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## JOB DESCRIPTION                                         ##
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# Minimization and Equilibration of 
# 8,2CNT_wb in a Water Box


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## ADJUSTABLE PARAMETERS                                   ##
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structure          D:/8,2CNT_wb.psf
coordinates        D:/8,2CNT_wb.pdb

set temperature    300


# continuing a run

set inputname      8,2CNT_wb             
binCoordinates     $8,2CNT_wb_eq.coor
binVelocities      $8,2CNT_wb_eq.vel
extendedSystem     $8,2CNT_wb_eq.xsc
firsttimestep      345001
numsteps           100000
set outputname     8,2CNT_wb_eq


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## SIMULATION PARAMETERS                                   ##
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# Input
paraTypeCharmm	    on
parameters          D:/par_nanotubes.inp 
temperature         300


# Force-Field Parameters
exclude             scaled1-4
1-4scaling          1.0
cutoff              9.
switching           on
switchdist          7.
pairlistdist        10.5


# Integrator Parameters
timestep            2.0  ;# 2fs/step
rigidBonds          all  ;# needed for 2fs steps
nonbondedFreq       1
fullElectFrequency  2  
stepspercycle       10


# Constant Temperature Control
langevin            on    ;# do langevin dynamics
langevinDamping     5     ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps
langevinTemp        $temperature
langevinHydrogen    off    ;# don't couple langevin bath to hydrogens


# Periodic Boundary Conditions
cellBasisVector1    42.    0.   0.
cellBasisVector2     0.   44.   0.
cellBasisVector3     0.    0   47.
cellOrigin          0.   0.  0.

wrapAll             on


# PME (for full-system periodic electrostatics)
PME                 yes
PMEGridSizeX        32
PMEGridSizeY        32
PMEGridSizeZ        32


# Constant Pressure Control (variable volume)
useGroupPressure      yes ;# needed for rigidBonds
useFlexibleCell       no
useConstantArea       no

langevinPiston        on
langevinPistonTarget  1.01325 ;#  in bar -> 1 atm
langevinPistonPeriod  100.
langevinPistonDecay   50.
langevinPistonTemp    $temperature


# Output
outputName          $outputname

restartfreq         250     ;# 250steps = every 2ps
dcdfreq             250
xstFreq             250
outputEnergies      100
outputPressure      100


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## EXTRA PARAMETERS                                        ##
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## EXECUTION SCRIPT                                        ##
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# Minimization
minimize            15000
reinitvels          $temperature

run 100000 ;# 5ps