Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- l -

• l : cr_sortop_distance , CudaDihedral
• l_soaid : ComputeLonepairsCUDA::LonepairBisector , ComputeLonepairsCUDA::LonepairRelative
• LALT : PDBAtom
• lambda2Down : AlchData
• lambda2Up : AlchData
• lambda_table : ComputeNonbondedUtil
• lambdaDown : AlchData
• lambdaUp : AlchData
• langevin_param() : Molecule
• langevin_useBAOAB : SimParameters
• langevinDamping : SimParameters
• langevinGammasDiffer : SimParameters
• langevinHydrogen : SimParameters
• langevinOn : SimParameters
• langevinOnAtStartup : SimParameters
• langevinParam : FullAtom , PatchDataSOA
• langevinPiston() : Sequencer
• langevinPiston1() : Controller
• langevinPiston2() : Controller
• langevinPiston_origStrainRate : Controller
• langevinPiston_SOA() : Sequencer
• langevinPiston_strainRate : ControllerState
• langevinPistonBarrier : SimParameters
• langevinPistonDecay : SimParameters
• langevinPistonOn : SimParameters
• langevinPistonPeriod : SimParameters
• langevinPistonTarget : SimParameters
• langevinPistonTemp : SimParameters
• langevinTemp : SimParameters
• langevinVelocities() : Sequencer
• langevinVelocitiesBBK1() : Sequencer
• langevinVelocitiesBBK1_SOA() : Sequencer
• langevinVelocitiesBBK2() : Sequencer
• langevinVelocitiesBBK2_SOA() : Sequencer
• langScalRandBBK2 : PatchDataSOA
• langScalVelBBK2 : PatchDataSOA
• lastAtomsForcedBegin : GlobalMaster
• lastAtomsForcedEnd : GlobalMaster
• lastForcesBegin : GlobalMaster
• lastLdbStep : SimParameters
• lastPe : CollectLoadsMsg
• lastResid : ResidueLookupElem
• lat : ComputeGlobalDataMsg , PatchData
• latqueue : CollectionMaster::CollectVectorSequence
• lattice : CheckpointAtomsMsg , CollectionMaster::CollectVectorInstance , ComputeMsmMgr , ComputePmeMgr::cuda_submit_charges_args , Controller::checkpoint , ExchangeAtomsMsg , ExtCoordMsg , Flags , FmmSerialCoordMsg , GlobalMaster , HomePatch::checkpoint_t
• Lattice() : Lattice
• lattice : LjPmeSerialCoordMsg , MsmSerialCoordMsg , Patch , PmeAtomMsg , PmeAtomPencilMsg , PmeBlockMsg , PmeGridMsg , PmePencil< T > , PmePencilX , PmePencilXY , PmePencilXYZ , PmePencilY , PmePencilZ , PmeRunMsg , PmeTransMsg , SetLatticeMsg , SimParameters
• latticeCompatible : PatchLevelPmeData
• launchWork() : CudaComputeNonbonded
• LCHAIN : PDBAtom
• LCOOR : PDBAtom
• LCOORPREC : PDBAtom
• LCPONeighborList() : LCPONeighborList
• LCPOOn : SimParameters
• lcpoType : ComputeLCPO , Patch
• lcpoTypeBox : ComputeLCPO , Patch
• lcpoTypeBoxClosed() : Patch
• lcpoTypeComputeList : Patch
• lcpoTypeList : ProxyDataMsg
• ldBalancer : SimParameters
• ldBarrierHandle : LdbCoordinator
• ldbBackgroundScaling : SimParameters
• ldbCoordinator : BOCgroup
• LdbCoordinator() : LdbCoordinator
• ldbCoordinator : Node
• ldbCycleNum : LdbCoordinator
• ldbHomeBackgroundScaling : SimParameters
• ldbPeriod : SimParameters
• ldbPMEBackgroundScaling : SimParameters
• ldbRelativeGrainsize : SimParameters
• ldbStatsFP : LdbCoordinator
• ldbSteps : Controller , Sequencer
• ldbStrategy : SimParameters
• ldbUnloadOne : SimParameters
• ldbUnloadOutputPEs : SimParameters
• ldbUnloadPME : SimParameters
• ldbUnloadZero : SimParameters
• ldObjHandle : Compute , HomePatch
• ldObjPtr : SimpleBroadcastObject< T >
• left : indexed_nbthole_pair , indexed_vdw_pair , vdw_params
• LELEMENT : PDBAtom
• len() : msm::Array< T > , PmeGridMsg , StreamMessage
• length : AtomsCntPerPatchMsg , IMDheader , MoveInputAtomsMsg , MultiString< NumStrings >
• Length : PDBAtom
• length() : Vector
• length2() : Vector
• lesFactor : ComputeNonbondedUtil , ComputePmeUtil , SimParameters
• lesOn : ComputeNonbondedUtil , ComputePmeUtil , SimParameters
• lesReduceMass : SimParameters
• lesReduceTemp : SimParameters
• lesScaling : ComputeNonbondedUtil
• level : msm::BlockIndex
• LFOOT : PDBAtom
• LibName() : dlloader::DLLoader< T > , dlloader::DLLoaderInterface< T >
• limitDist : SimParameters
• lincsOn : SimParameters
• LincsSolver() : LincsSolver
• line : eABF
• linear_interpolate() : GridforceLiteGrid
• linenumber : FileStack
• LINSERT : PDBAtom
• List() : AGroup
• listNode() : listNode
• LJ14ACoefficients : AmberParm7Reader::Ambertoppar
• LJ14BCoefficients : AmberParm7Reader::Ambertoppar
• lj_0 : CudaNBConstants
• lj_1 : CudaNBConstants
• lj_2 : CudaNBConstants
• lj_3 : CudaNBConstants
• lj_4 : CudaNBConstants
• lj_5 : CudaNBConstants
• LJcorrection : SimParameters
• LJcorrectionAlt : SimParameters
• ljEnergy : Controller
• ljEnergy_f : Controller
• ljEnergy_f_left : Controller
• ljEnergy_ti_1 : Controller
• ljEnergy_ti_2 : Controller
• LjPmeCompute() : LjPmeCompute
• LJPMEEwaldCoefficient : SimParameters
• LJPMEGridSizeX : SimParameters
• LJPMEGridSizeY : SimParameters
• LJPMEGridSizeZ : SimParameters
• LJPMEGridSpacing : SimParameters
• LJPMEInterpOrder : SimParameters
• LjPmeKSpace() : LjPmeKSpace
• LjPmeMgr() : LjPmeMgr
• LJPMEOn : SimParameters
• LjPmeRealSpace() : LjPmeRealSpace
• LJPMETolerance : SimParameters
• ljTable : ComputeNonbondedUtil
• LJTable() : LJTable
• lk_maxgridpts : NL_Msm_t
• lk_maxlevels : NL_Msm_t
• lk_maxwts : NL_Msm_t
• lk_nlevels : NL_Msm_t
• lk_padding : NL_Msm_t
• lk_srad : NL_Msm_t
• LNAME : PDBAtom
• load : InfoRecord , ScriptTcl , SortedArray< Elem > , SplitComputesMsg , UniqueSet< Elem > , UniqueSetRaw< Elem >
• load_atoms_pdb() : colvarproxy_namd
• load_coords_pdb() : colvarproxy_namd
• loadComputeMap() : ComputeMap , SimParameters
• loadmatrix() : Matrix4
• loadStructure() : NamdState
• loadTuples() : ComputeHomeTuples< T, S, P >
• localID() : AtomMap
• localIndex : AngleElem , AnisoElem , BondElem , CrosstermElem , DihedralElem , ExclElem , GromacsPairElem , ImproperElem , TholeElem
• LocalLBInfoMsg() : LocalLBInfoMsg
• LOCALMOD() : datastream
• localRecords : PatchLevelPmeData
• localWorkMsg : Compute
• LOCC : PDBAtom
• LOCCPREC : PDBAtom
• lock : PmeSharedTransMsg , PmeSharedUntransMsg
• loffsetXYZ : CudaDihedral
• log() : colvarproxy_namd
• lonepairs : SimParameters
• longSplitting : SimParameters
• lookat() : Matrix4
• lookup() : ResidueLookupElem
• lookupCstPool() : HashPool< T >
• loop : DataExchanger
• low : netint
• loweAndersenCutoff : SimParameters
• loweAndersenFinish() : HomePatch
• loweAndersenOn : SimParameters
• loweAndersenRate : SimParameters
• loweAndersenTemp : SimParameters
• loweAndersenVelocities() : HomePatch
• lower() : msm::IndexRange
• lowerboundary : eABF
• lowest : netint
• LRESNAME : PDBAtom
• LRESSEQ : PDBAtom
• LSEGNAME : PDBAtom
• LSERIAL : PDBAtom
• lssDat : QMForceMsg
• LSSDataStr() : LSSDataStr
• lssDistSort() : lssDistSort
• LSSSubsDat() : LSSSubsDat
• LTEMPF : PDBAtom
• LTEMPFPREC : PDBAtom
• LTYPE : PDBAtom
• lyzd : NL_Msm_t
• lyzd_f : NL_Msm_t
• lzd : NL_Msm_t
• lzd_f : NL_Msm_t