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## JOB DESCRIPTION                                         ##
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# Equilibrium simulation of
# graphene-water system


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## ADJUSTABLE PARAMETERS                                   ##
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structure          conf.psf
coordinates        conf.pdb

set temperature    300
set outputname     conf

firsttimestep      0


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## SIMULATION PARAMETERS                                   ##
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# Input
paraTypeCharmm	    on
parameters          namd_forcefield.inp

# Initial Temperature
temperature         $temperature

# Force-Field Parameters
exclude             scaled1-4
1-4scaling          1.0
switching           off
cutoff              15.0
pairlistdist        16.0

pme                 yes
pmegridspacing      1.0  ;# maximum grid-size 1.0A, 0.1nm

# Integrator Parameters
timestep            1.0  ;# 2fs/step
rigidBonds          all
nonbondedFreq       1
fullElectFrequency  1
# Neighborlist Update Frequency
stepspercycle       10

# Periodic Boundary Conditions
cellBasisVector1    40.2  0.0    0.0
cellBasisVector2     0.0  40.2  0.0
cellBasisVector3     0.0   0.0  90.00
cellOrigin          20.1  20.1  45.00
wrapAll             on

# Constant Temperature Control
langevin            on    ;# do langevin dynamics
langevinDamping     1     ;# damping coefficient (gamma) of 1/ps
langevinTemp        $temperature
langevinHydrogen    on    ;# don't couple langevin bath to hydrogens


# Output
outputName          $outputname
veldcdfile          conf.vel
veldcdfreq          500
restartfreq         1000000     ;# every 1ns
dcdfreq             500        ;# every 1ps
outputEnergies      500         ;# every 500fs
outputPressure      500         ;# every 500fs


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## EXTRA PARAMETERS                                        ##
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## EXECUTION SCRIPT                                        ##
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# Minimization
#minimize            100
#reinitvels          $temperature

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## Local Pressure Determination                            ##
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pressureprofile      on
pressureprofileslabs 710
pressureprofilefreq  1000
pressureprofileewald off
#pressureprofileewaldx 20
#pressureprofileewaldy 20
#pressureprofileewaldz 20

run 2000000 ;# 2ns


#coorfile open dcd wt10chan_1ns.dcd
#while { [coorfile read] != -1 } {
#  incr ts 1000
#  firsttimestep 0
#  run 0
#}
#coorfile close