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## JOB DESCRIPTION                                         ##
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# Minimization and Equilibration of 
# Ubiquitin in a Water Sphere


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## ADJUSTABLE PARAMETERS                                   ##
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structure          ../common/ubq_ws.psf
coordinates        ../common/ubq_ws.pdb

set temperature    310
set outputname     ubq_ws_eq

firsttimestep      0


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## SIMULATION PARAMETERS                                   ##
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# Input
paraTypeCharmm	    on
parameters          ../common/par_all27_prot_lipid.inp 
temperature         $temperature


# Force-Field Parameters
exclude             scaled1-4
1-4scaling          1.0
cutoff              12.0
switching           on
switchdist          10.0
pairlistdist        14.0


# Integrator Parameters
timestep            2.0  ;# 2fs/step
rigidBonds          all  ;# needed for 2fs steps
nonbondedFreq       1
fullElectFrequency  2  
stepspercycle       10


# Constant Temperature Control
langevin            on   ;# do langevin dynamics
langevinDamping     1    ;# damping coefficient (gamma) of 1/ps
langevinTemp        $temperature
langevinHydrogen    off  ;# don't couple langevin bath to hydrogens

# Electrostatic Force Evaluation
MSM                 on
MSMGridSpacing      2.5  ;# very sensitive to performance, use this default
MSMxmin            -5.0
MSMxmax             60.0
MSMymin            -5.0 
MSMymax             60.0
MSMzmin            -15.0 
MSMzmax             46

# Output
outputName          $outputname

restartfreq         500  ;# 500steps = every 1ps
dcdfreq             250
outputEnergies      100


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## EXTRA PARAMETERS                                        ##
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# Spherical boundary conditions
sphericalBC         on
sphericalBCcenter   30.3081743413, 28.8049907121, 15.353994423
sphericalBCr1       26.0
sphericalBCk1       10
sphericalBCexp1     2


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## EXECUTION SCRIPT                                        ##
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# Minimization
minimize            100
reinitvels          $temperature

run 2500     ;# 5ps