############################################################# ## JOB DESCRIPTION ## ############################################################# # Minimization and Equilibration of # Ubiquitin in a Water Box ############################################################# ## ADJUSTABLE PARAMETERS ## ############################################################# structure ../psf/protein.psf coordinates ../psf/protein.pdb set temperature 310 set outputname protein_wb_eq firsttimestep 0 ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# # Input paraTypeCharmm on parameters ../psf/par_all27_prot_lipid.inp temperature $temperature # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 10. switching on switchdist 8. pairlistdist 12.5 # Integrator Parameters timestep 1.0 ;# 2fs/step rigidBonds water ;# needed for 2fs steps nonbondedFreq 2 fullElectFrequency 4 stepspercycle 20 #temperature increment reassignTemp 1 reassignIncr 0.5 reassignHold 310 reassignFreq 100 # Constant Temperature Control langevin on ;# do langevin dynamics langevinDamping 5 ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps langevinTemp $temperature langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens # Periodic Boundary Conditions cellBasisVector1 113.713 0. 0. cellBasisVector2 0. 101.534 0. cellBasisVector3 0. 0 121.261 cellOrigin 31.4885959625 30.9731616974 22.1078605652 wrapAll on # PME (for full-system periodic electrostatics) PME yes PMEGridSpacing 1.0 #PMEGridSizeX 32 #PMEGridSizeY 32 #PMEGridSizeZ 32 #zeroMomentum yes # Constant Pressure Control (variable volume) #useGroupPressure yes ;# needed for rigidBonds #useFlexibleCell no #useConstantArea no # #langevinPiston on #langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm #langevinPistonPeriod 100. #langevinPistonDecay 50. #langevinPistonTemp $temperature # Output outputName $outputname restartfreq 1000 ;# 500steps = every 1ps dcdfreq 1000 xstFreq 1000 outputEnergies 1000 outputPressure 1000 outputTiming 1000 # Fixed Atoms Constraint (set PDB beta-column to 1) fixedAtoms on fixedAtomsFile ../psf/fixed_protein.pdb fixedAtomsCol B ############################################################# ## EXTRA PARAMETERS ## ############################################################# ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## ############################################################# # Minimization minimize 1000 reinitvels $temperature run 100000 ;# 1ns