############################################################# ## JOB DESCRIPTION ## ############################################################# # Minimization and Equilibration of # RI-10 in a Water Box ############################################################# ## ADJUSTABLE PARAMETERS ## ############################################################# structure RI-10_wb_ion.psf coordinates RI-10_wb_ion.pdb set temperature 310 set outputname RI-10_eq1_o firsttimestep 0 ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# # Input paraTypeCharmm on parameters par_all27_prot_lipid.inp temperature $temperature # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 12.0 switching on switchdist 10.0 pairlistdist 14.0 # Integrator Parameters timestep 2.0 ;# 2fs/step rigidBonds all ;# needed for 2fs steps nonbondedFreq 10 fullElectFrequency 20 stepspercycle 100 # Constant Temperature Control langevin on ;# do langevin dynamics langevinDamping 1 ;# damping coefficient (gamma) of 1/ps langevinTemp $temperature langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens # Periodic Boundary Conditions cellBasisVector1 129.1 0.0 0.0 cellBasisVector2 0.0 119.5 0.0 cellBasisVector3 0.0 0.0 117.9 cellOrigin 31.8 -36.5 -3.5 wrapAll on # PME (for full-system periodic electrostatics) PME yes PMEGridSpacing 1.0 #manual grid definition #PMEGridSizeX 150 #PMEGridSizeY 120 #PMEGridSizeZ 120 # Constant Pressure Control (variable volume) useGroupPressure yes ;# needed for rigidBonds useFlexibleCell no useConstantArea no langevinPiston on langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm langevinPistonPeriod 100.0 langevinPistonDecay 50.0 langevinPistonTemp $temperature #Harmonic constrain if {1} { constraints on consref RI-10_wb_ion_constr.pdb conskfile RI-10_wb_ion_constr.pdb conskcol B constraintscaling 10.0 } # Output outputName $outputname restartfreq 2000 ;# 500steps = every 1ps dcdfreq 1000 xstFreq 1000 outputEnergies 400 outputPressure 400 ############################################################# ## EXTRA PARAMETERS ## ############################################################# ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## ############################################################# # Minimization if {1} { minimize 10000 reinitvels $temperature # Gradual temperature increase: run 500 for {set i 0} {$i <= $temperature} {incr i 10} { langevinTemp $i run 500 } run 500000 ;# 1000ps }