- _ -

• _get_keyval_scalar_proto_() : colvarparse
• _get_keyval_vector_proto_() : colvarparse

- a -

• a() : Lattice
• a_p() : Lattice
• a_r() : Lattice
• acc_force() : colvar_grid_gradient
• acc_grad() : colvar_grid_gradient
• acc_value() : colvar_grid_scalar
• Accumulate() : ALambdaManager, ALambdaControl
• activate_pencils() : OptPmeMgr, ComputePmeMgr
• Add() : ARestraintManager, ALambdaManager, AGroup
• add() : UniqueSortedArray< Elem >, UniqueSetRaw< Elem >, UniqueSet< Elem >, SortedArray< Elem >, ResizeArray< Elem >, SubmitReduction, MigrateAtomsCombinedMsg, MGridforceParamsList
• add14Type() : VDWTable
• add_atom() : colvarmodule::atom_group
• add_bias_force() : colvar
• add_colvar() : colvarbias
• add_constant() : colvar_grid< T >
• add_element() : ConfigList
• add_keyword() : colvarparse
• addAngle() : GenericMol
• addAtom() : GenericMol
• addBond() : GenericMol
• addClient() : GlobalMasterServer
• addDihedral() : GenericMol
• addEnergy() : GlobalMasterEasy
• addForce() : GlobalMasterFreeEnergy, GlobalMasterEasy
• AddForces() : ARestraintManager
• addForceToMomentum() : Sequencer, HomePatch
• addGridProcRequest() : GridforceGrid
• addGridValue() : GridforceGrid
• addMovDragToPosition() : Sequencer
• address() : colvar_grid< T >
• addRotDragToPosition() : Sequencer
• addType() : VDWTable, DihedralTable, AngleTable, BondTable, AtomTable
• addVelocityToPosition() : Sequencer, HomePatch
• ADiheRestraint() : ADiheRestraint
• ADistRestraint() : ADistRestraint
• adjustBackgroundLoadAndComputeAverage() : Rebalancer
• AGroup() : AGroup
• ALambdaControl() : ALambdaControl
• ALambdaManager() : ALambdaManager
• Alg7() : Alg7
• AlgNbor() : AlgNbor
• algorithm() : Sequencer, Controller
• AlgRecBisection() : AlgRecBisection
• AlignVector() : AlignVector
• alloc() : ReductionSubmitMsg, colvarmodule::matrix2d< T, outer_length, inner_length >
• allocateCids() : ComputeMap
• allocateGridCache() : GridforceGrid
• allocateGridEntry() : GridforceGrid
• allocateGridRequestTables() : GridforceGrid
• allocateMap() : AtomMap
• alpha_angles() : colvar::alpha_angles
• alpha_dihedrals() : colvar::alpha_dihedrals
• alternatelocation() : PDBAtom
• analyse() : colvarmodule, colvarbias_meta, colvarbias, colvar
• AnAngleRestraint() : AnAngleRestraint
• angle() : colvar::angle, lphost, angle_params
• AngleElem() : AngleElem, Molecule
• APosRestraint() : APosRestraint
• append() : ResidueLookupElem, CollectionMgr::CollectVectorInstance, CollectionMaster::CollectVectorInstance
• appliedForces() : GlobalMaster
• apply_colvar_force() : colvarmodule::atom_group
• apply_constraints() : colvarvalue
• apply_force() : colvar::logmsd, colvar::rmsd, colvar::orientation_angle, colvar::orientation, colvar::alpha_angles, colvar::alpha_dihedrals, colvar::h_bond, colvar::coordnum, colvar::dihedral, colvar::angle, colvar::eigenvector, colvar::gyration, colvar::min_distance, colvar::distance_xy, colvar::distance_z, colvar::distance_dir, colvar::distance, colvar::cvc, colvarmodule::atom_group, colvarmodule::atom
• apply_forces() : colvarmodule::atom_group
• apply_rotation() : colvarmodule::atom_group
• apply_transform() : Lattice
• apply_translation() : colvarmodule::atom_group
• ARestraint() : ARestraint
• ARestraintManager() : ARestraintManager
• Array() : Array< Elem, Size >
• assign() : Rebalancer
• assign_angle_index() : Parameters
• assign_bond_index() : Parameters
• assign_crossterm_index() : Parameters
• assign_dihedral_index() : Parameters
• assign_improper_index() : Parameters
• assign_vdw_index() : Parameters
• assignBaseNode() : PatchMap
• assignNode() : PatchMap
• assignNodeToPatch() : WorkDistrib
• assignToPatch() : PatchMap
• atoBool() : MGridforceParamsList
• atom() : PDB, colvarmodule::atom, MovePatchesMsg, colvarmodule
• atom_group() : colvarmodule::atom_group, colvarmodule
• atom_type_name() : Parameters
• atomcharge() : Molecule
• AtomMap() : AtomMap
• atommass() : Molecule
• atoms() : PDB, BoxState, colvar::orientation, colvar::eigenvector, colvar::gyration, AtomStaticInfoMsg
• AtomsDisInfo() : AtomsDisInfo
• AtomSigInfo() : AtomSigInfo
• AtomSignature() : AtomSignature
• atomUpdate() : ComputePatchPair, ComputePatch, ComputeNonbondedCUDA, ComputeHomeTuples< T, S, P >, ComputeHomePatches, ComputeHomePatch, Compute
• atomvdwtype() : Molecule
• AVector() : AVector
• average() : colvar_grid_gradient
• avgPositionBoxClosed() : Patch
• awaitBOCCheckIn() : Node
• awaken() : Sequencer, Controller, BroadcastClient, BackEnd
• awakenSequencers() : LdbCoordinator

- b -

• b() : Lattice, netint, GridforceGrid::_box
• b_p() : Lattice
• b_r() : Lattice
• backup_file() : colvarproxy_namd, colvarproxy
• backward_fft() : OptPmeXPencil, OptPmeYPencil, OptPmeZPencil, PmeXPencil, PmeYPencil, PmeZPencil
• barrier() : LdbCoordinator, BackEnd
• base_init() : OptPmePencil< T >, PmePencil< T >
• basenode() : PatchMap
• basePatchIDList() : PatchMap
• begin() : UniqueSetIter< T >, ResizeArrayPrimIter< T >, ResizeArrayIter< T >, ResizeArray< Elem >, Array< Elem, Size >
• berendsenPressure() : Sequencer, Controller
• bin_distance_from_boundaries() : colvar_grid< T >
• bin_to_value_scalar() : colvar_grid< T >, colvar
• binaryRefine() : RefineTorusLB
• BOCCheckIn() : Node
• BOID() : BOID
• boltzmann() : colvarproxy_namd, colvarproxy, colvarmodule
• BondElem() : BondElem, Molecule
• boxClosed() : ProxyPatch, Patch, HomePatch
• brace_check() : colvarparse
• brickDim() : Rebalancer
• BroadcastClient() : BroadcastClient
• BroadcastClientElem() : BroadcastClientElem
• BroadcastMgr() : BroadcastMgr, BroadcastMsg
• BroadcastMsg() : BroadcastMsg
• bsearch() : SortedArray< Elem >, SortableResizeArray< Elem >
• build_constant_forces() : Molecule
• build_constorque_params() : Molecule
• build_constraint_params() : Molecule
• build_exclusions() : ComputeNonbondedCUDA
• build_exPressure_atoms() : Molecule
• build_extra_bonds() : Molecule
• build_fep_flags() : Molecule
• build_fixed_atoms() : Molecule
• build_force_table() : ComputeNonbondedCUDA
• build_gridforce_params() : Molecule
• build_langevin_params() : Molecule
• build_matrix() : colvarmodule::rotation
• build_movdrag_params() : Molecule
• build_rotdrag_params() : Molecule
• build_stirred_atoms() : Molecule
• buildProxySpanningTree() : ProxyMgr
• buildProxySpanningTree2() : ProxyMgr
• buildSpanningTree() : HomePatch
• buildSpanningTree0() : ProxyMgr
• buildSpanTree() : ReductionMgr

- c -

• c() : Lattice, Rebalancer::pcpair, CrosstermValue, ComputeNonbondedCUDA::compute_record
• c_array() : colvarmodule::matrix2d< T, outer_length, inner_length >, colvarmodule::vector1d< T, length >
• c_p() : Lattice
• c_r() : Lattice
• caclNumAtomsInEachPatch() : WorkDistrib
• calc() : colvarmodule, colvar
• calc_acf() : colvar
• calc_coor_acf() : colvar
• calc_error() : ComputeNonbondedUtil
• calc_force_invgrads() : colvar::logmsd, colvar::rmsd, colvar::dihedral, colvar::eigenvector, colvar::gyration, colvar::distance_xy, colvar::distance_z, colvar::distance, colvar::cvc
• calc_gradients() : colvar::logmsd, colvar::rmsd, colvar::orientation_angle, colvar::orientation, colvar::alpha_angles, colvar::alpha_dihedrals, colvar::h_bond, colvar::coordnum, colvar::dihedral, colvar::angle, colvar::eigenvector, colvar::gyration, colvar::min_distance, colvar::distance_xy, colvar::distance_z, colvar::distance_dir, colvar::distance, colvar::cvc
• calc_hills() : colvarbias_meta
• calc_hills_force() : colvarbias_meta
• calc_Jacobian_derivative() : colvar::logmsd, colvar::rmsd, colvar::dihedral, colvar::eigenvector, colvar::gyration, colvar::distance_xy, colvar::distance_z, colvar::distance, colvar::cvc
• calc_optimal_rotation() : colvarmodule::rotation
• calc_p2coor_acf() : colvar
• calc_pair() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_fep() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_fullelect() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_fullelect_fep() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_fullelect_int() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_fullelect_les() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_fullelect_pprof() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_fullelect_tabener() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_fullelect_ti() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_int() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_les() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_merge_fullelect() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_merge_fullelect_fep() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_merge_fullelect_int() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_merge_fullelect_les() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_merge_fullelect_pprof() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_merge_fullelect_tabener() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_merge_fullelect_ti() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_pprof() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_slow_fullelect() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_slow_fullelect_fep() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_slow_fullelect_les() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_slow_fullelect_pprof() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_slow_fullelect_tabener() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_slow_fullelect_ti() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_tabener() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_energy_ti() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_fullelect() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_fullelect_les() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_fullelect_pprof() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_fullelect_tabener() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_fullelect_ti() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_les() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_merge_fullelect() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_merge_fullelect_les() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_merge_fullelect_pprof() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_merge_fullelect_tabener() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_merge_fullelect_ti() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_pprof() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_slow_fullelect() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_slow_fullelect_les() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_slow_fullelect_pprof() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_slow_fullelect_tabener() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_slow_fullelect_ti() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_tabener() : ComputeNonbondedUtil
• calc_pair_ti() : ComputeNonbondedUtil
• calc_runave() : colvar
• calc_self() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_fep() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_fullelect() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_fullelect_fep() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_fullelect_int() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_fullelect_les() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_fullelect_pprof() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_fullelect_tabener() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_fullelect_ti() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_int() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_les() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_merge_fullelect() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_merge_fullelect_fep() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_merge_fullelect_int() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_merge_fullelect_les() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_merge_fullelect_pprof() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_merge_fullelect_tabener() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_merge_fullelect_ti() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_pprof() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_slow_fullelect() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_slow_fullelect_fep() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_slow_fullelect_les() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_slow_fullelect_pprof() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_slow_fullelect_tabener() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_slow_fullelect_ti() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_tabener() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_energy_ti() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_fullelect() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_fullelect_les() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_fullelect_pprof() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_fullelect_tabener() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_fullelect_ti() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_les() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_merge_fullelect() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_merge_fullelect_les() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_merge_fullelect_pprof() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_merge_fullelect_tabener() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_merge_fullelect_ti() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_pprof() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_slow_fullelect() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_slow_fullelect_les() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_slow_fullelect_pprof() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_slow_fullelect_tabener() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_slow_fullelect_ti() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_tabener() : ComputeNonbondedUtil
• calc_self_ti() : ComputeNonbondedUtil
• calc_value() : colvar::logmsd, colvar::rmsd, colvar::orientation_angle, colvar::orientation, colvar::alpha_angles, colvar::alpha_dihedrals, colvar::h_bond, colvar::coordnum, colvar::dihedral, colvar::angle, colvar::eigenvector, colvar::gyration, colvar::min_distance, colvar::distance_xy, colvar::distance_z, colvar::distance_dir, colvar::distance, colvar::cvc, colvar
• calc_vel_acf() : colvar
• calculate() : GlobalMasterTest, GlobalMasterTcl, GlobalMasterIMD, GlobalMaster, colvarproxy_namd
• center() : PatchMap, colvarbias_meta::hill
• center_of_geometry() : colvarmodule::atom_group
• center_of_mass() : colvarmodule::atom_group
• chain() : PDBAtom
• changedAtoms() : GlobalMaster
• changedForces() : GlobalMaster
• changedGroups() : GlobalMaster
• check() : GlobalMaster
• check_consistancy() : ParseOptions
• check_consistency() : colvar_grid< T >
• check_keywords() : colvarparse
• check_types() : colvarvalue
• checkexcl() : Molecule
• checkIn() : PositionOwnerBox< Owner >, OwnerBox< Owner, Data >
• checkMap() : PatchMap, ComputeMap, AtomMap
• checkOut() : PositionOwnerBox< Owner >, OwnerBox< Owner, Data >
• checkpoint() : HomePatch
• cid() : PatchMap, Compute
• clear() : UniqueSetRaw< Elem >, EntryGlob< Elem >, Entry< Elem >, UniqueSet< Elem >, MGridforceParamsList, HashPool< T >
• Clear() : ALambdaManager, AGroup
• clearChain() : EntryGlob< Elem >, Entry< Elem >
• clearChanged() : GlobalMaster
• clearMap() : AtomMap
• close() : PositionOwnerBox< Owner >, PositionBox< Owner >, OwnerBox< Owner, Data >, Box< Owner, Data >
• CollectionMaster() : CollectionMaster
• CollectionMasterHandler() : CollectionMasterHandler
• CollectionMgr() : CollectionMgr
• CollectVectorInstance() : CollectionMgr::CollectVectorInstance, CollectionMaster::CollectVectorInstance
• colvar() : colvar
• colvar_grid() : colvar_grid< T >
• colvar_grid_count() : colvar_grid_count
• colvar_grid_gradient() : colvar_grid_gradient
• colvar_grid_scalar() : colvar_grid_scalar
• colvar_p() : colvarmodule
• colvarbias() : colvarbias
• colvarbias_abf() : colvarbias_abf
• colvarbias_harmonic() : colvarbias_harmonic
• colvarbias_histogram() : colvarbias_histogram
• colvarbias_meta() : colvarbias_meta, colvarbias_meta::hill
• colvarmodule() : colvarmodule
• colvarparse() : colvarparse
• colvarproxy_namd() : colvarproxy_namd
• colvarvalue() : colvarvalue
• Communicate() : Communicate
• communicate_forces() : colvarbias, colvar
• compare() : ProxyUsageKey, HashPoolAdaptorT< T >, colvar::logmsd, colvar::rmsd, colvar::orientation_angle, colvar::orientation, colvar::alpha_angles, colvar::alpha_dihedrals, colvar::h_bond, colvar::coordnum, colvar::dihedral, colvar::angle, colvar::eigenvector, colvar::gyration, colvar::min_distance, colvar::distance_xy, colvar::distance_z, colvar::distance, colvar::cvc, colvar
• compareChecksums() : Controller
• compute() : ComputeMap, LocalWorkMsg, ComputeMap::ComputeData
• Compute() : Compute
• compute_energy() : PmeKSpace
• compute_forces() : PmeRealSpace, OptPmeRealSpace
• ComputeAngles() : ComputeAngles
• computeAverage() : Rebalancer
• ComputeBonds() : ComputeBonds
• ComputeConsForce() : ComputeConsForce
• ComputeConsForceMsg() : ComputeConsForceMsg
• ComputeConsTorque() : ComputeConsTorque
• ComputeCrossterms() : ComputeCrossterms
• ComputeCylindricalBC() : ComputeCylindricalBC
• ComputeData() : ComputeMap::ComputeData
• ComputeDihedrals() : ComputeDihedrals
• ComputeDPMEDataMsg() : ComputeDPMEDataMsg
• ComputeDPMEResultsMsg() : ComputeDPMEResultsMsg
• ComputeEField() : ComputeEField
• ComputeEwald() : ComputeEwald
• ComputeExcls() : ComputeExcls
• ComputeExt() : ComputeExt
• ComputeExtMgr() : ComputeExtMgr
• computeForce() : ExclElem, ImproperElem, DihedralElem, CrosstermElem, BondElem, AngleElem
• ComputeFullDirect() : ComputeFullDirect
• ComputeGlobal() : ComputeGlobal, HomePatch
• ComputeGlobalConfigMsg() : ComputeGlobalConfigMsg
• ComputeGlobalDataMsg() : ComputeGlobalDataMsg
• ComputeGlobalResultsMsg() : ComputeGlobalResultsMsg
• ComputeGridForce() : ComputeGridForce
• ComputeGridForceMgr() : ComputeGridForceMgr
• ComputeGridForceNodeMgr() : ComputeGridForceNodeMgr
• ComputeHomePatch() : ComputeHomePatch
• ComputeHomePatches() : ComputeHomePatches
• ComputeHomeTuples() : ComputeHomeTuples< T, S, P >
• ComputeImpropers() : ComputeImpropers
• ComputeMap() : ComputeMap
• computeMax() : Rebalancer
• ComputeMgr() : ComputeMgr, ComputeMap
• ComputeNonbondedCUDA() : ComputeNonbondedCUDA
• ComputeNonbondedPair() : ComputeNonbondedPair
• ComputeNonbondedSelf() : ComputeNonbondedSelf
• ComputeNonbondedUtil() : ComputeNonbondedUtil
• ComputePatch() : ComputePatch
• ComputePatchPair() : ComputePatchPair
• ComputePme() : ComputePme, ComputePmeMgr
• ComputePmeMgr() : ComputePmeMgr
• ComputeRestraints() : ComputeRestraints
• ComputeSelfAngles() : ComputeSelfAngles
• ComputeSelfBonds() : ComputeSelfBonds
• ComputeSelfCrossterms() : ComputeSelfCrossterms
• ComputeSelfDihedrals() : ComputeSelfDihedrals
• ComputeSelfExcls() : ComputeSelfExcls
• ComputeSelfImpropers() : ComputeSelfImpropers
• ComputeSelfTuples() : ComputeSelfTuples< T, S, P >
• ComputeSphericalBC() : ComputeSphericalBC
• ComputeStir() : ComputeStir
• ComputeTclBC() : ComputeTclBC
• configFileInit() : NamdState
• ConfigList() : ConfigList
• configListInit() : NamdState
• ConfigListNode() : ConfigList::ConfigListNode
• conjugate() : colvarmodule::quaternion
• consolidateGridRequests() : GridforceGrid
• const_begin() : ResizeArray< Elem >, Array< Elem, Size >
• const_end() : ResizeArray< Elem >, Array< Elem, Size >
• constant() : Matrix4
• Controller() : Controller, ScriptTcl, NamdState
• ControllerBroadcasts() : ControllerBroadcasts
• coordinate() : Output
• coordinateNeeded() : Output
• coordinates() : PDBAtom
• coordnum() : colvar::coordnum
• copyPencils() : OptPmeCompute, ComputePme
• copyResults() : ComputePme
• correctMomentum() : Sequencer, Controller
• cos2() : colvarmodule::quaternion
• create() : colvar_grid< T >
• create_hill() : colvarbias_meta
• createAtomLists() : WorkDistrib
• createCommands() : Measure
• createComputes() : ComputeMgr
• createHomePatch() : PatchMgr
• createHomePatches() : WorkDistrib
• createLoadBalancer() : LdbCoordinator
• createProxies() : ProxyMgr
• createProxy() : ProxyMgr
• createProxyInfo() : NodeProxyMgr
• createSpanningTree() : Rebalancer
• cross() : Vector, AVector
• crossterm_params() : crossterm_params
• CrosstermElem() : CrosstermElem, Molecule
• current_bin_scalar() : colvar
• cvc() : colvar::cvc
• cycleBarrier() : Sequencer, Controller

- d -

• DataElement() : ParseOptions::DataElement
• datastream() : datastream
• deAssign() : Rebalancer
• debug() : colvarmodule
• decrease_depth() : colvarmodule
• decrement() : ProxyUsage
• decrSTLoad() : Rebalancer
• defined() : ParseOptions
• del() : UniqueSetRaw< Elem >, UniqueSet< Elem >, SortedArray< Elem >, ResizeArrayRaw< Elem >, ResizeArray< Elem >
• delete_alch_bonded() : Molecule
• delete_hill() : colvarbias_meta
• deleteCommands() : Measure
• deleteMax() : maxHeap
• deleteMin() : minHeap
• delta() : Lattice, four_body_consts
• delTmpPatchAtomsList() : PatchMap
• depositCombinedResultMsg() : ProxyPatch
• depositInitialGrid() : ComputeGridForceNodeMgr
• depositMigration() : HomePatch
• determinant() : colvarmodule::rmatrix
• diagonal() : Tensor
• diagonalize_matrix() : colvarmodule::rotation
• dihedral() : colvar::dihedral, lphost
• dihedral_params() : dihedral_params
• DihedralElem() : DihedralElem, Molecule
• disable() : colvar
• disposePositions() : CollectionMaster
• disposeVelocities() : CollectionMaster
• Dist() : AVector
• dist2() : colvarvalue, colvarmodule::quaternion, colvar::logmsd, colvar::rmsd, colvar::orientation_angle, colvar::orientation, colvar::alpha_angles, colvar::alpha_dihedrals, colvar::h_bond, colvar::coordnum, colvar::dihedral, colvar::angle, colvar::eigenvector, colvar::gyration, colvar::min_distance, colvar::distance_xy, colvar::distance_z, colvar::distance, colvar::cvc, colvar
• dist2_grad() : colvarvalue, colvarmodule::quaternion
• dist2_lgrad() : colvar::logmsd, colvar::rmsd, colvar::orientation_angle, colvar::orientation, colvar::alpha_angles, colvar::alpha_dihedrals, colvar::h_bond, colvar::coordnum, colvar::dihedral, colvar::angle, colvar::eigenvector, colvar::gyration, colvar::min_distance, colvar::distance_xy, colvar::distance_z, colvar::distance, colvar::cvc, colvar
• dist2_rgrad() : colvar::logmsd, colvar::rmsd, colvar::orientation_angle, colvar::orientation, colvar::alpha_angles, colvar::alpha_dihedrals, colvar::h_bond, colvar::coordnum, colvar::dihedral, colvar::angle, colvar::eigenvector, colvar::gyration, colvar::min_distance, colvar::distance_xy, colvar::distance_z, colvar::distance, colvar::cvc, colvar
• distance() : colvar::distance, lphost, bond_params
• distance_dir() : colvar::distance_dir
• distance_xy() : colvar::distance_xy
• distance_z() : colvar::distance_z
• distribute() : MigrateAtomsCombinedMsg
• DistributeForce() : ARestraint
• distributeHomePatches() : WorkDistrib
• DistSqr() : AVector
• doAtomMigration() : HomePatch
• doForce() : ComputeStir, ComputeSphericalBC, ComputeRestraints, ComputePatchPair, ComputePatch, ComputeNonbondedSelf, ComputeNonbondedPair, ComputeHomePatch, ComputeGridForce, ComputeEField, ComputeCylindricalBC, ComputeConsTorque, ComputeConsForce
• doGroupSizeCheck() : HomePatch
• doMarginCheck() : HomePatch
• done_reading_files() : Parameters
• done_reading_structure() : Parameters
• doneDCD() : FileIOMgr, FileIO
• doneSaveComputeMap() : WorkDistrib
• doneUpdateLocalComputes() : ComputeMgr
• doPairlistCheck() : HomePatch
• dot() : Vector, AVector
• downstream() : PatchMap
• downstream2() : PatchMap
• downstreamNeighbors() : PatchMap
• doWork() : OptPmeCompute, ComputeTclBC, ComputeSelfTuples< T, S, P >, ComputePme, ComputePatchPair, ComputePatch, ComputeNonbondedCUDA, ComputeHomeTuples< T, S, P >, ComputeHomePatch, ComputeGridForce, ComputeGlobal, ComputeFullDirect, ComputeExt, ComputeEwald, Compute
• dump_tables() : HashPool< T >

- e -

• EarlyExit() : ARestraint
• earlyExit() : Node
• easy_calc() : GlobalMasterMisc, GlobalMasterEasy
• easy_init() : GlobalMasterMisc, GlobalMasterEasy
• eigenvector() : colvar::eigenvector
• element() : PDBAtom
• enable() : colvar
• enableEarlyExit() : Node
• enableExitScheduler() : Node
• enableScriptBarrier() : Node
• end() : UniqueSetIter< T >, ResizeArrayPrimIter< T >, ResizeArrayIter< T >, ResizeArray< Elem >, MOStream, Array< Elem, Size >
• endd() : datastream
• endi() : infostream
• endWork() : LdbCoordinator
• energy() : Output, colvarbias_meta::hill, ExtForceMsg
• enqueue() : CollectionMaster::CollectVectorSequence
• enqueueAngles() : WorkDistrib
• enqueueBonds() : WorkDistrib
• enqueueCollections() : Controller
• enqueueCrossterms() : WorkDistrib
• enqueueCUDA() : WorkDistrib
• enqueueDihedrals() : WorkDistrib
• enqueueExcls() : WorkDistrib
• enqueueImpropers() : WorkDistrib
• enqueuePme() : WorkDistrib
• enqueuePositions() : CollectionMasterHandler, CollectionMaster
• enqueuePositionsFromHandler() : CollectionMaster
• enqueueSelfA() : WorkDistrib
• enqueueSelfB() : WorkDistrib
• enqueueVelocities() : CollectionMasterHandler, CollectionMaster
• enqueueVelocitiesFromHandler() : CollectionMaster
• enqueueWork() : WorkDistrib, Compute
• enqueueWorkA() : WorkDistrib
• enqueueWorkB() : WorkDistrib
• enqueueWorkC() : WorkDistrib
• error_lside() : colvarvalue
• error_rside() : colvarvalue
• ExclElem() : ExclElem, Molecule
• ExclSigInfo() : ExclSigInfo
• Exclusion() : Exclusion
• ExclusionCheck() : ExclusionCheck
• ExclusionSignature() : ExclusionSignature
• ExecuteMigrations() : LdbCoordinator
• exists() : ParseOptions
• exit() : colvarproxy_namd, colvarproxy, colvarmodule, BackEnd
• ExitSchedOn() : BackEnd
• exitScheduler() : Node
• ExpectMigrate() : LdbCoordinator
• ExtForce() : ExtForce

- f -

• fatal_error() : colvarproxy_namd, colvarproxy, colvarmodule
• fdiff_change() : colvar::cvc
• fdiff_velocity() : colvar
• fetchGridValues() : ComputeGridForceNodeMgr
• fft_init() : OptPmeXPencil, OptPmeYPencil, OptPmeZPencil, PmeXPencil, PmeYPencil, PmeZPencil
• field() : PDBData
• FileIO() : FileIOMgr, FileIO
• fill_charges() : PmeRealSpace, OptPmeRealSpace
• fillHomePatchAtomList() : PatchMgr
• fillOnePatchAtoms() : WorkDistrib
• finalise() : colvarmodule
• find() : UniqueSetRaw< Elem >, UniqueSet< Elem >, SortedArray< Elem >, Set, ResizeArrayRaw< Elem >, ResizeArray< Elem >, ConfigList
• find_extremes() : PDB
• find_key() : MGridforceParamsList
• findOffset() : ExclusionSignature
• finishForce() : ComputeGridForce
• finishWork() : ComputeNonbondedCUDA, ComputeGridForceMgr, ComputeGridForce
• firstwat() : parm
• floatcomplex() : floatcomplex
• FloatVector() : FloatVector
• footnote() : PDBAtom
• forceBoxClosed() : Patch
• forcedAtoms() : GlobalMaster
• forward_fft() : OptPmeXPencil, OptPmeYPencil, OptPmeZPencil, PmeXPencil, PmeYPencil, PmeZPencil
• free() : CollectionMgr::CollectVectorInstance, CollectionMaster::CollectVectorInstance
• freeBFactorData() : Molecule
• freeOccupancyData() : Molecule

- g -

• gather_coordinates() : IMDOutput
• gather_energies() : IMDOutput
• gaussian() : Random
• gaussian_vector() : Random
• genclose() : parm
• GenericAngle() : GenericAngle
• GenericAtom() : GenericAtom
• GenericBond() : GenericBond
• GenericDihedral() : GenericDihedral
• GenericMol() : GenericMol
• genopen() : parm
• get() : ParseOptions, parm, MIStream, SimpleBroadcastObject< T >
• get_acceptor() : Molecule
• get_all_positions() : PDB
• get_angle() : Molecule
• get_angle_params() : Parameters
• get_angles_for_atom() : Molecule
• get_atom_from_index_in_residue() : Molecule
• get_atom_from_name() : Molecule
• get_atomtype() : Molecule
• get_bond() : Molecule
• get_bond_params() : Parameters
• get_bonds_for_atom() : Molecule
• get_box() : GridforceGrid
• get_center() : GridforceGrid
• get_cluster() : Molecule
• get_clusterSize() : Molecule
• get_colvars_index() : colvar_grid< T >
• get_cons_params() : Molecule
• get_constorque_params() : Molecule
• get_crossterm() : Molecule
• get_crossterms_for_atom() : Molecule
• get_dihedral() : Molecule
• get_dihedral_multiplicity() : Parameters
• get_dihedral_params() : Parameters
• get_dihedrals_for_atom() : Molecule
• get_donor() : Molecule
• Get_dU_dLambda() : AForcingDiheRestraint, AForcingAngleRestraint, AForcingDistRestraint, AForcingPosRestraint, ARestraint
• get_e() : GridforceGrid
• get_excl_check_for_atom() : Molecule
• get_exclusion() : Molecule
• get_exclusions_for_atom() : Molecule
• get_fep_type() : Molecule
• get_first() : MGridforceParamsList
• get_full_exclusions_for_atom() : Molecule
• get_grid() : GridforceGrid
• get_gridfrc_grid() : Molecule
• get_gridfrc_params() : Molecule
• get_groupSize() : Molecule
• get_improper() : Molecule
• get_improper_multiplicity() : Parameters
• get_improper_params() : Parameters
• get_impropers_for_atom() : Molecule
• get_int_table_type() : Parameters
• get_inv() : GridforceGrid
• get_k0() : GridforceGrid
• get_k1() : GridforceGrid
• get_k2() : GridforceGrid
• get_lphost() : Molecule
• get_mod_exclusions_for_atom() : Molecule
• get_mother_atom() : Molecule
• get_movdrag_params() : Molecule
• get_num_vdw_params() : Parameters
• get_origin() : GridforceGrid
• get_position_for_atom() : PDB
• get_residue_size() : Molecule
• get_rotdrag_params() : Molecule
• get_scale() : GridforceGrid
• get_stir_refPos() : Molecule
• get_stir_startTheta() : Molecule
• get_table() : LJTable
• get_table_dim() : LJTable
• get_table_pair_params() : Parameters
• get_vdw_pair_params() : Parameters
• get_vdw_params() : Parameters
• get_vector() : colvarmodule::quaternion
• get_vmd_forces() : GlobalMasterIMD
• GetAccumulation() : ALambdaManager, ALambdaControl
• getAllAcceptors() : Molecule
• getAllAngles() : Molecule
• getAllBonds() : Molecule
• getAllCrossterms() : Molecule
• getAllDihedrals() : Molecule
• getAllDonors() : Molecule
• getAllImpropers() : Molecule
• getAllLphosts() : Molecule
• getANewMsg() : ProxyNodeAwareSpanningTreeMsg, ProxyResultVarsizeMsg
• GetAngle() : ARestraint
• getAngle() : GromacsTopFile, GenericMol
• getAngleParams() : GromacsTopFile
• GetAngleTarget() : AForcingAngleRestraint, ABoundAngleRestraint, AFixedAngleRestraint, AnAngleRestraint
• getAtom() : GromacsTopFile, GenericMol
• getAtomArrayIndex() : AtomsDisInfo
• getAtomi() : GenericDihedral, GenericAngle, GenericBond
• getAtomID() : GlobalMasterFreeEnergy, GlobalMasterEasy
• getAtomIdBegin() : GlobalMaster
• getAtomIdEnd() : GlobalMaster
• getAtomj() : GenericDihedral, GenericAngle, GenericBond
• getAtomk() : GenericDihedral, GenericAngle
• getAtoml() : GenericDihedral
• getAtomList() : HomePatch
• getAtomName() : GenericAtom
• getAtomNames() : Molecule
• getAtomParams() : GromacsTopFile
• getAtomPositionBegin() : GlobalMaster
• getAtoms() : Molecule
• getAtomSegResInfo() : Molecule
• getBFactorData() : Molecule
• getBlockSize() : GridforceGrid
• getBond() : GromacsTopFile, GenericMol
• getBondParams() : GromacsTopFile
• GetBound() : ABoundAngleRestraint, ABoundDistRestraint, ABoundPosRestraint
• getbuf() : BroadcastMgr
• getCharge() : GenericAtom
• getCompAtomExtInfo() : Patch
• getData() : ReductionSet, PressureProfileReduction
• GetDihe() : ARestraint
• getDihedral() : GromacsTopFile, GenericMol
• getDihedralParams() : GromacsTopFile
• GetDiheTarget1() : AForcingDiheRestraint, ABoundDiheRestraint, AFixedDiheRestraint, ADiheRestraint
• GetDiheTarget2() : AForcingDiheRestraint, ABoundDiheRestraint, AFixedDiheRestraint, ADiheRestraint
• GetDistance() : AForcingPosRestraint, ABoundPosRestraint, AFixedPosRestraint, APosRestraint
• GetDistTarget() : AForcingDistRestraint, ABoundDistRestraint, AFixedDistRestraint, ADistRestraint
• GetE() : ADiheRestraint, AnAngleRestraint, ADistRestraint, APosRestraint
• GetEnergy() : AForcingDiheRestraint, ABoundDiheRestraint, AFixedDiheRestraint, AForcingAngleRestraint, ABoundAngleRestraint, AFixedAngleRestraint, AForcingDistRestraint, ABoundDistRestraint, AFixedDistRestraint, AForcingPosRestraint, ABoundPosRestraint, AFixedPosRestraint, ARestraint
• getFlags() : ComputeHomePatches
• getForceIdBegin() : GlobalMaster
• getForceIdEnd() : GlobalMaster
• GetGrad() : ADiheRestraint, AnAngleRestraint, ADistRestraint, APosRestraint
• GetGradient() : AForcingDiheRestraint, ABoundDiheRestraint, AFixedDiheRestraint, AForcingAngleRestraint, ABoundAngleRestraint, AFixedAngleRestraint, AForcingDistRestraint, ABoundDistRestraint, AFixedDistRestraint, AForcingPosRestraint, ABoundPosRestraint, AFixedPosRestraint, ARestraint
• getGridBlockIdx() : GridforceGrid
• getGridBlockIdxOffset() : GridforceGrid
• getGridBlockOffset() : GridforceGrid
• getGridIndices() : GridforceGrid
• getGridValHomeNode() : GridforceGrid
• getGroupMassBegin() : GlobalMaster
• getGroupMassEnd() : GlobalMaster
• getGroupPositionBegin() : GlobalMaster
• getGroupPositionEnd() : GlobalMaster
• getIndex() : DihedralTable, AngleTable, BondTable
• getIndexForBlock() : GridforceGrid
• GetIntegration() : ALambdaManager, ALambdaControl
• GetIntervalAngle() : ABoundDiheRestraint
• GetKf() : ARestraint
• GetLambdaKf() : ARestraint, ALambdaControl
• GetLambdaRef() : ARestraint, ALambdaControl
• GetLambdas() : ALambdaManager
• getLastAtomsForcedBegin() : GlobalMaster
• getLastAtomsForcedEnd() : GlobalMaster
• getLastForcesBegin() : GlobalMaster
• getline_nocomments() : colvarparse
• getLocalPatchMap() : NodeProxyMgr
• getLocalProxyMgr() : NodeProxyMgr
• GetLowerAngle() : ABoundDiheRestraint
• getMass() : GenericAtom, GlobalMasterFreeEnergy, GlobalMasterEasy
• getMasterNode() : ComputeEwald
• getMessage() : Communicate
• getMol() : MolInst
• getMoleculePointers() : ExclElem, ImproperElem, DihedralElem, CrosstermElem, BondElem, AngleElem
• getName() : GenericMol
• getNewArray() : ObjectArena< Type >
• getNum() : MolInst
• GetNum_dU_dLambda() : ALambdaManager, ALambdaControl
• GetNumAccumStepsSoFar() : ALambdaManager, ALambdaControl
• getNumAngleParams() : GromacsTopFile
• getNumAngles() : GromacsTopFile, MolInst, GenericMol
• getNumAtomParams() : GromacsTopFile
• getNumAtoms() : Patch, GromacsTopFile, MolInst, GenericMol, GlobalMasterFreeEnergy, GlobalMasterEasy
• getNumBondParams() : GromacsTopFile
• getNumBonds() : GromacsTopFile, MolInst, GenericMol
• getNumComputes() : Patch
• getNumDihedralParams() : GromacsTopFile
• getNumDihedrals() : GromacsTopFile, MolInst, GenericMol
• getNumFixedAtoms() : Patch
• getNumGridRequests() : GridforceGrid
• GetNumGroups() : ARestraint
• GetNumInGroup() : AGroup
• GetNumObjects() : ALambdaManager
• getNumPatches() : Compute
• getNumRes() : MolInst, GenericMol
• GetNumRestraints() : ARestraintManager
• GetNumSteps() : ALambdaControl
• GetNumStepsSoFar() : ALambdaManager, ALambdaControl
• getNumStepsToRun() : LdbCoordinator
• getOccupancyData() : Molecule
• getOwner() : PositionOwnerBox< Owner >, PositionBox< Owner >
• GetPaddedTaskStr() : ALambdaControl
• getParameterPointers() : ExclElem, ImproperElem, DihedralElem, CrosstermElem, BondElem, AngleElem
• getParams() : VDWTable, DihedralTable, AngleTable, BondTable, AtomTable
• getPatchID() : Patch
• getPatchProxyInfo() : NodeProxyMgr
• getPlugin() : PluginIOMgr
• getPosition() : GlobalMasterFreeEnergy, GlobalMasterEasy
• GetPosTarget() : AForcingPosRestraint, ABoundPosRestraint, AFixedPosRestraint, APosRestraint
• getPtree() : ProxyMgr
• getRecvSpanning() : ProxyMgr
• GetRefAngle() : AFixedDiheRestraint, ABoundAngleRestraint, AFixedAngleRestraint
• GetRefDist() : ABoundDistRestraint, AFixedDistRestraint, ABoundPosRestraint
• GetRefPos() : ABoundPosRestraint, AFixedPosRestraint
• getResNum() : GenericAtom
• getResType() : GenericAtom
• getScript() : Node
• getSendSpanning() : ProxyMgr
• getSpanningTreeChild() : ProxyPatch
• getSpanningTreeNChild() : ProxyPatch
• getSpanningTreeParent() : ProxyPatch
• GetStartAngle() : AForcingDiheRestraint, AForcingAngleRestraint
• GetStartDist() : AForcingDistRestraint
• GetStartPos() : AForcingPosRestraint
• GetStopAngle() : AForcingDiheRestraint, AForcingAngleRestraint
• GetStopDist() : AForcingDistRestraint
• GetStopPos() : AForcingPosRestraint
• GetStr() : AForcingDiheRestraint, ABoundDiheRestraint, AFixedDiheRestraint, AForcingAngleRestraint, ABoundAngleRestraint, AFixedAngleRestraint, AForcingDistRestraint, ABoundDistRestraint, AFixedDistRestraint, AForcingPosRestraint, ABoundPosRestraint, AFixedPosRestraint, ARestraint
• getSystemName() : GromacsTopFile
• GetTask() : ALambdaControl
• GetTaskStr() : ALambdaControl
• getTmpPatchAtomsList() : PatchMap
• getTotalForce() : GlobalMaster
• GetTotalNumSteps() : ALambdaManager
• getTupleInfo() : ExclElem, ImproperElem, DihedralElem, CrosstermElem, BondElem, AngleElem
• getType() : AtomTable, GenericAtom, GenericDihedral, GenericAngle, GenericBond
• getTypeNum() : GenericAtom
• GetUpperAngle() : ABoundDiheRestraint
• getVal() : ProxyUsage, HashPoolAdaptorT< T >
• getVDWParams() : GromacsTopFile
• GlobalMaster() : GlobalMaster
• GlobalMasterEasy() : GlobalMasterEasy
• GlobalMasterFreeEnergy() : GlobalMasterFreeEnergy
• GlobalMasterIMD() : GlobalMasterIMD
• GlobalMasterMisc() : GlobalMasterMisc
• GlobalMasterServer() : GlobalMasterServer
• GlobalMasterSMD() : GlobalMasterSMD
• GlobalMasterTcl() : GlobalMasterTcl, ScriptTcl
• GlobalMasterTMD() : GlobalMasterTMD
• gotoUsed() : UniqueSetIter< T >
• gradient_finite_diff() : colvar_grid_scalar
• gradU() : ADiheRestraint
• gridCalc1() : ComputePmeMgr
• gridCalc2() : ComputePmeMgr
• gridCalc3() : ComputePmeMgr
• GridforceGrid() : GridforceGrid
• gridsize_a() : PatchMap
• gridsize_b() : PatchMap
• gridsize_c() : PatchMap
• GromacsTopFile() : GromacsTopFile
• groupForces() : GlobalMaster
• gyration() : colvar::gyration

- h -

• h_bond() : colvar::h_bond
• hash() : ExclusionSignature, TupleSignature, Exclusion, ProxyUsageKey, ProxyElem, ExclElem, ImproperElem, TuplePatchElem, DihedralElem, CrosstermElem, BondElem, AngleElem, HashPoolAdaptorT< T >, HashReal, HashString, ExclSigInfo, AtomSigInfo, BOID, TaggedMsg, BroadcastClientElem
• HashPoolAdaptorT() : HashPoolAdaptorT< T >
• HashReal() : HashReal
• hasNewAtoms() : Patch
• head() : ConfigList
• hill() : colvarbias_meta::hill
• holdComputes() : Sync
• homePatch() : PatchMgr, PatchMap, ComputeHomePatch, BoxState
• HomePatchElem() : HomePatchElem
• homePatchIDList() : PatchMap
• homePatchList() : PatchMap
• HydrogenGroupID() : HydrogenGroupID

- i -

• identity() : Tensor, Matrix4, Matrix4TMD
• IMDOutput() : IMDOutput
• ImproperElem() : ImproperElem, Molecule
• IncCurrStep() : ALambdaManager, ALambdaControl
• incr() : colvar_grid< T >
• incr_count() : colvar_grid_count
• increase_depth() : colvarmodule
• increment() : ProxyUsage
• incrSTLoad() : Rebalancer
• index() : SortedArray< Elem >, Lattice, ParseOptions::DataElement, vdw_params, crossterm_params, improper_params, dihedral_params, angle_params, bond_params, __sort_entry, LocalID, StreamMessage, vmdforce, shared_atom, GridVal, colvarmodule::atom
• index_a() : PatchMap
• index_b() : PatchMap
• index_c() : PatchMap
• index_ok() : colvar_grid< T >
• infostream() : infostream
• init() : SortableResizeArray< Elem >, Random, BackEnd
• Init() : ALambdaControl
• init1() : GridforceGrid
• init2() : GridforceGrid
• init3() : GridforceGrid
• init4() : GridforceGrid
• init_biases() : colvarmodule
• init_colvars() : colvarmodule
• init_namd_atom() : colvarproxy_namd
• initAndSendHomePatch() : WorkDistrib
• initialize() : OptPmeMgr, LdbCoordinator, OptPmePencilMapZ, OptPmePencilMapY, OptPmePencilMapX, ComputeSelfTuples< T, S, P >, ComputePmeMgr, ComputePatchPair, ComputePatch, ComputeNonbondedSelf, ComputeNonbondedPair, ComputeHomeTuples< T, S, P >, ComputeHomePatches, ComputeHomePatch, Compute
• initialize_config_data() : SimParameters
• initialize_manytomany() : OptPmeXPencil
• initialize_pencils() : OptPmeMgr, ComputePmeMgr
• InitProxyUsage() : Rebalancer
• initTmpPatchAtomsList() : PatchMap
• inner() : colvarmodule::quaternion
• inner_opt() : colvarvalue
• input_prefix() : colvarproxy_namd, colvarproxy, colvarmodule
• ins() : ResizeArrayRaw< Elem >
• insert() : UniqueSortedArray< Elem >, SortedArray< Elem >, Set, ResizeArray< Elem >, maxHeap, minHeap
• insertioncode() : PDBAtom
• Instance() : PatchMap, ComputeMap, AtomMap
• integer() : Random
• integrate() : Sequencer, Controller
• Integrate_MCTI() : ALambdaManager, ALambdaControl
• inverse() : Matrix4, colvarvalue, colvarmodule::rotation
• is_atom_constorqued() : Molecule
• is_atom_constrained() : Molecule
• is_atom_exPressure() : Molecule
• is_atom_fixed() : Molecule
• is_atom_gridforced() : Molecule
• is_atom_movdragged() : Molecule
• is_atom_rotdragged() : Molecule
• is_atom_stirred() : Molecule
• is_drude() : Molecule
• is_group_fixed() : Molecule
• is_hydrogen() : Molecule
• is_hydrogenGroupParent() : Molecule
• is_lp() : Molecule
• is_oxygen() : Molecule
• is_scalar() : colvarvalue
• is_water() : Molecule
• IsActive() : ALambdaControl
• isAtomBased() : ComputeMap
• isAvailableOn() : Rebalancer
• isEmpty() : TupleSignature
• IsEndOf_MCTI() : ALambdaManager, ALambdaControl
• IsEndOf_MCTI_Step() : ALambdaManager, ALambdaControl
• IsFirstStep() : ALambdaManager, ALambdaControl
• IsForcing() : AForcingDiheRestraint, AForcingAngleRestraint, AForcingDistRestraint, AForcingPosRestraint, ARestraint
• isGridValAvail() : GridforceGrid
• isGridValCached() : GridforceGrid
• isOpen() : PositionOwnerBox< Owner >, OwnerBox< Owner, Data >
• isPatchBased() : ComputeMap
• isPmeProcessor() : ComputePmeMgr
• isRecvSpanningTreeOn() : SimParameters
• isRecvSpanningTreeUnset() : SimParameters
• isSendSpanningTreeOn() : SimParameters
• isSendSpanningTreeUnset() : SimParameters
• IsTimeToClearAccumulator() : ALambdaManager, ALambdaControl
• IsTimeToPrint() : ALambdaManager, ALambdaControl
• IsTimeToPrint_dU_dLambda() : ALambdaManager, ALambdaControl
• isUsed() : Entry< Elem >
• item() : ResizeArray< Elem >, RequireReduction, SubmitReduction
• iterator() : Set, maxHeap, minHeap, ResizeArray< Elem >, Array< Elem, Size >

- j -

• Jacobian_derivative() : colvar::cvc

- k -

• key_lookup() : colvarparse

- l -

• langevin_param() : Molecule
• langevinPiston() : Sequencer
• langevinPiston1() : Controller
• langevinPiston2() : Controller
• langevinVelocities() : Sequencer
• langevinVelocitiesBBK1() : Sequencer
• langevinVelocitiesBBK2() : Sequencer
• Lattice() : Lattice
• LdbCoordinator() : LdbCoordinator
• length() : Vector, IMDheader
• length2() : Vector
• List() : AGroup
• listNode() : listNode
• LJTable() : LJTable
• load() : UniqueSetRaw< Elem >, UniqueSet< Elem >, SortedArray< Elem >, ScriptTcl, InfoRecord
• load_atoms() : colvarproxy_namd, colvarproxy, colvarmodule
• load_coords() : colvarproxy_namd, colvarproxy, colvarmodule
• loadmatrix() : Matrix4
• loadTuples() : ComputeHomeTuples< T, S, P >
• loadTuplesForAtom() : ExclElem, ImproperElem, DihedralElem, CrosstermElem, BondElem, AngleElem
• localID() : AtomMap
• LOCALMOD() : infostream, datastream
• log() : colvarproxy_namd, colvarproxy, colvarmodule
• logmsd() : colvar::logmsd
• lookat() : Matrix4
• lookup() : ResidueLookupElem
• lookupCstPool() : HashPool< T >

- m -

• main() : main, colvar::distance_z
• makeHeaps() : Rebalancer
• makePatches() : PatchMap
• makeTwoHeaps() : Rebalancer
• many_to_many_recv_grid() : OptPmeZPencil
• many_to_many_recv_trans() : OptPmeXPencil, OptPmeYPencil
• many_to_many_recv_untrans() : OptPmeYPencil, OptPmeZPencil
• many_to_many_send() : OptPmeYPencil
• many_to_many_send_trans() : OptPmeZPencil
• many_to_many_send_ungrid() : OptPmeZPencil
• many_to_many_send_untrans() : OptPmeXPencil
• map_grid() : colvar_grid< T >
• mapComputes() : WorkDistrib
• match() : colvarmodule::quaternion
• MathArray() : MathArray< Elem, Size >
• matrix() : colvarmodule::rotation
• matrix2d() : colvarmodule::matrix2d< T, outer_length, inner_length >
• Matrix4() : Matrix4
• Matrix4TMD() : Matrix4TMD
• max_a() : PatchMap
• max_b() : PatchMap
• max_c() : PatchMap
• maxHeap() : maxHeap
• maximum_value() : colvar_grid_scalar
• maximumMove() : Sequencer, SimParameters
• measure() : ScriptTcl
• memusageinit() : memusageinit
• messageBOCCheckIn() : Node
• messageEnqueueWork() : WorkDistrib
• messageRun() : Node
• messageStartUp() : Node
• MGridforceParams() : MGridforceParams
• MGridforceParamsList() : MGridforceParamsList
• Migrate() : LdbCoordinator
• MigrateAtomsCombinedMsg() : MigrateAtomsCombinedMsg
• MigrateAtomsMsg() : MigrateAtomsMsg
• min_a() : PatchMap
• min_b() : PatchMap
• min_c() : PatchMap
• min_distance() : colvar::min_distance
• minHeap() : minHeap
• minimizationQuenchVelocity() : Sequencer
• minimize() : Sequencer, Controller
• minimizeMoveDownhill() : Sequencer
• minimum_value() : colvar_grid_scalar
• minpoint() : minpoint
• MIStream() : MIStream
• mod2() : floatcomplex
• modifyAppliedForces() : GlobalMaster
• modifyForcedAtoms() : GlobalMaster
• modifyGroupForces() : GlobalMaster
• modifyRequestedAtoms() : GlobalMaster
• modifyRequestedGroups() : GlobalMaster
• Molecule() : Molecule
• MolInst() : MolInst
• mollyAverage() : HomePatch
• mollyMollify() : HomePatch
• MOStream() : MOStream
• moveAllBy() : PatchMgr
• moveAtom() : PatchMgr
• MovePatch() : MovePatch
• movePatch() : PatchMgr
• MovePatchesMsg() : MovePatchesMsg
• moveto() : parm, MoveAtomMsg
• multiplicity() : colvar_grid< T >, ImproperValue, DihedralValue, improper_params, dihedral_params
• multiply_constant() : colvar_grid< T >
• multirefine() : Rebalancer
• multmatrix() : Matrix4, Matrix4TMD
• multnorm3d() : Matrix4
• multpoint() : Matrix4TMD
• multpoint3d() : Matrix4
• multpoint4d() : Matrix4
• myid() : Node
• myRemove() : Set

- n -

• n_components() : colvar
• NamdCentLB() : NamdCentLB
• NamdNborLB() : NamdNborLB
• NamdState() : NamdState
• name() : PDBAtom, ParseOptions::DataElement, ConfigList::ConfigListNode, colvar::cvc, colvarbias, colvar
• nearest() : Lattice
• new_count() : colvar_grid_count
• new_index() : colvar_grid< T >
• newCid() : PatchMap
• newInputStream() : Communicate
• newlist() : Pairlists
• newMinimizeDirection() : Sequencer
• newMinimizePosition() : Sequencer
• newNode() : ComputeMap
• newOutputStream() : Communicate
• newPid() : ComputeMap
• newRefine() : RefineTorusLB
• newsize() : Pairlists
• next() : EntryGlob< Elem >, Entry< Elem >, Set, maxHeap, minHeap, Iterator, listNode, ReductionSetData, PAL, table_pair_params, vdw_pair_params, crossterm_params, improper_params, dihedral_params, StreamMessage, ResidueLookupElem, MGridforceParams, heapIterator, ConfigList::ConfigListNode, StringList, FileStack
• nextlist() : Pairlists
• node() : PatchMap, ComputeMap, nodesort, ProxySpanningTreeMsg, ProxyResultVarsizeMsg, ProxyResultMsg, UnregisterProxyMsg, RegisterProxyMsg, ProxyListElem, ComputeMap::ComputeData, ComputeDPMEResultsMsg, ComputeDPMEDataMsg, BOCgroup
• Node() : Node, NamdState
• nodeDone() : LdbCoordinator
• NodeProxyMgr() : NodeProxyMgr
• nodesort() : nodesort
• norm() : colvarvalue, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::rvector
• norm2() : colvarvalue, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::rvector
• notfree() : CollectionMgr::CollectVectorInstance, CollectionMaster::CollectVectorInstance
• noWork() : ComputeNonbondedPair, Compute
• num() : ParseOptions
• num_atoms() : PDB
• num_deg_freedom() : Molecule
• num_fixed_atoms() : Molecule
• num_fixed_groups() : Molecule
• num_group_deg_freedom() : Molecule
• numAtomBased() : ComputeMap
• numAvailable() : Rebalancer
• numaway_a() : PatchMap
• numaway_b() : PatchMap
• numaway_c() : PatchMap
• number_of_colvars() : colvar_grid< T >
• number_of_points() : colvar_grid< T >
• numCids() : PatchMap
• numComputes() : ComputeMap, Rebalancer, LdbCoordinator
• numElements() : Set, maxHeap, minHeap
• numHomePatches() : PatchMap
• numNodes() : Node
• numNodesWithPatches() : PatchMap
• numPartitions() : ComputeMap, ComputeMap::ComputeData
• numPatchBased() : ComputeMap
• numPatches() : PatchMap, Rebalancer
• numPatchesOnNode() : PatchMap
• numPids() : ComputeMap, ComputeMap::ComputeData
• numProxies() : ProxyMgr, Rebalancer

- o -

• Object() : Sync, ReductionMgr, ProxyMgr, PatchMgr, PatchMap, Node, LdbCoordinator, ComputeMap, CollectionMgr, CollectionMasterHandler, CollectionMaster, BroadcastMgr, AtomMap
• ObjectArena() : ObjectArena< Type >
• occupancy() : PDBAtom
• offset() : Lattice, TupleSignature, MoveAllByMsg, nonbonded, ComputeNonbondedCUDA::compute_record
• okay() : ConfigList
• oneAwayNeighbors() : PatchMap
• oneOrTwoAwayNeighbors() : PatchMap
• open() : PositionOwnerBox< Owner >, PositionBox< Owner >, OwnerBox< Owner, Data >, Box< Owner, Data >
• openSync() : Sync
• operator *() : Vector, UniqueSetIter< T >, Tensor, ResizeArrayPrimIter< T >, ResizeArrayIter< T >, MathArray< Elem, Size >, AVector, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::rmatrix, colvarmodule::vector1d< T, length >, colvarmodule::rvector
• operator *=() : Vector, Tensor, MathArray< Elem, Size >, AVector, floatcomplex, colvarvalue, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::rvector
• operator const Real &() : HashReal
• operator const T &() : HashPoolAdaptorT< T >
• operator cvm::quaternion() : colvarvalue
• operator cvm::real() : colvarvalue
• operator cvm::rvector() : colvarvalue
• operator Real &() : HashReal
• operator T &() : HashPoolAdaptorT< T >
• operator T *() : colvarmodule::vector1d< T, length >
• operator T **() : colvarmodule::matrix2d< T, outer_length, inner_length >
• operator!=() : Vector, UniqueSetIter< T >, Tensor, ResizeArrayPrimIter< T >, ResizeArrayIter< T >, colvarmodule::rvector
• operator+() : Vector, Tensor, MathArray< Elem, Size >, AVector, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::rvector
• operator++() : UniqueSetIter< T >, ResizeArrayPrimIter< T >, ResizeArrayIter< T >
• operator+=() : Vector, Tensor, MathArray< Elem, Size >, AVector, floatcomplex, colvarvalue, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::rvector
• operator-() : Vector, Tensor, MathArray< Elem, Size >, AVector, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::rvector
• operator-=() : Vector, Tensor, MathArray< Elem, Size >, colvarvalue, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::rvector
• operator->() : UniqueSetIter< T >, ResizeArrayIter< T >
• operator/() : Vector, Tensor, MathArray< Elem, Size >, AVector, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::rvector
• operator/=() : Vector, Tensor, MathArray< Elem, Size >, AVector, colvarvalue, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::rvector
• operator<() : nodesort, Exclusion, MovePatch, HydrogenGroupID, HomePatchElem, vmdforce, ExclElem, ImproperElem, TuplePatchElem, PatchElem, DihedralElem, CrosstermElem, BondElem, AngleElem, colvarbias_meta::hill
• operator<<() : infostream, datastream, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::matrix2d< T, outer_length, inner_length >, colvarmodule::vector1d< T, length >, colvarbias_meta::hill
• operator=() : Vector, UniqueSortedArray< Elem >, UniqueSetRaw< Elem >, Entry< Elem >, UniqueSetIter< T >, UniqueSet< Elem >, Tensor, ExclusionSignature, AtomSignature, TupleSignature, SortedArray< Elem >, SortableResizeArray< Elem >, ResizeArrayRaw< Elem >, ResizeArrayPrimIter< T >, ResizeArrayIter< T >, ResizeArray< Elem >, Flags, proxyTreeNode, ExclusionCheck, Matrix4, MathArray< Elem, Size >, HomePatchElem, vmdforce, AVector, ALambdaControl, AGroup, floatcomplex, colvarvalue, colvarmodule::matrix2d< T, outer_length, inner_length >, colvarmodule::vector1d< T, length >, colvarmodule::rvector, Array< Elem, Size >
• operator==() : nodesort, Vector, UniqueSetIter< T >, Tensor, ExclusionSignature, AtomSignature, TupleSignature, Exclusion, ResizeArrayPrimIter< T >, ResizeArrayIter< T >, ProxyElem, MovePatch, HydrogenGroupID, HomePatchElem, vmdforce, ExclElem, ImproperElem, TuplePatchElem, PatchElem, DihedralElem, CrosstermElem, BondElem, AngleElem, colvarmodule::rvector, colvarbias_meta::hill, BOID, TaggedMsg, BroadcastClientElem
• operator[]() : Vector, ResizeArrayRaw< Elem >, ResizeArray< Elem >, AVector, ARestraintManager, ALambdaManager, AGroup, HashPool< T >, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::rvector, Array< Elem, Size >
• optional() : ParseOptions
• optionalB() : ParseOptions
• OptPmeCompute() : OptPmeCompute, OptPmeMgr
• OptPmeMgr() : OptPmeMgr
• OptPmePencil() : OptPmePencil< T >
• OptPmePencilInitMsg() : OptPmePencilInitMsg
• OptPmePencilMapX() : OptPmePencilMapX
• OptPmePencilMapY() : OptPmePencilMapY
• OptPmePencilMapZ() : OptPmePencilMapZ
• OptPmeRealSpace() : OptPmeRealSpace
• OptPmeXPencil() : OptPmeXPencil
• OptPmeYPencil() : OptPmeYPencil
• OptPmeZPencil() : OptPmeZPencil
• order_init() : OptPmePencil< T >, PmePencil< T >
• orientation() : colvar::orientation
• orientation_angle() : colvar::orientation_angle
• origin() : PatchMap, Lattice
• ortho() : Matrix4
• ortho2() : Matrix4
• orthogonal() : Lattice
• Out() : AVector
• outer() : Tensor, colvarmodule::rvector
• outerAdd() : Tensor
• output() : TupleSignature, Node
• Output() : Output, AVector
• output_prefix() : colvarproxy_namd, colvarproxy, colvarmodule
• output_traj() : colvarbias_meta::hill
• output_width() : colvarvalue, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::rvector
• outputExtendedSystem() : Controller
• outputFepEnergy() : Controller
• outputTiEnergy() : Controller
• OwnerBox() : OwnerBox< Owner, Data >

- p -

• p2leg_opt() : colvarvalue
• pack() : ExclusionSignature, AtomSignature, TupleSignature, ReductionSubmitMsg, ProxySpanningTreeMsg, ProxyCombinedResultMsg, ProxyResultMsg, ProxyAtomsMsg, MovePatchesMsg, PatchMap, MigrateAtomsCombinedMsg, MigrateAtomsMsg, GridforceGrid, ComputeMap, ComputeGlobalResultsMsg, ComputeGlobalDataMsg, ComputeGlobalConfigMsg, ComputeDPMEResultsMsg, ComputeDPMEDataMsg, ComputeConsForceMsg, EnqueueDataMsg, DataStreamMsg, CollectVectorMsg
• pack_data() : MGridforceParamsList
• packSize() : PatchMap, ComputeMap
• Pairlists() : Pairlists
• Parameters() : Parameters
• parm() : parm
• parse() : PDBAtom, colvarmodule::atom_group, colvarmodule
• parse_analysis() : colvar
• parse_group() : colvar::cvc
• parse_params() : colvar_grid< T >
• ParseOptions() : ParseOptions
• partition() : RecBisection, ComputeMap, CompAtom, ComputeMap::ComputeData
• Patch() : Patch
• patch() : PatchMap, Sequencer, ProxyUsageKey, ProxySpanningTreeMsg, ProxyCombinedResultMsg, ProxyNodeAwareSpanningTreeMsg, ProxyResultVarsizeMsg, ProxyResultMsg, ProxyDataMsg, ProxyAtomsMsg, UnregisterProxyMsg, RegisterProxyMsg, HomePatchElem, ComputePatchPair, ComputePatch, ComputeHomePatch
• patch_record() : ComputeNonbondedCUDA::patch_record
• PatchElem() : PatchElem
• patchLoad() : LdbCoordinator
• PatchMap() : PatchMap, PatchMgr
• patchMapInit() : WorkDistrib
• PatchMgr() : PatchMgr, HomePatch
• PatchReady() : Sync
• patchReady() : Compute
• PatchRec() : ComputeMap::PatchRec
• pcpair() : Rebalancer::pcpair
• PDB() : PDB
• PDBAtom() : PDBAtom
• PDBAtomRecord() : PDBAtomRecord
• PDBData() : PDBData
• PDBHetatm() : PDBHetatm
• PDBUnknown() : PDBUnknown
• periodic_a() : PatchMap
• periodic_b() : PatchMap
• periodic_boundaries() : colvar
• periodic_c() : PatchMap
• pid() : PatchMap, ComputeMap, MovePatch, MovePatchesMsg, LocalID, HomePatchElem, ComputeNonbondedCUDA::compute_record, ComputeMap::PatchRec
• PluginIOMgr() : PluginIOMgr
• pme_kspace() : OptPmeXPencil, PmeXPencil
• PmeKSpace() : PmeKSpace
• PmePencil() : PmePencil< T >
• PmePencilInitMsg() : PmePencilInitMsg
• PmeRealSpace() : PmeRealSpace
• PmeXPencil() : PmeXPencil
• PmeYPencil() : PmeYPencil
• PmeZPencil() : PmeZPencil
• position_dist2() : colvarproxy_namd, colvarproxy, colvarmodule
• position_distance() : colvarproxy_namd, colvarproxy, colvarmodule
• positionBoxClosed() : Patch
• PositionOwnerBox() : PositionOwnerBox< Owner >
• positions() : colvarmodule::atom_group, colvarproxy_namd
• positions_shifted() : colvarmodule::atom_group
• positionsReady() : Patch, HomePatch
• preadln() : parm
• preCreateHomePatch() : PatchMgr
• preCreateHomePatches() : WorkDistrib
• PressureProfileReduction() : PressureProfileReduction
• print() : Set, AtomMap
• print_angle_params() : Parameters
• print_atoms() : Molecule
• print_bond_params() : Parameters
• print_bonds() : Molecule
• print_crossterm_params() : Parameters
• print_dihedral_params() : Parameters
• Print_dU_dLambda_Info() : ARestraintManager
• Print_dU_dLambda_Summary() : ALambdaManager
• print_exclusions() : Molecule
• print_improper_params() : Parameters
• Print_MCTI_Integration() : ALambdaManager
• print_param_summary() : Parameters
• print_vdw_pair_params() : Parameters
• print_vdw_params() : Parameters
• printComputeMap() : ComputeMap
• printDynamicsEnergies() : Controller
• printEnergies() : Controller
• PrintEnergyInfo() : ARestraintManager
• printFepMessage() : Controller
• PrintHeader() : ALambdaManager, ALambdaControl
• PrintInfo() : ADiheRestraint, AnAngleRestraint, ADistRestraint, APosRestraint, ARestraint
• PrintLambdaHeader() : ALambdaManager, ALambdaControl
• printLoads() : Rebalancer
• printLocalLdbReport() : LdbCoordinator
• printMinimizeEnergies() : Controller
• printOut() : ProxyNodeAwareSpanningTreeMsg
• printPatchMap() : PatchMap
• PrintPreInfo() : ARestraintManager
• printRequiredProxies() : LdbCoordinator
• PrintRestraintInfo() : ARestraintManager
• printResults() : Rebalancer
• PrintSomeSpaces() : ALambdaManager
• printSummary() : Rebalancer
• printTiMessage() : Controller
• printTiming() : Controller
• priority() : Compute
• processData() : GlobalMaster
• ProcessMigrate() : LdbCoordinator
• processorInfo() : processorInfo
• procNum() : OptPmePencilMapZ, OptPmePencilMapY, OptPmePencilMapX
• project_hills() : colvarbias_meta
• promote() : colvarmodule::quaternion
• ProxyElem() : ProxyElem
• ProxyListElem() : ProxyListElem
• ProxyMgr() : ProxyMgr
• ProxyPatch() : ProxyPatch
• ProxyTree() : ProxyTree
• proxyTreeNode() : proxyTreeNode
• ProxyUsage() : ProxyUsage
• ProxyUsageKey() : ProxyUsageKey
• publish() : SimpleBroadcastObject< T >
• pup() : HashPoolAdaptorT< T >
• push_back() : HashPool< T >
• put() : MOStream
• put_stir_startTheta() : Molecule

- q -

• quaternion() : colvarmodule::quaternion
• quenchVelocities() : Sequencer

- r -

• Random() : Random, AVector
• range() : ParseOptions, ParseOptions::DataElement
• rattle1() : Sequencer, HomePatch
• rattle2() : Sequencer, HomePatch
• read_block() : colvarparse::read_block
• read_charmm_parameter_file() : Parameters
• read_ener_table() : Parameters
• read_energy_type() : Parameters
• read_energy_type_bothcubspline() : Parameters
• read_energy_type_cubspline() : Parameters
• read_fortran_12I6() : parm
• read_hill() : colvarbias_meta
• read_multicol() : colvar_grid< T >
• read_parameter_file() : Parameters
• read_parm() : Parameters, Molecule
• read_position() : colvarmodule::atom
• read_positions() : colvarmodule::atom_group
• read_psf_file() : Molecule
• read_raw() : colvar_grid< T >
• read_replica_files() : colvarbias_meta
• read_restart() : colvarmodule, colvar_grid_gradient, colvar_grid_scalar, colvar_grid_count, colvarbias_meta, colvarbias_harmonic, colvarbias, colvar
• read_system_force() : colvarmodule::atom
• read_system_forces() : colvarmodule::atom_group
• read_traj() : colvarmodule, colvar
• read_velocities() : colvarmodule::atom_group
• read_velocity() : colvarmodule::atom
• readparm() : parm
• ready() : CollectionMaster::CollectVectorInstance
• reassignVelocities() : Sequencer, Controller
• rebalance() : LdbCoordinator
• rebalanceLoad() : Sequencer, Controller
• Rebalancer() : Rebalancer
• RecBisection() : RecBisection
• receive_Molecule() : Molecule
• receive_Parameters() : Parameters
• receive_SimParameters() : SimParameters
• receiveAll() : ProxyPatch
• receiveAtoms() : ProxyPatch
• ReceiveAtSync() : LdbCoordinator
• receiveData() : ProxyPatch
• receiveDataStream() : CollectionMaster
• receiveInitialGridData() : ComputeGridForceNodeMgr
• receivePositions() : CollectionMaster
• receivePressure() : Controller
• receiveResults() : HomePatch
• receiveVelocities() : CollectionMaster
• recount_hills_off_grid() : colvarbias_meta
• recv_grid() : OptPmeZPencil, PmeZPencil
• recv_trans() : OptPmeXPencil, OptPmeYPencil, PmeXPencil, PmeYPencil
• recv_untrans() : OptPmeYPencil, OptPmeZPencil, PmeYPencil, PmeZPencil
• recvArrays() : OptPmeMgr, ComputePmeMgr
• recvAtoms() : PatchMgr
• recvAtomsCoor() : AtomsDisInfo
• recvAtomsForces() : AtomsDisInfo
• recvBroadcast() : BroadcastMgr
• recvComputeConsForceMsg() : ComputeMgr
• recvComputeDPMEData() : ComputeMgr
• recvComputeDPMEResults() : ComputeMgr
• recvComputeEwaldData() : ComputeMgr
• recvComputeEwaldResults() : ComputeMgr
• recvComputeGlobalConfig() : ComputeMgr
• recvComputeGlobalData() : ComputeMgr
• recvComputeGlobalResults() : ComputeMgr
• recvComputeMapChanges() : WorkDistrib
• recvConfig() : ComputeGlobal
• recvCoord() : ComputeExtMgr
• recvCoordinates() : FileIOMgr, FileIO
• recvData() : GlobalMasterServer, ComputeEwald
• recvEnableEarlyExit() : Node
• recvEnableExitScheduler() : Node
• recvEvir() : OptPmeMgr
• recvForce() : ComputeExtMgr
• recvGrid() : ComputePmeMgr
• recvGridValues() : ComputeGridForceNodeMgr
• recvImmediateProxyAll() : NodeProxyMgr, ProxyMgr
• recvImmediateProxyData() : NodeProxyMgr, ProxyMgr
• recvImmediateResults() : NodeProxyMgr, ProxyMgr
• RecvMigrate() : LdbCoordinator
• recvMigrateAtoms() : PatchMgr
• recvMigrateAtomsCombined() : PatchMgr
• recvMovePatches() : PatchMgr
• recvNodeAwareSpanningTree() : ProxyMgr, HomePatch
• recvNodeAwareSpanningTreeOnHomePatch() : ProxyMgr
• recvNodeAwareSTParent() : ProxyMgr
• recvProxies() : ProxyMgr
• recvProxyAll() : ProxyMgr
• recvProxyData() : ProxyMgr
• recvRegisterProxy() : ProxyMgr
• recvResults() : ProxyMgr, ComputeGlobal, ComputeEwald
• recvSpanningTree() : ProxyMgr, HomePatch
• recvSpanningTreeOnHomePatch() : ProxyMgr
• recvStaticInfo() : AtomsDisInfo
• recvTrans() : ComputePmeMgr
• recvUngrid() : OptPmeMgr, ComputePmeMgr
• recvUnregisterProxy() : ProxyMgr
• recvUntrans() : ComputePmeMgr
• recvYieldDevice() : ComputeNonbondedCUDA, ComputeMgr
• redistrib_swm4_forces() : Sequencer
• redistrib_tip4p_forces() : Sequencer
• reduce() : ResizeArray< Elem >
• ReductionMgr() : ReductionMgr, RequireReduction, SubmitReduction
• ReductionSet() : ReductionSet
• ReductionSetData() : ReductionSetData
• refine() : Rebalancer
• refine_togrid() : Rebalancer
• RefineOnly() : RefineOnly
• RefineTorusLB() : RefineTorusLB
• register_replica_file() : colvarbias_meta
• registerAvgPositionPickup() : Patch
• registerCompute() : ComputeMap
• registerForceDeposit() : Patch
• registerIDs() : AtomMap
• registerLocalPatchMap() : NodeProxyMgr
• registerLocalProxyMgr() : NodeProxyMgr
• registerPatch() : NodeProxyMgr, PatchMap
• registerPatchMgr() : PatchMap
• registerPositionPickup() : Patch
• registerProxy() : ProxyMgr, HomePatch
• rehash() : UniqueSetRaw< Elem >, UniqueSet< Elem >
• reinitAtoms() : WorkDistrib
• reinitVelocities() : Sequencer
• reloadCharges() : Sequencer, Node, Molecule
• remoteRegister() : ReductionMgr
• remoteSubmit() : ReductionMgr
• remoteUnregister() : ReductionMgr
• remove() : Set
• removeData() : ReductionSet
• removeEmptyOffset() : ExclusionSignature
• removeEmptyTupleSigs() : AtomSignature
• removeProxies() : ProxyMgr
• removeProxy() : ProxyMgr
• removeReady() : CollectionMaster::CollectVectorSequence
• removeSelf() : Entry< Elem >
• removeUnusedProxies() : ProxyMgr
• reorder() : Random
• replaceForces() : HomePatch
• req_grid() : GridforceGrid
• request() : ComputeGridForceMgr
• request_box() : GridforceGrid
• request_group1_gradients() : colvarmodule::rotation
• request_group2_gradients() : colvarmodule::rotation
• requestAtom() : GlobalMasterFreeEnergy, GlobalMasterEasy
• requestedAtoms() : GlobalMaster
• requestedGroups() : GlobalMaster
• requestInitialGridData() : ComputeGridForceNodeMgr
• require() : RequireReduction, ParseOptions
• requireB() : ParseOptions
• requiredProxies() : LdbCoordinator
• requirePatch() : ComputeNonbondedCUDA
• rescale() : Lattice
• rescaleVelocities() : Sequencer, Controller
• rescaleVelocitiesByFactor() : Sequencer
• reset() : Rebalancer::pcpair, Pairlists, colvarvalue, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::matrix2d< T, outer_length, inner_length >, colvarmodule::vector1d< T, length >, colvarmodule::rvector, CollectionMgr::CollectVectorInstance, CollectionMaster::CollectVectorInstance
• reset_atoms_data() : colvarmodule::atom_group
• reset_bias_force() : colvar
• reset_data() : colvarmodule::atom
• reset_rotation() : colvarmodule::quaternion
• ResidueLookupElem() : ResidueLookupElem
• residuename() : PDBAtom
• residueseq() : PDBAtom
• resize() : ResizeArrayRaw< Elem >, ResizeArray< Elem >
• ResizeArray() : ResizeArray< Elem >
• ResizeArrayIter() : ResizeArrayIter< T >
• ResizeArrayPrimIter() : ResizeArrayPrimIter< T >
• ResizeArrayRaw() : ResizeArrayRaw< Elem >
• restart_frequency() : colvarproxy_namd, colvarproxy
• restart_output_prefix() : colvarproxy_namd, colvarproxy
• resume() : LdbCoordinator, ComputeGridForceNodeMgr
• resume2() : LdbCoordinator
• ResumeFromSync() : LdbCoordinator
• resumeReady() : LdbCoordinator
• reverse_transform() : Lattice
• revert() : HomePatch
• rigid_bond_length() : Molecule
• rlength() : Vector
• rmatrix() : colvarmodule::rmatrix
• rmsd() : colvar::rmsd
• rot() : Matrix4, colvar::orientation, colvarmodule::atom_group
• rotate() : colvarmodule::rotation, colvarmodule::quaternion
• rotate_axis() : Matrix4
• rotation() : colvarmodule::rotation
• rotation_matrix() : colvarmodule::quaternion
• run() : Sequencer, ScriptTcl, Node, Controller
• runComputeObjects() : Sequencer
• runController() : NamdState
• runSequencer() : HomePatch
• rvector() : colvarmodule::rvector

- s -

• saveComputeMapChanges() : WorkDistrib
• saveForce() : Sequencer, HomePatch
• saveMaps() : WorkDistrib
• saveMolDataPointers() : Node
• saveResults() : ComputeExt
• saveTotalForces() : ComputeGlobal
• Scale() : AVector
• scale() : Matrix4, Lattice, colvarbias_meta::hill, GridforceGrid::_box, ExclElem, ImproperElem, DihedralElem, CrosstermElem, BondElem, AngleElem
• scan() : PDBData
• scriptBarrier() : Node, ControllerBroadcasts
• scriptParam() : Node
• scriptSet() : SimParameters
• ScriptTcl() : ScriptTcl, NamdState, Controller
• segmentname() : PDBAtom
• select() : ComputeNonbondedUtil
• select_closest_image() : colvarproxy_namd, colvarproxy, colvarmodule
• select_closest_images() : colvarproxy, colvarmodule
• send() : BroadcastMgr
• send_energies() : GlobalMasterIMD
• send_fcoords() : GlobalMasterIMD
• send_Molecule() : Molecule
• send_Parameters() : Parameters
• send_SimParameters() : SimParameters
• send_trans() : OptPmeYPencil, OptPmeZPencil, PmeYPencil, PmeZPencil
• send_ungrid() : OptPmeZPencil, PmeZPencil
• send_untrans() : OptPmeXPencil, OptPmeYPencil, PmeXPencil, PmeYPencil
• sendAtoms() : PatchMgr
• sendCharmArrProxies() : Node
• sendComputeDPMEData() : ComputeMgr
• sendComputeDPMEResults() : ComputeMgr
• sendComputeEwaldData() : ComputeMgr
• sendComputeEwaldResults() : ComputeMgr
• sendComputeGlobalConfig() : ComputeMgr
• sendComputeGlobalData() : ComputeMgr
• sendComputeGlobalResults() : ComputeMgr
• sendData() : ComputePme
• sendDataStream() : CollectionMgr
• sendEnableEarlyExit() : Node
• sendEnableExitScheduler() : Node
• sendGrid() : ComputePmeMgr
• sendMaps() : WorkDistrib
• sendMessage() : Communicate
• sendMigrationMsg() : PatchMgr
• sendMigrationMsgs() : PatchMgr
• sendMovePatches() : PatchMgr
• sendNodeAwareSpanningTree() : ProxyMgr, HomePatch
• sendNodeAwareSpanningTreeToHomePatch() : ProxyMgr
• sendOneHomePatch() : PatchMgr
• sendPencils() : OptPmeCompute, ComputePme
• sendProxies() : ProxyMgr, HomePatch
• sendProxyAll() : ProxyMgr
• sendProxyData() : ProxyMgr
• sendResults() : ProxyMgr
• sendSpanningTree() : ProxyMgr, HomePatch
• sendSpanningTrees() : ProxyMgr
• sendSpanningTreeToHomePatch() : ProxyMgr
• sendTrans() : ComputePmeMgr
• sendTransBarrier() : ComputePmeMgr
• sendUngrid() : ComputePmeMgr
• sendUntrans() : ComputePmeMgr
• sendYieldDevice() : ComputeMgr
• sequence() : Compute, Flags, PmePencil< T >, PmeTransMsg, PmeGridMsg
• Sequencer() : Sequencer, HomePatch
• serialnumber() : PDBAtom
• set() : Vector, ParseOptions, Lattice, colvarmodule::quaternion, colvarmodule::rvector
• Set() : Set, AVector
• set_all_positions() : PDB
• set_from_euler_angles() : colvarmodule::quaternion
• set_positive() : colvarmodule::quaternion
• set_sizes() : colvar_grid< T >
• set_transrate() : IMDOutput
• set_value() : colvar_grid< T >
• set_weighted_gradient() : colvarmodule::atom_group
• setall() : ResizeArray< Elem >
• setAtomList() : HomePatch
• setBFactorData() : Molecule
• setBlockSize() : ObjectArena< Type >
• SetBound() : ABoundAngleRestraint, ABoundDistRestraint, ABoundPosRestraint, ARestraint
• setCollectionMaster() : CollectionMgr
• setCompute() : OptPmeMgr, ComputePmeMgr, ComputeExtMgr
• setEmpty() : TupleSignature
• SetGroup() : ARestraint
• SetGroups() : ARestraint
• setHomePatchFixedAtomNum() : PatchMgr
• SetIntervalAngle() : ABoundDiheRestraint, ARestraint
• SetKf() : ARestraint
• SetLambdaKf() : ARestraintManager, ARestraint, ALambdaControl
• SetLambdaRef() : ARestraintManager, ARestraint, ALambdaControl
• SetLambdas() : ARestraintManager
• setLattice() : PatchMgr
• SetLowerAngle() : ABoundDiheRestraint, ARestraint
• setMgr() : OptPmeCompute, ComputePme
• setNewNode() : ComputeMap
• setNext() : EntryGlob< Elem >, Entry< Elem >
• setNode() : ComputeMap
• SetNumAccumSteps() : ALambdaControl
• SetNumEquilSteps() : ALambdaControl
• setNumFixedAtoms() : Patch
• setNumPatches() : Compute
• SetNumPrintSteps() : ALambdaControl
• SetNumRepeats() : ALambdaControl
• SetNumSteps() : ALambdaControl
• setOccupancyData() : Molecule
• setOffsets() : ExclusionSignature, TupleSignature
• setPlugin() : PluginIOMgr
• setRealMaster() : CollectionMasterHandler
• setRecvSpanning() : ProxyMgr
• SetRefAngle() : AFixedDiheRestraint, ABoundAngleRestraint, AFixedAngleRestraint, ARestraint
• SetRefDist() : ABoundDistRestraint, AFixedDistRestraint, ABoundPosRestraint, ARestraint
• SetRefPos() : ABoundPosRestraint, AFixedPosRestraint, ARestraint
• setResizeParams() : ResizeArrayRaw< Elem >
• setSafeNoDestruction() : UniqueSetRaw< Elem >
• setScript() : Node
• setSendSpanning() : ProxyMgr
• setSpanningTree() : ProxyPatch
• SetStartAngle() : AForcingDiheRestraint, AForcingAngleRestraint, ARestraint
• SetStartDist() : AForcingDistRestraint, ARestraint
• SetStartPos() : AForcingPosRestraint, ARestraint
• SetStartStep() : ALambdaControl
• SetStopAngle() : AForcingDiheRestraint, AForcingAngleRestraint, ARestraint
• SetStopDist() : AForcingDistRestraint, ARestraint
• SetStopPos() : AForcingPosRestraint, ARestraint
• SetStopStep() : ALambdaControl
• SetTask() : ALambdaControl
• SetUpperAngle() : ABoundDiheRestraint, ARestraint
• SimParameters() : SimParameters
• SimpleBroadcastObject() : SimpleBroadcastObject< T >
• size() : UniqueSetRaw< Elem >, UniqueSet< Elem >, ResizeArrayRaw< Elem >, ResizeArray< Elem >, DihedralTable, AngleTable, BondTable, AtomTable, HashPool< T >, colvarmodule::vector1d< T, length >, ExclElem, ImproperElem, DihedralElem, CrosstermElem, BondElem, AngleElem
• sizeGrid() : PatchMap
• sizes() : colvar_grid< T >, ProxyTree
• skip() : Random
• sort() : SortedArray< Elem >, SortableResizeArray< Elem >
• SortableResizeArray() : SortableResizeArray< Elem >
• SortedArray() : SortedArray< Elem >
• sortExclOffset() : ExclSigInfo
• sortTupleSigIndices() : AtomSigInfo
• split() : Random
• sprint() : PDBAtom, PDBUnknown, PDBData
• sprintcol() : PDBData
• square() : ComputeNonbondedUtil
• star() : floatcomplex
• startHPM() : Node
• startUp() : Node
• startup() : Node
• startWork() : LdbCoordinator
• staticCompare() : ProxyUsageKey, HashPoolAdaptorT< T >
• staticHash() : ProxyUsageKey, HashPoolAdaptorT< T >
• staticMigrateFn() : LdbCoordinator
• staticQueryEstLoadFn() : LdbCoordinator
• staticReceiveAtSync() : LdbCoordinator
• staticResumeFromSync() : LdbCoordinator
• staticStatsFn() : LdbCoordinator
• status() : UniqueSetIter< T >, NamdState, AtomCstInfo, atom_constants
• step_absolute() : colvarmodule
• step_relative() : colvarmodule
• stopHPM() : Node
• storeCompute() : ComputeMap
• strategy() : Rebalancer
• StringList() : StringList
• strip_values() : colvarparse
• submit() : SubmitReduction
• submitCollections() : Sequencer
• submitData() : CollectionMgr::CollectVectorSequence, CollectionMaster::CollectVectorSequence
• submitHalfstep() : Sequencer
• submitLoadStats() : HomePatch, Flags
• submitMinimizeReductions() : Sequencer
• submitMomentum() : Sequencer
• submitPositions() : CollectionMgr
• submitPressureProfileData() : ComputeNonbondedUtil
• submitReductionData() : ComputeNonbondedUtil, ExclElem, ImproperElem, DihedralElem, CrosstermElem, BondElem, AngleElem
• submitReductions() : Sequencer
• submitRequest() : ComputeGridForceNodeMgr
• submitVelocities() : CollectionMgr
• subscribe() : BroadcastMgr
• Sum_dU_dLambdas() : ARestraintManager
• suspend() : Sequencer, BackEnd
• suspendFor() : BroadcastClient
• switching_function() : colvar::coordnum
• symmetric() : Tensor
• Sync() : Sync
• system_force() : colvar::cvc, colvarmodule::atom_group, colvar, colvarmodule::atom
• system_forces() : colvarmodule::atom_group

- t -

• table_row() : LJTable
• table_val() : LJTable
• table_val_scale14() : LJTable
• TaggedMsg() : TaggedMsg
• tcoupleVelocities() : Sequencer, Controller
• temperature() : colvarproxy_namd, colvarproxy, colvarmodule, Controller
• temperaturefactor() : PDBAtom
• Tensor() : Tensor
• terminate() : Sequencer, Controller
• ThereIsAForcingRestraint() : ARestraintManager
• to_lower_cppstr() : colvarparse
• to_str() : colvarmodule
• TorusLB() : TorusLB
• trans() : ComputeMap, ComputePatchPair, ComputeMap::PatchRec
• Transform() : Transform
• translate() : Matrix4, Matrix4TMD
• transpose() : Tensor, Matrix4, Matrix4TMD, colvarmodule::rmatrix
• transvec() : Matrix4
• transvecinv() : Matrix4
• triangular() : Tensor
• TuplePatchElem() : TuplePatchElem
• TupleSignature() : TupleSignature
• TwoTargets() : AForcingDiheRestraint, ABoundDiheRestraint, AFixedDiheRestraint, ADiheRestraint
• type() : PDBData, ComputeMap, Compute, colvarvalue, colvar::cvc, colvar, ParseOptions::DataElement, IMDheader, ComputeMap::ComputeData
• type_checking() : colvarvalue

- u -

• undef_op() : colvarvalue
• ungridCalc() : OptPmeMgr, ComputePmeMgr
• ungridForces() : OptPmeCompute, ComputePme
• uniform() : Random
• uniq() : SortableResizeArray< Elem >
• UniqueSet() : UniqueSet< Elem >
• UniqueSetIter() : UniqueSetIter< T >
• UniqueSetRaw() : UniqueSetRaw< Elem >
• UniqueSortedArray() : UniqueSortedArray< Elem >
• unit() : Vector, colvarmodule::rvector
• unit_angstrom() : colvarproxy_namd, colvarproxy, colvarmodule
• units() : ParseOptions, ParseOptions::DataElement
• unpack() : ExclusionSignature, AtomSignature, TupleSignature, ReductionSubmitMsg, ProxySpanningTreeMsg, ProxyCombinedResultMsg, ProxyResultMsg, ProxyAtomsMsg, MovePatchesMsg, PatchMap, MigrateAtomsCombinedMsg, MigrateAtomsMsg, GridforceGrid, ComputeMap, ComputeGlobalResultsMsg, ComputeGlobalDataMsg, ComputeGlobalConfigMsg, ComputeDPMEResultsMsg, ComputeDPMEDataMsg, ComputeConsForceMsg, EnqueueDataMsg, DataStreamMsg, CollectVectorMsg
• unpack_data() : MGridforceParamsList
• unregisterAvgPositionPickup() : Patch
• unregisterForceDeposit() : Patch
• unregisterIDs() : AtomMap
• unregisterPatch() : PatchMap
• unregisterPositionPickup() : Patch
• unregisterProxy() : ProxyMgr, HomePatch
• unscale() : Lattice
• unsubscribe() : BroadcastMgr
• update() : colvarbias_meta, colvarbias_histogram, colvarbias_abf, colvarbias_harmonic, colvarbias, colvar
• update_replica_files_registry() : colvarbias_meta
• updateComputes() : ComputeMgr
• updateComputes2() : ComputeMgr
• updateComputes3() : ComputeMgr
• updateComputesReady() : LdbCoordinator
• UpdateCOMs() : ARestraintManager, ARestraint
• updateLocalComputes() : ComputeMgr
• updateLocalComputes2() : ComputeMgr
• updateLocalComputes3() : ComputeMgr
• updateLocalComputes4() : ComputeMgr
• updateLocalComputes5() : ComputeMgr
• upstreamNeighbors() : PatchMap
• use_imd() : IMDOutput
• useController() : NamdState
• useSequencer() : HomePatch

- v -

• value() : colvar_grid< T >, colvar::cvc, colvarbias_meta::hill, colvar, ScriptParamMsg, ImproperElem, DihedralElem, CrosstermElem, BondElem, AngleElem
• value_input() : colvar_grid_gradient, colvar_grid_scalar, colvar_grid_count, colvar_grid< T >
• value_output() : colvar_grid_gradient, colvar_grid_scalar, colvar_grid< T >
• value_to_bin_scalar() : colvar_grid< T >, colvar
• Vector() : Vector
• vector1d() : colvarmodule::vector1d< T, length >
• velocities() : colvarmodule::atom_group
• velocity() : Output, colvar, FullAtom
• velocityNeeded() : Output
• volume() : Lattice

- w -

• weight() : colvarbias_meta::hill
• willRequire() : ReductionMgr
• willSubmit() : ReductionMgr
• window() : Matrix4
• withinBrick() : Rebalancer
• WorkDistrib() : WorkDistrib, PatchMap, ComputeMap
• wrap() : colvar_grid< T >
• wrap_delta() : Lattice
• wrap_nearest_delta() : Lattice
• wrap_string() : colvarmodule
• write() : PDB
• write_1D_integral() : colvar_grid_gradient
• write_acf() : colvar
• write_multicol() : colvar_grid< T >
• write_params() : colvar_grid< T >
• write_raw() : colvar_grid< T >
• write_restart() : colvarmodule, colvar_grid_gradient, colvar_grid_scalar, colvar_grid_count, colvarbias_meta, colvarbias_harmonic, colvarbias, colvar
• write_traj() : colvar
• write_traj_label() : colvar
• writeDCD() : FileIOMgr, FileIO
• writeExtendedSystemData() : Controller
• writeExtendedSystemLabels() : Controller
• writeFepEnergyData() : Controller
• writeTiEnergyData() : Controller

- x -

• xcoor() : PDBAtom
• xx() : colvarmodule::rmatrix, Tensor
• xy() : colvarmodule::rmatrix, Tensor
• xz() : colvarmodule::rmatrix, Tensor

- y -

• ycoor() : PDBAtom
• yx() : colvarmodule::rmatrix, Tensor
• yy() : colvarmodule::rmatrix, Tensor
• yz() : colvarmodule::rmatrix, Tensor

- z -

• zcoor() : PDBAtom
• ZeroAccumulator() : ALambdaManager, ALambdaControl
• zVector() : zVector
• zx() : colvarmodule::rmatrix, Tensor
• zy() : colvarmodule::rmatrix, Tensor
• zz() : colvarmodule::rmatrix, Tensor

- ~ -

• ~AGroup() : AGroup
• ~ALambdaManager() : ALambdaManager
• ~alpha_angles() : colvar::alpha_angles
• ~alpha_dihedrals() : colvar::alpha_dihedrals
• ~angle() : colvar::angle
• ~AngleElem() : AngleElem
• ~ARestraint() : ARestraint
• ~ARestraintManager() : ARestraintManager
• ~Array() : Array< Elem, Size >
• ~atom() : colvarmodule::atom
• ~atom_group() : colvarmodule::atom_group
• ~AtomMap() : AtomMap
• ~AtomsDisInfo() : AtomsDisInfo
• ~AtomSigInfo() : AtomSigInfo
• ~AtomSignature() : AtomSignature
• ~BOID() : BOID
• ~BondElem() : BondElem
• ~BroadcastClient() : BroadcastClient
• ~BroadcastClientElem() : BroadcastClientElem
• ~BroadcastMgr() : BroadcastMgr
• ~BroadcastMsg() : BroadcastMsg
• ~CollectionMaster() : CollectionMaster
• ~CollectionMasterHandler() : CollectionMasterHandler
• ~CollectionMgr() : CollectionMgr
• ~colvar() : colvar
• ~colvar_grid() : colvar_grid< T >
• ~colvar_grid_count() : colvar_grid_count
• ~colvar_grid_gradient() : colvar_grid_gradient
• ~colvar_grid_scalar() : colvar_grid_scalar
• ~colvarbias() : colvarbias
• ~colvarbias_abf() : colvarbias_abf
• ~colvarbias_harmonic() : colvarbias_harmonic
• ~colvarbias_histogram() : colvarbias_histogram
• ~colvarbias_meta() : colvarbias_meta
• ~colvarmodule() : colvarmodule
• ~colvarproxy() : colvarproxy
• ~colvarproxy_namd() : colvarproxy_namd
• ~Communicate() : Communicate
• ~Compute() : Compute
• ~ComputeConsForce() : ComputeConsForce
• ~ComputeConsForceMsg() : ComputeConsForceMsg
• ~ComputeConsTorque() : ComputeConsTorque
• ~ComputeCylindricalBC() : ComputeCylindricalBC
• ~ComputeDPMEDataMsg() : ComputeDPMEDataMsg
• ~ComputeDPMEResultsMsg() : ComputeDPMEResultsMsg
• ~ComputeEField() : ComputeEField
• ~ComputeEwald() : ComputeEwald
• ~ComputeExt() : ComputeExt
• ~ComputeExtMgr() : ComputeExtMgr
• ~ComputeFullDirect() : ComputeFullDirect
• ~ComputeGlobal() : ComputeGlobal
• ~ComputeGlobalConfigMsg() : ComputeGlobalConfigMsg
• ~ComputeGlobalDataMsg() : ComputeGlobalDataMsg
• ~ComputeGlobalResultsMsg() : ComputeGlobalResultsMsg
• ~ComputeGridForce() : ComputeGridForce
• ~ComputeHomePatch() : ComputeHomePatch
• ~ComputeHomePatches() : ComputeHomePatches
• ~ComputeHomeTuples() : ComputeHomeTuples< T, S, P >
• ~ComputeMap() : ComputeMap
• ~ComputeMgr() : ComputeMgr
• ~ComputeNonbondedCUDA() : ComputeNonbondedCUDA
• ~ComputeNonbondedPair() : ComputeNonbondedPair
• ~ComputeNonbondedSelf() : ComputeNonbondedSelf
• ~ComputeNonbondedUtil() : ComputeNonbondedUtil
• ~ComputePatch() : ComputePatch
• ~ComputePatchPair() : ComputePatchPair
• ~ComputePme() : ComputePme
• ~ComputePmeMgr() : ComputePmeMgr
• ~ComputeRestraints() : ComputeRestraints
• ~ComputeSelfTuples() : ComputeSelfTuples< T, S, P >
• ~ComputeSphericalBC() : ComputeSphericalBC
• ~ComputeStir() : ComputeStir
• ~ComputeTclBC() : ComputeTclBC
• ~ConfigList() : ConfigList
• ~ConfigListNode() : ConfigList::ConfigListNode
• ~Controller() : Controller
• ~coordnum() : colvar::coordnum
• ~crossterm_params() : crossterm_params
• ~CrosstermElem() : CrosstermElem
• ~cvc() : colvar::cvc
• ~DataElement() : ParseOptions::DataElement
• ~datastream() : datastream
• ~dihedral() : colvar::dihedral
• ~DihedralElem() : DihedralElem
• ~distance() : colvar::distance
• ~distance_dir() : colvar::distance_dir
• ~distance_xy() : colvar::distance_xy
• ~distance_z() : colvar::distance_z
• ~eigenvector() : colvar::eigenvector
• ~Entry() : Entry< Elem >
• ~EntryGlob() : EntryGlob< Elem >
• ~ExclElem() : ExclElem
• ~ExclSigInfo() : ExclSigInfo
• ~ExclusionCheck() : ExclusionCheck
• ~ExclusionSignature() : ExclusionSignature
• ~floatcomplex() : floatcomplex
• ~GlobalMaster() : GlobalMaster
• ~GlobalMasterEasy() : GlobalMasterEasy
• ~GlobalMasterFreeEnergy() : GlobalMasterFreeEnergy
• ~GlobalMasterIMD() : GlobalMasterIMD
• ~GlobalMasterMisc() : GlobalMasterMisc
• ~GlobalMasterServer() : GlobalMasterServer
• ~GlobalMasterSMD() : GlobalMasterSMD
• ~GlobalMasterTcl() : GlobalMasterTcl
• ~GlobalMasterTMD() : GlobalMasterTMD
• ~GridforceGrid() : GridforceGrid
• ~gyration() : colvar::gyration
• ~h_bond() : colvar::h_bond
• ~HashPool() : HashPool< T >
• ~hill() : colvarbias_meta::hill
• ~HomePatch() : HomePatch
• ~HomePatchElem() : HomePatchElem
• ~HydrogenGroupID() : HydrogenGroupID
• ~IMDOutput() : IMDOutput
• ~ImproperElem() : ImproperElem
• ~infostream() : infostream
• ~LdbCoordinator() : LdbCoordinator
• ~LJTable() : LJTable
• ~logmsd() : colvar::logmsd
• ~MathArray() : MathArray< Elem, Size >
• ~matrix2d() : colvarmodule::matrix2d< T, outer_length, inner_length >
• ~Matrix4() : Matrix4
• ~maxHeap() : maxHeap
• ~MGridforceParamsList() : MGridforceParamsList
• ~MigrateAtomsCombinedMsg() : MigrateAtomsCombinedMsg
• ~min_distance() : colvar::min_distance
• ~minHeap() : minHeap
• ~MIStream() : MIStream
• ~Molecule() : Molecule
• ~MOStream() : MOStream
• ~MovePatch() : MovePatch
• ~NamdState() : NamdState
• ~Node() : Node
• ~NodeProxyMgr() : NodeProxyMgr
• ~ObjectArena() : ObjectArena< Type >
• ~OptPmeCompute() : OptPmeCompute
• ~OptPmeMgr() : OptPmeMgr
• ~OptPmePencil() : OptPmePencil< T >
• ~OptPmeRealSpace() : OptPmeRealSpace
• ~orientation() : colvar::orientation
• ~orientation_angle() : colvar::orientation_angle
• ~Output() : Output
• ~OwnerBox() : OwnerBox< Owner, Data >
• ~Pairlists() : Pairlists
• ~Parameters() : Parameters
• ~parm() : parm
• ~ParseOptions() : ParseOptions
• ~Patch() : Patch
• ~PatchElem() : PatchElem
• ~PatchMap() : PatchMap
• ~PatchMgr() : PatchMgr
• ~PDB() : PDB
• ~PDBAtom() : PDBAtom
• ~PDBAtomRecord() : PDBAtomRecord
• ~PDBData() : PDBData
• ~PDBHetatm() : PDBHetatm
• ~PDBUnknown() : PDBUnknown
• ~PluginIOMgr() : PluginIOMgr
• ~PmeKSpace() : PmeKSpace
• ~PmePencil() : PmePencil< T >
• ~PmeRealSpace() : PmeRealSpace
• ~PositionOwnerBox() : PositionOwnerBox< Owner >
• ~PressureProfileReduction() : PressureProfileReduction
• ~ProxyListElem() : ProxyListElem
• ~ProxyMgr() : ProxyMgr
• ~ProxyPatch() : ProxyPatch
• ~ProxyTree() : ProxyTree
• ~proxyTreeNode() : proxyTreeNode
• ~read_block() : colvarparse::read_block
• ~Rebalancer() : Rebalancer
• ~RecBisection() : RecBisection
• ~ReductionMgr() : ReductionMgr
• ~ReductionSet() : ReductionSet
• ~ReductionSetData() : ReductionSetData
• ~RefineTorusLB() : RefineTorusLB
• ~RequireReduction() : RequireReduction
• ~ResidueLookupElem() : ResidueLookupElem
• ~ResizeArray() : ResizeArray< Elem >
• ~ResizeArrayIter() : ResizeArrayIter< T >
• ~ResizeArrayPrimIter() : ResizeArrayPrimIter< T >
• ~ResizeArrayRaw() : ResizeArrayRaw< Elem >
• ~rmatrix() : colvarmodule::rmatrix
• ~rmsd() : colvar::rmsd
• ~rotation() : colvarmodule::rotation
• ~ScriptTcl() : ScriptTcl
• ~Sequencer() : Sequencer
• ~Set() : Set
• ~SimParameters() : SimParameters
• ~SimpleBroadcastObject() : SimpleBroadcastObject< T >
• ~SortableResizeArray() : SortableResizeArray< Elem >
• ~StringList() : StringList
• ~SubmitReduction() : SubmitReduction
• ~Sync() : Sync
• ~TaggedMsg() : TaggedMsg
• ~Tensor() : Tensor
• ~TorusLB() : TorusLB
• ~TuplePatchElem() : TuplePatchElem
• ~TupleSignature() : TupleSignature
• ~UniqueSet() : UniqueSet< Elem >
• ~UniqueSetIter() : UniqueSetIter< T >
• ~UniqueSetRaw() : UniqueSetRaw< Elem >
• ~vector1d() : colvarmodule::vector1d< T, length >
• ~WorkDistrib() : WorkDistrib

---