From: Ivan Vinogradov (ivan.vinogradov_at_utoronto.ca)
Date: Fri Mar 12 2004 - 09:07:26 CST
Hello all,
>Please send your namd configuretion file.
>It will help to solve your problem
the config. file is exactly the same as provided on the web
site:
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## JOB DESCRIPTION ##
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# Minimization and Equilibration of
# Ubiquitin in a Water Sphere
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## ADJUSTABLE PARAMETERS ##
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structure ../common/ubq_ws.psf
coordinates ../common/ubq_ws.pdb
set temperature 310
set outputname ubq_ws_eq
firsttimestep 0
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## SIMULATION PARAMETERS ##
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# Input
paraTypeCharmm on
parameters ../common/par_all27_prot_lipid.inp
temperature $temperature
# Force-Field Parameters
exclude scaled1-4
1-4scaling 1.0
cutoff 12.
switching on
switchdist 10.
pairlistdist 13.5
# Integrator Parameters
timestep 2.0 ;# 2fs/step
rigidBonds all ;# needed for 2fs steps
nonbondedFreq 1
fullElectFrequency 2
stepspercycle 10
# Constant Temperature Control
langevin on ;# do langevin dynamics
langevinDamping 5 ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps
langevinTemp $temperature
langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens
# Output
outputName $outputname
restartfreq 500 ;# 500steps = every 1ps
dcdfreq 500
outputEnergies 100
outputPressure 100
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## EXTRA PARAMETERS ##
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# Spherical boundary conditions
sphericalBC on
sphericalBCcenter 30.3081743413, 28.8049907121, 15.353994423
sphericalBCr1 26.0
sphericalBCk1 10
sphericalBCexp1 2
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## EXECUTION SCRIPT ##
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# Minimization
minimize 100
reinitvels $temperature
run 5000 ;# 10ps
-- Best regards, Ivan mailto:ivan.vinogradov_at_utoronto.ca
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