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## JOB DESCRIPTION                                         ##
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# Minimization and Equilibration of 
# NL63-plp2 in a Water Box


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## ADJUSTABLE PARAMETERS                                   ##
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structure          /home/homes53/rchaud5/ionizedNLp2.psf
coordinates        /home/homes53/rchaud5/ionizedNLp2.pdb

#set temperature    310
set outputname     NL_wb_out

firsttimestep      0


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## SIMULATION PARAMETERS                                   ##
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# Input
paraTypeCharmm	    on
parameters          /home/homes53/rchaud5/par_all27_prot_lipid.inp 
temperature         0
reassignFreq        1000
reassignTemp        25
reassignIncr        25
reassignHold        310


# Force-Field Parameters
exclude             scaled1-4
1-4scaling          1.0
cutoff              12.
switching           on
switchdist          8.
pairlistdist        13.5


# Integrator Parameters
timestep            2.0  ; # 1fs/step
#rigidBonds          all ;# needed for 2fs steps
nonbondedFreq       1
fullElectFrequency  2  
stepspercycle       10
margin              5

# Constant Temperature Control
langevin            on    ;# do langevin dynamics
langevinDamping     5     ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps
langevinTemp        310
langevinHydrogen    off    ;# don't couple langevin bath to hydrogens


# Periodic Boundary Conditions
cellBasisVector1     53.398001581416    0.              0.
cellBasisVector2      0.               46.6239967346      0.
cellBasisVector3      0.                0.               89.5709972382
cellOrigin          -24.7594070435     65.8055496216    -23.563495636

wrapAll             on


# PME (for full-system periodic electrostatics)
PME                 yes
PMEGridSizeX        55
PMEGridSizeY        48
PMEGridSizeZ        91


# Constant Pressure Control (variable volume)
useGroupPressure      yes ;# needed for rigidBonds
useFlexibleCell       no
useConstantArea       no

langevinPiston        on
langevinPistonTarget  1.01325 ;#  in bar -> 1 atm
langevinPistonPeriod  100.
langevinPistonDecay   50.
langevinPistonTemp    310

#constraints
constraints		on
consexp			2
consref			/home/homes53/rchaud5/reference_NL.pdb
conskfile		/home/homes53/rchaud5/ref_rest_nlp2.pdb
conskcol		B




# Output
outputName          $outputname

restartfreq         500     ;# 500steps = every 1ps
dcdfreq             250
xstFreq             250
outputEnergies      150
outputPressure      150


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## EXTRA PARAMETERS                                        ##
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## EXECUTION SCRIPT                                        ##
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# Minimization
minimize            2000
reinitvels          310   
run 5000 ;# 10ps

constraintScaling    0
reinitvels           310
run 495000 ;  # 990ps