VMD-L Mailing List

From: Susana Tomasio (susietomasio_at_gmail.com)
Date: Tue Mar 01 2011 - 11:50:03 CST

Hi,

How can I check that my plugin compilation was successful?

This is what I did:

I downloaded vmd soure code (vmd-1.8.7-src.tar.gz)

tar -zxvf vmd-1.8.7.src.tar.gz
cd plugins
tcsh
setenv TCLINC -I/usr/include/tcl
setenv TCLLIB -F/usr/lib/
setenv OSARCH MACOSXX86
make clean
make $OSARCH TCLINC=-I/usr/include/tcl TCLLIB=-F/usr/lib/
sudo make distrib PLUGINDIR=/usr/local/lib/vmd/plugins

Cheers,

Susana

On Tue, Mar 1, 2011 at 5:28 PM, John Stone <johns_at_ks.uiuc.edu> wrote:

>
> Axel,
> Yes, in principle one could use the dynamic plugins, but without
> the necessary loading infrastructure implemented, it's not what I'd suggest
> for someone just getting started. This is exactly why I said "it would be
> difficult", since one would first have to write the loading code. ;-)
>
> This will likely be solved in an upcoming version of the plugin tree
> later this summer, as I need the dynamic loading mechanism to be easy
> to incorporate into other plugins (like psfgen). When implemented,
> it also take care of the Fortran case too.
>
> Cheers,
> John
>
> On Tue, Mar 01, 2011 at 12:23:36PM -0500, Axel Kohlmeyer wrote:
> > On Tue, Mar 1, 2011 at 11:38 AM, John Stone <johns_at_ks.uiuc.edu> wrote:
> > >
> > > Susana,
> > > áAlthough VMD ships with the dynamically loadable plugins, those
> > > would be difficult to use from Fortran. áI think you will find it
> >
> > john,
> >
> > since the fortran warppers are written in C, there is no principal
> difference
> > to load shared objects instead of the static plugins between the fortran
> > wrappers and VMD itself. it is only that i didn't write code for
> registering
> > them in addition to the static ones. lazyness, i guess.
> >
> > cheers,
> > axel.
> >
> > > much easier to compile the VMD plugins from source code and use the
> > > statically linkable version, "libmolfile_plugin.a", that is built
> > > when you compile the plugins yourself.
> > >
> > > Cheers,
> > > áJohn Stone
> > > ávmd_at_ks.uiuc.edu
> > >
> > > On Tue, Mar 01, 2011 at 04:34:35PM +0000, Susana Tomasio wrote:
> > >> á áHi John,
> > >>
> > >> á áThank you for your reply.
> > >> á áI do have a directory with the molfile plugins which was created
> when I
> > >> á áinstalled vmd.
> > >> á áIt includes the .so files such as xyzplugin.so, moldenplugin.so
> etc. But
> > >> á áthe files molfile_plugin.h and
> > >> á ávmdplugin.h are in a different directory.
> > >>
> > >> á áThank you,
> > >>
> > >> á áSusana
> > >>
> > >> á áOn Tue, Mar 1, 2011 at 4:24 PM, John Stone <johns_at_ks.uiuc.edu>
> wrote:
> > >>
> > >> á á áHi Susana,
> > >> á á á Before you compile the Fortran bindings, you'll have to have
> > >> á á áalready compiled the plugins themselves. áDid you compile the
> plugins
> > >> á á ábefore trying to compile the Fortran bindings? áIf so, there
> should be a
> > >> á á á"compile" subdirectory in your plugin tree containing the plugin
> > >> á á álibraries
> > >> á á áand header files, which is the first step in the process to
> linking them
> > >> á á áinto
> > >> á á áyour Fortran code.
> > >>
> > >> á á áCheers,
> > >> á á á John Stone
> > >> á á á vmd_at_ks.uiuc.edu
> > >>
> > >> á á áOn Tue, Mar 01, 2011 at 04:16:18PM +0000, Susana Tomasio wrote:
> > >> á á á> á áHi,
> > >> á á á>
> > >> á á á> á áI'm trying to compile the Fortran bindings for the VMD
> molfile
> > >> á á áplugins of
> > >> á á á> á áAxel Kohlmeyer on a MacOSX Snow Leopard.
> > >> á á á> á áI have edited the Makefile to include the architecture and
> the c
> > >> á á áand
> > >> á á á> á áfortran compilers. I also edited NETCDFLIB to include the
> location
> > >> á á á> á áof netcdf.
> > >> á á á> á áThis is how the config section of my Makefile looks like:
> > >> á á á>
> > >> á á á>
> > >> á á á
> ########################################################################
> > >> á á á> á áARCH á á á á á = MACOSX86-64
> > >> á á á> á áARCHDIR á á á á= /Applications/VMD\
> > >> á á á> á á1.8.7.app/Contents/vmd/plugins/include/
> > >> á á á> á áFC á á á á á á = g77
> > >> á á á> á á#FC á á á á á á = g77
> > >> á á á> á á#-fno-second-underscore
> > >> á á á> á áCC á á á á á á = gcc
> > >> á á á> á áLD á á á á á á = $(FC)
> > >> á á á> á áOPT á á á á á á= -O2 -Wall
> > >> á á á> á áCPPFLAGS á á á = -I../../include -I$(ARCHDIR) #
> > >> á á á> á á-D_F77_F2C_UNDERSCORE
> > >> á á á> á áCFLAGS á á á á = -c $(CPPFLAGS) $(OPT)
> > >> á á á> á áFFLAGS á á á á = -c $(OPT)
> > >> á á á> á áNETCDFLIB á á á= -L/opt/local/var/macports/software/netcdf/
> > >> á á á> á á#/usr/lib64/netcdf-3
> > >> á á á> á áNETCDFLDFLAGS á= -lnetcdf
> > >> á á á> á áTCLLIB á á á á =
> > >> á á á> á áTCLLDFLAGS á á = -ltcl8.4
> > >> á á á> á áLDFLAGS á á á á= -L$(ARCHDIR) $(TCLLIB) $(NETCDFLIB)
> > >> á á á> á áLDLIBS á á á á = -lmolfile_plugin $(NETCDFLDFLAGS)
> $(TCLLDFLAGS)
> > >> á á á-lstdc++
> > >> á á á> á á-ldl
> > >> á á á>
> > >> á á á
> ########################################################################
> > >> á á á>
> > >> á á á> á áI also copied the files molfile_plugin.h, vmdplugin.h and
> > >> á á á> á álibmolfile_plugin.h to my working directory.
> > >> á á á>
> > >> á á á> á áWhen I typed "make" I got the following:
> > >> á á á>
> > >> á á á> á ág77 -c -O2 -Wall tester.f -o tester.o
> > >> á á á> á ágcc -c -I../../include -I/Applications/VMD\
> > >> á á á> á á1.8.7.app/Contents/vmd/plugins/include/ á-O2 -Wall
> f77_molfile.c -o
> > >> á á á> á áf77_molfile.o
> > >> á á á> á ág77 -o tester -L/Applications/VMD\
> > >> á á á> á á1.8.7.app/Contents/vmd/plugins/include/
> > >> á á á> á á-L/opt/local/var/macports/software/netcdf/ á átester.o
> > >> á á áf77_molfile.o
> > >> á á á> á á-lmolfile_plugin -lnetcdf -ltcl8.4 -lstdc++ -ldl
> > >> á á á> á áld: library not found for -lmolfile_plugin
> > >> á á á> á ácollect2: ld returned 1 exit status
> > >> á á á> á ámake: *** [tester] Error 1
> > >> á á á>
> > >> á á á> á áI don't understand this error. It looks like it cannot find
> > >> á á á> á á-lmolfile_plugin. But I don't think that there is such file.
> > >> á á á>
> > >> á á á> á áI would be grateful if anyone could help me with this.
> > >> á á á>
> > >> á á á> á áThank you.
> > >> á á á>
> > >> á á á> á áKind regards,
> > >> á á á>
> > >> á á á> á áSusana
> > >> á á á--
> > >> á á áNIH Resource for Macromolecular Modeling and Bioinformatics
> > >> á á áBeckman Institute for Advanced Science and Technology
> > >> á á áUniversity of Illinois, 405 N. Mathews Ave, Urbana, IL 61801
> > >> á á áEmail: johns_at_ks.uiuc.edu á á á á á á á á Phone: 217-244-3349
> > >> á á á WWW: http://www.ks.uiuc.edu/~johns/ á á áFax: 217-244-6078
> > >
> > > --
> > > NIH Resource for Macromolecular Modeling and Bioinformatics
> > > Beckman Institute for Advanced Science and Technology
> > > University of Illinois, 405 N. Mathews Ave, Urbana, IL 61801
> > > Email: johns_at_ks.uiuc.edu á á á á á á á á Phone: 217-244-3349
> > > áWWW: http://www.ks.uiuc.edu/~johns/ á á áFax: 217-244-6078
> > >
> >
> >
> >
> > --
> > Dr. Axel Kohlmeyer
> > akohlmey_at_gmail.com áhttp://goo.gl/1wk0
> >
> > Institute for Computational Molecular Science
> > Temple University, Philadelphia PA, USA.
>
> --
> NIH Resource for Macromolecular Modeling and Bioinformatics
> Beckman Institute for Advanced Science and Technology
> University of Illinois, 405 N. Mathews Ave, Urbana, IL 61801
> Email: johns_at_ks.uiuc.edu Phone: 217-244-3349
> WWW: http://www.ks.uiuc.edu/~johns/ Fax: 217-244-6078
>