############################################################# ## JOB DESCRIPTION ## ############################################################# # 2 ion problem # ############################################################# ## ADJUSTABLE PARAMETERS ## ############################################################# structure Ion_Ion_JustCoulombic_Attraction_8Ang.psf coordinates Ion_Ion_JustCoulombic_Attraction_8Ang.pdb velocities Ion_Ion_JustCoulombic_Attraction_8Ang.vel outputName output firsttimestep 0 # Continuing a job from the restart files if {0} { set inputname output binCoordinates $inputname.restart.coor binVelocities $inputname.restart.vel extendedSystem $inputname.restart.xsc } ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# # Input paraTypeCharmm on parameters param/par_all36_lipid.prm parameters param/par_all36_prot.prm parameters param/par_all36_carb.prm parameters param/par_all36_na.prm parameters param/toppar_water_ions_namd.str parameters param/par_all36_cgenff.prm mergeCrossterms yes # Periodic Boundary conditions cellBasisVector1 600 0 0 cellBasisVector2 0 600 0 cellBasisVector3 0 0 600 cellOrigin 0.0 0.0 0.0 wrapWater on wrapAll on wrapNearest on # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 12.0 switching on switchdist 10.0 pairlistdist 14.0 # margin 3 # Integrator Parameters timestep 0.5 ;# 1fs/step rigidBonds all ;# needed for 2fs steps nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 10 PME yes PMEGridSpacing 1.0 restartfreq 100 ;# 500steps = every 1ps dcdfreq 50 velDCDfile $inputname.veldcd velDCDfreq 50 xstFreq 100 outputEnergies 50 outputPressure 50 run 50000 ;