;
;	File 'topol.top' was generated
;	By user: whan (25449)
;	On host: dunedin.ks.uiuc.edu
;	At date: Tue Oct  4 10:39:56 2011
;
;	This is your topology file
;	Protein in water t= 2000.00012
;
; Include forcefield parameters
#include "ffPACE_1.0.itp"

[ moleculetype ]
; Name            nrexcl
Protein             3

[ atoms ]
;   nr       type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass  typeB    chargeB      massB
     1         CA      1    ACE     CA      1          0         13   ; qtot 0
     2          C      1    ACE      C      2          0         12   ; qtot 0
     3          O      1    ACE      O      3          0         16   ; qtot 0
     4          N      2    GLY      N      4          0         15   ; qtot 0
     5         HD      2    GLY      H      5          0          0   ; qtot 0
     6         CA      2    GLY     CA      6          0         13   ; qtot 0
     7          C      2    GLY      C      7          0         12   ; qtot 0
     8          O      2    GLY      O      8          0         16   ; qtot 0
     9          N      3    GLU      N      9          0         15   ; qtot 0
    10         HD      3    GLU      H     10          0          0   ; qtot 0
    11         CA      3    GLU     CA     11          0         13   ; qtot 0
    12        CB2      3    GLU     CB     12          0         14   ; qtot 0
    13         CX      3    GLU     CG     13          0         14   ; qtot 0
    14         C-      3    GLU     CD     14          0         12   ; qtot 0
    15         O-      3    GLU    OE1     14          0         16   ; qtot 0
    16         O-      3    GLU    OE2     14          0         16   ; qtot 0
    17          C      3    GLU      C     15          0         12   ; qtot 0
    18          O      3    GLU      O     16          0         16   ; qtot 0
    19          N      4    TRP      N     17          0         15   ; qtot 0
    20         HD      4    TRP      H     17          0          0   ; qtot 0
    21         CA      4    TRP     CA     18          0         13   ; qtot 0
    22        CB2      4    TRP     CB     19          0         14   ; qtot 0
    23         CZ      4    TRP     CG     20          0         13   ; qtot 0
    24         CZ      4    TRP    CD1     21          0         13   ; qtot 0
    25         CZ      4    TRP    CD2     22          0         13   ; qtot 0
    26         NT      4    TRP    NE1     23          0         15   ; qtot 0
    27         HH      4    TRP    HE1     23          0          0   ; qtot 0
    28         CZ      4    TRP    CE2     24          0         13   ; qtot 0
    29         CZ      4    TRP    CE3     25          0         13   ; qtot 0
    30         CZ      4    TRP    CZ2     26          0         13   ; qtot 0
    31         CZ      4    TRP    CZ3     27          0         13   ; qtot 0
    32         CZ      4    TRP    CH2     28          0         13   ; qtot 0
    33          C      4    TRP      C     29          0         12   ; qtot 0
    34          O      4    TRP      O     30          0         16   ; qtot 0
    35          N      5    THR      N     31          0         15   ; qtot 0
    36         HD      5    THR      H     32          0          0   ; qtot 0
    37         CA      5    THR     CA     33          0         13   ; qtot 0
    38        CBX      5    THR     CB     34          0         14   ; qtot 0
    39         OH      5    THR    OG1     35          0         17   ; qtot 0
    40        CH3      5    THR    CG2     36          0         15   ; qtot 0
    41          C      5    THR      C     37          0         12   ; qtot 0
    42          O      5    THR      O     38          0         16   ; qtot 0
    43          N      6    TYR      N     39          0         15   ; qtot 0
    44         HD      6    TYR      H     39          0          0   ; qtot 0
    45         CA      6    TYR     CA     40          0         13   ; qtot 0
    46        CB2      6    TYR     CB     41          0         14   ; qtot 0
    47         CZ      6    TYR     CG     42          0         13   ; qtot 0
    48         CZ      6    TYR    CD1     43          0         13   ; qtot 0
    49         CZ      6    TYR    CD2     44          0         13   ; qtot 0
    50         CZ      6    TYR    CE1     45          0         13   ; qtot 0
    51         CZ      6    TYR    CE2     46          0         13   ; qtot 0
    52         CZ      6    TYR     CZ     47          0         13   ; qtot 0
    53         OH      6    TYR     OH     48          0         17   ; qtot 0
    54          C      6    TYR      C     49          0         12   ; qtot 0
    55          O      6    TYR      O     50          0         16   ; qtot 0
    56          N      7    ASN      N     51          0         15   ; qtot 0
    57         HD      7    ASN      H     51          0          0   ; qtot 0
    58         CA      7    ASN     CA     52          0         13   ; qtot 0
    59        CBX      7    ASN     CB     53          0         14   ; qtot 0
    60         CO      7    ASN     CG     54          0         12   ; qtot 0
    61         OC      7    ASN    OD1     54          0         16   ; qtot 0
    62         NT      7    ASN    ND2     55          0         16   ; qtot 0
    63         HA      7    ASN   HD21     55          0          0   ; qtot 0
    64         HA      7    ASN   HD22     55          0          0   ; qtot 0
    65          C      7    ASN      C     56          0         12   ; qtot 0
    66          O      7    ASN      O     57          0         16   ; qtot 0
    67        NPR      8    PRO      N     58          0         14   ; qtot 0
    68         CA      8    PRO     CA     59          0         13   ; qtot 0
    69        CB2      8    PRO     CB     60          0         14   ; qtot 0
    70        CH2      8    PRO     CG     61          0         14   ; qtot 0
    71        CH2      8    PRO     CD     62          0         14   ; qtot 0
    72          C      8    PRO      C     63          0         12   ; qtot 0
    73          O      8    PRO      O     64          0         16   ; qtot 0
    74          N      9    ALA      N     65          0         15   ; qtot 0
    75         HD      9    ALA      H     66          0          0   ; qtot 0
    76         CA      9    ALA     CA     67          0         13   ; qtot 0
    77        CB3      9    ALA     CB     68          0         15   ; qtot 0
    78          C      9    ALA      C     69          0         12   ; qtot 0
    79          O      9    ALA      O     70          0         16   ; qtot 0
    80          N     10    THR      N     71          0         15   ; qtot 0
    81         HD     10    THR      H     72          0          0   ; qtot 0
    82         CA     10    THR     CA     73          0         13   ; qtot 0
    83        CBX     10    THR     CB     74          0         14   ; qtot 0
    84         OH     10    THR    OG1     75          0         17   ; qtot 0
    85        CH3     10    THR    CG2     76          0         15   ; qtot 0
    86          C     10    THR      C     77          0         12   ; qtot 0
    87          O     10    THR      O     78          0         16   ; qtot 0
    88          N     11    GLY      N     79          0         15   ; qtot 0
    89         HD     11    GLY      H     80          0          0   ; qtot 0
    90         CA     11    GLY     CA     81          0         13   ; qtot 0
    91          C     11    GLY      C     82          0         12   ; qtot 0
    92          O     11    GLY      O     83          0         16   ; qtot 0
    93          N     12   LYSH      N     84          0         15   ; qtot 0
    94         HD     12   LYSH      H     85          0          0   ; qtot 0
    95         CA     12   LYSH     CA     86          0         13   ; qtot 0
    96        CB2     12   LYSH     CB     87          0         14   ; qtot 0
    97        CH2     12   LYSH     CG     88          0         14   ; qtot 0
    98        CH2     12   LYSH     CD     89          0         14   ; qtot 0
    99         CX     12   LYSH     CE     90          0         14   ; qtot 0
   100         N+     12   LYSH     NZ     91          0         17   ; qtot 0
   101          C     12   LYSH      C     92          0         12   ; qtot 0
   102          O     12   LYSH      O     93          0         16   ; qtot 0
   103          N     13    PHE      N     94          0         15   ; qtot 0
   104         HD     13    PHE      H     94          0          0   ; qtot 0
   105         CA     13    PHE     CA     95          0         13   ; qtot 0
   106        CB2     13    PHE     CB     96          0         14   ; qtot 0
   107         CZ     13    PHE     CG     97          0         13   ; qtot 0
   108         CZ     13    PHE    CD1     98          0         13   ; qtot 0
   109         CZ     13    PHE    CD2     99          0         13   ; qtot 0
   110         CZ     13    PHE    CE1    100          0         13   ; qtot 0
   111         CZ     13    PHE    CE2    101          0         13   ; qtot 0
   112         CZ     13    PHE     CZ    102          0         13   ; qtot 0
   113          C     13    PHE      C    103          0         12   ; qtot 0
   114          O     13    PHE      O    104          0         16   ; qtot 0
   115          N     14    THR      N    105          0         15   ; qtot 0
   116         HD     14    THR      H    106          0          0   ; qtot 0
   117         CA     14    THR     CA    107          0         13   ; qtot 0
   118        CBX     14    THR     CB    108          0         14   ; qtot 0
   119         OH     14    THR    OG1    109          0         17   ; qtot 0
   120        CH3     14    THR    CG2    110          0         15   ; qtot 0
   121          C     14    THR      C    111          0         12   ; qtot 0
   122          O     14    THR      O    112          0         16   ; qtot 0
   123          N     15    VAL      N    113          0         15   ; qtot 0
   124         HD     15    VAL      H    114          0          0   ; qtot 0
   125         CA     15    VAL     CA    115          0         13   ; qtot 0
   126        CB1     15    VAL     CB    116          0         13   ; qtot 0
   127          C     15    VAL      C    117          0         12   ; qtot 0
   128          O     15    VAL      O    118          0         16   ; qtot 0
   129        CH3     15    VAL    CG1    119          0         15   ; qtot 0
   130        CH3     15    VAL    CG2    120          0         15   ; qtot 0
   131          N     16    THR      N    121          0         15   ; qtot 0
   132         HD     16    THR      H    122          0          0   ; qtot 0
   133         CA     16    THR     CA    123          0         13   ; qtot 0
   134        CBX     16    THR     CB    124          0         14   ; qtot 0
   135         OH     16    THR    OG1    125          0         17   ; qtot 0
   136        CH3     16    THR    CG2    126          0         15   ; qtot 0
   137          C     16    THR      C    127          0         12   ; qtot 0
   138          O     16    THR      O    128          0         16   ; qtot 0
   139          N     17    GLU      N    129          0         15   ; qtot 0
   140         HD     17    GLU      H    130          0          0   ; qtot 0
   141         CA     17    GLU     CA    131          0         13   ; qtot 0
   142        CB2     17    GLU     CB    132          0         14   ; qtot 0
   143         CX     17    GLU     CG    133          0         14   ; qtot 0
   144         C-     17    GLU     CD    134          0         12   ; qtot 0
   145         O-     17    GLU    OE1    134          0         16   ; qtot 0
   146         O-     17    GLU    OE2    134          0         16   ; qtot 0
   147          C     17    GLU      C    135          0         12   ; qtot 0
   148          O     17    GLU      O    136          0         16   ; qtot 0
   149          N     18    NMA      N    137          0         15   ; qtot 0
   150         HD     18    NMA      H    138          0          0   ; qtot 0
   151         CA     18    NMA     CA    139          0         13   ; qtot 0

[ bonds ]
;  ai    aj funct            c0            c1            c2            c3
    1     2     1 
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  149   151     1 

[ pairs ]
;  ai    aj funct            c0            c1            c2            c3
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  148   150     1 
  148   151     1 

[ angles ]
;  ai    aj    ak funct            c0            c1            c2            c3
    1     2     3     1 
    1     2     4     1 
    3     2     4     1 
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    2     4     6     1 
    5     4     6     1 
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    6     7     9     1 
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  113   115   117     1 
  116   115   117     1 
  115   117   118     1 
  115   117   121     1 
  118   117   121     1 
  117   118   119     1 
  117   118   120     1 
  119   118   120     1 
  117   121   122     1 
  117   121   123     1 
  122   121   123     1 
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  124   123   125     1 
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  123   125   127     1 
  126   125   127     1 
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  125   126   130     1 
  129   126   130     1 
  125   127   128     1 
  125   127   131     1 
  128   127   131     1 
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  127   131   133     1 
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  131   133   134     1 
  131   133   137     1 
  134   133   137     1 
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  133   134   136     1 
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  133   137   139     1 
  138   137   139     1 
  137   139   140     1 
  137   139   141     1 
  140   139   141     1 
  139   141   142     1 
  139   141   147     1 
  142   141   147     1 
  141   142   143     1 
  142   143   144     1 
  143   144   145     1 
  143   144   146     1 
  145   144   146     1 
  141   147   148     1 
  141   147   149     1 
  148   147   149     1 
  147   149   150     1 
  147   149   151     1 
  150   149   151     1 

[ dihedrals ]
;  ai    aj    ak    al funct            c0            c1            c2            c3            c4            c5
    1     2     4     6     1 
    2     4     6     7     1    0.0   2.5   3
    2     4     6     7     1    -180.0 3.5  1
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    4     6     7     9     1    0.0 -1.0  1
    6     7     9    11     1 
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    9    11    12    13     1    180.0  0.5    1
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   11    12    13    14     1 
   12    13    14    15     1 
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   19    21    33    35     1    -0.0   2.5  1
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   21    33    35    37     1 
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   93    95    96    97     1    180.0  0.5    1
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   96    97    98    99     1 
   97    98    99   100     1 
   95   101   103   105     1 
  101   103   105   113     1    0.0   2.5   3
  101   103   105   113     1    -180.0  -1.75  1
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  103   105   106   107     1    120.0  0.4   1
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  105   113   115   117     1 
  113   115   117   121     1    0.0   2.5   3
  113   115   117   121     1    -180.0  -2.0  1
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  123   125   127   131     1    -0.0   2.0  1
  125   127   131   133     1 
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  131   133   137   139     1    -0.0   2.0  1
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  137   139   141   147     1    -180.0  -0.0  1
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  141   142   143   144     1 
  142   143   144   145     1 
  141   147   149   151     1 

[ dihedrals ]
;  ai    aj    ak    al funct            c0            c1            c2            c3
    2     1     4     3     2    0.0  300
    7     6     9     8     2    0.0   300
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   13    16    15    14     2    0.0  300
   17    11    19    18     2    0.0     300
   21    19    33    22     2    35.264  300
   23    22    24    25     2    0.0  300.0
   23    25    28    26     2    0.0  300.0
   23    24    26    28     2    0.0 300.0
   24    26    28    25     2    0.0 300.0
   24    23    25    28     2    0.0  300.0
   25    23    24    26     2    0.0  300.0
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   25    28    30    32     2    0.0  300.0
   25    29    31    32     2    0.0  300.0
   26    24    28    27     2    0.0  300.0
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   37    40    39    38     2    35.264  300
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   47    46    48    49     2    0.0  300.0
   47    48    50    52     2    0.0 300.0
   47    49    51    52     2    0.0  300.0
   48    47    49    51     2    0.0  300.0
   48    50    52    51     2    0.0  300.0
   49    47    48    50     2    0.0  300.0
   49    51    52    50     2    0.0  300.0
   52    50    51    53     2    0.0  300.0
   54    45    56    55     2    0.0   300
   58    56    65    59     2    35.264  300
   59    62    61    60     2    0.0  300.0
   60    64    63    62     2    0.0 300.0
   65    58    67    66     2    0.0     300
   65    67    68    72     2    -63.0  41.0
   68    67    72    69     2    35.264  300
   72    68    74    73     2    0.0   300
   76    74    78    77     2    35.264  300
   78    76    80    79     2    0.0   300
   82    80    86    83     2    35.264  300
   82    85    84    83     2    35.264  300
   86    82    88    87     2    0.0   300
   91    90    93    92     2    0.0   300
   95    93   101    96     2    35.264  300
  101    95   103   102     2    0.0     300
  105   103   113   106     2    35.264  300
  107   106   108   109     2    0.0  300.0
  107   108   110   112     2    0.0 300.0
  107   109   111   112     2    0.0  300.0
  108   107   109   111     2    0.0  300.0
  108   110   112   111     2    0.0  300.0
  109   107   108   110     2    0.0  300.0
  109   111   112   110     2    0.0  300.0
  113   105   115   114     2    0.0   300
  117   115   121   118     2    35.264  300
  117   120   119   118     2    35.264  300
  121   117   123   122     2    0.0   300
  125   123   127   126     2    35.264  300
  125   129   130   126     2    35.264  300
  127   125   131   128     2    0.0     300
  133   131   137   134     2    35.264  300
  133   136   135   134     2    35.264  300
  137   133   139   138     2    0.0   300
  141   139   147   142     2    35.264  300
  143   146   145   144     2    0.0  300
  147   141   149   148     2    0.0     300

[ virtual_sites3 ]
;  ai    aj    ak    al funct            c0            c1
    5     4     2     6     2 
   10     9     7    11     2 
   20    19    17    21     2 
   27    26    24    28     2 
   36    35    33    37     2 
   44    43    41    45     2 
   57    56    54    58     2 
   75    74    72    76     2 
   81    80    78    82     2 
   89    88    86    90     2 
   94    93    91    95     2 
  104   103   101   105     2 
  116   115   113   117     2 
  124   123   121   125     2 
  132   131   127   133     2 
  140   139   137   141     2 
  150   149   147   151     2 

[ virtual_sites3 ]
;  ai    aj    ak    al funct            c0            c1
   63    62    60    59     3 
   64    62    60    59    -3 

; Include Position restraint file
#ifdef POSRES
#include "posre.itp"
#endif

; Include water topology
#include "spc.itp"

#ifdef POSRES_WATER
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
;  i funct       fcx        fcy        fcz
   1    1       1000       1000       1000
#endif

; Include generic topology for ions
#include "ions.itp"

[ system ]
; Name
Protein in water t= 2000.00012

[ molecules ]
; Compound        #mols
Protein             1