Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:
- g -
- gA
: GroGaussPair
, Molecule
- gamma
: GBISParamStruct
- gap
: GridforceFullBaseGrid
- gapinv
: GridforceFullBaseGrid
- gather_coordinates()
: IMDOutput
- gather_energies()
: IMDOutput
- gatherForce()
: ComputePmeCUDADevice
, CudaPmeRealSpaceCompute
, PmeRealSpaceCompute
- gatherForceDone()
: ComputePmeCUDADevice
- gatherForceDoneSubset()
: ComputePmeCUDADevice
- gatherForceSetCallback()
: CudaPmeRealSpaceCompute
- gaussian()
: Random
- gaussian_array_f()
: Random
- gaussian_vector()
: Random
- gbInterEnergy
: GBISForceMsg
, GBISParamStruct
- gbis_beta
: SimParameters
- gbis_delta
: SimParameters
- gbis_gamma
: SimParameters
- gbisComputeAfterP1()
: HomePatch
- gbisComputeAfterP2()
: HomePatch
- GBISOn
: SimParameters
- gbisP2PatchReady()
: Compute
, CudaComputeNonbonded
- gbisP2Ready()
: HomePatch
, Patch
- gbisP3PatchReady()
: Compute
, CudaComputeNonbonded
- gbisP3Ready()
: Patch
, HomePatch
- gbisParams
: ComputeNonbondedPair
, ComputeNonbondedSelf
- gbisPhase
: Compute
, GBISParamStruct
- GBISphase1()
: CudaComputeGBISKernel
- GBISphase2()
: CudaComputeGBISKernel
- GBISphase3()
: CudaComputeGBISKernel
- gbisPhasePriority
: Compute
- GBISserOn
: SimParameters
- gbisStepPairlists
: ComputeNonbondedPair
, ComputeNonbondedSelf
, GBISParamStruct
- gbqs
: MoaData
- gbSelfEnergy
: GBISForceMsg
, GBISParamStruct
- gc
: NL_Msm_t
, msm::Map
- gc_c1hermite
: msm::Map
- gc_c1hermite_elem_accum()
: ComputeMsmMgr
- gc_f
: NL_Msm_t
- gcom
: ComputeGlobalDataMsg
- gcutAssign
: ComputeMsmMgr
- gdata
: GridMsg
- genclose()
: parm
- genCompressedPsf
: SimParameters
- generation
: GridforceFullBaseGrid
- GenericAngle()
: GenericAngle
- GenericAtom()
: GenericAtom
- GenericBond()
: GenericBond
- GenericDihedral()
: GenericDihedral
- GenericMol()
: GenericMol
- genopen()
: parm
- get()
: SimpleBroadcastObject< T >
, GridMsg
, MsmBlockProxyMsg
, MsmC1HermiteBlockProxyMsg
, MsmGridCutoffProxyMsg
, MsmC1HermiteGridCutoffProxyMsg
, MsmGridCutoffSetupMsg
, MsmC1HermiteGridCutoffSetupMsg
, MIStream
, parm
, ParseOptions
- get_acceptor()
: Molecule
- get_all_gridvals()
: GridforceGrid
, GridforceFullMainGrid
, GridforceLiteGrid
- get_all_positions()
: PDB
- get_angle()
: Molecule
- get_angle_params()
: Parameters
- get_angles_for_atom()
: Molecule
- get_atom_from_index_in_residue()
: Molecule
- get_atom_from_name()
: Molecule
- get_atomtype()
: Molecule
- get_bond()
: Molecule
- get_bond_params()
: Parameters
- get_bonds_for_atom()
: Molecule
- get_border()
: GridforceFullBaseGrid
, GridforceFullMainGrid
, GridforceFullSubGrid
- get_center()
: GridforceGrid
, GridforceFullBaseGrid
, GridforceFullMainGrid
, GridforceLiteGrid
- get_checksize()
: GridforceGrid
, GridforceFullBaseGrid
, GridforceFullMainGrid
, GridforceLiteGrid
- get_cluster()
: Molecule
- get_clusterSize()
: Molecule
- get_cons_params()
: Molecule
- get_constorque_params()
: Molecule
- get_corner()
: GridforceGrid
- get_crossterm()
: Molecule
- get_crossterms_for_atom()
: Molecule
- get_cSMDcoffs()
: Molecule
- get_cSMDindex()
: Molecule
- get_cSMDindxLen()
: Molecule
- get_cSMDKs()
: Molecule
- get_cSMDnumInst()
: Molecule
- get_cSMDpairs()
: Molecule
- get_cSMDVels()
: Molecule
- get_dihedral()
: Molecule
- get_dihedral_multiplicity()
: Parameters
- get_dihedral_params()
: Parameters
- get_dihedrals_for_atom()
: Molecule
- get_donor()
: Molecule
- Get_dU_dLambda()
: ARestraint
, AForcingPosRestraint
, AForcingDistRestraint
, AForcingAngleRestraint
, AForcingDiheRestraint
- get_e()
: GridforceGrid
, GridforceFullBaseGrid
, GridforceFullMainGrid
, GridforceLiteGrid
- get_excl_check_for_atom()
: Molecule
- get_exclusion()
: Molecule
- get_exclusions_for_atom()
: Molecule
- get_extremes()
: PDB
- get_fep_bonded_type()
: Molecule
- get_fep_type()
: Molecule
- get_first()
: MGridforceParamsList
- get_full_exclusions_for_atom()
: Molecule
- get_go_cutoff()
: Molecule
- get_go_epsilon()
: Molecule
- get_go_epsilonRep()
: Molecule
- get_go_exp_a()
: Molecule
- get_go_exp_b()
: Molecule
- get_go_exp_rep()
: Molecule
- get_go_force()
: Molecule
- get_go_force2()
: Molecule
- get_go_force_new()
: Molecule
- get_go_sigmaRep()
: Molecule
- get_grid()
: GridforceFullBaseGrid
, GridforceLiteGrid
- get_grid_d()
: GridforceFullBaseGrid
, GridforceLiteGrid
- get_grid_type()
: GridforceGrid
- get_gridfrc_grid()
: Molecule
- get_gridfrc_params()
: Molecule
- get_gro_force()
: Molecule
- get_gro_force2()
: Molecule
- get_groupSize()
: Molecule
- get_improper()
: Molecule
- get_improper_multiplicity()
: Parameters
- get_improper_params()
: Parameters
- get_impropers_for_atom()
: Molecule
- get_inds()
: GridforceFullBaseGrid
, GridforceLiteGrid
- get_int_table_type()
: Parameters
- get_inv()
: GridforceGrid
, GridforceFullBaseGrid
, GridforceFullMainGrid
, GridforceLiteGrid
- get_k0()
: GridforceGrid
, GridforceFullBaseGrid
, GridforceFullMainGrid
, GridforceLiteGrid
- get_k1()
: GridforceGrid
, GridforceFullBaseGrid
, GridforceFullMainGrid
, GridforceLiteGrid
- get_k2()
: GridforceGrid
, GridforceFullBaseGrid
, GridforceFullMainGrid
, GridforceLiteGrid
- get_lphost()
: Molecule
- get_mod_exclusions_for_atom()
: Molecule
- get_mother_atom()
: Molecule
- get_movdrag_params()
: Molecule
- get_noPC()
: Molecule
- get_num_vdw_params()
: Parameters
- get_numQMAtoms()
: Molecule
- get_origin()
: GridforceGrid
, GridforceFullBaseGrid
, GridforceFullMainGrid
, GridforceLiteGrid
- get_plcutoff2()
: CudaTileListKernel
- get_position_for_atom()
: PDB
- get_qmAtmChrg()
: Molecule
- get_qmAtmIndx()
: Molecule
- get_qmAtomGroup()
: Molecule
- get_qmcSMD()
: Molecule
- get_qmCustomPCIdxs()
: Molecule
- get_qmCustPCSizes()
: Molecule
- get_qmDummyBondVal()
: Molecule
- get_qmDummyElement()
: Molecule
- get_qmElements()
: Molecule
- get_qmGrpBonds()
: Molecule
- get_qmGrpChrg()
: Molecule
- get_qmGrpID()
: Molecule
- get_qmGrpMult()
: Molecule
- get_qmGrpNumBonds()
: Molecule
- get_qmGrpSizes()
: Molecule
- get_qmLSSFreq()
: Molecule
- get_qmLSSIdxs()
: Molecule
- get_qmLSSMass()
: Molecule
- get_qmLSSRefIDs()
: Molecule
- get_qmLSSRefMass()
: Molecule
- get_qmLSSRefSize()
: Molecule
- get_qmLSSResSize()
: Molecule
- get_qmLSSSize()
: Molecule
- get_qmMeMMindx()
: Molecule
- get_qmMeNumBonds()
: Molecule
- get_qmMeQMGrp()
: Molecule
- get_qmMMBond()
: Molecule
- get_qmMMBondedIndx()
: Molecule
- get_qmMMChargeTarget()
: Molecule
- get_qmMMNumTargs()
: Molecule
- get_qmMMSolv()
: Molecule
- get_qmNumBonds()
: Molecule
- get_qmNumGrps()
: Molecule
- get_qmPCFreq()
: Molecule
- get_qmReplaceAll()
: Molecule
- get_qmTotCustPCs()
: Molecule
- get_r2_table()
: CudaNonbondedTables
- get_r2_table_tex()
: CudaNonbondedTables
- get_residue_size()
: Molecule
- get_rotdrag_params()
: Molecule
- get_scale()
: GridforceGrid
, GridforceFullBaseGrid
, GridforceFullMainGrid
, GridforceLiteGrid
- get_ss_type()
: Molecule
- get_stir_refPos()
: Molecule
- get_stir_startTheta()
: Molecule
- get_subsArray()
: ComputeQMMgr
- get_table()
: LJTable
- get_table_dim()
: LJTable
- get_table_pair_params()
: Parameters
- get_total_grids()
: GridforceGrid
, GridforceFullMainGrid
, GridforceLiteGrid
- get_vdw_pair_params()
: Parameters
- get_vdw_params()
: Parameters
- get_vmd_forces()
: GlobalMasterIMD
- get_xyzq()
: CudaTileListKernel
- GetAccumulation()
: ALambdaControl
, ALambdaManager
- getAllAcceptors()
: Molecule
- getAllAngles()
: Molecule
- getAllBonds()
: Molecule
- getAllCrossterms()
: Molecule
- getAllDihedrals()
: Molecule
- getAllDonors()
: Molecule
- getAllForceSize()
: ComputeBondedCUDAKernel
- getAllImpropers()
: Molecule
- getAllLphosts()
: Molecule
- getANewMsg()
: ProxyResultVarsizeMsg
, ProxyNodeAwareSpanningTreeMsg
- GetAngle()
: ARestraint
- getAngle()
: GenericMol
, GromacsTopFile
- getAngleParams()
: GromacsTopFile
- GetAngleTarget()
: AnAngleRestraint
, AFixedAngleRestraint
, ABoundAngleRestraint
, AForcingAngleRestraint
- getAtom()
: GenericMol
, GromacsTopFile
- GetAtomAlpha()
: Molecule
- getAtomi()
: GenericBond
, GenericAngle
, GenericDihedral
- getAtomID()
: GlobalMasterEasy
, GlobalMasterFreeEnergy
- getAtomIdBegin()
: GlobalMaster
- getAtomIdEnd()
: GlobalMaster
- getAtomIndex()
: PmeAtomStorage
, PmeAtomFiler
- getAtomj()
: GenericBond
, GenericAngle
, GenericDihedral
- getAtomk()
: GenericAngle
, GenericDihedral
- getAtoml()
: GenericDihedral
- getAtomList()
: HomePatch
- getAtomName()
: GenericAtom
- getAtomNames()
: Molecule
- getAtomParams()
: GromacsTopFile
- getAtomPositionBegin()
: GlobalMaster
- getAtoms()
: PmeAtomStorage
, Molecule
- getAtomSegResInfo()
: Molecule
- getBFactorData()
: Molecule
- getBond()
: GenericMol
, GromacsTopFile
- getBondLambda()
: SimParameters
- getBondParams()
: GromacsTopFile
- GetBound()
: ABoundPosRestraint
, ABoundDistRestraint
, ABoundAngleRestraint
- getBoundingBoxes()
: CudaTileListKernel
- getbuf()
: BroadcastMgr
- getBuffer()
: CudaPmeTranspose
- getCharge()
: GenericAtom
- getCompAtomExtInfo()
: Patch
- getComputeCUDAMgr()
: ComputeCUDAMgr
- getController()
: NamdState
- getCudaAtomList()
: Patch
- getCudaComputeNonbonded()
: ComputeCUDAMgr
- getCudaPatches()
: CudaTileListKernel
- getCurrentLambda()
: SimParameters
- getCurrentLambda2()
: SimParameters
- getData()
: PressureProfileReduction
, PmeRealSpaceCompute
, ReductionSet
- getDataDst()
: FFTCompute
- getDataSize()
: PmeRealSpaceCompute
- getDataSrc()
: FFTCompute
- getDevice()
: ComputePmeCUDAMgr
- getDeviceCount()
: DeviceCUDA
- getDeviceID()
: ComputePmeCUDADevice
, DeviceCUDA
- getDeviceIDbyRank()
: DeviceCUDA
- getDeviceIDforPe()
: DeviceCUDA
- getDeviceIDPencilX()
: ComputePmeCUDAMgr
- getDeviceIDPencilY()
: ComputePmeCUDAMgr
- getDeviceIDPencilZ()
: ComputePmeCUDAMgr
- getDevicePencilY()
: ComputePmeCUDAMgr
- getDevicePencilZ()
: ComputePmeCUDAMgr
- GetDihe()
: ARestraint
- getDihedral()
: GenericMol
, GromacsTopFile
- getDihedralParams()
: GromacsTopFile
- GetDiheTarget1()
: ADiheRestraint
, AFixedDiheRestraint
, ABoundDiheRestraint
, AForcingDiheRestraint
- GetDiheTarget2()
: ADiheRestraint
, AFixedDiheRestraint
, ABoundDiheRestraint
, AForcingDiheRestraint
- GetDistance()
: APosRestraint
, AFixedPosRestraint
, ABoundPosRestraint
, AForcingPosRestraint
- GetDistTarget()
: ADistRestraint
, AFixedDistRestraint
, ABoundDistRestraint
, AForcingDistRestraint
- GetE()
: APosRestraint
, ADistRestraint
, AnAngleRestraint
, ADiheRestraint
- getElecLambda()
: SimParameters
- getEmptyPatches()
: CudaTileListKernel
- getEnergy()
: CudaPmeKSpaceCompute
, PmeKSpaceCompute
- GetEnergy()
: ARestraint
, AFixedPosRestraint
, ABoundPosRestraint
, AForcingPosRestraint
, AFixedDistRestraint
, ABoundDistRestraint
, AForcingDistRestraint
, AFixedAngleRestraint
, ABoundAngleRestraint
, AForcingAngleRestraint
, AFixedDiheRestraint
, ABoundDiheRestraint
, AForcingDiheRestraint
- getEnergyTable()
: CudaNonbondedTables
- getEnergyTableTex()
: CudaNonbondedTables
- getEnergyTailCorr()
: Molecule
- getExclusions()
: GromacsTopFile
- getExclusionTable()
: CudaNonbondedTables
- getExclusionTableTex()
: CudaNonbondedTables
- getExclusionVdwCoefTable()
: CudaNonbondedTables
- getExclusionVdwCoefTableTex()
: CudaNonbondedTables
- getFlags()
: ComputeHomePatches
- getForceAndEnergyTableSize()
: CudaNonbondedTables
- getForceIdBegin()
: GlobalMaster
- getForceIdEnd()
: GlobalMaster
- getForceSize()
: ComputeBondedCUDAKernel
- getForceStride()
: ComputeBondedCUDAKernel
- getForceTable()
: CudaNonbondedTables
- getForceTableTex()
: CudaNonbondedTables
- getfromparseopts()
: SimParameters
- getfromptr()
: ParseOptions
- getGBISPhase()
: Compute
- getGpuIsMine()
: DeviceCUDA
- GetGrad()
: APosRestraint
, ADistRestraint
, AnAngleRestraint
, ADiheRestraint
- GetGradient()
: ARestraint
, AFixedPosRestraint
, ABoundPosRestraint
, AForcingPosRestraint
, AFixedDistRestraint
, ABoundDistRestraint
, AForcingDistRestraint
, AFixedAngleRestraint
, ABoundAngleRestraint
, AForcingAngleRestraint
, AFixedDiheRestraint
, ABoundDiheRestraint
, AForcingDiheRestraint
- getGridObjIndexBegin()
: GlobalMaster
- getGridObjIndexEnd()
: GlobalMaster
- getGridObjValueBegin()
: GlobalMaster
- getGridObjValueEnd()
: GlobalMaster
- getGroupMassBegin()
: GlobalMaster
- getGroupMassEnd()
: GlobalMaster
- getGroupPositionBegin()
: GlobalMaster
- getGroupPositionEnd()
: GlobalMaster
- getGroupTotalForceBegin()
: GlobalMaster
- getGroupTotalForceEnd()
: GlobalMaster
- getHomeNode()
: ComputePmeCUDAMgr
- getHomePencil()
: ComputePmeCUDAMgr
- getIndex()
: AngleTable
, BondTable
, DihedralTable
- getIndexValue()
: Pairlists
- GetIntegration()
: ALambdaManager
, ALambdaControl
- GetIntervalAngle()
: ABoundDiheRestraint
- getJtiles()
: CudaTileListKernel
- GetKf()
: ARestraint
- getLambdaDelta()
: SimParameters
- GetLambdaKf()
: ALambdaControl
, ARestraint
- GetLambdaRef()
: ALambdaControl
, ARestraint
- GetLambdas()
: ALambdaManager
- getLastAtomsForcedBegin()
: GlobalMaster
- getLastAtomsForcedEnd()
: GlobalMaster
- getLastForcesBegin()
: GlobalMaster
- getLcpoParamType()
: Molecule
- getLocalPatchMap()
: NodeProxyMgr
- getLocalProxyMgr()
: NodeProxyMgr
- GetLowerAngle()
: ABoundDiheRestraint
- getMass()
: GlobalMasterEasy
, GlobalMasterFreeEnergy
, GenericAtom
- getMasterChareID()
: CollectionMgr
- getMasterNode()
: ComputeEwald
- getMasterPe()
: DeviceCUDA
- getMasterPeForDeviceID()
: DeviceCUDA
- getMaxNumBlocks()
: DeviceCUDA
- getMaxNumThreads()
: DeviceCUDA
- getMergeGrids()
: DeviceCUDA
- getMessage()
: Communicate
- getMgrProxy()
: ComputePmeCUDADevice
- getModifiedExclusionEnergyTable()
: CudaNonbondedTables
- getModifiedExclusionEnergyTableTex()
: CudaNonbondedTables
- getModifiedExclusionForceTable()
: CudaNonbondedTables
- getModifiedExclusionForceTableTex()
: CudaNonbondedTables
- getMol()
: MolInst
- getMoleculePointers()
: BondElem
, AngleElem
, AnisoElem
, CrosstermElem
, DihedralElem
, GromacsPairElem
, ImproperElem
, ExclElem
, TholeElem
- getName()
: GenericMol
- getNewArray()
: ObjectArena< Type >
- getNextPeSharingGpu()
: DeviceCUDA
- getNode()
: ComputePmeCUDAMgr
- getNoMergeGrids()
: DeviceCUDA
- getNoStreaming()
: DeviceCUDA
- getNum()
: MolInst
- GetNum_dU_dLambda()
: ALambdaControl
, ALambdaManager
- GetNumAccumStepsSoFar()
: ALambdaManager
, ALambdaControl
- getNumAngleParams()
: GromacsTopFile
- getNumAngles()
: GenericMol
, MolInst
, GromacsTopFile
- getNumAtomParams()
: GromacsTopFile
- getNumAtoms()
: PmeAtomStorage
, GlobalMasterEasy
, GlobalMasterFreeEnergy
, GenericMol
, GromacsTopFile
, Patch
, MolInst
, PmeAtomFiler
- getNumBondParams()
: GromacsTopFile
- getNumBonds()
: MolInst
, GromacsTopFile
, GenericMol
- getNumComputes()
: CudaTileListKernel
, Patch
- getNumDevice()
: DeviceCUDA
- getNumDihedralParams()
: GromacsTopFile
- getNumDihedrals()
: GenericMol
, GromacsTopFile
, MolInst
- getNumEmptyPatches()
: CudaTileListKernel
- getNumExcluded()
: CudaTileListKernel
- getNumExclusions()
: GromacsTopFile
- getNumFixedAtoms()
: Patch
- getNumGaussPair()
: GromacsTopFile
- GetNumGroups()
: ARestraint
- GetNumInGroup()
: AGroup
- getNumJtiles()
: CudaTileListKernel
- getNumLJPair()
: GromacsTopFile
- GetNumObjects()
: ALambdaManager
- getNumOutputProcs()
: ParallelIOMgr
- getNumPair()
: GromacsTopFile
- getNumPatches()
: Compute
, PmeAtomStorage
, CudaTileListKernel
- getNumPesSharingDevice()
: DeviceCUDA
- getNumRes()
: GenericMol
, MolInst
- GetNumRestraints()
: ARestraintManager
- GetNumSteps()
: ALambdaControl
- GetNumStepsSoFar()
: ALambdaControl
, ALambdaManager
- getNumStepsToRun()
: LdbCoordinator
- getNumTileLists()
: CudaTileListKernel
- getNumTileListsGBIS()
: CudaTileListKernel
- getOccupancyData()
: Molecule
- getOutputOrder()
: CudaTileListKernel
- GetPaddedTaskStr()
: ALambdaControl
- getPairGaussArrays2()
: PairTable
, GromacsTopFile
- getPairLJArrays2()
: GromacsTopFile
, PairTable
- getParameterPointers()
: AngleElem
, AnisoElem
, CrosstermElem
, DihedralElem
, GromacsPairElem
, ExclElem
, TholeElem
, ImproperElem
, BondElem
- getParams()
: AtomTable
, BondTable
, AngleTable
, DihedralTable
, VDWTable
, DihedralTable
- getPatchesInOctet()
: PatchMap
- getPatchID()
: Patch
- getPatchPairs()
: CudaTileListKernel
- getPatchPos()
: PmeAtomStorage
- getPatchProxyInfo()
: NodeProxyMgr
- getPatchReadyQueue()
: CudaComputeNonbondedKernel
- getPesSharingDevice()
: DeviceCUDA
- getPlugin()
: PluginIOMgr
- getPmeGrid()
: ComputePmeCUDAMgr
- getPosition()
: GlobalMasterFreeEnergy
, GlobalMasterEasy
- GetPosTarget()
: AFixedPosRestraint
, APosRestraint
, AForcingPosRestraint
, ABoundPosRestraint
- getPtree()
: ProxyMgr
- getRecvSpanning()
: ProxyMgr
- GetRefAngle()
: AFixedDiheRestraint
, ABoundAngleRestraint
, AFixedAngleRestraint
- GetRefDist()
: ABoundPosRestraint
, ABoundDistRestraint
, AFixedDistRestraint
- GetRefPos()
: ABoundPosRestraint
, AFixedPosRestraint
- getRepLambda()
: SimParameters
- getResNum()
: GenericAtom
- getResType()
: GenericAtom
- getScript()
: Node
- getSendSpanning()
: ProxyMgr
- getSharedGpu()
: DeviceCUDA
- getSize()
: LCPONeighborList
, Pairlists
- getSpanningTreeChild()
: ProxyPatch
- getSpanningTreeChildPtr()
: ProxyPatch
- getSpanningTreeNChild()
: ProxyPatch
- getSpanningTreeParent()
: ProxyPatch
- GetStartAngle()
: AForcingDiheRestraint
, AForcingAngleRestraint
- GetStartDist()
: AForcingDistRestraint
- GetStartPos()
: AForcingPosRestraint
- GetStopAngle()
: AForcingDiheRestraint
, AForcingAngleRestraint
- GetStopDist()
: AForcingDistRestraint
- GetStopPos()
: AForcingPosRestraint
- GetStr()
: AFixedPosRestraint
, AForcingPosRestraint
, ABoundDistRestraint
, AForcingAngleRestraint
, AFixedDiheRestraint
, ABoundDiheRestraint
, AFixedDistRestraint
, ARestraint
, AFixedAngleRestraint
, AForcingDiheRestraint
, ABoundAngleRestraint
, AForcingDistRestraint
, ABoundPosRestraint
- getStream()
: ComputePmeCUDADevice
- getSystemName()
: GromacsTopFile
- GetTask()
: ALambdaControl
- GetTaskStr()
: ALambdaControl
- getTileExcls()
: CudaTileListKernel
- getTileJatomStart()
: CudaTileListKernel
- getTileJatomStartGBIS()
: CudaTileListKernel
- getTileListDepth()
: CudaTileListKernel
- getTileListOrder()
: CudaTileListKernel
- getTileLists()
: CudaTileListKernel
- getTileListsGBIS()
: CudaTileListKernel
- getTileListStatDevPtr()
: CudaTileListKernel
- getTileListVirialEnergy()
: CudaTileListKernel
- getTileListVirialEnergyGBISLength()
: CudaTileListKernel
- getTileListVirialEnergyLength()
: CudaTileListKernel
- getTmpPatchAtomsList()
: PatchMap
- getTotalForce()
: GlobalMaster
- GetTotalNumSteps()
: ALambdaManager
- getTupleInfo()
: BondElem
, DihedralElem
, ImproperElem
, ExclElem
, TholeElem
, CrosstermElem
, GromacsPairElem
, AngleElem
, AnisoElem
- getType()
: GenericAngle
, GenericDihedral
, GenericAtom
, GenericBond
, AtomTable
- getTypeNum()
: GenericAtom
- GetUpperAngle()
: ABoundDiheRestraint
- getVal()
: HashPoolAdaptorT< T >
, ProxyUsage
- getVdwCoefTable()
: CudaNonbondedTables
- getVdwCoefTableTex()
: CudaNonbondedTables
- getVdwCoefTableWidth()
: CudaNonbondedTables
- getVdwLambda()
: SimParameters
- getVDWParams()
: GromacsTopFile
- getVirial()
: CudaPmeKSpaceCompute
, PmeKSpaceCompute
- getVirialEnergy()
: CudaComputeNonbondedKernel
- getVirialTailCorr()
: Molecule
- gforce
: ComputeGlobalResultsMsg
- giSigma1
: GroGaussPair
, Molecule
- giSigma2
: GroGaussPair
, Molecule
- globalForcesOn
: SimParameters
- GlobalMaster()
: GlobalMaster
- GlobalMasterEasy()
: GlobalMasterEasy
- GlobalMasterFreeEnergy()
: GlobalMasterFreeEnergy
- GlobalMasterIMD()
: GlobalMasterIMD
- GlobalMasterMisc()
: GlobalMasterMisc
- GlobalMasterServer()
: GlobalMasterServer
- GlobalMasterSMD()
: GlobalMasterSMD
- GlobalMasterSymmetry()
: GlobalMasterSymmetry
- GlobalMasterTcl()
: GlobalMasterTcl
, ScriptTcl
- GlobalMasterTMD()
: GlobalMasterTMD
- globalOn
: SimParameters
- globHead
: UniqueSetRaw< Elem >
- gmass
: ComputeGlobalDataMsg
- gMu1
: Molecule
, GroGaussPair
- gMu2
: Molecule
, GroGaussPair
- go_array
: Molecule
- go_indices
: Molecule
- go_restricted()
: Molecule
- goCoordinates
: Molecule
, SimParameters
- goForcesOn
: ComputeNonbondedUtil
, SimParameters
- goGroPair
: ComputeNonbondedUtil
, SimParameters
- goIndxA
: go_pair
- goIndxB
: go_pair
- goIndxLJA
: Molecule
- goIndxLJB
: Molecule
- goInit()
: Molecule
- goMethod
: ComputeNonbondedUtil
, SimParameters
- goNativeEnergy
: Controller
- goNativeEnergyIndex
: ComputeNonbondedUtil
- goNonnativeEnergy
: Controller
- goNonnativeEnergyIndex
: ComputeNonbondedUtil
- goNumLJPair
: Molecule
- good()
: ofstream_namd
- goodglist
: ComputeNonbondedWorkArrays
- goParameters
: SimParameters
- goPDB
: Molecule
- goResidIndices
: Molecule
- goResids
: Molecule
- goSigmaIndices
: Molecule
- goSigmaPairA
: Molecule
- goSigmaPairB
: Molecule
- goSigmas
: Molecule
- goTotalEnergy
: Controller
- gotoUsed()
: UniqueSetIter< Type >
- goWithinCutoff
: Molecule
- GPID
: HydrogenGroupID
, OutputAtomRecord::integerVals
, InputAtom
- gpro_c1hermite
: msm::Map
- gradfreq
: eABF
- gradU()
: ADiheRestraint
- gRepulsive
: GroGaussPair
, Molecule
- gres_c1hermite
: msm::Map
- grespro
: msm::Map
- grid
: GridforceLiteGrid
, PmePencilInitMsgData
, GridforceFullBaseGrid
- Grid()
: msm::Grid< T >
- Grid< T >
: msm::GridFixed< T, N >
- grid_index()
: GridforceLiteGrid
, GridforceFullBaseGrid
- gridCalc1()
: ComputePmeMgr
- gridCalc2()
: ComputePmeMgr
- gridCalc2R()
: ComputePmeMgr
- gridCalc3()
: ComputePmeMgr
- gridCutoff()
: MsmBlock
, MsmC1HermiteBlock
- GRIDCUTOFF
: MsmTimer
- GridFixed()
: msm::GridFixed< T, N >
- gridforcechecksize
: SimParameters
- gridforceCheckSize
: MGridforceParams
- gridforceCol
: MGridforceParams
- gridforceCont
: MGridforceParams
- gridforceContA1
: SimParameters
- gridforceContA2
: SimParameters
- gridforceContA3
: SimParameters
- gridforceFile
: MGridforceParams
- GridforceFullBaseGrid
: GridforceFullSubGrid
, GridforceFullBaseGrid
, GridforceFullMainGrid
- GridforceFullMainGrid()
: GridforceFullMainGrid
, GridforceFullSubGrid
, GridforceFullBaseGrid
- GridforceFullSubGrid
: GridforceFullMainGrid
, GridforceFullBaseGrid
, GridforceFullSubGrid
- GridforceGrid()
: GridforceGrid
- GridforceGridType
: GridforceGrid
- GridforceGridTypeFull
: GridforceGrid
- GridforceGridTypeLite
: GridforceGrid
- GridforceGridTypeUndefined
: GridforceGrid
- gridforceKey
: MGridforceParams
- gridforceLite
: MGridforceParams
, SimParameters
- GridforceLiteGrid()
: GridforceLiteGrid
- gridforceOn
: SimParameters
- gridforceQcol
: MGridforceParams
- gridforceScale
: MGridforceParams
, SimParameters
- gridforceVfile
: MGridforceParams
- gridforceVOffset
: SimParameters
, MGridforceParams
- gridforceVolts
: SimParameters
, MGridforceParams
- gridobjforce
: ComputeGlobalResultsMsg
- gridObjForces()
: GlobalMaster
- gridobjForces
: GlobalMaster
- gridobjindex
: ComputeGlobalDataMsg
- gridObjIndexBegin
: GlobalMaster
- gridObjIndexEnd
: GlobalMaster
- gridobjvalue
: ComputeGlobalDataMsg
- gridObjValueBegin
: GlobalMaster
- gridObjValueEnd
: GlobalMaster
- gridrange
: msm::Map
- gridScalingFactor
: ComputeMsmMgr
- gridsize_a()
: PatchMap
- gridsize_b()
: PatchMap
- gridsize_c()
: PatchMap
- gridspacing
: NL_Msm_t
, ComputeMsmMgr
- GroGaussCompare()
: PairTable
- groGaussEnergy
: Controller
- groGaussEnergyIndex
: ComputeNonbondedUtil
- GroLJCompare()
: PairTable
- groLJEnergy
: Controller
- groLJEnergyIndex
: ComputeNonbondedUtil
- gromacsOn
: SimParameters
- gromacsPair_array
: Parameters
- gromacsPair_type
: Molecule
, gromacsPair
- gromacsPairCnt
: AtomSignature
- GromacsPairElem()
: GromacsPairElem
, Molecule
, GromacsPairElem
- gromacsPairEnergyIndex
: GromacsPairElem
- gromacsPairSigs
: AtomSignature
- GromacsTopFile()
: GromacsTopFile
- group
: GroupInitMsg
- groupFixed
: CompAtomExt
- groupForces()
: GlobalMaster
- grouplist
: ComputeNonbondedWorkArrays
- groupMassBegin
: GlobalMaster
- groupMassEnd
: GlobalMaster
- groupplcutoff
: nonbonded
- groupPositionBegin
: GlobalMaster
- groupPositionEnd
: GlobalMaster
- groupPressure
: Controller
- groupPressure_avg
: Controller
- groupPressure_nbond
: Controller
- groupPressure_normal
: Controller
- groupPressure_slow
: Controller
- groupPressure_tavg
: Controller
- groupTotalForceBegin
: GlobalMaster
- groupTotalForceEnd
: GlobalMaster
- grpForces
: GlobalMaster
- grpIndx
: QMGrpCalcMsg
, QMGrpResMsg
- gtf
: ComputeGlobalDataMsg
- gvc
: msm::Map
- gvc_c1hermite
: msm::Map
- gvsum
: ComputeMsmMgr
- gx
: NL_Msm_t
- gx_f
: NL_Msm_t
- gy
: NL_Msm_t
- gy_f
: NL_Msm_t
- gz
: NL_Msm_t
- gz_f
: NL_Msm_t
- gzero
: ComputeMsmMgr
, NL_Msm_t
- gzero_f
: NL_Msm_t