermElem   NodePmeInfo   
AForcingPosRestraint   CrosstermValue   NodePmeMgr   
AGroup   cuda_args_t   NodeProxyMgr   
ALambdaControl   CudaAngle   nodesort   
ALambdaManager   CudaAngleValue   nonbonded   
Alg7   CudaAtom   NonbondedCUDASkipMsg   
AlgNbor   CudaBond   NonbondedCUDASlaveMsg   
AlgRecBisection   CudaBondValue   NonbondedExclValue   
AlignVector   CudaComputeGBISKernel   NonbondedMICSkipMsg   
AnAngleRestraint   CudaComputeNonbonded   NonbondedMICSlaveMsg   
angle   CudaComputeNonbonded::ComputeRecord   NumDevicesMsg   
angle_params   CudaComputeNonbonded::PatchRecord   
  O  
AngleElem   CudaComputeNonbondedKernel   ObjectArena   
AngleTable   CudaComputeNonbondedMsg   ofstream_namd   
AngleValue   CudaComputeRecord   OptPmeCompute   
aniso   CudaCrossterm   OptPmeDummyMsg   
AnisoElem   CudaCrosstermValue   OptPmeFFTMsg   
APosRestraint   CudaDihedral   OptPmeGridMsg   
ARestraint   CudaDihedralValue   OptPmeMgr   
ARestraintManager   CudaExclusion   OptPmePencil   
Array   CudaFFTCompute   OptPmePencilInitMsg   
Array (msm)   CudaForce   OptPmePencilInitMsgData   
assert_ProxyResultVarsizeMsg   CudaNonbondedTables   OptPmePencilMapX   
atom_constants   CudaPatchRecord   OptPmePencilMapY   
atom_name_info   CudaPmeAtomStorage   OptPmePencilMapZ   
AtomCoord (msm)   CudaPmeKSpaceCompute   OptPmeRealSpace   
AtomCstInfo   CudaPmePencilX   OptPmeSubComputeMsg   
atomID_less   CudaPmePencilXY   OptPmeXPencil   
AtomMap   CudaPmePencilXYZ   OptPmeYPencil   
AtomMapper   CudaPmePencilY   OptPmeZPencil   
AtomNameIdx   CudaPmePencilZ   Output   
AtomsCntPerPatchMsg   CudaPmeRealSpaceCompute   OutputAtomRecord   
AtomSigInfo   CudaPmeTranspose   OutputAtomRecord::floatVals   
AtomSignature   CudaPmeXInitMsg   OutputAtomRecord::integerVals   
AtomTable   CudaPmeXYInitMsg   OutputAtomRecord::shortVals   
AVector   CudaPmeXYZInitMsg   OwnerBox   
  B  
CudaStaticAssert< true >   
  P  
BackEnd   CudaTileListKernel   Pairlists   
BasicAtomInfo   
  D  
PairTable   
BlockDiagram (msm)   DataExchanger   PAL   
BlockIndex (msm)   DataMessage   ParallelIOMgr   
BlockSend (msm)   datastream   Parameters   
BOCgroup   DataStreamMsg   parm   
BOID   DeviceBuffer   ParseOptions   
bond   DeviceCUDA   ParseOptions::DataElement   
bond_params   DeviceDataMsg   Patch   
BondElem   dihedral   patch_sortop_curve_a   
BondTable   dihedral_params   patch_sortop_curve_b   
BondValue   DihedralElem   patch_sortop_curve_c   
BoundingBox   DihedralTable   PatchData (msm)   
Box   DihedralValue   patchDataStrc   
BroadcastClient   doublecomplex   PatchDiagram (msm)   
BroadcastClientElem   drude_constants   PatchElem   
BroadcastMgr   dummyData   PatchGridElem   
BroadcastMsg   
  E  
patchInfo   
  C  
eABF   PatchInfo   
C1Matrix   eABF1D   PatchMap   
C1Vector   eABF2D   PatchMapMsg   
CBase_OptPmeXPencil   Entry   PatchMgr   
CBase_OptPmeYPencil   EntryGlob   PatchPairRecord   
CBase_OptPmeZPencil   EwaldParticle   PatchProxyListMsg   
CBase_PmeXPencil   ExchangeAtomsMsg   PatchSend (msm)   
CBase_PmeYPencil   ExchangeAtomsReqMsg   PDB   
CBase_PmeZPencil   ExclElem   PDBAtom   
CheckpointAtomsMsg   exclmask   PDBAtomRecord   
CheckpointAtomsReqMsg   ExclSigInfo   PDBData   
CheckpointMsg   Exclusion   PDBHetatm   
CkCallbackWrapper   ExclusionCheck   PDBUnknown   
ClusterCoorElem   ExclusionSignature   pe_sortop_bit_reversed   
ClusterCoorMsg   exlist_sortop   pe_sortop_coord_x   
ClusterElem   ExtCoordMsg   pe_sortop_coord_y   
ClusterSizeMsg   ExtForce   PencilElement   
CollectionMaster   ExtForceMsg   pid_sortop_reverse_priority   
CollectionMaster::CollectVectorInstance   
  F  
PluginIOMgr   
CollectionMaster::CollectVectorSequence   FFTCompute   PmeAckMsg   
CollectionMgr   FileStack   PmeAtomFiler   
CollectionMgr::CollectVectorInstance   FinishWorkMsg   PmeAtomMsg   
CollectionMgr::CollectVectorSequence   Flags   PmeAtomPencilMsg   
CollectLoadsMsg   float2   PmeAtomStorage   
CollectVectorMsg   floatcomplex   PmeBlockMsg   
CollectVectorVarMsg   FloatVector   PmeDoneMsg   
colvar   FmmSerialCoordMsg   PmeEvirMsg   
colvar::alpha_angles   FmmSerialForceMsg   PmeFFTInfo   
colvar::angle   FoldFactor (msm)   PmeForceMsg   
colvar::cartesian   four_body_consts   PmeForcePencilMsg   
colvar::coordnum   FullAtom   PmeGrid   
colvar::cvc   
  G  
PmeGridMsg   
colvar::dihedPC   gather_t   PmeKSpace   
colvar::dihedral   GBISCoordMsg   PmeKSpaceCompute   
colvar::dipole_angle   GBISForceMsg   PmeLaunchMsg   
colvar::distance   GBISInput   PmeParticle   
colvar::distance_dir   GBISInput< 1 >   PmePencil   
colvar::distance_inv   GBISInput< 2 >   PmePencilInitMsg   
colvar::distance_pairs   GBISInput< 3 >   PmePencilInitMsgData   
colvar::distance_vec   GBISParam   PmePencilMap   
colvar::distance_xy   GBISParam< 1 >   PmePencilX   
colvar::distance_z   GBISParam< 2 >   PmePencilXMap   
colvar::eigenvector   GBISParam< 3 >   PmePencilXY   
colvar::groupcoordnum   GBISParamStruct   PmePencilXYMap   
colvar::gyration   GBISResults   PmePencilXYZ   
colvar::h_bond   GBISResults< 1 >   PmePencilXYZMap   
colvar::inertia   GBISResults< 2 >   PmePencilY   
colvar::inertia_z   GBISResults< 3 >   PmePencilZ   
colvar::orientation   GenericAngle   PmeRealSpace   
colvar::orientation_angle   GenericAtom   PmeRealSpaceCompute   
colvar::orientation_proj   GenericBond   PmeRunMsg   
colvar::polar_phi   GenericDihedral   PmeSelfEnergyMsg   
colvar::polar_theta   GenericMol   PmeSharedTransMsg   
colvar::rmsd   GlobalMaster   PmeSharedUntransMsg   
colvar::selfcoordnum   GlobalMasterEasy   PmeStartMsg   
colvar::spin_angle   GlobalMasterFreeEnergy   PmeTransMsg   
colvar::tilt   GlobalMasterIMD   PmeTranspose   
colvar_grid   GlobalMasterMisc   PmeUntransMsg   
colvar_grid_count   GlobalMasterServer   PmeXPencil   
colvar_grid_gradient   GlobalMasterSMD   PmeYPencil   
colvar_grid_scalar   GlobalMasterSymmetry   PmeZPencil   
colvarbias   GlobalMasterTcl   pntChrgDist   
colvarbias_abf   GlobalMasterTest   Pointer   
colvarbias_alb   GlobalMasterTMD   position_index   
colvarbias_histogram   go_pair   PressureProfileReduction   
colvarbias_meta   go_val   PriorityQueue (msm)   
colvarbias_meta::hill   Grid (msm)   processorInfo   
colvarbias_restraint   GridFixed (msm)   ProxyCombinedResultMsg   
colvarbias_restraint_centers   GridforceFullBaseGrid   ProxyCombinedResultRawMsg   
colvarbias_restraint_centers_moving   GridforceFullBaseGrid::GridIndices   ProxyDataMsg   
colvarbias_restraint_harmonic   GridforceFullMainGrid   ProxyElem   
colvarbias_restraint_harmonic_walls   GridforceFullSubGrid   ProxyGBISP1ResultMsg   
colvarbias_restraint_histogram   GridforceGrid   ProxyGBISP2DataMsg   
colvarbias_restraint_k   GridforceLiteGrid   ProxyGBISP2ResultMsg   
colvarbias_restraint_k_moving   GridMsg   ProxyGBISP3DataMsg   
colvarbias_restraint_linear   GroGaussPair   ProxyListInfo   
colvarbias_restraint_moving   GroLJPair   ProxyMgr   
colvardeps   gromacsPair   ProxyNodeAwareSpanningTreeMsg   
colvardeps::feature   GromacsPairElem   ProxyPatch   
colvardeps::feature_state   GromacsPairValue   ProxyResultMsg   
colvarmodule   GromacsTopFile   ProxyResultVarsizeMsg   
colvarmodule::atom   GroupInitMsg   ProxySpanningTreeMsg   
colvarmodule::atom_group   
  H  
ProxyTree   
colvarmodule::matrix2d   HashPool   proxyTreeNode   
colvarmodule::matrix2d::row   HashPoolAdaptorT   ProxyUsage   
colvarmodule::quaternion   HashReal   ProxyUsageKey   
colvarmodule::rmatrix   HashString   
  Q  
colvarmodule::rotation   heapIterator   QMAtomData   
colvarmodule::rvector   heapRecord   QMCoordMsg   
colvarmodule::vector1d   HomePatch   QMForce   
colvarparse   HomePatch::checkpoint_t   QMForceMsg   
colvarparse::read_block   HomePatch::RattleList   QMGrpCalcMsg   
colvarproxy   HomePatchElem   QMGrpResMsg   
colvarproxy_namd   HydroBasedMsg   QMPntChrgMsg   
colvarscript   HydrogenGroupID   qmSolvData   
colvarvalue   
  I  
  R  
Communicate   idIndxStr   Random   
CompAtom   ijpair   RattleParam   
CompAtomExt   ijpair_sortop_bit_reversed   Rebalancer   
Compute   IMDEnergies   Rebalancer::pcpair   
ComputeAngles   IMDheader   RecBisection   
ComputeAniso   IMDOutput   RecipVirial_t   
ComputeBondedCUDAKernel   improper   RecvDeviceMsg   
ComputeBondedCUDAKernel::BondedVirial   improper_params   ReductionMgr   
ComputeBonds   ImproperElem   ReductionRegisterMsg   
ComputeConsForce   ImproperValue   ReductionSet   
ComputeConsForceMsg   indexed_nbthole_pair   ReductionSetData   
ComputeConsTorque   indexed_table_pair   ReductionSubmitMsg   
ComputeCrossterms   indexed_vdw_pair   RefineOnly   
ComputeCUDAMgr   IndexRange (msm)   RefineTorusLB   
ComputeCylindricalBC   InfoRecord   refSelStr   
ComputeDihedrals   infostream   RegisterPatchMsg   
ComputeDPMEDataMsg   InitDeviceMsg   RegisterProxyMsg   
ComputeDPMEResultsMsg   InitDeviceMsg2   ReplicaDcdAckMsg   
ComputeEField   InputAtom   ReplicaDcdDataMsg   
ComputeEwald   Int2   ReplicaDcdInitMsg   
ComputeEwaldMsg   Int3   RequireReduction   
ComputeExcls   InterpParams_t   ResidueLookupElem   
ComputeExt   intpair   ResizeArray   
ComputeExtAtom   IRSet   ResizeArrayIter   
ComputeExtMgr   Iterator   ResizeArrayPrimIter   
ComputeFmmSerial   Ivec (msm)   ResizeArrayRaw   
ComputeFmmSerialAtom   
  L  
Results   
ComputeFmmSerialMgr   LargeIRSet   
  S  
ComputeFullDirect   Lattice   ScriptParamMsg   
ComputeGBISAtom   LCPOAtom   ScriptTcl   
ComputeGBISser   LCPONeighborList   seg_resid   
ComputeGBISserMgr   LdbCoordinator   Sequencer   
ComputeGlobal   LdbMigrateMsg   SetLatticeMsg   
ComputeGlobalDataMsg   listNode   SimParameters   
ComputeGlobalResultsMsg   LJTable   SimpleBroadcastObject   
ComputeGridForce   LJTable::TableEntry   SlaveInitMsg   
ComputeGromacsPair   LocalID   SortableResizeArray   
ComputeHomePatch   LocalLBInfoMsg   SortedArray   
ComputeHomePatches   LocalPmeInfo   sortop_base   
ComputeHomeTuples   LocalWorkMsg   sortop_bit_reversed   
ComputeImpropers   lphost   sortop_x   
computeInfo   LSSDataStr   sortop_y   
ComputeLCPO   lssDistSort   sortop_z   
ComputeMap   LSSSubsDat   SplitComputesMsg   
ComputeMap::ComputeData   
  M  
StreamMessage   
ComputeMap::PatchRec   main   StringList   
ComputeMapChangeMsg   Map (msm)   SubmitReduction   
ComputeMapMsg   MathArray   Sync   
ComputeMgr   Matrix4   
  T  
ComputeMoa   Matrix4Symmetry   table_pair_params   
ComputeMsm   Matrix4TMD   TaggedMsg   
ComputeMsmMgr   maxHeap   Tensor   
ComputeMsmSerial   Measure   thole   
ComputeMsmSerialAtom   meMMQMGrp   TholeElem   
ComputeMsmSerialMgr   memusageinit   TileExcl   
ComputeNonbondedCUDA   MGridforceParams   TileList   
ComputeNonbondedCUDA::compute_record   MGridforceParamsList   TileListStat   
ComputeNonbondedCUDA::patch_record   MigrateAtomsCombinedMsg   TileListVirialEnergy   
ComputeNonbondedMIC   MigrateAtomsMsg   TopoManagerWrapper   
ComputeNonbondedMIC::compute_record   MigrationInfo   TopoManagerWrapper::pe_sortop_topo   
ComputeNonbondedMIC::patch_record   minHeap   TorusLB   
ComputeNonbondedPair   minpoint   Transform   
ComputeNonbondedSelf   MIStream   TransposeBatch   
ComputeNonbondedUtil   MoaData   TuplePatchElem   
ComputeNonbondedWorkArrays   Molecule   TupleSignature   
ComputePatch   MolInfoMsg   
  U  
ComputePatchPair   MolInst   UniqueSet   
ComputePme   MOStream   UniqueSetIter   
ComputePmeCUDA   MoveAllByMsg   UniqueSetRaw   
ComputePmeCUDADevice   MoveAtomMsg   UniqueSortedArray   
ComputePmeCUDAMgr   MoveInputAtomsMsg   UnregisterProxyMsg   
ComputePmeMgr   MovePatch   
  V  
ComputePmeMgr::cuda_submit_charges_args   MovePatchAtomsMsg   vdw_pair_params   
ComputeQM   MovePatchesMsg   vdw_params   
ComputeQMAtom   MsmBlock   vdw_val   
ComputeQMMgr   MsmBlockKernel   VDWTable   
ComputeQMPntChrg   MsmBlockMap   vect   
ComputeRestraints   MsmBlockProxyMsg   Vector   
ComputeSelfAngles   MsmC1HermiteBlock   VirialEnergy   
ComputeSelfAniso   MsmC1HermiteBlockProxyMsg   vmdforce   
ComputeSelfBonds   MsmC1HermiteGridCutoff   
  W  
ComputeSelfCrossterms   MsmC1HermiteGridCutoffProxyMsg   wkf_timer   
ComputeSelfDihedrals   MsmC1HermiteGridCutoffSetupMsg   wkfmsgtimer   
ComputeSelfExcls   MsmGridCutoff   WorkDistrib   
ComputeSelfGromacsPair   MsmGridCutoffInitMsg   WorkDistrib::pe_sortop_compact   
ComputeSelfImpropers   MsmGridCutoffKernel   WorkDistrib::pe_sortop_diffuse   
ComputeSelfThole   MsmGridCutoffMap   WorkIndex   
ComputeSelfTuples   MsmGridCutoffProxyMsg   
  Z  
ComputeSphericalBC   MsmGridCutoffSetupMsg   zVector   
ComputeStir   MsmInitMsg   
  _  
ComputeTclBC   MsmProfiler   __sort_entry   
ComputeThole   MsmSerialCoordMsg   

A | B | C | D | E | F | G | H | I | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | Z | _


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