############################################################# ## JOB DESCRIPTION ## ############################################################# # Minimization and Equilibration of # Complex in a water box ############################################################# ## ADJUSTABLE PARAMETERS ## ############################################################# structure ionized.psf coordinates ionized.pdb set temperature 310 set outputname lig_wb_eq firsttimestep 0 ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# # Input vdwGeometricSigma yes parameters par_opls_aam.inp parameters UNK_E48832.prm paraTypeCharmm on temperature $temperature # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 12.0 switching on switchdist 10.0 pairlistdist 14.0 # Integrator Parameters timestep 2.0 ;# 2fs/step rigidBonds all ;# needed for 2fs steps nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 10 # Constant Temperature Control langevin on ;# do langevin dynamics langevinDamping 1 ;# damping coefficient (gamma) of 1/ps langevinTemp $temperature langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens # Periodic Boundary Conditions cellBasisVector1 76.72 0 0 cellBasisVector2 0.0 77.95 0.0 cellBasisVector3 0.0 0.0 85.31 cellOrigin 64.35704040527344 31.88634490966797 181.7159423828125 wrapAll on # PME (for full-system periodic electrostatics) PME yes PMEGridSpacing 1.0 #manual grid definition #PMEGridSizeX 45 #PMEGridSizeY 45 #PMEGridSizeZ 48 # Constant Pressure Control (variable volume) useGroupPressure yes ;# needed for rigidBonds useFlexibleCell no useConstantArea no langevinPiston on langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm langevinPistonPeriod 100.0 langevinPistonDecay 50.0 langevinPistonTemp $temperature # Output outputName $outputname restartfreq 500 ;# 500steps = every 1ps dcdfreq 250 xstFreq 250 outputEnergies 100 outputPressure 100 ############################################################# ## EXTRA PARAMETERS ## ############################################################# ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## ############################################################# # Minimization minimize 100 reinitvels $temperature run 50000 ;# 100 ps