#############################################################
## JOB DESCRIPTION                                         ##
#############################################################

# Minimization and Equilibration of 
# Ubiquitin in a Water Box


#############################################################
## ADJUSTABLE PARAMETERS                                   ##
#############################################################

structure          ../common/SK3_wb.psf
coordinates        ../common/SK3_wb.pdb

set temperature    310
set outputname     SK3_wb_eq

firsttimestep      0


#############################################################
## SIMULATION PARAMETERS                                   ##
#############################################################

# Input
paraTypeCharmm	    on
parameters          ../common/par_all27_prot_lipid.inp 
temperature         $temperature


# Force-Field Parameters
exclude             scaled1-4
1-4scaling          1.0
cutoff              12.0
switching           on
switchdist          10.0
pairlistdist        13.5


# Integrator Parameters
timestep            1.0  ;# 2fs/step
rigidBonds          all  ;# needed for 2fs steps
nonbondedFreq       1
fullElectFrequency  2  
stepspercycle       10


# Constant Temperature Control
langevin            on    ;# do langevin dynamics
langevinDamping     5     ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps
langevinTemp        $temperature
langevinHydrogen    off    ;# don't couple langevin bath to hydrogens


# Periodic Boundary Conditions
cellBasisVector1    54.77 0. 0.
cellBasisVector2    0. 62.83 0.
cellBasisVector3    0. 0. 48.05
cellOrigin          12.52 4.92 19.91

wrapAll             on


# PME (for full-system periodic electrostatics)
PME                 yes

#manual grid definition

#PMEGridSizeX        53
#PMEGridSizeY        62
#PMEGridSizeZ        47

# Constant Pressure Control (variable volume)
useGroupPressure      yes ;# needed for rigidBonds
useFlexibleCell       no
useConstantArea       no

langevinPiston        on
langevinPistonTarget  1.01325 ;#  in bar -> 1 atm
langevinPistonPeriod  100.0
langevinPistonDecay   50.0
langevinPistonTemp    $temperature


# Output
outputName          $outputname

restartfreq         500     ;# 500steps = every 1ps
dcdfreq             250
xstFreq             250
outputEnergies      100
outputPressure      100


#############################################################
## EXTRA PARAMETERS                                        ##
#############################################################


#############################################################
## EXECUTION SCRIPT                                        ##
#############################################################
for {set i 25} {$i < $temperature} {incr i 25} {
  set tempr $i
  reinitvels   $tempr
  run 100000 ; # 200 ps
}
firsttimestep      0             ;# reset frame counter
reinitvels         $temperature
run 500000 ; # 1 nanosecond