- a -
- AddAtom()
: FreeEnergyParse.C
, FreeEnergyParse.h
- AddAtoms()
: FreeEnergyParse.C
, FreeEnergyParse.h
- AddAtomsInResidues()
: FreeEnergyParse.h
, FreeEnergyParse.C
- AddResidues()
: FreeEnergyParse.C
, FreeEnergyParse.h
- after_backend_init()
: BackEnd.C
, mainfunc.C
- ALCHPAIR()
: ComputeNonbondedBase2.h
- all_init()
: BackEnd.C
- allocate_device()
: CudaUtils.h
- allocate_device_T()
: CudaUtils.C
, CudaUtils.h
- allocate_host()
: CudaUtils.h
- allocate_host_T()
: CudaUtils.C
, CudaUtils.h
- AllocateNamdCentLB()
: NamdCentLB.C
, NamdCentLB.h
- AllocateNamdDummyLB()
: NamdDummyLB.h
, NamdDummyLB.C
- angleForce()
: ComputeBondedCUDAKernel.cu
- anterpolation()
: msm_longrng.c
, msm_longrng_sprec.c
- atoBool()
: ScriptTcl.C
- atobool()
: SimParameters.C
- average()
: HomePatch.C