- c -

• Calc_Coul_PairSer() : ComputeGBISser.C
• Calc_dEda_Pair() : ComputeGBIS.inl
• Calc_dEda_PairSer() : ComputeGBISser.C
• Calc_dEdr_Pair() : ComputeGBIS.inl
• Calc_dEdr_PairSer() : ComputeGBISser.C
• calc_fulldirect() : ComputeFullDirect.C
• calc_one_theta() : CudaPmeSolverUtilKernel.cu
• calc_theta_dtheta() : CudaPmeSolverUtilKernel.cu
• calcComponentForces() : ComputeBondedCUDAKernel.cu
• CalcDH() : ComputeGBIS.inl
• CalcDHPair() : ComputeGBIS.inl
• CalcDHPairSer() : ComputeGBISser.C
• CalcDHSer() : ComputeGBISser.C
• calcForceEnergy() : CudaComputeNonbondedKernel.cu
• calcGBISPhase() : CudaComputeGBISKernel.cu
• CalcH() : ComputeGBIS.inl
• CalcHPair() : ComputeGBIS.inl
• CalcHPairSer() : ComputeGBISser.C
• CalcHSer() : ComputeGBISser.C
• calcOverlap() : ComputeLCPO.C
• calcPatchNumLists() : CudaTileListKernel.cu
• CalcScaleSer() : ComputeGBISser.C
• calcTileListPosKernel() : CudaTileListKernel.cu
• CALL() : ComputePmeCUDAKernel.cu
• call_sendAtomsToHomePatchProcs() : ParallelIOMgr.C
• cast_array() : varsizemsg.h
• cast_size() : varsizemsg.h
• CcdCallBacksReset() : ComputeNonbondedCUDA.C , ComputePme.C , CudaComputeNonbonded.C , CudaPmeSolverUtil.C
• cfftb() : pub3dfft.C
• cfftb1() : pub3dfft.C
• cfftf() : pub3dfft.C
• cfftf1() : pub3dfft.C
• cffti() : pub3dfft.C
• cffti1() : pub3dfft.C
• CheckParentheses() : FreeEnergyParse.C , FreeEnergyParse.h
• checkSum() : MStream.C
• circShift() : structures.h
• CkpvDeclare() : ProcessorPrivate.C
• CkpvExtern() : InfoStream.C , ProcessorPrivate.h
• CkpvStaticDeclare() : BackEnd.C , Communicate.C
• clear_device_array() : CudaUtils.h
• clear_device_array_async_T() : CudaUtils.C , CudaUtils.h
• clear_device_array_sync() : CudaUtils.h
• clear_device_array_T() : CudaUtils.C , CudaUtils.h
• clearGlobalVectors() : CompressPsf.C
• close_dcd_read() : dcdlib.C , dcdlib.h
• close_dcd_write() : dcdlib.C , dcdlib.h
• compare_bit_reversed() : ComputePme.C , WorkDistrib.C
• compDistance() : HomePatch.C
• compLoad() : ProxyMgr.C
• compress_molecule_info() : CompressPsf.C , CompressPsf.h
• compute_b_moduli() : PmeKSpace.C
• compute_b_spline() : PmeBase.inl
• compute_energy_orthogonal_ckloop() : PmeKSpace.C
• compute_forces_order4_helper() : PmeRealSpace.C
• convert() : ParseOptions.C , ParseOptions.h
• convertForces() : ComputeBondedCUDAKernel.cu
• copy3D_DtoD() : CudaUtils.h
• copy3D_DtoD_T() : CudaUtils.C , CudaUtils.h
• copy3D_DtoH() : CudaUtils.h
• copy3D_DtoH_T() : CudaUtils.h , CudaUtils.C
• copy3D_HtoD() : CudaUtils.h
• copy3D_HtoD_T() : CudaUtils.C , CudaUtils.h
• copy3D_PeerDtoD() : CudaUtils.h
• copy3D_PeerDtoD_T() : CudaUtils.C , CudaUtils.h
• copy_DtoD() : CudaUtils.h
• copy_DtoD_async_T() : CudaUtils.h , CudaUtils.C
• copy_DtoD_sync() : CudaUtils.h
• copy_DtoD_T() : CudaUtils.C , CudaUtils.h
• copy_DtoH() : CudaUtils.h
• copy_DtoH_async_T() : CudaUtils.C , CudaUtils.h
• copy_DtoH_sync() : CudaUtils.h
• copy_DtoH_T() : CudaUtils.C , CudaUtils.h
• copy_HtoD() : CudaUtils.h
• copy_HtoD_async_T() : CudaUtils.C , CudaUtils.h
• copy_HtoD_sync() : CudaUtils.h
• copy_HtoD_T() : CudaUtils.C , CudaUtils.h
• copy_PeerDtoD() : CudaUtils.h
• copy_PeerDtoD_async_T() : CudaUtils.C , CudaUtils.h
• copyTable() : CudaNonbondedTables.C
• CpvDeclare() : DataExchanger.C
• CpvExtern() : DataExchanger.h
• createCudaComputeNonbonded() : ComputeMgr.C
• CreateNamdCentLB() : NamdCentLB.C , NamdCentLB.h
• CreateNamdDummyLB() : NamdDummyLB.h , NamdDummyLB.C
• CreateNamdHybridLB() : NamdHybridLB.C , NamdHybridLB.h
• createStream() : ComputePmeCUDAMgr.C
• cross() : ComputeBondedCUDAKernel.cu
• crossterm_setup() : ComputeCrossterms.C , Parameters.C
• crosstermForce() : ComputeBondedCUDAKernel.cu
• CsmAckHandler() : Communicate.C
• CsmHandler() : Communicate.C
• cuda_affinity_initialize() : CudaUtils.C , BackEnd.C
• cuda_bind_atom_params() : ComputeNonbondedCUDAKernel.h , ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• cuda_bind_atoms() : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu , ComputeNonbondedCUDAKernel.h
• cuda_bind_exclusions() : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu , ComputeNonbondedCUDAKernel.h
• cuda_bind_force_table() : ComputeNonbondedCUDAKernel.h , ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• cuda_bind_forces() : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu , ComputeNonbondedCUDAKernel.h
• cuda_bind_GBIS_bornRad() : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu , ComputeNonbondedCUDAKernel.h
• cuda_bind_GBIS_dEdaSum() : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu , ComputeNonbondedCUDAKernel.h
• cuda_bind_GBIS_dHdrPrefix() : ComputeNonbondedCUDAKernel.h , ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• cuda_bind_GBIS_energy() : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu , ComputeNonbondedCUDAKernel.h
• cuda_bind_GBIS_intRad() : ComputeNonbondedCUDAKernel.h , ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• cuda_bind_GBIS_psiSum() : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu , ComputeNonbondedCUDAKernel.h
• cuda_bind_lj_table() : ComputeNonbondedCUDAKernel.h , ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• cuda_bind_patch_pairs() : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu , ComputeNonbondedCUDAKernel.h
• cuda_bind_vdw_types() : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu , ComputeNonbondedCUDAKernel.h
• cuda_bind_virials() : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu , ComputeNonbondedCUDAKernel.h
• cuda_check_local_calc() : ComputeNonbondedCUDA.C
• cuda_check_local_progress() : ComputeNonbondedCUDA.C
• cuda_check_pme_charges() : ComputePme.C
• cuda_check_pme_forces() : ComputePme.C
• cuda_check_progress() : ComputeNonbondedCUDA.C
• cuda_check_remote_calc() : ComputeNonbondedCUDA.C
• cuda_check_remote_progress() : ComputeNonbondedCUDA.C
• cuda_device_pe() : ComputeNonbondedCUDA.h
• cuda_device_shared_with_pe() : ComputeNonbondedCUDA.h
• cuda_errcheck() : ComputeNonbondedCUDAKernel.h , ComputeNonbondedCUDA.C , ComputePme.C
• cuda_finalize() : BackEnd.C , DeviceCUDA.C
• cuda_GBIS_P1() : ComputeNonbondedCUDAKernel.h , ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• cuda_GBIS_P2() : ComputeNonbondedCUDAKernel.h , ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• cuda_GBIS_P3() : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu , ComputeNonbondedCUDAKernel.h
• cuda_getargs() : DeviceCUDA.C , BackEnd.C
• cuda_init() : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu , ComputeNonbondedCUDAKernel.h
• cuda_init_bspline_coeffs() : ComputePmeCUDAKernel.cu , ComputePmeCUDAKernel.h
• cuda_initialize() : DeviceCUDA.C , WorkDistrib.C
• cuda_nonbonded_forces() : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu , ComputeNonbondedCUDAKernel.h
• cuda_pme_charges_batched_dev() : ComputePmeCUDAKernel.cu
• cuda_pme_charges_dev() : ComputePmeCUDAKernel.cu
• cuda_pme_forces_dev() : ComputePmeCUDAKernel.cu
• cuda_stream_finished() : ComputeNonbondedCUDAKernel.h
• cudaDie() : CudaUtils.h , CudaUtils.C , ComputePme.C
• cudaNAMD_bug() : CudaUtils.h , CudaUtils.C
• custom_ComputeQMAtom_Less() : ComputeQM.C