Difference for ug/ug_colvars.bib from version 1.3 to 1.4

version 1.3version 1.4
Line 1
Line 1
  
 @ARTICLE{Altis2007, @ARTICLE{Altis2007,
   author = {Altis, Alexandros and Nguyen, Phuong H. and Hegger, Rainer and Stock,   author = {Altis, Alexandros and Nguyen, Phuong H. and Hegger, Rainer and Stock,
  Gerhard},  Gerhard},
Line 62
Line 63
   number = {9}   number = {9}
 } }
  
  @ARTICLE{Comer2014c,
    author = {Comer, J. and Phillips, J. and Schulten, K. and Chipot, C.},
    title = {Multiple-walker strategies for free-energy calculations in NAMD:
      Shared adaptive biasing force and walker selection rules},
    journal = {J. Chem. Theor. Comput.},
    year = {2014},
    volume = {10},
    pages = {5276-5285},
  }
  
 @ARTICLE{Coutsias2004, @ARTICLE{Coutsias2004,
   author = {Coutsias, E A and Seok, C and Dill, K A},   author = {Coutsias, E A and Seok, C and Dill, K A},
   title = {Using quaternions to calculate {RMSD}},   title = {Using quaternions to calculate {RMSD}},
Line 103
Line 114
   number = {22-23}   number = {22-23}
 } }
  
  @ARTICLE{Fu2016,
    author = {Fu, H. and Shao, X. and Chipot, C. and Cai, W.},
    title = {Extended adaptive biasing force algorithm. An on--the--fly implementation
      for accurate free--energy calculations},
    journal = {J. Chem. Theory Comput.},
    year = {2016},
    pmid = {27398726},
    url = {http://dx.doi.org/10.1021/acs.jctc.6b00447}
  }
  
 @ARTICLE{Glykos2006, @ARTICLE{Glykos2006,
   author = {Nicholas M Glykos},   author = {Nicholas M Glykos},
   title = {Carma: a molecular dynamics analysis program},   title = {Carma: a molecular dynamics analysis program},
Line 173
Line 194
   number = {23}   number = {23}
 } }
  
  @Article{Kastner2005,
    Title                    = {Bridging the gap between thermodynamic integration and umbrella sampling provides a novel analysis method: ``Umbrella integration''},
    Author                   = {Kastner, J. and Thiel, W.},
    Journal                  = {J. Chem. Phys.},
    Year                     = {2005},
    Number                   = {14},
    Pages                    = {144104},
    Volume                   = {123},
  }
  
 @ARTICLE{Laio2002, @ARTICLE{Laio2002,
   author = {Laio, A. and Parrinello, M.},   author = {Laio, A. and Parrinello, M.},
   title = {Escaping free-energy minima.},   title = {Escaping free-energy minima.},
Line 183
Line 214
   number = {20}   number = {20}
 } }
  
  @Article{Lesage2016,
    author  = {Lesage, A. and Leli\`evre, T. and Stoltz, G. and H\'enin, J.},
    title   = {Smoothed Biasing Forces Yield Unbiased Free Energies With the Extended-System Adaptive Biasing Force Method},
    journal = {J. Phys. Chem. B},
    note    = {(submitted)},
  }
  
  @ARTICLE{Minoukadeh2010,
    author = {K. Minoukadeh and C. Chipot and T. Leli\`evre},
    title = {Potential of mean force calculations: A multiple-walker adaptive
      biasing force approach},
    journal = {J. Chem. Theor. Comput.},
    year = {2010},
    volume = {6},
    pages = {1008-1017},
  }
  
 @ARTICLE{Mu2005, @ARTICLE{Mu2005,
   author = {Mu, Yuguang and Nguyen, Phuong H. and Stock, Gerhard},   author = {Mu, Yuguang and Nguyen, Phuong H. and Stock, Gerhard},
   title = {Energy landscape of a small peptide revealed by dihedral angle principal   title = {Energy landscape of a small peptide revealed by dihedral angle principal
Line 226
Line 274
 } }
  
  
  @ARTICLE{Shen2015,
    title={Structural Refinement of Proteins by Restrained Molecular Dynamics Simulations with Non-interacting Molecular Fragments},
    author={Shen, Rong and Han, Wei and Fiorin, Giacomo and Islam, Shahidul M and Schulten, Klaus and Roux, Beno{\^\i}t},
    journal={{PLoS} Comput. Biol.},
    volume={11},
    number={10},
    pages={e1004368},
    year={2015},
    publisher={Public Library of Science}
  }
  
  
 @ARTICLE{Pitera2012, @ARTICLE{Pitera2012,
     author = {Pitera, Jed W. and Chodera, John D.},     author = {Pitera, Jed W. and Chodera, John D.},
Line 244
Line 303
 year = {2014} year = {2014}
  
 } }
  
  @ARTICLE{Zheng2012,
    author = {L. Zheng and W. Yang},
    title = {Practically efficient and robust free energy calculations: Double-integration
      orthogonal space tempering},
    journal = {J. Chem. Theor. Compt.},
    year = {2012},
    volume = {8},
    pages = {810-823},
  }


Legend:
Removed in v.1.3 
changed lines
 Added in v.1.4



Made by using version 1.53 of cvs2html