- a -

• ApproxName : msm.c
• atomData : CompressPsf.C
• atomNamePool : CompressPsf.C
• atomSigPool : CompressPsf.C
• atomTypePool : CompressPsf.C
• averageLoad : ProxyMgr.C

- b -

• bool_negative_number_warning_flag : GromacsTopFile.C

- c -

• chargePool : CompressPsf.C
• coords : ScriptTcl.C
• cpuloads : ProxyMgr.C , NamdCentLB.C , NamdHybridLB.C
• cpuTime_start : BackEnd.C
• cuda_args : DeviceCUDA.C
• CUDA_PME_CHARGES_BATCHED_PROTOTYPE : ComputePmeCUDAKernel.h
• CUDA_PME_CHARGES_PROTOTYPE : ComputePmeCUDAKernel.h
• CUDA_PME_FORCES_PROTOTYPE : ComputePmeCUDAKernel.h

- d -

• dcdplugin : ScriptTcl.C
• debug : parm.C
• deviceCUDA : Sequencer.C , ComputeBondedCUDA.C , ComputePme.C , WorkDistrib.C , Node.C , ComputeCUDAMgr.C , CudaPmeSolver.C , ComputeLonepairsCUDA.C , DeviceCUDA.C , CudaPmeSolverUtil.C , SimParameters.C , GlobalGPUMgr.C , ComputePmeCUDAMgr.C , CudaComputeNonbonded.C , ComputeMgr.C
• deviceIDList : DeviceCUDA.C
• dout : DataStream.h , DataStream.C
• dp1 : ComputeFullDirectBase.h

- e -

• eachAtomClusterID : CompressPsf.C
• eachAtomExclSigs : CompressPsf.C
• eachAtomSigs : CompressPsf.C
• eachClusterID : CompressPsf.C
• eachClusterSize : CompressPsf.C
• electEnergy : ComputeFullDirectBase.h
• eventEndOfTimeStep : Sequencer.C , Controller.C , Node.C
• eventHoldComputes : Sync.C
• eventMachineProgress : WorkDistrib.C
• eventReleaseComputes : Sync.C
• exclusions_atom_i : GromacsTopFile.C
• exclusions_atom_j : GromacsTopFile.C
• extraAngleParams : CompressPsf.C
• extraAngles : CompressPsf.C
• extraBondParams : CompressPsf.C
• extraBonds : CompressPsf.C
• extraDihedralParams : CompressPsf.C
• extraDihedrals : CompressPsf.C
• extraImproperParams : CompressPsf.C
• extraImpropers : CompressPsf.C

- f -

• filehandle : ScriptTcl.C

- g -

• g_cfgList : CompressPsf.C
• g_mol : CompressPsf.C
• g_numClusters : CompressPsf.C
• g_param : CompressPsf.C
• g_simParam : CompressPsf.C
• gNAMDBinaryName : BackEnd.C , Node.C
• gotsigint : Controller.C

- i -

• IndexOffset : msm_longrng.c , msm_longrng_sprec.c
• inNodeProxySpanDim : ProxyMgr.h , ProxyMgr.C
• INTERP_PARAMS : msm_setup.c

- j -

• j_begin : ComputeFullDirectBase.h

- k -

• kALittle : FreeEnergyEnums.h
• kAlmostMinusOne : FreeEnergyEnums.h
• kAlmostOne : FreeEnergyEnums.h
• kGroupMultiplier : FreeEnergyGroup.h
• kGroupNumToStart : FreeEnergyGroup.h
• kLambdaMultiplier : FreeEnergyLambdMgr.h
• kLambdaNumToStart : FreeEnergyLambdMgr.h
• kMultiplier : FreeEnergyRMgr.h
• kNumToStart : FreeEnergyRMgr.h
• kNumTupleTypes : TupleTypesCUDA.h
• kPi : FreeEnergyEnums.h

- l -

• LABEL_SIZE : TestArray.C

- m -

• massPool : CompressPsf.C
• masterPeList : DeviceCUDA.C
• maxDCD : Output.C
• memusageinitobject : memusage.h
• MODIFIED : ComputeNonbondedBase2.h

- n -

• namd_build_date : main.C
• namd_build_machine : main.C
• namd_build_user : main.C
• namd_commit_id : main.C
• NamdProfileEventStr : NamdEventsProfiling.h
• node_molecule : Node.C
• node_parameters : Node.C
• node_simParameters : Node.C
• Nstencil : msm_longrng.c , msm_longrng_sprec.c
• NUM_GRID_MAX : PmeSolverUtil.h
• numatoms : ScriptTcl.C
• numExclusion : GromacsTopFile.C
• numGaussPair : GromacsTopFile.C
• numLJPair : GromacsTopFile.C

- p -

• p_ij_x : ComputeNonbondedBase2.h
• p_ij_y : ComputeNonbondedBase2.h
• p_ij_z : ComputeNonbondedBase2.h
• ParamNameMaxLen : TupleString.h
• parse : eabfTcl.C
• pencilPMEProcessors : ComputePme.C
• PhiStencil : msm_longrng_sprec.c , msm_longrng.c
• PhiStencilFactored : msm_longrng.c , msm_longrng_sprec.c
• PolyDegree : msm_longrng.c , msm_longrng_sprec.c
• procidx : ProxyMgr.C
• proxyRecvSpanning : ProxyMgr.C , ProxyMgr.h
• proxySendSpanning : ProxyMgr.h , ProxyMgr.C
• proxySpanDim : ProxyMgr.h , ProxyMgr.C

- r -

• randtopo : WorkDistrib.C
• recvRedCalledEarly : DataExchanger.C
• resNamePool : CompressPsf.C
• rp1 : ComputeFullDirectBase.h

- s -

• scaling_factors : ParseOptions.C
• segNamePool : CompressPsf.C
• sigsOfAngles : CompressPsf.C
• sigsOfBonds : CompressPsf.C
• sigsOfCrossterms : CompressPsf.C
• sigsOfDihedrals : CompressPsf.C
• sigsOfExclusions : CompressPsf.C
• sigsOfImpropers : CompressPsf.C
• SplitName : msm.c
• startupTime : Node.C

- t -

• table_types : Parameters.C

- u -

• unit_string_array : ParseOptions.C

- v -

• vcoords : ScriptTcl.C
• virial_xx : ComputeFullDirectBase.h
• virial_xy : ComputeFullDirectBase.h
• virial_xz : ComputeFullDirectBase.h
• virial_yy : ComputeFullDirectBase.h
• virial_yz : ComputeFullDirectBase.h
• virial_zz : ComputeFullDirectBase.h
• vmdforces : GlobalMasterIMD.C

- w -

• wallTime_start : BackEnd.C

- x -

• xx : ComputeFullDirectBase.h
• xy : ComputeFullDirectBase.h
• xz : ComputeFullDirectBase.h

- y -

• yx : ComputeFullDirectBase.h
• yy : ComputeFullDirectBase.h
• yz : ComputeFullDirectBase.h

- z -

• zx : ComputeFullDirectBase.h
• zy : ComputeFullDirectBase.h
• zz : ComputeFullDirectBase.h