############################################################# ## JOB DESCRIPTION ## ############################################################# # Equilibration of Ubiquitin in a Water Sphere # Use for calculating temperature fluctuations # WARNING: DOES NOT SAVE DCD (and normally you need it) ############################################################# ## ADJUSTABLE PARAMETERS ## ############################################################# structure ../common/ubq_ws.psf coordinates ../common/ubq_ws.pdb set temperature 310 set outputname ubq-nve # Continuing a job from the restart files if {1} { set inputname ../1-2-sphere/ubq_ws_eq binCoordinates $inputname.restart.coor binVelocities $inputname.restart.vel ;# remove the "temperature" entry if you use this! extendedSystem $inputname.restart.xsc } firsttimestep 0 ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# # Input paraTypeCharmm on parameters ../common/par_all27_prot_lipid.inp #temperature $temperature # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 12.0 switching on switchdist 10.0 pairlistdist 13.5 # Integrator Parameters timestep 2.0 ;# 2fs/step rigidBonds all ;# needed for 2fs steps nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 10 # Constant Temperature Control if { 0 } { langevin on ;# do langevin dynamics langevinDamping 5 ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps langevinTemp $temperature langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens } # Output outputName $outputname #restartfreq 50 ;# 500steps = every 1ps #dcdfreq 50 outputEnergies 50 outputPressure 50 ############################################################# ## EXTRA PARAMETERS ## ############################################################# # Spherical boundary conditions sphericalBC on sphericalBCcenter 30.3081743413, 28.8049907121, 15.353994423 sphericalBCr1 26.0 sphericalBCk1 10 sphericalBCexp1 2 ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## ############################################################# # Minimization # minimize 100 # reinitvels $temperature run 500000 ;# 1000ps