- a -

• Angle : structures.h
• Aniso : structures.h
• AnisoValue : ComputeAniso.h
• atmLSSData : ComputeQM.C
• Atom : structures.h
• atomData : LincsSolver.C , LincsSolver.h
• AtomID : NamdTypes.h
• AtomIDList : NamdTypes.h
• AtomNameInfo : structures.h
• AtomSegResInfo : Molecule.h
• AtomSigID : NamdTypes.h
• AtomType : NamdTypes.h

- b -

• BigReal : common.h , CudaUtils.h , MShakeKernel.h
• BigRealList : NamdTypes.h
• Bond : structures.h
• Bool : common.h

- c -

• Charge : NamdTypes.h
• ClusterCoorMsgBuffer : ParallelIOMgr.h
• ClusterCoorSet : ParallelIOMgr.h
• ClusterCoorSetIter : ParallelIOMgr.h
• ClusterSet : ParallelIOMgr.h
• ClusterSetIter : ParallelIOMgr.h
• ClusterSizeMsgBuffer : ParallelIOMgr.h
• CompAtomExtList : NamdTypes.h
• CompAtomList : NamdTypes.h
• ComputeHomePatchList : ComputeHomePatches.h
• ComputeID : NamdTypes.h
• ComputeList : NamdTypes.h
• ComputePtrList : Patch.h
• ComputePtrListIter : Patch.C
• constraintTuple : LincsSolver.C , LincsSolver.h
• Coordinate : NamdTypes.h
• Crossterm : structures.h
• cSMDPair : ComputeQM.h , MoleculeQM.C
• CudaAtomList : NamdTypes.h

- d -

• DCDParams : common.h
• Dihedral : structures.h
• Double : MsmMap.h
• DrudeConst : structures.h

- e -

• ExclSigID : NamdTypes.h
• ExclusionSettings : SimParameters.h

- f -

• Float : MsmMap.h
• FmmSerialForce : ComputeFmmSerial.C
• Force : NamdTypes.h
• ForceList : NamdTypes.h
• FourBodyConsts : Parameters.h
• FullAtomList : NamdTypes.h

- g -

• GBReal : ComputeGBIS.inl , NamdTypes.h
• GBRealList : NamdTypes.h
• GlobalMasterColvars : GlobalMasterColvars.h
• GoChoices : SimParameters.h
• GoPair : Molecule.h
• GoValue : Molecule.h
• GromacsPair : structures.h
• GrpDistMap : ComputeQM.C

- h -

• HGArrayBigReal : HomePatch.C
• HGArrayInt : HomePatch.C
• HGArrayVector : HomePatch.C
• HGMatrixBigReal : HomePatch.C
• HGMatrixVector : HomePatch.C
• HomePatchList : HomePatchList.h
• HomePatchListIter : HomePatchList.h
• HydrogenGroup : Hydrogen.h

- i -

• Improper : structures.h
• Index : structures.h
• IndexedNbtholePair : Parameters.h
• IndexedTablePair : Parameters.h
• IndexedVdwPair : Parameters.h
• IndexedVdwPairAccel : Parameters.h
• InputAtomList : NamdTypes.h
• int16 : common.h
• int32 : common.h , dumpdcd.c , imd.h , loaddcd.c
• int64 : common.h
• int8 : common.h
• InterpParams : msm_setup.c
• IntList : NamdTypes.h

- l -

• LdbId : LdbCoordinator.h
• LdbInfra : LdbCoordinator.h
• LjPmeSerialForce : ComputeLjPmeSerial.C
• Lphost : structures.h
• LSSDataMap : ComputeQM.C
• LSSRefMap : ComputeQM.C

- m -

• Mass : ComputeGBIS.inl , NamdTypes.h
• MigrationElem : Migration.h
• MigrationList : Migration.h
• MigrationListIter : Migration.h
• Moa1Grid : ComputeMoa.h
• Moa3Grid : ComputeMoa.h
• MovePatchList : PatchMgr.h
• MovePatchListIter : PatchMgr.h
• MsmSerialForce : ComputeMsmSerial.C
• MTSChoices : SimParameters.h

- n -

• namd_sighandler_t : Controller.C
• NbtholePairValue : Parameters.h
• NL_Msm : msm.h
• NodeID : NamdTypes.h
• NodeIDList : NamdTypes.h

- o -

• Origin : ComputeQM.h

- p -

• PatchID : NamdTypes.h
• PatchIDList : NamdTypes.h
• PatchList : NamdTypes.h
• PDBAtomList : PDB.h
• PDBAtomPtr : PDB.h
• PerAtomFlags : common.h
• plint : ComputeNonbondedUtil.h
• PmeReduction : PmeBase.h
• PosDistPair : ComputeQM.C
• Position : NamdTypes.h
• PositionList : NamdTypes.h
• pRestr : FreeEnergyRMgr.h
• ProxySet : ProxyMgr.h
• ProxySetIter : ProxyMgr.h
• proxyTreeNodeList : NamdTypes.h

- q -

• QMAtmVec : ComputeQM.C
• QMPCVec : ComputeQM.C

- r -

• Real : common.h , GromacsTopFile.h , MShakeKernel.h
• RealList : NamdTypes.h
• refLSSData : ComputeQM.C
• refSelStrMap : MoleculeQM.C
• refSelStrPair : MoleculeQM.C
• refSelStrVec : MoleculeQM.C

- s -

• ScaledPosition : Lattice.h
• SigIndex : NamdTypes.h
• SortEntry : NamdTypes.h
• sparseMatrix : LincsSolver.h

- t -

• Target : ComputeQM.h
• Thole : structures.h
• TholeValue : ComputeThole.h
• TransformList : NamdTypes.h
• TuplePatchList : ComputeHomeTuples.h
• TuplePatchListIter : ComputeHomeTuples.h
• TupleString1 : TupleString.h
• TupleString2 : TupleString.h
• TupleString3 : TupleString.h
• TupleString4 : TupleString.h
• TupleString8 : TupleString.h

- u -

• uint16 : common.h
• uint32 : common.h
• uint64 : common.h
• uint8 : common.h

- v -

• VdwValue : Parameters.h
• Velocity : NamdTypes.h
• VelocityList : NamdTypes.h

- w -

• WarpMask : CudaUtils.h
• wkf_timerhandle : wkfutils.h

- x -

• XXH32_state_t : xxhash.h
• XXH64_hash_t : xxhash.h
• XXH64_state_t : xxhash.h