Difference for src/colvarcomp_protein.C from version 1.11 to 1.12

version 1.11version 1.12
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 /// -*- c++ -*- // -*- c++ -*-
  
 #include <cmath> #include <cmath>
  
Line 13
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 // alpha component // alpha component
 ////////////////////////////////////////////////////////////////////// //////////////////////////////////////////////////////////////////////
  
      // FIXME: this will not make collect_gradients work
      // because gradients in individual atom groups
      // are those of the sub-cvcs (angle, hb), not those
      // of this cvc (alpha)
      // This is true of all cvcs with sub-cvcs, and those
      // that do not calculate explicit gradients
      // SO: we need a flag giving the availability of
      // atomic gradients
  
 colvar::alpha_angles::alpha_angles(std::string const &conf) colvar::alpha_angles::alpha_angles(std::string const &conf)
   : cvc(conf)   : cvc(conf)
 { {
Line 219
Line 228
  
     // FIXME: this will not make collect_gradients work     // FIXME: this will not make collect_gradients work
     // because gradients in individual atom groups     // because gradients in individual atom groups
     // are those of the sub-cvcs (angle, hb), not those     // are those of the sub-cvcs (dihedral), not those
     // of this cvc (alpha)     // of this cvc
     // This is true of all cvcs with sub-cvcs, and those     // This is true of all cvcs with sub-cvcs, and those
     // that do not calculate explicit gradients     // that do not calculate explicit gradients
     // SO: we need a flag giving the availability of     // SO: we need a flag giving the availability of
     // atomic gradients     // atomic gradients
  
 colvar::dihedPC::dihedPC(std::string const &conf) colvar::dihedPC::dihedPC(std::string const &conf)
   : cvc(conf)   : cvc(conf)
 { {


Legend:
Removed in v.1.11 
changed lines
 Added in v.1.12



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