############################################################# ## JOB DESCRIPTION ## ############################################################# # Minimization and Equilibration of # Ubiquitin in a Water Sphere ############################################################# ## ADJUSTABLE PARAMETERS ## ############################################################# structure ../common/Consensus_autopsf_ws.psf coordinates ../common/Consensus_autopsf_ws.pdb set temperature 310 set outputname Consensus_autopsf_ws_eq firsttimestep 0 ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# # Input paraTypeCharmm on parameters ../common/par_all27_prot_lipid.inp temperature $temperature # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 12. switching on switchdist 10. pairlistdist 13.5 # Integrator Parameters timestep 1.0 ;# 1fs/step rigidBonds all ;# needed for 1fs steps nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 10 # Constant Temperature Control langevin on ;# do langevin dynamics langevinDamping 5 ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps langevinTemp $temperature langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens # Output outputName $outputname restartfreq 500 ;# 500steps = every 1ps dcdfreq 250 outputEnergies 100 outputPressure 100 ############################################################# ## EXTRA PARAMETERS ## ############################################################# # Spherical boundary conditions sphericalBC on sphericalBCcenter 12.4315891266 -2.22414183617 15.28104496 sphericalBCr1 26.0 sphericalBCk1 10 sphericalBCexp1 2 ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## ############################################################# # For heating, use temperature reassignment. reassignFreq 5 reassignTemp 0 reassignIncr 1 reassignHold 310 minimize 200 reinitvels $temperature run 500000 ;# 1000ps/1ns }