colvarsTrajFrequency        20
##colvarsRestartFrequency  20000


colvar {
   name Translocation

   width 0.1

   lowerboundary   -15.0
   upperboundary     7.0

   lowerwallconstant 100.0
   upperwallconstant 100.0

   distanceZ {
      main {
         atomnumbers { 28892 }
      }
      ref  {
         atomnumbers {
23178 23188 23204 23214 23226 23248 23258 23270 23284 23294 23314 23331 23348 23367 23378 23392 23402 23421 23437 23456 23476 23493 23507 23528 23540 23547 23566 23576 23595 23615 23636 23643
23650 23669 23688 23712 23719 23741 23755 23771 23790 23801 23818 23837 23851 23868 23884 23898 23914 23928 23948 23958 23977 23993 24004 24023 24042 24066 24082 24098 24119 24126 24147 24158
24177 24187 24207 24214 24229 24236 24250 24264 24284 24304 24311 24325 24344 24358 24382 24401 24418 24437 24459 24473 24492 24507 24526 24540 24550 24566 24583 24590 24601 24620 24641 24658
24679 24698 24715 24731 24741 24761 24778 24785 24796 24816 24826 24837 24856 24870 24886 24893 24912 24931 24947 24954 24964 24983 24993 25008 25032 25051 25075 25095 25106 25116 25132 25151
25170 25190 25206 25222 25238 25262 25281 25295 25314 25325 25346 25367 25379 25398 25408 25425 25442 25458 25482 25489 25496 25503 25522 25541 25551 25562 25579 25586 25596 25615 25627 25647
25657 25664 25671 25685 25701 25717 25734 25753 25767 25777 25787 25806 25816 25823 25842 25858 25865 25875 25896 25915 25934 25941 25963 25987 26003 26010 26030 26037 26059 26074 26084 26104
26128 26140 26157 26171 26192 26204 26221 26237 26257 26271 26278 26292 26302 26321 26340 26361 26380 26387 26411 26431 26438 26458 26472 26482 26489 26500 26510 26517 26531 26541 26555 26570
26589 26599 26609 26628 26638 26658 26674 26688 26702 26718 26734 26744 26758 26768 26778 26788 26807 26826 26833 26857 26876 26896 26903 26918 26942 26952 26971 26995 27002 27026 27038 27049
27068 27087 27094 27104 27115 27126 27133 27143 27162 27172 27179 27198 27214 27221 27237 27253 27265 27275 27286 27293 27314 27333 27340 27356 27363 27370 27380 27399 27418 27437 27444 27460
27476 27486 27493 27512 27522 27529 27548 27572 27579 27595 27609 27626 27645 27667 27691 27710 27729 27753 27769 27781 27795 27807 27818 27830 27846 27866 27873 27889 27906 27913 27929 27940
27947 27966 27982 27989 28000 28019 28036 28050 28057 28076 28096 28106 28116 28127 28138 28157 28164 28171 28187 28194 28214 28224 28239 28246 28262 28276 28293 28300 28317 28334 28353 28372
28388 28405 28424 28439 28450 28469 28479 28498 28512 28531 28547 28571 28582 28589 28605 28621 28631 28651 28670 28677 28698 28720 28739 28749 28761 28780 28794 28810 28817 28836 28865
         }
      }
      axis  ( 0.0,  0.0,  1.0 )
   }
}

harmonic {
        name Z
	colvars Translocation
        centers 0.0
        forceConstant 0.025;# 2.5 * 0.1^2 = 0.025
}
