Here is a list of all file members with links to the files they belong to:
- a -
- A
: ComputeNonbondedBase2.h
- accelMDRescaleFactorTag
: Broadcasts.h
- ACCEPTOR
: structures.h
- adaptTemperatureTag
: Broadcasts.h
- ADD_TENSOR
: ReductionMgr.h
- ADD_TENSOR_OBJECT
: ReductionMgr.h
- ADD_VECTOR
: ReductionMgr.h
- ADD_VECTOR_OBJECT
: ReductionMgr.h
- AddAtom()
: FreeEnergyParse.C
, FreeEnergyParse.h
- AddAtoms()
: FreeEnergyParse.C
, FreeEnergyParse.h
- AddAtomsInResidues()
: FreeEnergyParse.h
, FreeEnergyParse.C
- AddResidues()
: FreeEnergyParse.C
, FreeEnergyParse.h
- after_backend_init()
: BackEnd.C
, mainfunc.C
- AI
: ComputePmeCUDAKernel.cu
- AJ
: ComputePmeCUDAKernel.cu
- AK
: ComputePmeCUDAKernel.cu
- ALCH
: ComputeNonbondedBase.h
- ALCHPAIR
: ComputeNonbondedBase.h
, ComputeNonbondedBase2.h
- ALIGN_8
: packmsg.h
- ALL
: Communicate.h
- all_init()
: BackEnd.C
- ALLBUTME
: Communicate.h
- ALLOCA
: PmeKSpace.C
, ProxyMgr.C
- allocate_device()
: CudaUtils.h
- allocate_device_T()
: CudaUtils.C
, CudaUtils.h
- allocate_host()
: CudaUtils.h
- allocate_host_T()
: CudaUtils.C
, CudaUtils.h
- AllocateNamdCentLB()
: NamdCentLB.C
, NamdCentLB.h
- AllocateNamdDummyLB()
: NamdDummyLB.C
, NamdDummyLB.h
- Ambertoppar
: parm.h
- ANGLE
: structures.h
- Angle
: structures.h
- angleForce()
: ComputeBondedCUDAKernel.cu
- ANGLES
: GromacsTopFile.C
- ANGLETYPES
: GromacsTopFile.C
- ANGSTROMS_PER_NM
: GromacsTopFile.C
- Aniso
: structures.h
- AnisoValue
: ComputeAniso.h
- anterpolation()
: msm_longrng.c
, msm_longrng_sprec.c
- ANY
: Communicate.h
- APPROX_BSPLINE
: MsmMacros.h
- APPROX_CUBIC
: MsmMacros.h
- APPROX_END
: MsmMacros.h
- APPROX_NONIC
: MsmMacros.h
- APPROX_NONIC4
: MsmMacros.h
- APPROX_QUINTIC
: MsmMacros.h
- APPROX_QUINTIC2
: MsmMacros.h
- APPROX_SEPTIC
: MsmMacros.h
- APPROX_SEPTIC3
: MsmMacros.h
- ApproxName
: msm.c
- AQ
: ComputePmeCUDAKernel.cu
- ASSERT
: FreeEnergyAssert.h
, msm_defn.h
, MsmMap.h
- atmLSSData
: ComputeQM.C
- atoBool()
: ScriptTcl.C
- atobool()
: SimParameters.C
- ATOM
: ComputePmeCUDAKernel.cu
- Atom
: structures.h
- atom_params
: ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
, ComputeNonbondedCUDA.C
- atom_params_size
: ComputeNonbondedCUDA.C
, ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
- atomData
: CompressPsf.C
- ATOMIC_BINS
: CudaUtils.h
- AtomID
: NamdTypes.h
- AtomIDList
: NamdTypes.h
- atomIndex
: CudaComputeNonbondedKernel.cu
- AtomNameInfo
: structures.h
- atomNamePool
: CompressPsf.C
- ATOMS
: GromacsTopFile.C
- atoms
: ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
- atoms_per_block
: ComputePmeCUDAKernel.cu
- atoms_per_warp
: ComputePmeCUDAKernel.cu
- atoms_size
: ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
- AtomSegResInfo
: Molecule.h
- AtomSigID
: NamdTypes.h
- atomSigPool
: CompressPsf.C
- AtomType
: NamdTypes.h
- atomTypePool
: CompressPsf.C
- ATOMTYPES
: GromacsTopFile.C
- average()
: HomePatch.C
- averageLoad
: ProxyMgr.C
- AVGXY
: Controller.C
- AX
: ComputePmeCUDAKernel.cu
- AY
: ComputePmeCUDAKernel.cu
- AZ
: ComputePmeCUDAKernel.cu