VMD-L Mailing List

From: Frank Zack (frankzack123_at_REMOVE_yahoo.de)
Date: Fri Nov 27 2015 - 10:35:04 CST

Thank you Axel for your advice.I've forgotten to free all my atom-selections.
However, i was wondering if its really only about atom-selections...What about lists? I guess lists also occupy a lot of space and in fact, as im monitoring the memory-usage of my script in vmd, its rising and rising.Im pretty sure, there are no more un-freed atomselections.
How can I delete lists?
thx in advice,frank.
 

    Axel Kohlmeyer <akohlmey_at_gmail.com> schrieb am 16:09 Donnerstag, 26.November 2015:
 

 On Thu, Nov 26, 2015 at 7:30 AM, Frank Zack
<frankzack123_at_remove_yahoo.de> wrote:
> Hi all,
>
> i've written a simple,dirty tcl-script to coarse-grain 40 Chains of EPR
> Poylmer (All-Atom,1000-repeating units each chain) to a Martini-like
> representation.
> It perfectly works for the first 4 chains...however during coarsegraining
> the 5th chain vmd gets killed and i have no idea why...

these cases are almost always caused due to memory leaks from creating
atom selections inside loops and not deleting them.

axel.

>
> Do you have any suggestions?
>
>
> proc cg {} {
>
>        #package require pbctools
>        #package require topotools 1.5
>        #topo readlammpsdata stage21.data
>
>        set sel [atomselect 0 "residue 40 to 80"]
>        set r1 [$sel get residue]
>        set firstRes [lindex $r1 0]
>        set lastRes [lindex $r1 end]
>        set oldcell [pbc get]
>        puts "firstRes:$firstRes"
>        puts "lastRes:$lastRes"
>
>        #always try to free mem to prevent vmd from getting killed
>        $sel delete
>
>        set counter    0
>
>        set cname "1"
>        set ppname  "13"
>
>        #create new mol+atoms before
>        set sel_c  [atomselect 0 "name '$cname'" ]
>        set sel_pp [atomselect 0 "name '$ppname'" ]
>        set num_c  [$sel_c  num]
>        set num_pp [$sel_pp num]
>        set nrbeads [expr (($num_c/2)+$num_pp)]
>
>        $sel_c  delete
>        $sel_pp delete
>
>        set mol [mol new atoms $nrbeads]
>        animate dup $mol        set logfile [open "cgepr.log" "w"]
>        for {set curchain $firstRes} {$curchain <= $lastRes} {incr curchain}
> {
>                puts "coarsing chain $curchain"
>                set sel [atomselect 0 "residue $curchain"]
>                set maxid [lindex [$sel list] end]
>                set maxid [expr ($maxid-1)]
>                set bbatoms {$cname $ppname}
>                set bb [atomselect 0 "residue $curchain and name '$cname'
> '$ppname'"]
>                set bblist [$bb list]
>
>                $bb delete
>                set curid [lindex [$sel list] 0]
>                $sel delete
>
>                puts "maxid:$maxid"
>                puts "curid:$curid"
>
>                while {$curid < $maxid} {
>                        #ADD BEAD
>                        set cursel [atomselect 0 "index $curid"]
>                        set nextid [expr ($curid+3)]
>                        set nextsel [atomselect 0 "index $nextid"]
>                        set curname [$cursel get name]
>                        set nextname [$nextsel get name]
>                        set cg  0
>
>                        #ignore-terminators
>                        set test [lsearch $bbatoms $curname]
>                        if {$test==-1} {incr curid;continue}
>                        if {$curname==$ppname} {incr curid;continue}
>
>                        if {$curname==$cname} {
>                                if {$nextname==$cname} {
>                                        if { $nextid>$maxid } {break}
>                                        set tmp [atomselect top "index
> $curid to $nextid"]
>                                        set cg [measure center $tmp weight
> {12 1 1 12}]
>
>                                        incr counter
>                                        set sel2 [atomselect $mol "index
> [expr ($counter+1)]"]
>                                        $sel2 set name "PE"
>                                        $sel2 set type "1"
>                                        $sel2 set {x y z} $cg
>                                        $sel2 set resid $curchain
>
>                                        incr curid
>                                        incr curid
>                                        incr curid
>                                        $sel2 delete
>                                        $tmp  delete
>                                        continue
>
>                                }
>                                if {$nextname==$ppname} {
>                                        if { $nextid>$maxid }
>                                        #overnext ist das methyl am pp
>                                        set overnext [expr ($nextid+1)]
>                                        set tmp [atomselect 0 "index $curid
> to $overnext"]
>                                        set cg [measure center $tmp weight
> {12 1 1 12 1 12}]
>                                        #lappend namelist  "PP"
>                                        #lappend typelist  2
>                                        #set xyz [list $cg]
>                                        #lappend xyzlist    $cg
>                                        #lappend idlist      $counter
>                                        #lappend reslist    $curchain
>                                        #lappend resiudelist $curchain
>                                        incr counter
>
>                                        set sel2 [atomselect $mol "index
> $counter"]
>                                        $sel2 set name "PP"
>                                        $sel2 set type "2"
>                                        $sel2 set {x y z} $cg
>                                        $sel2 set resid $curchain
>
>                                        incr curid
>                                        incr curid
>                                        incr curid
>                                        $sel2 delete
>                                        $tmp  delete
>                                        continue
>                                }
>                        }
>                }
>        }
>        #puts "adding $counter atoms"
>        #set mol [mol new atoms $counter]
>        #animate dup $mol
>
>        #set sel [atomselect $mol all]
>        #$sel set name $namelist
>        #$sel set type $typelist
>        #$sel set {x y z} $xyzlist
>        #$sel set resid $reslist
>
>        #ADDBONDS
>
>        puts "adding bonds"
>        puts "first:$firstRes, last:$lastRes"
>        for {set i $first } {$i <=$last } {incr i} {
>                #puts "i:$i"
>                set sel [atomselect $mol "all resid $i" ]
>                set l [$sel get index]
>                set firstIndex [lindex $l 1]
>                set lastIndex  [lindex $l end]
>                puts $logfile "outerloop for chain $i"
>                puts $logfile "firstIndex: $firstIndex"
>                puts $logfile "lastIndex:  $lastIndex"
>                for {set k $firstIndex} {$k <=$lastIndex} {incr k} {
>                        set i1 $k
>                        set i2 [expr ($k-1)]
>                        ::TopoTools::addbond $mol $i1 $i2 1 1
>                        puts $logfile "added bond for chain $i, index1:$i1,
> index2:$i2"
>                }
>        }
>        set sel [atomselect $mol all]
>        puts $logfile "guessing angles"
>        ::TopoTools::guessangles $sel
>        #pbc set cell [lindex $oldcell 0]
>        ::PBCTools::pbcset [lindex $oldcell 0]
>        topo writelammpsdata -sel $sel cg.data
> 

-- 
Dr. Axel Kohlmeyer  akohlmey_at_gmail.com  http://goo.gl/1wk0
College of Science & Technology, Temple University, Philadelphia PA, USA
International Centre for Theoretical Physics, Trieste. Italy.