Difference for psfgen/src/topo_mol_pluginio.c from version 1.12 to 1.13

version 1.12version 1.13
Line 1
Line 1
 #include <stdio.h> #include <stdio.h>
 #include <stdlib.h> #include <stdlib.h>
  #include <stdint.h>
 #include <string.h> #include <string.h>
 #include <ctype.h> #include <ctype.h>
 #include "topo_mol_pluginio.h" #include "topo_mol_pluginio.h"
Line 787
Line 788
                           const char *filename, struct image_spec *images,                           const char *filename, struct image_spec *images,
                           void *v, void (*print_msg)(void *, const char *)) {                           void *v, void (*print_msg)(void *, const char *)) {
   char buf[256];   char buf[256];
   int iseg,nseg,ires,nres,atomid,resid;   int iseg,nseg,ires,nres,resid;
   int ia,ib,ic,ii;   int ia,ib,ic;
    int64_t ii,atomid;
   int has_guessed_atoms = 0;   int has_guessed_atoms = 0;
   double x,y,z,o,b;   double x,y,z,o,b;
   topo_mol_segment_t *seg=NULL;   topo_mol_segment_t *seg=NULL;
   topo_mol_residue_t *res=NULL;   topo_mol_residue_t *res=NULL;
   topo_mol_atom_t *atom=NULL;   topo_mol_atom_t *atom=NULL;
   topo_mol_bond_t *bond=NULL;   topo_mol_bond_t *bond=NULL;
   int nbonds;   int64_t nbonds;
   topo_mol_angle_t *angl=NULL;   topo_mol_angle_t *angl=NULL;
   int nangls;   int64_t nangls;
   topo_mol_dihedral_t *dihe=NULL;   topo_mol_dihedral_t *dihe=NULL;
   int ndihes;   int64_t ndihes;
   topo_mol_improper_t *impr=NULL;   topo_mol_improper_t *impr=NULL;
   int nimprs;   int64_t nimprs;
   topo_mol_cmap_t *cmap=NULL;   topo_mol_cmap_t *cmap=NULL;
   int ncmaps;   int64_t ncmaps;
   topo_mol_exclusion_t *excl=NULL;   topo_mol_exclusion_t *excl=NULL;
   int nexcls;   int64_t nexcls;
  
   molfile_plugin_t *plg; /* plugin handle */   molfile_plugin_t *plg; /* plugin handle */
   void *wv;              /* opaque plugin write handle */   void *wv;              /* opaque plugin write handle */
   int nmolatoms, nimages, natoms, optflags;   int64_t nmolatoms, nimages, natoms;
    int optflags;
   molfile_atom_t *atomarray=NULL;   molfile_atom_t *atomarray=NULL;
   molfile_timestep_t ts;   molfile_timestep_t ts;
   float *atomcoords=NULL;   float *atomcoords=NULL;
Line 1163
Line 1166
   /* build angle/dihedral/improper/cterm lists here */   /* build angle/dihedral/improper/cterm lists here */
   if ((nangls > 0 || ndihes > 0 || nimprs > 0 || ncmaps > 0) &&   if ((nangls > 0 || ndihes > 0 || nimprs > 0 || ncmaps > 0) &&
       plg->write_angles != NULL) {       plg->write_angles != NULL) {
     int anglcnt=0;     int64_t anglcnt=0;
     int dihecnt=0;     int64_t dihecnt=0;
     int imprcnt=0;     int64_t imprcnt=0;
     int cmapcnt=0;     int64_t cmapcnt=0;
  
     int *angles = (int *) malloc(nangls * (3*sizeof(int)));     int *angles = (int *) malloc(nangls * (3*sizeof(int)));
     int *dihedrals = (int *) malloc(ndihes * (4*sizeof(int)));     int *dihedrals = (int *) malloc(ndihes * (4*sizeof(int)));


Legend:
Removed in v.1.12 
changed lines
 Added in v.1.13



Made by using version 1.53 of cvs2html