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## JOB DESCRIPTION                                         ##
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# Minimization and Equilibration of 
# Bulk hydrogen sulfide


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## ADJUSTABLE PARAMETERS                                   ##
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structure          hexadecane_1.psf
coordinates        hexadecane_1.pdb

set temperature  300.0
#reassignFreq   1000
#reassignTemp   10
#reassignIncr   10
#reassignHold   300

set outputname     dmp_equil

set inputname      dmp_temp
binCoordinates     $inputname.restart.coor
binVelocities      $inputname.restart.vel  ;# remove the "temperature" entry if you use this!
extendedSystem     $inputname.restart.xsc

firsttimestep      0


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## SIMULATION PARAMETERS                                   ##
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# Input
paraTypeCharmm	    on
parameters          par_cg_hexdecane.inp 
#temperature         $temperature


# Force-Field Parameters
exclude             1-2
1-4scaling          1.0
cutoff              25.0
switching           on
switchdist          15.
pairlistdist        45.5
# margin              2.5

# Integrator Parameters
timestep            40.0  ;# 2fs/step
# rigidBonds          all  ;# needed for 2fs steps
nonbondedFreq       1
fullElectFrequency  2  
stepspercycle       10


# Constant Temperature Control
langevin            on    ;# do langevin dynamics
langevinDamping     2     ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps
langevinTemp        $temperature
langevinHydrogen    on    ;# don't couple langevin bath to hydrogens


# Periodic Boundary Conditions
cellBasisVector1    55.   0.  0.
cellBasisVector2     0.  55.  0.
cellBasisVector3     0.   0. 55.
cellOrigin          26.26 27.67 29.38

wrapAll             on


# PME (for full-system periodic electrostatics)
PME                 no
#PMEGridSizeX        80
#PMEGridSizeY        80
#PMEGridSizeZ        80


# Constant Pressure Control (variable volume)
useGroupPressure      no ;# needed for rigidBonds
useFlexibleCell       no
useConstantArea       no

langevinPiston        on
langevinPistonTarget  1.000 ;#  in bar -> 1 atm
langevinPistonPeriod  500.
langevinPistonDecay   250.
langevinPistonTemp    $temperature


# Output
outputName          $outputname

restartfreq        10000   ;# 500steps = every 1ps
dcdfreq            10000
xstFreq            10000
outputEnergies     10000
outputPressure     10000


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## EXTRA PARAMETERS                                        ##
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## EXECUTION SCRIPT                                        ##
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# Minimization
#minimize            1000
#reinitvels          $temperature

run 20000000 ;# 5ps

#for { set TEMP 50 } { $TEMP < 300 } { incr TEMP 50 } {
#  run 1000
#  reassignTemp $TEMP
#}