metadynamics and pmf file

From: Stefano Guglielmo (stefano.guglielmo_at_unito.it)
Date: Mon Jul 04 2016 - 19:43:23 CDT

Dear all,

I performed a metadynamics simulation biasing two variables: a distance and
an angle; below is the colvar file I used:

colvarsTrajFrequency 100 # output values every 100 steps

colvar {
  name DistGloopGlu12
  upperboundary 50
  upperWall 30
  upperWallConstant 800

    distance {
    group1 {
            atomNumbersRange 5029-5073
            }
    group2 {
        atomNumbersRange 187-201
            }
        }
    }

   colvar {
    name DistLeu83
    lowerBoundary 2
    upperBoundary 50
        expandBoundaries on
    width 2
    distance {
    group1 {
            atomNumbers 5048
            }
    group2 {
        atomNumbers 1373
            }
        }
    }
    colvar {
      name angle
      lowerBoundary -180.0
      upperBoundary 180.0
      expandBoundaries on
      width 24
      angle {
      group1 {
                atomNumbers 1373
                }
      group2 {
                atomNumbers 5048
                }
      group3 {
                atomNumbers 5031
                }
            }
     }
metadynamics {
colvars DistLeu83 angle
hillWeight 0.6
 newHillFrequency 1000
 wellTempered on
 biasTemperature 890
 hillWidth 1.25
 writeFreeEnergyFile on
 rebinGrids on
}

There is a discrepancy between the colvars trajectory (not attached) where
the angle spans over 0-180 deg. and the pmf file here reported:

# 2
# -6 2 32 0
# -180 24 19 0

 -5 -168 17.3738
 -5 -144 17.3738
 -5 -120 17.3738
 -5 -96 17.3738
 -5 -72 17.3738
 -5 -48 17.3738
 -5 -24 17.3738
 -5 0 17.3738
 -5 24 17.3738
 -5 48 17.3738
 -5 72 17.3738
 -5 96 17.3738
 -5 120 17.3738
 -5 144 17.3738
 -5 168 17.3738
 -5 192 17.3738
 -5 216 17.3738
 -5 240 17.3738
 -5 264 17.3738

 -3 -168 17.3738
 -3 -144 17.3738
 -3 -120 17.3738
 -3 -96 17.3738
 -3 -72 17.3738
 -3 -48 17.3738
 -3 -24 17.3738
 -3 0 17.3738
 -3 24 17.3738
 -3 48 17.3738
 -3 72 17.3738
 -3 96 17.3738
 -3 120 17.3738
 -3 144 17.3738
 -3 168 17.3738
 -3 192 17.3738
 -3 216 17.3738
 -3 240 17.3738
 -3 264 17.3738

 -1 -168 17.3738
 -1 -144 17.3738
 -1 -120 17.3738
 -1 -96 17.3738
 -1 -72 17.3738
 -1 -48 17.3738
 -1 -24 17.3738
 -1 0 17.3738
 -1 24 17.3735
 -1 48 17.3721
 -1 72 17.3665
 -1 96 17.3496
 -1 120 17.3487
 -1 144 17.3638
 -1 168 17.3721
 -1 192 17.3738
 -1 216 17.3738
 -1 240 17.3738
 -1 264 17.3738

 1 -168 17.3738
 1 -144 17.3738
 1 -120 17.3738
 1 -96 17.3738
 1 -72 17.3738
 1 -48 17.3738
 1 -24 17.3736
 1 0 17.3643
 1 24 17.29
 1 48 17.1011
 1 72 16.6219
 1 96 15.7034
 1 120 15.8729
 1 144 16.6647
 1 168 17.2098
 1 192 17.3653
 1 216 17.3737
 1 240 17.3738
 1 264 17.3738

 3 -168 17.3738
 3 -144 17.3738
 3 -120 17.3738
 3 -96 17.3738
 3 -72 17.3738
 3 -48 17.3738
 3 -24 17.3622
 3 0 16.9916
 3 24 14.9065
 3 48 12.1873
 3 72 8.86921
 3 96 5.49378
 3 120 8.34851
 3 144 11.4278
 3 168 15.0201
 3 192 17.0493
 3 216 17.3645
 3 240 17.3738
 3 264 17.3738

 5 -168 17.3738
 5 -144 17.3738
 5 -120 17.3738
 5 -96 17.3738
 5 -72 17.3738
 5 -48 17.3723
 5 -24 17.1985
 5 0 14.667
 5 24 7.32882
 5 48 1.40111
 5 72 0.258836
 5 96 2.35839
 5 120 5.2525
 5 144 3.92342
 5 168 7.49857
 5 192 15.017
 5 216 17.2937
 5 240 17.3736
 5 264 17.3738

 7 -168 17.3738
 7 -144 17.3738
 7 -120 17.3738
 7 -96 17.3738
 7 -72 17.3738
 7 -48 17.3632
 7 -24 16.4284
 7 0 8.57087
 7 24 1.70637
 7 48 1.07733
 7 72 3.18008
 7 96 4.94548
 7 120 5.83503
 7 144 4.22616
 7 168 5.635
 7 192 13.7577
 7 216 17.2325
 7 240 17.3733
 7 264 17.3738

 9 -168 17.3738
 9 -144 17.3738
 9 -120 17.3738
 9 -96 17.3738
 9 -72 17.3738
 9 -48 17.357
 9 -24 15.965
 9 0 5.78781
 9 24 1.02722
 9 48 3.55374
 9 72 7.65012
 9 96 7.36178
 9 120 6.2057
 9 144 3.96495
 9 168 5.33444
 9 192 13.7595
 9 216 17.2296
 9 240 17.3733
 9 264 17.3738

 11 -168 17.3738
 11 -144 17.3738
 11 -120 17.3738
 11 -96 17.3738
 11 -72 17.3738
 11 -48 17.3585
 11 -24 16.0869
 11 0 7.19742
 11 24 4.20908
 11 48 5.14506
 11 72 6.22961
 11 96 5.58697
 11 120 5.7486
 11 144 5.5167
 11 168 6.57286
 11 192 14.1455
 11 216 17.2467
 11 240 17.3734
 11 264 17.3738

 13 -168 17.3738
 13 -144 17.3738
 13 -120 17.3738
 13 -96 17.3738
 13 -72 17.3738
 13 -48 17.3595
 13 -24 16.2724
 13 0 9.42296
 13 24 6.30961
 13 48 5.05197
 13 72 3.9567
 13 96 4.9615
 13 120 5.93754
 13 144 5.4431
 13 168 5.95895
 13 192 14.0211
 13 216 17.2459
 13 240 17.3734
 13 264 17.3738

 15 -168 17.3738
 15 -144 17.3738
 15 -120 17.3738
 15 -96 17.3738
 15 -72 17.3738
 15 -48 17.354
 15 -24 15.9113
 15 0 7.13332
 15 24 2.99759
 15 48 2.93278
 15 72 3.36082
 15 96 4.58005
 15 120 3.65033
 15 144 5.39848
 15 168 6.36307
 15 192 14.2793
 15 216 17.2662
 15 240 17.3735
 15 264 17.3738

 17 -168 17.3738
 17 -144 17.3738
 17 -120 17.3738
 17 -96 17.3738
 17 -72 17.3738
 17 -48 17.3554
 17 -24 15.954
 17 0 6.58254
 17 24 1.51286
 17 48 3.63322
 17 72 4.53236
 17 96 4.6477
 17 120 5.03664
 17 144 6.31837
 17 168 6.1763
 17 192 14.0226
 17 216 17.2565
 17 240 17.3735
 17 264 17.3738

 19 -168 17.3738
 19 -144 17.3738
 19 -120 17.3738
 19 -96 17.3738
 19 -72 17.3738
 19 -48 17.3533
 19 -24 15.781
 19 0 4.98371
 19 24 0.797346
 19 48 4.28258
 19 72 4.4064
 19 96 4.00258
 19 120 4.43665
 19 144 5.62044
 19 168 5.1872
 19 192 13.5779
 19 216 17.2361
 19 240 17.3734
 19 264 17.3738

 21 -168 17.3738
 21 -144 17.3738
 21 -120 17.3738
 21 -96 17.3738
 21 -72 17.3738
 21 -48 17.3518
 21 -24 15.702
 21 0 5.31629
 21 24 2.83055
 21 48 3.59195
 21 72 4.28659
 21 96 3.59195
 21 120 4.73137
 21 144 6.02774
 21 168 5.64349
 21 192 13.5747
 21 216 17.2294
 21 240 17.3734
 21 264 17.3738

 23 -168 17.3738
 23 -144 17.3738
 23 -120 17.3738
 23 -96 17.3738
 23 -72 17.3738
 23 -48 17.3547
 23 -24 15.96
 23 0 7.31569
 23 24 4.58456
 23 48 5.02747
 23 72 4.75963
 23 96 4.70032
 23 120 5.44864
 23 144 5.37482
 23 168 4.63261
 23 192 13.2579
 23 216 17.2155
 23 240 17.3733
 23 264 17.3738

 25 -168 17.3738
 25 -144 17.3738
 25 -120 17.3738
 25 -96 17.3738
 25 -72 17.3738
 25 -48 17.3596
 25 -24 16.2687
 25 0 8.95861
 25 24 5.7871
 25 48 5.16011
 25 72 4.68099
 25 96 4.63222
 25 120 3.71272
 25 144 4.02979
 25 168 4.30081
 25 192 13.0441
 25 216 17.2039
 25 240 17.3732
 25 264 17.3738

 27 -168 17.3738
 27 -144 17.3738
 27 -120 17.3738
 27 -96 17.3738
 27 -72 17.3738
 27 -48 17.3616
 27 -24 16.3652
 27 0 9.2675
 27 24 5.66783
 27 48 5.56324
 27 72 4.8288
 27 96 3.41329
 27 120 3.07198
 27 144 3.61407
 27 168 3.63967
 27 192 12.9504
 27 216 17.2054
 27 240 17.3733
 27 264 17.3738

 29 -168 17.3738
 29 -144 17.3738
 29 -120 17.3738
 29 -96 17.3738
 29 -72 17.3738
 29 -48 17.3605
 29 -24 16.3247
 29 0 9.26993
 29 24 5.67616
 29 48 5.18268
 29 72 3.58297
 29 96 2.24729
 29 120 2.51952
 29 144 3.68291
 29 168 4.0964
 29 192 13.3022
 29 216 17.2252
 29 240 17.3734
 29 264 17.3738

 31 -168 17.3738
 31 -144 17.3738
 31 -120 17.3738
 31 -96 17.3738
 31 -72 17.3738
 31 -48 17.3581
 31 -24 16.2095
 31 0 8.83103
 31 24 5.23094
 31 48 4.18443
 31 72 1.08926
 31 96 -0
 31 120 3.07951
 31 144 4.5002
 31 168 3.91605
 31 192 13.0899
 31 216 17.2137
 31 240 17.3733
 31 264 17.3738

 33 -168 17.3738
 33 -144 17.3738
 33 -120 17.3738
 33 -96 17.3738
 33 -72 17.3738
 33 -48 17.3529
 33 -24 15.8914
 33 0 7.111
 33 24 3.88056
 33 48 2.46202
 33 72 0.312859
 33 96 0.848916
 33 120 3.10579
 33 144 3.88904
 33 168 3.87688
 33 192 12.8491
 33 216 17.1858
 33 240 17.3731
 33 264 17.3738

 35 -168 17.3738
 35 -144 17.3738
 35 -120 17.3738
 35 -96 17.3738
 35 -72 17.3738
 35 -48 17.3485
 35 -24 15.5719
 35 0 5.00225
 35 24 2.30686
 35 48 2.62096
 35 72 2.19787
 35 96 2.4682
 35 120 3.37045
 35 144 3.95961
 35 168 4.63802
 35 192 13.3627
 35 216 17.2143
 35 240 17.3732
 35 264 17.3738

 37 -168 17.3738
 37 -144 17.3738
 37 -120 17.3738
 37 -96 17.3738
 37 -72 17.3738
 37 -48 17.3479
 37 -24 15.5378
 37 0 4.84464
 37 24 1.91233
 37 48 3.19268
 37 72 3.32899
 37 96 3.37165
 37 120 3.50371
 37 144 3.2846
 37 168 4.61725
 37 192 13.5829
 37 216 17.2344
 37 240 17.3734
 37 264 17.3738

 39 -168 17.3738
 39 -144 17.3738
 39 -120 17.3738
 39 -96 17.3738
 39 -72 17.3738
 39 -48 17.3506
 39 -24 15.718
 39 0 6.0774
 39 24 3.12393
 39 48 4.02323
 39 72 3.53219
 39 96 3.52273
 39 120 4.08879
 39 144 4.25361
 39 168 4.74903
 39 192 13.6482
 39 216 17.2419
 39 240 17.3734
 39 264 17.3738

 41 -168 17.3738
 41 -144 17.3738
 41 -120 17.3738
 41 -96 17.3738
 41 -72 17.3738
 41 -48 17.3499
 41 -24 15.6662
 41 0 5.81911
 41 24 3.75407
 41 48 4.88836
 41 72 4.29999
 41 96 4.35963
 41 120 4.48403
 41 144 5.78017
 41 168 6.0968
 41 192 14.0942
 41 216 17.2632
 41 240 17.3735
 41 264 17.3738

 43 -168 17.3738
 43 -144 17.3738
 43 -120 17.3738
 43 -96 17.3738
 43 -72 17.3738
 43 -48 17.3549
 43 -24 15.966
 43 0 7.34364
 43 24 4.98942
 43 48 4.95558
 43 72 5.16925
 43 96 5.14047
 43 120 6.41121
 43 144 7.94687
 43 168 9.3565
 43 192 15.2873
 43 216 17.308
 43 240 17.3736
 43 264 17.3738

 45 -168 17.3738
 45 -144 17.3738
 45 -120 17.3738
 45 -96 17.3738
 45 -72 17.3738
 45 -48 17.3558
 45 -24 16.0634
 45 0 7.91329
 45 24 5.29474
 45 48 6.00668
 45 72 6.8629
 45 96 7.56553
 45 120 9.45886
 45 144 11.3337
 45 168 11.754
 45 192 15.8191
 45 216 17.3202
 45 240 17.3737
 45 264 17.3738

 47 -168 17.3738
 47 -144 17.3738
 47 -120 17.3738
 47 -96 17.3738
 47 -72 17.3738
 47 -48 17.3625
 47 -24 16.4816
 47 0 10.261
 47 24 7.00247
 47 48 7.82204
 47 72 9.93866
 47 96 11.5356
 47 120 13.8702
 47 144 14.748
 47 168 14.4067
 47 192 16.5272
 47 216 17.3435
 47 240 17.3737
 47 264 17.3738

 49 -168 17.3738
 49 -144 17.3738
 49 -120 17.3738
 49 -96 17.3738
 49 -72 17.3738
 49 -48 17.3717
 49 -24 17.1967
 49 0 15.8322
 49 24 14.024
 49 48 12.8823
 49 72 14.9701
 49 96 16.4567
 49 120 16.8758
 49 144 17.0202
 49 168 16.9236
 49 192 17.2506
 49 216 17.3699
 49 240 17.3738
 49 264 17.3738

 51 -168 17.3738
 51 -144 17.3738
 51 -120 17.3738
 51 -96 17.3738
 51 -72 17.3738
 51 -48 17.3738
 51 -24 17.3689
 51 0 17.3152
 51 24 17.0934
 51 48 16.917
 51 72 17.199
 51 96 17.3461
 51 120 17.3619
 51 144 17.3676
 51 168 17.3658
 51 192 17.3717
 51 216 17.3738
 51 240 17.3738
 51 264 17.3738

 53 -168 17.3738
 53 -144 17.3738
 53 -120 17.3738
 53 -96 17.3738
 53 -72 17.3738
 53 -48 17.3738
 53 -24 17.3738
 53 0 17.3735
 53 24 17.3707
 53 48 17.3685
 53 72 17.3722
 53 96 17.3737
 53 120 17.3738
 53 144 17.3738
 53 168 17.3738
 53 192 17.3738
 53 216 17.3738
 53 240 17.3738
 53 264 17.3738

 55 -168 17.3738
 55 -144 17.3738
 55 -120 17.3738
 55 -96 17.3738
 55 -72 17.3738
 55 -48 17.3738
 55 -24 17.3738
 55 0 17.3738
 55 24 17.3738
 55 48 17.3738
 55 72 17.3738
 55 96 17.3738
 55 120 17.3738
 55 144 17.3738
 55 168 17.3738
 55 192 17.3738
 55 216 17.3738
 55 240 17.3738
 55 264 17.3738

 57 -168 17.3738
 57 -144 17.3738
 57 -120 17.3738
 57 -96 17.3738
 57 -72 17.3738
 57 -48 17.3738
 57 -24 17.3738
 57 0 17.3738
 57 24 17.3738
 57 48 17.3738
 57 72 17.3738
 57 96 17.3738
 57 120 17.3738
 57 144 17.3738
 57 168 17.3738
 57 192 17.3738
 57 216 17.3738
 57 240 17.3738
 57 264 17.3738

This is due to the expand boundary option, I suppose, and I am wondering if
the pmf file as it appears has a physical meaning regarding angle and
distance values or if it must be adjusted some way, or, worst of all, it is
meaningless.

Thanks for your help,

Stefano

-- 
Stefano GUGLIELMO PhD
Assistant Professor of Medicinal Chemistry
Department of Drug Science and Technology
Via P. Giuria 9
10125 Turin, ITALY
ph. +39 (0)11 6707678

This archive was generated by hypermail 2.1.6 : Tue Dec 27 2016 - 23:22:18 CST