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## 2VBC Water Box Simlation ##
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## ADJUSTABLE PARAMETERS                                   ##
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structure          2VBC_wb.psf
coordinates        2VBC_wb.pdb

set temperature    310
set outputname     VBC_wb_eq

# start the simulation at zero 
firsttimestep      0


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## SIMULATION PARAMETERS                                   ##
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# Input
paraTypeCharmm	    on
#parameters          ../topology/par_all27_prot_lipid.inp
parameters          ../topology/stream/toppar_prot_na_all.str
parameters          ../topology/stream/toppar_water_ions_namd.str 
parameters          ../topology/par_all36_carb.prm 
parameters           ../topology/par_all36_prot.prm
parameters          ../topology/par_all36_lipid.prm
parameters          ../topology/par_all36_cgenff.prm
parameters          ../topology/par_all36_na.prm
 
temperature         $temperature


# Force-Field Parameters
exclude             scaled1-4
1-4scaling          1.0
cutoff              12.0
switching           on
switchdist          10.0
pairlistdist        13.5


# Integrator Parameters
timestep            1.0  ;# 1fs/step
rigidBonds          all  ;# needed for 2fs steps
nonbondedFreq       1
fullElectFrequency  2  
stepspercycle       10


# Constant Temperature Control
langevin            on    ;# do langevin dynamics
langevinDamping     5     ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps
langevinTemp        $temperature
langevinHydrogen    off    ;# don't couple langevin bath to hydrogens


# Periodic Boundary Conditions
cellBasisVector1 77.72900009155273 0. 0.
cellBasisVector2 0. 58.2760009765625 0.
cellBasisVector3 0. 0. 91.9370002746582
cellOrigin -11.051267623901367 1.9241020679473877 17.74041175842285


wrapAll             on


# PME (for full-system periodic electrostatics)
PME                 yes
PMEGridSpacing      1.0

#manual grid definition
#PMEGridSizeX        45
#PMEGridSizeY        45
#PMEGridSizeZ        48


# Constant Pressure Control (variable volume)
useGroupPressure      yes ;# needed for rigidBonds
useFlexibleCell       no
useConstantArea       no

langevinPiston        on
langevinPistonTarget  1.01325 ;#  in bar -> 1 atm
langevinPistonPeriod  100.0
langevinPistonDecay   50.0
langevinPistonTemp    $temperature


# Output
outputName          $outputname

restartfreq         1000     ;# 500steps = every 1ps
dcdfreq             1000
xstFreq             1000
outputEnergies      100
outputPressure      100


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## EXTRA PARAMETERS                                        ##
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## EXECUTION SCRIPT                                        ##
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# Minimization
minimize            1000
reinitvels          $temperature

run 2000000 ;# 1000ps 2 ns