Difference for src/eabf1D.C from version 1.1 to 1.2

version 1.1version 1.2
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     {     {
  file >> x >> y;  file >> x >> y;
  file >> temp_countall;  file >> temp_countall;
   //if (x > temp_bins - 10 || x < 10)
   // continue;
         ;         ;
  if (countall[convertscale(temp_lowerboundary, x)][convertscale(temp_lowerboundary, y)] == 0)  if (countall[convertscale(temp_lowerboundary, x)][convertscale(temp_lowerboundary, y)] == 0)
  line++;  line++;
Line 152
Line 154
  for (int i = 0; i < temp_bins; i++)  for (int i = 0; i < temp_bins; i++)
     {     {
  file >> x >> temp_sumx >> temp_sumx2 >> temp_county;  file >> x >> temp_sumx >> temp_sumx2 >> temp_county;
   //if (x > temp_bins - 10 || x < 10)
   // continue;
         ;         ;
  sumx[convertscale(temp_lowerboundary, x)] += temp_sumx;  sumx[convertscale(temp_lowerboundary, x)] += temp_sumx;
  sumx2[convertscale(temp_lowerboundary, x)] += temp_sumx2;  sumx2[convertscale(temp_lowerboundary, x)] += temp_sumx2;
Line 207
Line 211
  static std::string gridfilename = outputfile + ".grad";  static std::string gridfilename = outputfile + ".grad";
  static std::string histfilename = outputfile + ".hist.grad";  static std::string histfilename = outputfile + ".hist.grad";
  static std::string pmffilename = outputfile + ".pmf";  static std::string pmffilename = outputfile + ".pmf";
   static std::string countfilename = outputfile + ".count";
  
  ofstream_namd ofile(gridfilename.c_str(),".old");  ofstream_namd ofile(gridfilename.c_str(),".old");
  ofstream_namd ofile_hist(histfilename.c_str(), std::ios::app);  ofstream_namd ofile_hist(histfilename.c_str(), std::ios::app);
  ofstream_namd ofile_pmf(pmffilename.c_str(),".old");  ofstream_namd ofile_pmf(pmffilename.c_str(),".old");
   ofstream_namd ofile_count(countfilename.c_str(),".old");
  
  writehead(ofile);  writehead(ofile);
  writehead(ofile_hist);  writehead(ofile_hist);
   writehead(ofile_count);
  
  ofile_pmf << lowerboundary[0] << " 0.0" << std::endl;  ofile_pmf << lowerboundary[0] << " 0.0" << std::endl;
  
Line 254
Line 261
  pmf += grad * width[0];  pmf += grad * width[0];
  pmf_x = x + 0.5 * width[0];  pmf_x = x + 0.5 * width[0];
  ofile_pmf << pmf_x << " " << pmf << std::endl;  ofile_pmf << pmf_x << " " << pmf << std::endl;
   ofile_count << x << " " << norm << std::endl;
  // TODO, rescale the pmf file to prevent negetive free energy  // TODO, rescale the pmf file to prevent negetive free energy
  }  }
  }  }
  ofile.close();  ofile.close();
  ofile_pmf.close();  ofile_pmf.close();
  ofile_hist.close();  ofile_hist.close();
   ofile_count.close();
  return true;  return true;
 } }
  


Legend:
Removed in v.1.1 
changed lines
 Added in v.1.2



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