VMD-L Mailing List

From: Lubos Vrbka (shnek_at_tiscali.cz)
Date: Fri Apr 09 2004 - 09:35:19 CDT

hi,

> Do you have a URL for any file format specifications for those?
> That'd be helpful, we can see how tricky it'd be to write them.
i was trying to find something about .car, but i din't find any
information - it should be somewhere on msi page (redirected to accelrys
and i cannot find the format there)... i attach 2 .car files to this
e-mail, it could help you... anyone knows about better source for this
format?

msi format (quite complicated on the first sight:)):
http://www.chem.cmu.edu/courses/09-560/docs/msi/modenv/D_Files.html#948951

regards, 

-- 
Lubos
_@_"

!BIOSYM archive 2
PBC=ON
                                                                  -286489.209357
!DATE
PBC 20.1979 19.9580 13.4848 90.6560 90.0000 90.0000 (P1)
Si 8.531160565 1.025094974 8.953572358 CORE 1 si Si 4.0000 1
Si 1.395017297 18.989576865 2.168065146 CORE 2 si Si 4.0000 2
Si 11.493939066 11.027681395 4.215766783 CORE 3 si Si 4.0000 3
Si 18.630103220 8.879775611 10.914165034 CORE 4 si Si 4.0000 4
Si 11.674650302 18.935962868 4.172214029 CORE 5 si Si 4.0000 5
Si 18.810793929 0.971481701 10.957726050 CORE 6 si Si 4.0000 6
Si 8.711870561 8.933378933 8.910023023 CORE 7 si Si 4.0000 7
Si 1.575701367 11.081285323 2.211625822 CORE 8 si Si 4.0000 8
Si 6.479967553 0.607010195 11.179187339 CORE 9 si Si 4.0000 9
Si 3.786474555 19.597167423 4.112118884 CORE 10 si Si 4.0000 10
Si 13.885398389 10.420080948 2.271718706 CORE 11 si Si 4.0000 11
Si 16.578920513 9.297857205 8.688540439 CORE 12 si Si 4.0000 12
Si 13.725843811 19.354046934 1.946602999 CORE 13 si Si 4.0000 13
Si 16.419336792 0.363890692 9.013672310 CORE 14 si Si 4.0000 14
Si 6.320407312 9.540979420 10.854069236 CORE 15 si Si 4.0000 15
Si 3.626885585 10.663205212 4.437251250 CORE 16 si Si 4.0000 16
Si 5.654164086 1.366787077 0.603770044 CORE 17 si Si 4.0000 17
Si 4.471693524 18.836283642 7.050169782 CORE 18 si Si 4.0000 18
Si 14.570639633 11.026556390 12.817567768 CORE 19 si Si 4.0000 19
Si 15.753113343 8.692476740 5.780056846 CORE 20 si Si 4.0000 20
Si 14.551647279 18.594272538 12.522020397 CORE 21 si Si 4.0000 21
Si 15.734115216 1.124776849 6.075622196 CORE 22 si Si 4.0000 22
Si 5.635163187 8.934506035 0.308220991 CORE 23 si Si 4.0000 23
Si 4.452691712 11.268583214 7.345734634 CORE 24 si Si 4.0000 24
Si 2.548486888 1.277936052 0.322752102 CORE 25 si Si 4.0000 25
Si 7.581820776 18.576701421 7.117987508 CORE 26 si Si 4.0000 26
Si 17.680756672 11.286146586 12.749749087 CORE 27 si Si 4.0000 27
Si 12.647437214 8.781338527 6.061080062 CORE 28 si Si 4.0000 28
Si 17.657323247 18.683123533 12.803040248 CORE 29 si Si 4.0000 29
Si 12.623988729 1.384356489 6.007800209 CORE 30 si Si 4.0000 30
Si 2.525047164 8.674913393 0.376040511 CORE 31 si Si 4.0000 31
Si 7.558367246 11.179722936 7.064711786 CORE 32 si Si 4.0000 32
Si 1.682559437 0.533509738 10.935447317 CORE 33 si Si 4.0000 33
Si 8.595881717 19.514915469 4.296351088 CORE 34 si Si 4.0000 34
Si 18.694821425 10.502331220 2.087477379 CORE 35 si Si 4.0000 35
Si 11.781513700 9.371383736 8.932286638 CORE 36 si Si 4.0000 36
Si 18.523252569 19.427551460 2.190343417 CORE 37 si Si 4.0000 37
Si 11.609928461 0.446146387 8.829436076 CORE 38 si Si 4.0000 38
Si 1.510982971 9.458727587 11.038312819 CORE 39 si Si 4.0000 39
Si 8.424295917 10.589676341 4.193507720 CORE 40 si Si 4.0000 40
Si 4.109710273 1.184051437 9.168965113 CORE 41 si Si 4.0000 41
Si 6.273304505 18.846536096 2.373761838 CORE 42 si Si 4.0000 42
Si 16.372236466 11.170698741 4.010061576 CORE 43 si Si 4.0000 43
Si 14.208667247 8.720827001 10.698757824 CORE 44 si Si 4.0000 44
Si 16.096101403 18.777010537 3.956826019 CORE 45 si Si 4.0000 45
Si 13.932505315 1.114521271 10.752027038 CORE 46 si Si 4.0000 46
Si 3.833567250 8.790360642 9.115728877 CORE 47 si Si 4.0000 47
Si 5.997141063 11.240231380 2.427035716 CORE 48 si Si 4.0000 48
Si 8.677312529 16.440172779 9.081102630 CORE 49 si Si 4.0000 49
Si 1.496538926 3.375597203 2.395924434 CORE 50 si Si 4.0000 50
Si 11.595481971 6.683666729 3.987920369 CORE 51 si Si 4.0000 51
Si 18.776240555 13.422676451 10.786625325 CORE 52 si Si 4.0000 52
Si 11.528499426 3.520887626 4.044685557 CORE 53 si Si 4.0000 53
Si 18.709272073 16.585462000 10.729869182 CORE 54 si Si 4.0000 54
Si 8.610329013 13.277394485 9.137867799 CORE 55 si Si 4.0000 55
Si 1.429570812 6.538383182 2.339168684 CORE 56 si Si 4.0000 56
Si 6.367564711 17.429406106 10.975026197 CORE 57 si Si 4.0000 57
Si 3.800444108 2.772287493 4.405543667 CORE 58 si Si 4.0000 58
Si 13.899385613 7.286986165 1.978309975 CORE 59 si Si 4.0000 59
Si 16.466489070 12.433438618 8.892713485 CORE 60 si Si 4.0000 60
Si 13.838246835 2.531651959 2.150763757 CORE 61 si Si 4.0000 61
Si 16.405366325 17.188769919 8.720249020 CORE 62 si Si 4.0000 62
Si 6.306426346 12.674074495 11.147476285 CORE 63 si Si 4.0000 63
Si 3.739323588 7.527623332 4.233076910 CORE 64 si Si 4.0000 64
Si 5.394024261 16.643105705 0.321969412 CORE 65 si Si 4.0000 65
Si 4.689022509 3.464547665 7.265883442 CORE 66 si Si 4.0000 66
Si 14.787960993 6.440347425 12.601866796 CORE 67 si Si 4.0000 67
Si 15.492942686 13.374119311 6.061857091 CORE 68 si Si 4.0000 68
Si 14.811787536 3.317950937 12.803819502 CORE 69 si Si 4.0000 69
Si 15.516790189 16.496513308 5.859906708 CORE 70 si Si 4.0000 70
Si 5.417851152 13.520707848 0.523922218 CORE 71 si Si 4.0000 71
Si 4.712870335 6.586942614 7.063934601 CORE 72 si Si 4.0000 72
Si 2.283420530 16.570019998 0.493190903 CORE 73 si Si 4.0000 73
Si 7.789850325 3.424464633 7.048468677 CORE 74 si Si 4.0000 74
Si 17.888792761 6.480406205 12.819270552 CORE 75 si Si 4.0000 75
Si 12.382340622 13.447231920 5.890650536 CORE 76 si Si 4.0000 76
Si 17.922391915 3.391039965 12.632599198 CORE 77 si Si 4.0000 77
Si 12.415962017 16.536596008 6.077321239 CORE 78 si Si 4.0000 78
Si 2.317019150 13.480652572 0.306521496 CORE 79 si Si 4.0000 79
Si 7.823472974 6.513827126 7.235138490 CORE 80 si Si 4.0000 80
Si 1.480776492 17.377880163 11.132843753 CORE 81 si Si 4.0000 81
Si 8.555969079 2.697539802 4.112129890 CORE 82 si Si 4.0000 82
Si 18.654921957 7.361732607 2.271703182 CORE 83 si Si 4.0000 83
Si 11.579717515 12.484980382 8.734908786 CORE 84 si Si 4.0000 84
Si 18.725034628 2.583180574 1.992946681 CORE 85 si Si 4.0000 85
Si 11.649842928 17.263521868 9.013661207 CORE 86 si Si 4.0000 86
Si 1.550889010 12.599325570 10.854089171 CORE 87 si Si 4.0000 87
Si 8.626092896 7.476078665 4.390878139 CORE 88 si Si 4.0000 88
Si 3.858446248 16.748937746 9.182487132 CORE 89 si Si 4.0000 89
Si 6.064772509 3.777364380 2.535397377 CORE 90 si Si 4.0000 90
Si 16.163725765 6.281905794 3.848434749 CORE 91 si Si 4.0000 91
Si 13.957385426 13.113915190 10.685272680 CORE 92 si Si 4.0000 92
Si 16.347363829 3.212122038 3.943304015 CORE 93 si Si 4.0000 93
Si 14.141037609 16.183696507 10.590395162 CORE 94 si Si 4.0000 94
Si 4.042083508 13.679154440 9.277355824 CORE 95 si Si 4.0000 95
Si 6.248422199 6.847146413 2.440512150 CORE 96 si Si 4.0000 96
O 7.692941597 1.304485793 10.331161030 CORE 97 o O 1.2286 97
O 2.325877596 19.411875988 3.429223164 CORE 98 o O 1.2286 98
O 12.424802361 10.605443954 2.954591933 CORE 99 o O 1.2286 99
O 17.791889339 8.600384016 9.536573925 CORE 100 o O 1.2286 100
O 12.512869576 18.656570325 2.794626069 CORE 101 o O 1.2286 101
O 17.879934267 0.549183396 9.696567213 CORE 102 o O 1.2286 102
O 7.781001753 9.355601006 10.171198445 CORE 103 o O 1.2286 103
O 2.413915037 11.360674564 3.589217346 CORE 104 o O 1.2286 104
O 6.436266574 1.291557413 12.660271822 CORE 105 o O 1.2286 105
O 3.687008630 19.069589358 5.644442959 CORE 106 o O 1.2286 106
O 13.785950255 10.947591036 0.739372847 CORE 107 o O 1.2286 107
O 16.535242358 8.613325958 7.207448468 CORE 108 o O 1.2286 108
O 13.769543938 18.669501989 0.465517675 CORE 109 o O 1.2286 109
O 16.518801852 0.891467426 7.481347533 CORE 110 o O 1.2286 110
O 6.419854093 9.013482125 12.386419148 CORE 111 o O 1.2286 111
O 3.670560455 11.347734448 5.918344251 CORE 112 o O 1.2286 112
O 4.120658503 0.832514098 0.383875338 CORE 113 o O 1.2286 113
O 6.014354263 18.406774321 6.702556351 CORE 114 o O 1.2286 114
O 16.113294970 11.456070512 13.165199342 CORE 115 o O 1.2286 115
O 14.219611589 9.226750580 5.999973009 CORE 116 o O 1.2286 116
O 16.085152149 19.128547191 12.741917050 CORE 117 o O 1.2286 117
O 14.191453539 1.554283132 6.423236400 CORE 118 o O 1.2286 118
O 4.092502304 8.350596041 13.444489777 CORE 119 o O 1.2286 119
O 5.986193308 10.734309073 7.125817476 CORE 120 o O 1.2286 120
O 2.081266048 1.404922116 12.265375310 CORE 121 o O 1.2286 121
O 8.498364644 18.987649392 5.837544830 CORE 122 o O 1.2286 122
O 18.597314559 11.029609950 0.546286374 CORE 123 o O 1.2286 123
O 12.180204463 8.499965563 7.602357637 CORE 124 o O 1.2286 124
O 18.124544344 18.556137281 0.860416895 CORE 125 o O 1.2286 125
O 11.707441342 0.973414958 7.288242356 CORE 126 o O 1.2286 126
O 1.608487334 8.931444896 12.579502766 CORE 127 o O 1.2286 127
O 8.025598876 11.461096050 5.523433833 CORE 128 o O 1.2286 128
O 2.573290625 0.920201412 9.630120626 CORE 129 o O 1.2286 129
O 7.588258540 18.672457367 3.329569080 CORE 130 o O 1.2286 130
O 17.687195458 11.344782200 3.054262550 CORE 131 o O 1.2286 131
O 12.672249168 8.984697236 10.237611942 CORE 132 o O 1.2286 132
O 17.632519815 19.040866481 3.495670980 CORE 133 o O 1.2286 133
O 12.617552491 1.288602462 9.796218342 CORE 134 o O 1.2286 134
O 2.518605425 8.616275931 10.071524168 CORE 135 o O 1.2286 135
O 7.533557523 10.976350669 2.888180781 CORE 136 o O 1.2286 136
O 5.042534756 0.877989862 10.463740173 CORE 137 o O 1.2286 137
O 4.913571537 18.767918935 3.275294107 CORE 138 o O 1.2286 138
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!BIOSYM archive 2
PBC=OFF
na cation with 1 water molecule -993.339930
!DATE
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