############################################################# ## JOB DESCRIPTION ## ############################################################# # Production run of Spin-labelled eqtii-i18c in vacuo ############################################################# ## ADJUSTABLE PARAMETERS ## ############################################################# set outputname out/eqtii-i18c_20ns.1.d set inputname out/eqtii-i18c_20ns.1.c structure eqtii-i18c.psf coordinates eqtii-i18c.pdb #restart bincoordinates $inputname.restart.coor binvelocities $inputname.restart.vel extendedSystem $inputname.restart.xsc set temperature 310 set starttime 0 ;# the time in ns which sets the first step set length 20 ;#ns set restartfrom 5853380 set timestep 2 ;#femtosecond set outputtime 0.001 ;# every x ns set restarttime 0.001 ;# every x ns set numsteps [expr round(($length * 1000000)/ $timestep) - $restartfrom ] set outputstep [expr round($numsteps * $outputtime / $length)] set restartstep [expr round($numsteps * $restarttime / $length)] firsttimestep $restartfrom ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# # Input paraTypeCharmm on parameters par_all27_prot_lipid_pf.inp # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 switching on switchdist 10. cutoff 12. pairlistdist 13.5 longSplitting c2 ;# pozor spremenili! # Integrator Parameters timestep $timestep ;# 2fs/step rigidBonds all ;# needed for 2fs steps nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 20 # Constant Temperature Control langevin on ;# do langevin dynamics langevinDamping 5 ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps langevinTemp $temperature langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens # Output outputName $outputname # Calculate output steps binaryoutput yes restartfreq $restartstep dcdfreq $outputstep velDCDfile $outputname.dcd.vel velDCDfreq $outputstep xstFreq $outputstep outputEnergies $outputstep outputPressure $outputstep outputTiming $outputstep outputPairlists $outputstep ############################################################# ## EXTRA PARAMETERS ## ############################################################# dielectric 74.2 ;# water at 310K # Fixed Atoms Constraint (set PDB beta-column to 1) if {1} { fixedAtoms on fixedAtomsFile backbone.fix fixedAtomsCol B fixedAtomsForces off } ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## ############################################################# run $numsteps