############################################################# ## JOB DESCRIPTION ## ############################################################# # Minimization and Equilibration of # 1CPC C-Phycocyanin in a Water Box ############################################################# ## ADJUSTABLE PARAMETERS ## ############################################################# structure 1cpcL-wb.psf coordinates 1cpcL-wb.pdb set temperature 310 set outputname 1cpc-out firsttimestep 0 ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# # Input paraTypeCharmm on parameters par_all27_prot_lipid.inp temperature $temperature # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 12. switching on switchdist 10. pairlistdist 13.5 # Integrator Parameters numsteps 1000 timestep 2.0 ;# 2fs/step rigidBonds all ;# needed for 2fs steps nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 10 # Constant Temperature Control langevin on ;# do langevin dynamics langevinDamping 5 ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps langevinTemp $temperature langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens # Periodic Boundary Conditions # x,y,z values were set to the max values of x,y,z coords of the 1CPC/water box system cellBasisVector1 40. 0. 0. cellBasisVector2 0. -0.29 0. cellBasisVector3 0. 0 1.13 cellOrigin 4.1 -30.8 -18.1 wrapAll on # PME (for full-system periodic electrostatics) PME yes PMEGridSizeX 32 PMEGridSizeY 32 PMEGridSizeZ 32 # Constant Pressure Control (variable volume) useGroupPressure yes ;# needed for rigidBonds useFlexibleCell no useConstantArea no langevinPiston on langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm langevinPistonPeriod 100. langevinPistonDecay 50. langevinPistonTemp $temperature # Output outputName $outputname #restartfreq 500 ;# 500steps = every 1ps dcdfreq 100 #xstFreq 500 outputEnergies 10 outputPressure 100 ############################################################# ## EXTRA PARAMETERS ## ############################################################# ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## ############################################################# # Minimization minimize 500 #reinitvels $temperature run 100 ;# 10ps