- a -

• a() : Lattice
• a_p() : Lattice
• a_r() : Lattice
• accelMD_enabled() : colvarproxy_namd
• access_iout_obj() : infostream
• Accumulate() : ALambdaControl , ALambdaManager
• ackAtomsToHomePatchProcs() : ParallelIOMgr
• activate_pencils() : ComputePmeCUDADevice , ComputePmeCUDAMgr , ComputePmeMgr
• adaptTempInit() : Controller
• adaptTempUpdate() : Controller , Sequencer
• adaptTempWriteRestart() : Controller
• Add() : AGroup , ALambdaManager , ARestraintManager
• add() : MGridforceParamsList , MigrateAtomsCombinedMsg , ResizeArray< Elem > , SortedArray< Elem > , SubmitReduction , UniqueSet< Elem > , UniqueSetRaw< Elem > , UniqueSortedArray< Elem >
• add14Type() : VDWTable
• add_dcd_selection_file() : Molecule
• add_dcd_selection_freq() : Molecule
• add_element() : ConfigList
• add_energy() : colvarproxy_namd
• add_sample() : RunningAverage
• addAngle() : GenericMol
• addAtom() : GenericMol
• addAtoms() : PmeAtomStorage
• addAtomsWithIndex() : PmeAtomStorage
• addBond() : GenericMol
• addCharge() : MsmBlock , MsmC1HermiteBlock
• addClient() : GlobalMasterServer
• addDihedral() : GenericMol
• addEnergy() : GlobalMasterEasy
• addForce() : GlobalMasterEasy , GlobalMasterFreeEnergy
• AddForces() : ARestraintManager
• addForceToMomentum() : HomePatch , Sequencer
• addForceToMomentum3() : HomePatch , Sequencer
• addForceToMomentum_SOA() : Sequencer
• addIndex() : Pairlists
• addMovDragToPosition() : Sequencer
• addPairGaussType2() : PairTable
• addPairLJType2() : PairTable
• addPotential() : ComputeMsmMgr , msm::PatchData , MsmBlock , MsmC1HermiteBlock
• addPotentialC1Hermite() : msm::PatchData
• addRattleForce() : HomePatch
• addRecipEvirClient() : ComputePmeMgr
• addReductionEnergy() : GlobalMaster
• addRotDragToPosition() : Sequencer
• addSample() : MovingAverage
• addToSubgridsFlat() : GridforceFullSubGrid
• addType() : AngleTable , AtomTable , BondTable , DihedralTable , VDWTable
• addVelocityToPosition() : HomePatch , Sequencer
• addVelocityToPosition_SOA() : Sequencer
• addVirialContrib() : ComputeMsmMgr
• ADiheRestraint() : ADiheRestraint
• ADistRestraint() : ADistRestraint
• adjustBackgroundLoadAndComputeAverage() : Rebalancer
• AGroup() : AGroup
• ALambdaControl() : ALambdaControl
• ALambdaManager() : ALambdaManager
• alchGetNumOfPMEGrids() : SimParameters
• Alg7() : Alg7
• AlgNbor() : AlgNbor
• algorithm() : Controller , Sequencer
• AlgRecBisection() : AlgRecBisection
• AlignVector() : AlignVector
• allDevices() : DeviceCUDA
• allGather() : SynchronousCollectives
• allocate() : CollectiveDeviceBuffer< T >
• allocate_no_check() : CollectiveDeviceBuffer< T >
• allocateCids() : ComputeMap
• allocateMap() : AtomMap
• allReduce() : SynchronousCollectives
• alltoallv() : SynchronousCollectives
• alternatelocation() : PDBAtom
• Ambertoppar() : Ambertoppar
• AnAngleRestraint() : AnAngleRestraint
• angle() : TupleIntArraysContiguous
• AngleElem() : AngleElem
• aniso() : TupleIntArraysContiguous
• AnisoElem() : AnisoElem
• anterpolation() : msm::PatchData
• anterpolationC1Hermite() : msm::PatchData
• APosRestraint() : APosRestraint
• append() : CollectionMaster::CollectVectorInstance , CollectionMaster::CollectVectorInstanceDcdSelection , CollectionMgr::CollectVectorInstance , CollectProxyVectorInstance , msm::Array< T > , ResidueLookupElem
• appliedForces() : GlobalMaster
• apply_transform() : Lattice
• ARestraint() : ARestraint
• ARestraintManager() : ARestraintManager
• Array() : Array< Elem, Size > , msm::Array< T >
• assign() : Rebalancer
• assign_angle_index() : Parameters
• assign_bond_index() : Parameters
• assign_crossterm_index() : Parameters
• assign_dihedral_index() : Parameters
• assign_improper_index() : Parameters
• assign_vdw_index() : Parameters
• assignBaseNode() : PatchMap
• assignNode() : PatchMap
• assignNodeToPatch() : WorkDistrib
• assignPatches() : CudaComputeNonbonded
• assignPatchesOnPe() : CudaComputeNonbonded
• assignToPatch() : PatchMap
• at_index() : MGridforceParamsList
• atoBool() : MGridforceParamsList
• atom() : PDB
• atom_type_name() : Parameters
• atom_type_name_str() : Parameters
• atomcharge() : Molecule
• AtomMap() : AtomMap
• AtomMapper() : AtomMapper
• atommass() : Molecule
• atoms() : PDB
• atoms_1to4() : Molecule
• AtomSigInfo() : AtomSigInfo
• AtomSignature() : AtomSignature
• atomUpdate() : Compute , ComputeHomePatch , ComputeHomePatches , ComputeHomeTuples< T, S, P > , ComputeLCPO , ComputePatch , ComputePatchPair , ComputePme , ComputePmeCUDA , CudaComputeNonbonded
• atomvdwtype() : Molecule
• AtSyncBarrierReached() : LdbCoordinator
• AVector() : AVector
• average() : MovingAverage , RunningAverage
• avgPositionBoxClosed() : Patch
• awaitBOCCheckIn() : Node
• awaken() : BackEnd , BroadcastClient , Controller , Sequencer
• awakenSequencers() : LdbCoordinator