ComputeGridForce Class Reference

#include <ComputeGridForce.h>

Inheritance diagram for ComputeGridForce:

List of all members.

Public Member Functions
	ComputeGridForce (ComputeID c, PatchID pid)
virtual	~ComputeGridForce ()
virtual void	doForce (FullAtom *p, Results *r)
Public Attributes
SubmitReduction *	reduction

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Detailed Description

Copyright (c) 1995, 1996, 1997, 1998, 1999, 2000 by The Board of Trustees of the University of Illinois. All rights reserved.

Definition at line 13 of file ComputeGridForce.h.

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Constructor & Destructor Documentation

ComputeGridForce::ComputeGridForce (  ComputeID  c, PatchID  pid )

Definition at line 19 of file ComputeGridForce.C. References ReductionMgr::Object(), reduction, REDUCTIONS_BASIC, and ReductionMgr::willSubmit(). : ComputeHomePatch(c,pid) { reduction = ReductionMgr::Object()->willSubmit(REDUCTIONS_BASIC); }

ComputeGridForce::~ComputeGridForce (   )  [virtual]

Definition at line 29 of file ComputeGridForce.C. { delete reduction; }

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Member Function Documentation

void ComputeGridForce::doForce (  FullAtom *  p, Results *  r )  [virtual]

Implements ComputeHomePatch. Definition at line 36 of file ComputeGridForce.C. References ADD_TENSOR_OBJECT, ADD_VECTOR_OBJECT, GridforceGrid::__box::b, BigReal, GridforceGrid::Box, charge, Charge, DebugM, Lattice::delta(), Tensor::diagonal(), endi(), Results::f, Force, GridforceGrid::get_box(), GridforceGrid::get_center(), Molecule::get_gridfrc_grid(), Molecule::get_gridfrc_params(), GridforceGrid::get_inv(), SimParameters::gridforceScale, Molecule::is_atom_gridforced(), SubmitReduction::item(), Transform::j, Transform::k, Patch::lattice, GridforceGrid::__box::loc, Node::molecule, Node::Object(), outer(), CompAtom::position, Position, Real, reduction, REDUCTION_EXT_FORCE_NORMAL, REDUCTION_MISC_ENERGY, REDUCTION_VIRIAL_NORMAL, Lattice::reverse_transform(), GridforceGrid::__box::scale, Node::simParameters, simParams, SubmitReduction::submit(), FullAtom::transform, Lattice::wrap_delta(), Vector::x, Vector::y, and Vector::z. { SimParameters *simParams = Node::Object()->simParameters; Molecule *mol = Node::Object()->molecule; //Lattice lattice = homePatch->lattice; Force *forces = r->f[Results::normal]; BigReal energy = 0; Force extForce = 0.; Tensor extVirial; Real scale; // Scaling factor Charge charge; // Charge const GridforceGrid *grid = mol->get_gridfrc_grid(); GridforceGrid::Box box; // Structure with potential info Force f; float v; // Loop through and check each atom for (int i = 0; i < numAtoms; i++) { if (mol->is_atom_gridforced(p[i].id)) { mol->get_gridfrc_params(scale, charge, p[i].id); // Wrap coordinates using grid center Position pos = p[i].position; pos += homePatch->lattice.wrap_delta(p[i].position); pos += homePatch->lattice.delta(pos, grid->get_center()) - (pos - grid->get_center()); int err = grid->get_box(&box, pos); if (err) { DebugM(4, "force4 = 0 0 0\n" << endi); DebugM(4, "v4 = 0\n" << endi); continue; // This means the current atom is outside the potential } float a[64]; // for (int j = 0; j < 64; j++) { // a[j] = 0; // for (int k = 0; k < 64; k++) { // a[j] += A[j][k] * box.b[k]; // } // } // Multiply 'box.b' vector by matrix ... ugly but efficient (?) a[0] = box.b[0]; a[1] = box.b[8]; a[2] = -3*box.b[0] + 3*box.b[1] - 2*box.b[8] - box.b[9]; a[3] = 2*box.b[0] - 2*box.b[1] + box.b[8] + box.b[9]; a[4] = box.b[16]; a[5] = box.b[32]; a[6] = -3*box.b[16] + 3*box.b[17] - 2*box.b[32] - box.b[33]; a[7] = 2*box.b[16] - 2*box.b[17] + box.b[32] + box.b[33]; a[8] = -3*box.b[0] + 3*box.b[2] - 2*box.b[16] - box.b[18]; a[9] = -3*box.b[8] + 3*box.b[10] - 2*box.b[32] - box.b[34]; a[10] = 9*box.b[0] - 9*box.b[1] - 9*box.b[2] + 9*box.b[3] + 6*box.b[8] + 3*box.b[9] - 6*box.b[10] - 3*box.b[11] + 6*box.b[16] - 6*box.b[17] + 3*box.b[18] - 3*box.b[19] + 4*box.b[32] + 2*box.b[33] + 2*box.b[34] + box.b[35]; a[11] = -6*box.b[0] + 6*box.b[1] + 6*box.b[2] - 6*box.b[3] - 3*box.b[8] - 3*box.b[9] + 3*box.b[10] + 3*box.b[11] - 4*box.b[16] + 4*box.b[17] - 2*box.b[18] + 2*box.b[19] - 2*box.b[32] - 2*box.b[33] - box.b[34] - box.b[35]; a[12] = 2*box.b[0] - 2*box.b[2] + box.b[16] + box.b[18]; a[13] = 2*box.b[8] - 2*box.b[10] + box.b[32] + box.b[34]; a[14] = -6*box.b[0] + 6*box.b[1] + 6*box.b[2] - 6*box.b[3] - 4*box.b[8] - 2*box.b[9] + 4*box.b[10] + 2*box.b[11] - 3*box.b[16] + 3*box.b[17] - 3*box.b[18] + 3*box.b[19] - 2*box.b[32] - box.b[33] - 2*box.b[34] - box.b[35]; a[15] = 4*box.b[0] - 4*box.b[1] - 4*box.b[2] + 4*box.b[3] + 2*box.b[8] + 2*box.b[9] - 2*box.b[10] - 2*box.b[11] + 2*box.b[16] - 2*box.b[17] + 2*box.b[18] - 2*box.b[19] + box.b[32] + box.b[33] + box.b[34] + box.b[35]; a[16] = box.b[24]; a[17] = box.b[40]; a[18] = -3*box.b[24] + 3*box.b[25] - 2*box.b[40] - box.b[41]; a[19] = 2*box.b[24] - 2*box.b[25] + box.b[40] + box.b[41]; a[20] = box.b[48]; a[21] = box.b[56]; a[22] = -3*box.b[48] + 3*box.b[49] - 2*box.b[56] - box.b[57]; a[23] = 2*box.b[48] - 2*box.b[49] + box.b[56] + box.b[57]; a[24] = -3*box.b[24] + 3*box.b[26] - 2*box.b[48] - box.b[50]; a[25] = -3*box.b[40] + 3*box.b[42] - 2*box.b[56] - box.b[58]; a[26] = 9*box.b[24] - 9*box.b[25] - 9*box.b[26] + 9*box.b[27] + 6*box.b[40] + 3*box.b[41] - 6*box.b[42] - 3*box.b[43] + 6*box.b[48] - 6*box.b[49] + 3*box.b[50] - 3*box.b[51] + 4*box.b[56] + 2*box.b[57] + 2*box.b[58] + box.b[59]; a[27] = -6*box.b[24] + 6*box.b[25] + 6*box.b[26] - 6*box.b[27] - 3*box.b[40] - 3*box.b[41] + 3*box.b[42] + 3*box.b[43] - 4*box.b[48] + 4*box.b[49] - 2*box.b[50] + 2*box.b[51] - 2*box.b[56] - 2*box.b[57] - box.b[58] - box.b[59]; a[28] = 2*box.b[24] - 2*box.b[26] + box.b[48] + box.b[50]; a[29] = 2*box.b[40] - 2*box.b[42] + box.b[56] + box.b[58]; a[30] = -6*box.b[24] + 6*box.b[25] + 6*box.b[26] - 6*box.b[27] - 4*box.b[40] - 2*box.b[41] + 4*box.b[42] + 2*box.b[43] - 3*box.b[48] + 3*box.b[49] - 3*box.b[50] + 3*box.b[51] - 2*box.b[56] - box.b[57] - 2*box.b[58] - box.b[59]; a[31] = 4*box.b[24] - 4*box.b[25] - 4*box.b[26] + 4*box.b[27] + 2*box.b[40] + 2*box.b[41] - 2*box.b[42] - 2*box.b[43] + 2*box.b[48] - 2*box.b[49] + 2*box.b[50] - 2*box.b[51] + box.b[56] + box.b[57] + box.b[58] + box.b[59]; a[32] = -3*box.b[0] + 3*box.b[4] - 2*box.b[24] - box.b[28]; a[33] = -3*box.b[8] + 3*box.b[12] - 2*box.b[40] - box.b[44]; a[34] = 9*box.b[0] - 9*box.b[1] - 9*box.b[4] + 9*box.b[5] + 6*box.b[8] + 3*box.b[9] - 6*box.b[12] - 3*box.b[13] + 6*box.b[24] - 6*box.b[25] + 3*box.b[28] - 3*box.b[29] + 4*box.b[40] + 2*box.b[41] + 2*box.b[44] + box.b[45]; a[35] = -6*box.b[0] + 6*box.b[1] + 6*box.b[4] - 6*box.b[5] - 3*box.b[8] - 3*box.b[9] + 3*box.b[12] + 3*box.b[13] - 4*box.b[24] + 4*box.b[25] - 2*box.b[28] + 2*box.b[29] - 2*box.b[40] - 2*box.b[41] - box.b[44] - box.b[45]; a[36] = -3*box.b[16] + 3*box.b[20] - 2*box.b[48] - box.b[52]; a[37] = -3*box.b[32] + 3*box.b[36] - 2*box.b[56] - box.b[60]; a[38] = 9*box.b[16] - 9*box.b[17] - 9*box.b[20] + 9*box.b[21] + 6*box.b[32] + 3*box.b[33] - 6*box.b[36] - 3*box.b[37] + 6*box.b[48] - 6*box.b[49] + 3*box.b[52] - 3*box.b[53] + 4*box.b[56] + 2*box.b[57] + 2*box.b[60] + box.b[61]; a[39] = -6*box.b[16] + 6*box.b[17] + 6*box.b[20] - 6*box.b[21] - 3*box.b[32] - 3*box.b[33] + 3*box.b[36] + 3*box.b[37] - 4*box.b[48] + 4*box.b[49] - 2*box.b[52] + 2*box.b[53] - 2*box.b[56] - 2*box.b[57] - box.b[60] - box.b[61]; a[40] = 9*box.b[0] - 9*box.b[2] - 9*box.b[4] + 9*box.b[6] + 6*box.b[16] + 3*box.b[18] - 6*box.b[20] - 3*box.b[22] + 6*box.b[24] - 6*box.b[26] + 3*box.b[28] - 3*box.b[30] + 4*box.b[48] + 2*box.b[50] + 2*box.b[52] + box.b[54]; a[41] = 9*box.b[8] - 9*box.b[10] - 9*box.b[12] + 9*box.b[14] + 6*box.b[32] + 3*box.b[34] - 6*box.b[36] - 3*box.b[38] + 6*box.b[40] - 6*box.b[42] + 3*box.b[44] - 3*box.b[46] + 4*box.b[56] + 2*box.b[58] + 2*box.b[60] + box.b[62]; a[42] = -27*box.b[0] + 27*box.b[1] + 27*box.b[2] - 27*box.b[3] + 27*box.b[4] - 27*box.b[5] - 27*box.b[6] + 27*box.b[7] - 18*box.b[8] - 9*box.b[9] + 18*box.b[10] + 9*box.b[11] + 18*box.b[12] + 9*box.b[13] - 18*box.b[14] - 9*box.b[15] - 18*box.b[16] + 18*box.b[17] - 9*box.b[18] + 9*box.b[19] + 18*box.b[20] - 18*box.b[21] + 9*box.b[22] - 9*box.b[23] - 18*box.b[24] + 18*box.b[25] + 18*box.b[26] - 18*box.b[27] - 9*box.b[28] + 9*box.b[29] + 9*box.b[30] - 9*box.b[31] - 12*box.b[32] - 6*box.b[33] - 6*box.b[34] - 3*box.b[35] + 12*box.b[36] + 6*box.b[37] + 6*box.b[38] + 3*box.b[39] - 12*box.b[40] - 6*box.b[41] + 12*box.b[42] + 6*box.b[43] - 6*box.b[44] - 3*box.b[45] + 6*box.b[46] + 3*box.b[47] - 12*box.b[48] + 12*box.b[49] - 6*box.b[50] + 6*box.b[51] - 6*box.b[52] + 6*box.b[53] - 3*box.b[54] + 3*box.b[55] - 8*box.b[56] - 4*box.b[57] - 4*box.b[58] - 2*box.b[59] - 4*box.b[60] - 2*box.b[61] - 2*box.b[62] - box.b[63]; a[43] = 18*box.b[0] - 18*box.b[1] - 18*box.b[2] + 18*box.b[3] - 18*box.b[4] + 18*box.b[5] + 18*box.b[6] - 18*box.b[7] + 9*box.b[8] + 9*box.b[9] - 9*box.b[10] - 9*box.b[11] - 9*box.b[12] - 9*box.b[13] + 9*box.b[14] + 9*box.b[15] + 12*box.b[16] - 12*box.b[17] + 6*box.b[18] - 6*box.b[19] - 12*box.b[20] + 12*box.b[21] - 6*box.b[22] + 6*box.b[23] + 12*box.b[24] - 12*box.b[25] - 12*box.b[26] + 12*box.b[27] + 6*box.b[28] - 6*box.b[29] - 6*box.b[30] + 6*box.b[31] + 6*box.b[32] + 6*box.b[33] + 3*box.b[34] + 3*box.b[35] - 6*box.b[36] - 6*box.b[37] - 3*box.b[38] - 3*box.b[39] + 6*box.b[40] + 6*box.b[41] - 6*box.b[42] - 6*box.b[43] + 3*box.b[44] + 3*box.b[45] - 3*box.b[46] - 3*box.b[47] + 8*box.b[48] - 8*box.b[49] + 4*box.b[50] - 4*box.b[51] + 4*box.b[52] - 4*box.b[53] + 2*box.b[54] - 2*box.b[55] + 4*box.b[56] + 4*box.b[57] + 2*box.b[58] + 2*box.b[59] + 2*box.b[60] + 2*box.b[61] + box.b[62] + box.b[63]; a[44] = -6*box.b[0] + 6*box.b[2] + 6*box.b[4] - 6*box.b[6] - 3*box.b[16] - 3*box.b[18] + 3*box.b[20] + 3*box.b[22] - 4*box.b[24] + 4*box.b[26] - 2*box.b[28] + 2*box.b[30] - 2*box.b[48] - 2*box.b[50] - box.b[52] - box.b[54]; a[45] = -6*box.b[8] + 6*box.b[10] + 6*box.b[12] - 6*box.b[14] - 3*box.b[32] - 3*box.b[34] + 3*box.b[36] + 3*box.b[38] - 4*box.b[40] + 4*box.b[42] - 2*box.b[44] + 2*box.b[46] - 2*box.b[56] - 2*box.b[58] - box.b[60] - box.b[62]; a[46] = 18*box.b[0] - 18*box.b[1] - 18*box.b[2] + 18*box.b[3] - 18*box.b[4] + 18*box.b[5] + 18*box.b[6] - 18*box.b[7] + 12*box.b[8] + 6*box.b[9] - 12*box.b[10] - 6*box.b[11] - 12*box.b[12] - 6*box.b[13] + 12*box.b[14] + 6*box.b[15] + 9*box.b[16] - 9*box.b[17] + 9*box.b[18] - 9*box.b[19] - 9*box.b[20] + 9*box.b[21] - 9*box.b[22] + 9*box.b[23] + 12*box.b[24] - 12*box.b[25] - 12*box.b[26] + 12*box.b[27] + 6*box.b[28] - 6*box.b[29] - 6*box.b[30] + 6*box.b[31] + 6*box.b[32] + 3*box.b[33] + 6*box.b[34] + 3*box.b[35] - 6*box.b[36] - 3*box.b[37] - 6*box.b[38] - 3*box.b[39] + 8*box.b[40] + 4*box.b[41] - 8*box.b[42] - 4*box.b[43] + 4*box.b[44] + 2*box.b[45] - 4*box.b[46] - 2*box.b[47] + 6*box.b[48] - 6*box.b[49] + 6*box.b[50] - 6*box.b[51] + 3*box.b[52] - 3*box.b[53] + 3*box.b[54] - 3*box.b[55] + 4*box.b[56] + 2*box.b[57] + 4*box.b[58] + 2*box.b[59] + 2*box.b[60] + box.b[61] + 2*box.b[62] + box.b[63]; a[47] = -12*box.b[0] + 12*box.b[1] + 12*box.b[2] - 12*box.b[3] + 12*box.b[4] - 12*box.b[5] - 12*box.b[6] + 12*box.b[7] - 6*box.b[8] - 6*box.b[9] + 6*box.b[10] + 6*box.b[11] + 6*box.b[12] + 6*box.b[13] - 6*box.b[14] - 6*box.b[15] - 6*box.b[16] + 6*box.b[17] - 6*box.b[18] + 6*box.b[19] + 6*box.b[20] - 6*box.b[21] + 6*box.b[22] - 6*box.b[23] - 8*box.b[24] + 8*box.b[25] + 8*box.b[26] - 8*box.b[27] - 4*box.b[28] + 4*box.b[29] + 4*box.b[30] - 4*box.b[31] - 3*box.b[32] - 3*box.b[33] - 3*box.b[34] - 3*box.b[35] + 3*box.b[36] + 3*box.b[37] + 3*box.b[38] + 3*box.b[39] - 4*box.b[40] - 4*box.b[41] + 4*box.b[42] + 4*box.b[43] - 2*box.b[44] - 2*box.b[45] + 2*box.b[46] + 2*box.b[47] - 4*box.b[48] + 4*box.b[49] - 4*box.b[50] + 4*box.b[51] - 2*box.b[52] + 2*box.b[53] - 2*box.b[54] + 2*box.b[55] - 2*box.b[56] - 2*box.b[57] - 2*box.b[58] - 2*box.b[59] - box.b[60] - box.b[61] - box.b[62] - box.b[63]; a[48] = 2*box.b[0] - 2*box.b[4] + box.b[24] + box.b[28]; a[49] = 2*box.b[8] - 2*box.b[12] + box.b[40] + box.b[44]; a[50] = -6*box.b[0] + 6*box.b[1] + 6*box.b[4] - 6*box.b[5] - 4*box.b[8] - 2*box.b[9] + 4*box.b[12] + 2*box.b[13] - 3*box.b[24] + 3*box.b[25] - 3*box.b[28] + 3*box.b[29] - 2*box.b[40] - box.b[41] - 2*box.b[44] - box.b[45]; a[51] = 4*box.b[0] - 4*box.b[1] - 4*box.b[4] + 4*box.b[5] + 2*box.b[8] + 2*box.b[9] - 2*box.b[12] - 2*box.b[13] + 2*box.b[24] - 2*box.b[25] + 2*box.b[28] - 2*box.b[29] + box.b[40] + box.b[41] + box.b[44] + box.b[45]; a[52] = 2*box.b[16] - 2*box.b[20] + box.b[48] + box.b[52]; a[53] = 2*box.b[32] - 2*box.b[36] + box.b[56] + box.b[60]; a[54] = -6*box.b[16] + 6*box.b[17] + 6*box.b[20] - 6*box.b[21] - 4*box.b[32] - 2*box.b[33] + 4*box.b[36] + 2*box.b[37] - 3*box.b[48] + 3*box.b[49] - 3*box.b[52] + 3*box.b[53] - 2*box.b[56] - box.b[57] - 2*box.b[60] - box.b[61]; a[55] = 4*box.b[16] - 4*box.b[17] - 4*box.b[20] + 4*box.b[21] + 2*box.b[32] + 2*box.b[33] - 2*box.b[36] - 2*box.b[37] + 2*box.b[48] - 2*box.b[49] + 2*box.b[52] - 2*box.b[53] + box.b[56] + box.b[57] + box.b[60] + box.b[61]; a[56] = -6*box.b[0] + 6*box.b[2] + 6*box.b[4] - 6*box.b[6] - 4*box.b[16] - 2*box.b[18] + 4*box.b[20] + 2*box.b[22] - 3*box.b[24] + 3*box.b[26] - 3*box.b[28] + 3*box.b[30] - 2*box.b[48] - box.b[50] - 2*box.b[52] - box.b[54]; a[57] = -6*box.b[8] + 6*box.b[10] + 6*box.b[12] - 6*box.b[14] - 4*box.b[32] - 2*box.b[34] + 4*box.b[36] + 2*box.b[38] - 3*box.b[40] + 3*box.b[42] - 3*box.b[44] + 3*box.b[46] - 2*box.b[56] - box.b[58] - 2*box.b[60] - box.b[62]; a[58] = 18*box.b[0] - 18*box.b[1] - 18*box.b[2] + 18*box.b[3] - 18*box.b[4] + 18*box.b[5] + 18*box.b[6] - 18*box.b[7] + 12*box.b[8] + 6*box.b[9] - 12*box.b[10] - 6*box.b[11] - 12*box.b[12] - 6*box.b[13] + 12*box.b[14] + 6*box.b[15] + 12*box.b[16] - 12*box.b[17] + 6*box.b[18] - 6*box.b[19] - 12*box.b[20] + 12*box.b[21] - 6*box.b[22] + 6*box.b[23] + 9*box.b[24] - 9*box.b[25] - 9*box.b[26] + 9*box.b[27] + 9*box.b[28] - 9*box.b[29] - 9*box.b[30] + 9*box.b[31] + 8*box.b[32] + 4*box.b[33] + 4*box.b[34] + 2*box.b[35] - 8*box.b[36] - 4*box.b[37] - 4*box.b[38] - 2*box.b[39] + 6*box.b[40] + 3*box.b[41] - 6*box.b[42] - 3*box.b[43] + 6*box.b[44] + 3*box.b[45] - 6*box.b[46] - 3*box.b[47] + 6*box.b[48] - 6*box.b[49] + 3*box.b[50] - 3*box.b[51] + 6*box.b[52] - 6*box.b[53] + 3*box.b[54] - 3*box.b[55] + 4*box.b[56] + 2*box.b[57] + 2*box.b[58] + box.b[59] + 4*box.b[60] + 2*box.b[61] + 2*box.b[62] + box.b[63]; a[59] = -12*box.b[0] + 12*box.b[1] + 12*box.b[2] - 12*box.b[3] + 12*box.b[4] - 12*box.b[5] - 12*box.b[6] + 12*box.b[7] - 6*box.b[8] - 6*box.b[9] + 6*box.b[10] + 6*box.b[11] + 6*box.b[12] + 6*box.b[13] - 6*box.b[14] - 6*box.b[15] - 8*box.b[16] + 8*box.b[17] - 4*box.b[18] + 4*box.b[19] + 8*box.b[20] - 8*box.b[21] + 4*box.b[22] - 4*box.b[23] - 6*box.b[24] + 6*box.b[25] + 6*box.b[26] - 6*box.b[27] - 6*box.b[28] + 6*box.b[29] + 6*box.b[30] - 6*box.b[31] - 4*box.b[32] - 4*box.b[33] - 2*box.b[34] - 2*box.b[35] + 4*box.b[36] + 4*box.b[37] + 2*box.b[38] + 2*box.b[39] - 3*box.b[40] - 3*box.b[41] + 3*box.b[42] + 3*box.b[43] - 3*box.b[44] - 3*box.b[45] + 3*box.b[46] + 3*box.b[47] - 4*box.b[48] + 4*box.b[49] - 2*box.b[50] + 2*box.b[51] - 4*box.b[52] + 4*box.b[53] - 2*box.b[54] + 2*box.b[55] - 2*box.b[56] - 2*box.b[57] - box.b[58] - box.b[59] - 2*box.b[60] - 2*box.b[61] - box.b[62] - box.b[63]; a[60] = 4*box.b[0] - 4*box.b[2] - 4*box.b[4] + 4*box.b[6] + 2*box.b[16] + 2*box.b[18] - 2*box.b[20] - 2*box.b[22] + 2*box.b[24] - 2*box.b[26] + 2*box.b[28] - 2*box.b[30] + box.b[48] + box.b[50] + box.b[52] + box.b[54]; a[61] = 4*box.b[8] - 4*box.b[10] - 4*box.b[12] + 4*box.b[14] + 2*box.b[32] + 2*box.b[34] - 2*box.b[36] - 2*box.b[38] + 2*box.b[40] - 2*box.b[42] + 2*box.b[44] - 2*box.b[46] + box.b[56] + box.b[58] + box.b[60] + box.b[62]; a[62] = -12*box.b[0] + 12*box.b[1] + 12*box.b[2] - 12*box.b[3] + 12*box.b[4] - 12*box.b[5] - 12*box.b[6] + 12*box.b[7] - 8*box.b[8] - 4*box.b[9] + 8*box.b[10] + 4*box.b[11] + 8*box.b[12] + 4*box.b[13] - 8*box.b[14] - 4*box.b[15] - 6*box.b[16] + 6*box.b[17] - 6*box.b[18] + 6*box.b[19] + 6*box.b[20] - 6*box.b[21] + 6*box.b[22] - 6*box.b[23] - 6*box.b[24] + 6*box.b[25] + 6*box.b[26] - 6*box.b[27] - 6*box.b[28] + 6*box.b[29] + 6*box.b[30] - 6*box.b[31] - 4*box.b[32] - 2*box.b[33] - 4*box.b[34] - 2*box.b[35] + 4*box.b[36] + 2*box.b[37] + 4*box.b[38] + 2*box.b[39] - 4*box.b[40] - 2*box.b[41] + 4*box.b[42] + 2*box.b[43] - 4*box.b[44] - 2*box.b[45] + 4*box.b[46] + 2*box.b[47] - 3*box.b[48] + 3*box.b[49] - 3*box.b[50] + 3*box.b[51] - 3*box.b[52] + 3*box.b[53] - 3*box.b[54] + 3*box.b[55] - 2*box.b[56] - box.b[57] - 2*box.b[58] - box.b[59] - 2*box.b[60] - box.b[61] - 2*box.b[62] - box.b[63]; a[63] = 8*box.b[0] - 8*box.b[1] - 8*box.b[2] + 8*box.b[3] - 8*box.b[4] + 8*box.b[5] + 8*box.b[6] - 8*box.b[7] + 4*box.b[8] + 4*box.b[9] - 4*box.b[10] - 4*box.b[11] - 4*box.b[12] - 4*box.b[13] + 4*box.b[14] + 4*box.b[15] + 4*box.b[16] - 4*box.b[17] + 4*box.b[18] - 4*box.b[19] - 4*box.b[20] + 4*box.b[21] - 4*box.b[22] + 4*box.b[23] + 4*box.b[24] - 4*box.b[25] - 4*box.b[26] + 4*box.b[27] + 4*box.b[28] - 4*box.b[29] - 4*box.b[30] + 4*box.b[31] + 2*box.b[32] + 2*box.b[33] + 2*box.b[34] + 2*box.b[35] - 2*box.b[36] - 2*box.b[37] - 2*box.b[38] - 2*box.b[39] + 2*box.b[40] + 2*box.b[41] - 2*box.b[42] - 2*box.b[43] + 2*box.b[44] + 2*box.b[45] - 2*box.b[46] - 2*box.b[47] + 2*box.b[48] - 2*box.b[49] + 2*box.b[50] - 2*box.b[51] + 2*box.b[52] - 2*box.b[53] + 2*box.b[54] - 2*box.b[55] + box.b[56] + box.b[57] + box.b[58] + box.b[59] + box.b[60] + box.b[61] + box.b[62] + box.b[63]; for (int j = 0; j < 64; j++) DebugM(2, "a[" << j << "] = " << a[j] << "\n" << endi); for (int j = 0; j < 64; j++) DebugM(2, "b[" << j << "] = " << box.b[j] << "\n" << endi); // Calculate powers of x, y, z for later use // e.g. x[2] = x^2 float x[4], y[4], z[4]; x[0] = 1; y[0] = 1; z[0] = 1; for (int j = 1; j < 4; j++) { x[j] = x[j-1] * box.loc.x; y[j] = y[j-1] * box.loc.y; z[j] = z[j-1] * box.loc.z; } int ind = 0; f = 0; v = 0; for (int l = 0; l < 4; l++) { for (int k = 0; k < 4; k++) { for (int j = 0; j < 4; j++) { v += a[ind] * x[j] * y[k] * z[l]; if (j > 0) f.x -= a[ind] * j * x[j-1] * y[k] * z[l]; if (k > 0) f.y -= a[ind] * k * x[j] * y[k-1] * z[l]; if (l > 0) f.z -= a[ind] * l * x[j] * y[k] * z[l-1]; ind++; } } } // Force force = scale * Tensor::diagonal(simParams->gridforceScale) * charge * (inv * f); // Force force = scale * Tensor::diagonal(simParams->gridforceScale) * charge * (f * grid->get_inv()); // Must multiply ON THE RIGHT by inv tensor Force force = scale * Tensor::diagonal(simParams->gridforceScale) * charge * ((box.scale * f) * grid->get_inv()); // Must multiply ON THE RIGHT by inv tensor DebugM(4, "f4 = " << f << "\n" << endi); DebugM(4, "force4 = " << force << "\n" << endi); DebugM(4, "v4 = " << v << "\n" << endi); forces[i] += force; extForce += force; Position vpos = homePatch->lattice.reverse_transform(p[i].position, p[i].transform); DebugM(4, "transform = " << (int)p[i].transform.i << " " << (int)p[i].transform.j << " " << (int)p[i].transform.k << "\n" << endi); //energy -= force * (vpos - homePatch->lattice.origin()); if (simParams->gridforceScale.x == simParams->gridforceScale.y && simParams->gridforceScale.x == simParams->gridforceScale.z) { // only makes sense when scaling is isotropic energy += v * charge * scale * simParams->gridforceScale.x; } extVirial += outer(force,vpos); } } reduction->item(REDUCTION_MISC_ENERGY) += energy; ADD_VECTOR_OBJECT(reduction,REDUCTION_EXT_FORCE_NORMAL,extForce); ADD_TENSOR_OBJECT(reduction,REDUCTION_VIRIAL_NORMAL,extVirial); reduction->submit(); }

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Member Data Documentation

SubmitReduction* ComputeGridForce::reduction

Definition at line 22 of file ComputeGridForce.h. Referenced by ComputeGridForce(), and doForce().

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The documentation for this class was generated from the following files:

• ComputeGridForce.h
• ComputeGridForce.C

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