NAMD
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c
d
e
f
g
h
i
l
m
n
o
p
q
r
s
t
v
w
- a -
Ambertoppar :
parm.h
Angle :
structures.h
Aniso :
structures.h
AnisoValue :
ComputeAniso.h
atmLSSData :
ComputeQM.C
Atom :
structures.h
AtomID :
NamdTypes.h
AtomIDList :
NamdTypes.h
AtomNameInfo :
structures.h
AtomSegResInfo :
Molecule.h
AtomSigID :
NamdTypes.h
AtomType :
NamdTypes.h
- b -
BigReal :
common.h
BigRealList :
NamdTypes.h
BlockLoad :
CudaTileListKernel.cu
BlockRadixSort :
CudaTileListKernel.cu
Bond :
structures.h
Bool :
common.h
- c -
Charge :
NamdTypes.h
ClusterCoorMsgBuffer :
ParallelIOMgr.h
ClusterCoorSet :
ParallelIOMgr.h
ClusterCoorSetIter :
ParallelIOMgr.h
ClusterSet :
ParallelIOMgr.h
ClusterSetIter :
ParallelIOMgr.h
ClusterSizeMsgBuffer :
ParallelIOMgr.h
CompAtomExtList :
NamdTypes.h
CompAtomList :
NamdTypes.h
ComputeHomePatchList :
ComputeHomePatches.h
ComputeID :
NamdTypes.h
ComputeList :
NamdTypes.h
ComputePtrList :
Patch.h
ComputePtrListIter :
Patch.C
Coordinate :
NamdTypes.h
Crossterm :
structures.h
cSMDPair :
MoleculeQM.C
,
ComputeQM.h
CudaAtomList :
NamdTypes.h
- d -
Dihedral :
structures.h
Double :
MsmMap.h
DrudeConst :
structures.h
- e -
ExclSigID :
NamdTypes.h
ExclusionSettings :
SimParameters.h
- f -
Float :
MsmMap.h
FmmSerialForce :
ComputeFmmSerial.C
Force :
NamdTypes.h
ForceList :
NamdTypes.h
FourBodyConsts :
Parameters.h
FullAtomList :
NamdTypes.h
- g -
GBReal :
ComputeGBIS.inl
,
ComputeNonbondedCUDAKernel.h
,
NamdTypes.h
GBRealList :
NamdTypes.h
GlobalMasterColvars :
GlobalMasterColvars.h
GoChoices :
SimParameters.h
GoPair :
Molecule.h
GoValue :
Molecule.h
GromacsPair :
structures.h
GrpDistMap :
ComputeQM.C
- h -
HGArrayBigReal :
HomePatch.C
HGArrayInt :
HomePatch.C
HGArrayVector :
HomePatch.C
HGMatrixBigReal :
HomePatch.C
HGMatrixVector :
HomePatch.C
HomePatchList :
HomePatchList.h
HomePatchListIter :
HomePatchList.h
HydrogenGroup :
Hydrogen.h
- i -
Improper :
structures.h
Index :
structures.h
IndexedNbtholePair :
Parameters.h
IndexedTablePair :
Parameters.h
IndexedVdwPair :
Parameters.h
InputAtomList :
NamdTypes.h
int32 :
loaddcd.c
,
imd.h
,
dumpdcd.c
int64 :
common.h
InterpParams :
msm_setup.c
IntList :
NamdTypes.h
- l -
LdbId :
LdbCoordinator.h
LdbInfra :
LdbCoordinator.h
Lphost :
structures.h
LSSDataMap :
ComputeQM.C
LSSRefMap :
ComputeQM.C
- m -
Mass :
ComputeGBIS.inl
,
NamdTypes.h
MigrationElem :
Migration.h
MigrationList :
Migration.h
MigrationListIter :
Migration.h
Moa1Grid :
ComputeMoa.h
Moa3Grid :
ComputeMoa.h
MovePatchList :
PatchMgr.h
MovePatchListIter :
PatchMgr.h
MsmSerialForce :
ComputeMsmSerial.C
MTSChoices :
SimParameters.h
- n -
namd_sighandler_t :
Controller.C
NbtholePairValue :
Parameters.h
NL_Msm :
msm.h
NodeID :
NamdTypes.h
NodeIDList :
NamdTypes.h
- o -
Origin :
ComputeQM.h
- p -
PatchID :
NamdTypes.h
PatchIDList :
NamdTypes.h
PatchList :
NamdTypes.h
PDBAtomList :
PDB.h
PDBAtomPtr :
PDB.h
plint :
ComputeNonbondedUtil.h
PmeReduction :
PmeBase.h
PosDistPair :
ComputeQM.C
Position :
NamdTypes.h
PositionList :
NamdTypes.h
pRestr :
FreeEnergyRMgr.h
ProxySet :
ProxyMgr.h
ProxySetIter :
ProxyMgr.h
proxyTreeNodeList :
NamdTypes.h
- q -
QMAtmVec :
ComputeQM.C
QMPCVec :
ComputeQM.C
- r -
Real :
common.h
,
GromacsTopFile.h
RealList :
NamdTypes.h
refLSSData :
ComputeQM.C
refSelStrMap :
MoleculeQM.C
refSelStrPair :
MoleculeQM.C
refSelStrVec :
MoleculeQM.C
- s -
ScaledPosition :
Lattice.h
SigIndex :
NamdTypes.h
SortEntry :
NamdTypes.h
- t -
Target :
ComputeQM.h
Thole :
structures.h
TholeValue :
ComputeThole.h
TransformList :
NamdTypes.h
TuplePatchList :
ComputeHomeTuples.h
TuplePatchListIter :
ComputeHomeTuples.h
- v -
VdwValue :
Parameters.h
Velocity :
NamdTypes.h
VelocityList :
NamdTypes.h
- w -
WarpMask :
CudaUtils.h
wkf_timerhandle :
wkfutils.h
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