############################################################# ## JOB DESCRIPTION ## ############################################################# # Minimization of neutral # Bacteriorhodopsin in a neutral lipid membrane ############################################################# ## ADJUSTABLE PARAMETERS ## ############################################################# structure bacrhodopsin_final.psf coordinates bacrhodopsin_final.pdb outputName bacrhodop_min set temperature 0 firsttimestep 0 ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# # Input paraTypeCharmm on parameters par_all27_prot_lipidNBFIX.prm temperature 0 # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 12. switching on switchdist 8. pairlistdist 13.5 # Integrator Parameters timestep 1.0 ;# 1fs/step rigidBonds all ;# needed for 1fs steps nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 20 # Output restartfreq 1000 ;# 1000steps = every 2ps dcdfreq 1000 xstFreq 1000 outputEnergies 50 outputPressure 50 ############################################################# ## EXTRA PARAMETERS ## ############################################################# # Periodic Boundary Conditions # NOTE: Do not set the periodic cell basis if you have also # specified an .xsc restart file! if {1} { cellBasisVector1 82. 0. 0. cellBasisVector2 0. 79. 0. cellBasisVector3 0. 0. 65.98 cellOrigin -0.05074617639183998 0.1211656779050827 1.0147390365600586 } wrapWater on wrapAll on #PME (for full-system periodic electrostatics) if {1} { PME yes PMEGridSizeX 80 PMEGridSizeY 80 PMEGridSizeZ 90 } } ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## ############################################################# # Minimization minimize 10000