From: Morad Alawneh (alawneh_at_chem.byu.edu)
Date: Thu Apr 19 2007 - 16:05:05 CDT
*Dear all,
I have here new results to show the pressure problem:
<Pzz> (bar) = 10.93 (+/- 5.75 SE) (+/- 575.24 SD)
<P> (bar) = -33.18 (+/- 3.61 SE) (+/- 361.23 SD)
<V> (A^-3) = 119800.89 (+/- 4.73 SE) (+/- 473.10 SD)
The results show stable average values but away from the target
pressure, which I conclude something is not right about pressure and any
quantity related to pressure should not be trusted until this problem be
figured out.
The results were for 10 ns NPAT simulation under the following conditions:
paraTypeCharmm on
####################################################################################
# Timestep Parameters
numsteps $Numer_of_Steps
timestep 2.0
firsttimestep $FirstTimeStep
stepspercycle 20
####################################################################################
# Simulation Space Partitioning
switching on
switchDist 8.0
cutoff 12.0
pairlistdist 14.0
margin 2.0
pairlistsPerCycle 4
####################################################################################
# Basic Dynamics
#temperature $Temp
exclude scaled1-4
1-4scaling 1.0
seed 2006
rigidBonds all
rigidTolerance 0.00000001
rigidIterations 100
useSettle on
dielectric 1.0
COMmotion no
zeroMomentum yes
####################################################################################
# PME Parameters
PME yes
PMEGridSizeX 64
PMEGridSizeY 64
PMEGridSizeZ 128
PMEInterpOrder 6
####################################################################################
# # Multiple Timestep Parameters
#
# fullElectFrequency 2
# nonbondedFreq 1
# MTSAlgorithm impulse
# longSplitting c1
####################################################################################
# Temperature Control
# Langevin Dynamics Parameters
langevin on
langevinTemp $Temp
langevinDamping 5.0 ;# /ps
langevinHydrogen on ;# default
####################################################################################
# Boundary Conditions
# Periodic Boundary Conditions
cellBasisVector1 40.0 00.0 00.0
cellBasisVector2 00.0 40.0 00.0
cellBasisVector3 00.0 00.0 90.0
cellOrigin 0.0 0.0 0.0
wrapWater on
wrapAll on
wrapNearest off
extendedSystem $ESF
####################################################################################
# Pressure Control
useGroupPressure yes
useFlexibleCell yes
useConstantRatio no
useConstantArea yes
# Nose-Hoover Langevin Piston Pressure Control
LangevinPiston on
LangevinPistonTarget 1.01325 ;# 1 atm 1.01325 bar
LangevinPistonPeriod 1000.0
LangevinPistonDecay 100.0
LangevinPistonTemp $Temp
#SurfaceTensionTarget $Gamma
####################################################################################
# Tcl Forces and Analysis
set PDB [concat "../../psfgen/$InputName\.pdb-old_TRP"]
###----------------
set SelSegID1 {GA1}
set SelSegID2 {GA2}
set SelSegID3 {}
set SelSegID4 {}
###----------------
set Protein_Center [list 0.0 0.0 0.0]
###----------------
tclForces on
tclForcesScript "../../psfgen/restraints.tcl"
####################################################################################
Morad Alawneh
**
*
This archive was generated by hypermail 2.1.6 : Wed Feb 29 2012 - 15:44:35 CST