Re: Replica exchange problem

From: Josh Vermaas (joshua.vermaas_at_gmail.com)
Date: Mon Sep 21 2020 - 15:36:19 CDT

Keep the NAMD-L on the replies, so that the wider community can benefit.
The NAN values are the problem here, since those are the non-numeric values
Tcl is complaining about. When are they popping up? Is it already a problem
at step 0, or only at the first exchange step?

Josh

On Mon, Sep 21, 2020, 1:58 PM Julian David Baquero Contreras <
jdbaqueroc_at_unal.edu.co> wrote:

> Good afternoon,
> Thank you very much for the previous answer. The situation is that the
> number of replicas does not matter, one of them appears the following
> error: FEP: USING CONSTANT TEMPERATURE OF 310 K FOR FEP CALCULATION
> ENERGY: 100 46566.4743 94260.8332 71584.1425 2277.6796 -1951225.0071
> 13502916.0935 0.0000 0.1534 nan nan nan 11766380.3694 -nan nan nan nan
> 6193441.0142 nan nan
> FEP: 100 216318.0910 -1951225.0071 13502916.0935
>
> TCL: can't use non-numeric floating-point value as operand of "-"
> FATAL ERROR: can't use non-numeric floating-point value as operand of "-"
> while executing
> "expr $ saved_array (TOTAL) - $ saved_array (KINETIC)"
> ("while" body line 38)
> invoked from within
> "while {$ i_run <$ num_runs} {
>
> # if {$ i_run == 0} {
> # minimize 200
> #}
>
> if {$ i_run% 2 == 0} {
> set swap a; set other b
> } else {
> ... "
> (file "FEP_remd_softcore.namd" line 149)
> invoked from within
> "source FEP_remd_softcore.namd"
>
> The system is balanced, but in the inputs fep_site.conf,
> FEP_remd_softcore.namd and fep_site_base.namd it is not seen how the
> equ_site_6 files are used, which are the balance files. What should be
> added or taken into account to add the files?
>
> Thank you very much for the help. I expect a prompt response.
>
> El mié., 2 de sep. de 2020 a la(s) 17:10, Josh Vermaas (
> joshua.vermaas_at_gmail.com) escribió:
>
>> Hi Julian,
>>
>> Don't use a multicore build of NAMD for replica exchange, as that isn't
>> supported. The netlrts build will be fine for this purpose, and you'd call
>> it with charmrun. On a single node, it'd be something like this:
>>
>> charmrun ++local +p 12 +ppn 1 namd2 configfile.namd +replicas 12 +stdout
>> output_site/%d/job0.%d.log
>>
>> That will buy you a 12 replicas, each with a single processor assigned to
>> their computation. This WILL run slowly, just FYI.
>>
>> -Josh
>>
>> On Wed, Sep 2, 2020 at 12:16 PM Julian David Baquero Contreras <
>> jdbaqueroc_at_unal.edu.co> wrote:
>>
>>> Hi,
>>>
>>> I have been trying to perform a protein-ligand calculation using replica
>>> exchange, since I did the system on the CHARM-GUI web. But I get the
>>> following error:
>>> Charm ++: standalone mode (not using charmrun)
>>> Charm ++> Running in Multicore mode: 12 threads (PEs)
>>> ------- Partition 0 Processor 0 Exiting: Called CmiAbort ------
>>> Reason: + partitions other than 1 is not allowed for multicore build
>>>
>>> [0] Stack Traceback:
>>> [0: 0] namd2 0x150e6f7
>>> [0: 1] namd2 0x516dd3
>>> [0: 2] namd2 0x50c7b2
>>> [0: 3] libc.so.6 0x7fbfa0df909b __libc_start_main
>>> [0: 4] namd2 0x411935
>>> Segment violation
>>> I am doing this from a single node since I have the NAMD version
>>> 2.14_Linux-x86_64-multicore. The command I use is the following:
>>> namd2 + p12 + replicas 12 fep_site.conf --source FEP_remd_softcore.namd
>>> + stdout output_site /% d / job0.% d.log
>>> If I add the charmrun command the exact same thing happens how could I
>>> perform this calculation using this single node?
>>>
>>> Thank you very much, I look forward to a prompt reply.
>>>
>>> --
>>> Julián David Baquero Contreras.
>>> Químico.
>>> Universidad Nacional de Colombia.
>>> Bogotá, Colombia.
>>>
>>
>
> --
> Julián David Baquero Contreras.
> Químico.
> Universidad Nacional de Colombia.
> Bogotá, Colombia.
>
> “*Esta transmisión electrónica es propiedad de la Universidad Nacional de
> Colombia, su contenido es confidencial y únicamente lo puede recibir la
> persona o entidad a quien va dirigido. Se prohíbe: Usar esta información
> para propósitos ajenos a la Universidad, divulgar su contenido a personas
> externas, **reproducir** total y/o parcialmente la información contenida.
> No se asume responsabilidad sobre información, opiniones o criterios
> contenidos en este correo electrónico que no estén relacionados con la
> Universidad. Si usted no es el destinatario de este correo electrónico, se
> le notifica que el uso de esta información, así como su difusión,
> distribución o copia, está estrictamente prohibida, por favor notifique al
> remitente inmediatamente por este mismo medio y elimine lo antes posible
> este mensaje. La Universidad Nacional de Colombia, identificada con NIT
> 899.999.063, con domicilio principal en la ciudad de Bogotá D.C. en la
> Carrera 45 # 26-85 Edif. Uriel Gutiérrez Bogotá D.C., Colombia y con
> teléfono (+57 1) 316 50 00, en cumplimiento de la Ley 1581 de 2012 y el
> artículo 15 del Decreto 1377 de 2013, como responsable del tratamiento de
> información de datos personales, desea informar a todas las personas cuyos
> datos personales se encuentran en nuestras bases de datos, que los mismos
> se encuentran bajo medidas que garantizan la seguridad, confidencialidad e
> integridad, y su tratamiento se realiza con base en nuestra Política de
> Tratamiento de Datos Personales, esta información se podrá consultar en la
> página web **unal.edu.co <http://www.unal.edu.co/> o ser solicitada para
> su conocimiento en el correo electrónico protecdatos_na_at_unal.edu.co
> <protecdatos_na_at_unal.edu.co>. Canal por el que también puede ejercer sus
> derechos como titular dentro de los cuales se contempla conocer,
> actualizar, rectificar y revocar las autorizaciones dadas a las finalidades
> aplicables para el desarrollo de las relaciones laborales, académicas,
> contractuales y todas las relacionadas con el objeto social de la
> Universidad*.”
>

This archive was generated by hypermail 2.1.6 : Fri Dec 31 2021 - 23:17:09 CST