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## ADJUSTABLE PARAMETERS                                   ##
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structure 	../common/cg_ionized_autopsf.psf
coordinates	./common/cg_ionized_autopsf.pdb

set temperature    300
set outputname     cg_equil

firsttimestep      0


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## SIMULATION PARAMETERS                                   ##
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# Input
paraTypeCharmm	    on
parameters	    ../common/rbcg-2007.par
temperature         $temperature

# Force-Field Parameters
exclude             1-2
cutoff              12.0
switching           on
switchdist          9.0
pairlistdist        16.0
hgroupcutoff        0
cosangles            on


# Integrator Parameters
timestep            15.0
nonbondedFreq       1
stepspercycle       20


# Constant Temperature Control
langevin            on
langevinDamping     5
langevinTemp        $temperature
langevinHydrogen    off

# Periodic Boundary Conditions
cellBasisVector1    110.0    0.   0.
cellBasisVector2     0.   110.0   0.
cellBasisVector3     0.    0   100.0
cellOrigin           0.0 0.0 -5.0

wrapAll              on
margin               5.0
dielectric           20
 

# Constant Pressure Control (variable volume)
useGroupPressure      yes
useFlexibleCell       no
useConstantArea       no

langevinPiston        on
langevinPistonTarget  1.01325 ;#  in bar -> 1 atm
langevinPistonPeriod  5000.
langevinPistonDecay   2500.
langevinPistonTemp    $temperature


# Output
outputName          $outputname

restartfreq         2000
dcdfreq             2000
xstFreq             2000
outputEnergies      200
outputPressure      200


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## EXTRA PARAMETERS                                        ##
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## EXECUTION SCRIPT                                        ##
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# Minimization
minimize            5000
reinitvels $temperature

 run 100000000