############################################################# ## JOB DESCRIPTION ## ############################################################# # SMD simulation (stretching) of deca-alanine in vacuum # Constant temperature ############################################################# ## ADJUSTABLE PARAMETERS ## ############################################################# structure da.psf coordinates smd_ini.pdb outputName da_smd set temperature 300 ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# # Input paraTypeCharmm on parameters par_all27_prot_lipid_cmap.prm temperature $temperature # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 12.0 switching on switchdist 10.0 pairlistdist 13.5 # Integrator Parameters timestep 2.0 ;# 2fs/step rigidBonds all ;# needed for 2fs steps nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 10 # Constant Temperature Control langevin on ;# do langevin dynamics langevinDamping 1 ;# damping coefficient (gamma) of 1/ps langevinTemp $temperature langevinHydrogen no ;# don't couple langevin bath to hydrogens # Output binaryoutput no dcdfreq 500 ;# 500steps = every 1ps outputEnergies 100 ############################################################# ## EXTRA PARAMETERS ## ############################################################# # Tcl interface tclForces on tclForcesScript smd.tcl run 10000 ;# 20 ps